特徴

CzeekSは, 相互作用マシンラーニング法(CGBVS; Chemical Genomics-Based Virtual Screening)を採用したバーチャルスクリーニングプログラムです. 本製品はマルチスレッド並列処理, バッチ処理に対応したLinuxのコマンドラインプログラムとして提供されており, 高速なCGBVS計算が可能となっています. CzeekSを導入することにより, 製薬企業や研究機関において、自社内に蓄積された独自アッセイデータを用いて、医薬品候補化合物の高速かつ高精度なスクリーニングが可能となります.

開発元: 株式会社京都コンステラ・テクノロジーズ


機能

相互作用マシンラーニング法(CGBVS)によるスクリーニング計算

独自計算手法CGBVSをコマンドラインで実行するためのシステムを提供. 高い予測精度で高速なインシリコ化合物スクリーニングを実現

マルチターゲット予測による化合物スクリーニング

複数の標的タンパク質に対するスコアリングにより, 化合物の選択性を考慮したスクリーニングが可能

化合物のターゲット探索

化合物毎に予測モデルに含まれる全タンパク質のスコア計算を実行でき, 標的タンパク質の探索に応用可能

様々な予測モデル

標準モデル(GPCR, Kinase, Ion channel, Transporter, Nuclear receptor, Protease)に加え, サブファミリーにフォーカスした予測モデルをラインナップ

独自データを用いた予測モデルの作成

自社内の独自アッセイデータを追加して予測モデルをリファインすることが可能. データ追加により学習モデルの予測精度の向上が可能

マルチコア対応(OpenMP並列化)

マルチコアCPUを搭載した計算機を利用することで, より高速なCGBVS計算が可能


CzeekSユーザ様向けDRAGON特別ライセンス

スクリーニングや予測モデルの作成において, 独自の化合物データを利用するにあたり, 分子記述子計算プログラムが別途必要になります. 当社では, 取り扱い製品の一つであるDRAGONの使用を推奨しており
(※)CzeekSユーザ様向けにDRAGONの特別ライセンスをご用意しております. 詳しくは, お問い合わせください.
(※)CzeekSパッケージには, DRAGON用の各種スクリプトファイルが収録されており, DRAGONの設定・使用方法についても, CzeekSマニュアル内で解説されています. なお, このDRAGON 特別ライセンスは, 機能制限などはなく, 通常のDRAGONとしてもご使用いただけます.


動作環境

CzeekS システム要件

CPU: マルチコアCPU (Intel, AMD)
メモリ: 16 GB
ディスク: 100GB以上の空き容量
OS: Linux(CentOS, Fedra Core)
ライブラリ等: Openbabel 2.3.1

分子記述子計算プログラム DRAGON

スクリーニングや予測モデルの作成において, 独自の化合物データを利用するにあたり, 分子記述子計算プログラムが別途必要になります. 当社では, 取り扱い製品の一つであるDRAGONの使用を推奨しており, CzeekSユーザ様向けにDRAGONの特別ライセンスをご用意しております. 詳しくは, お問い合わせください.


価格

ライセンス体系および価格

node数 1年間ライセンス価格(税抜) 3年間ライセンス価格(税抜)
1 node  500,000円 1,350,000円
5 node  750,000円 2,100,000円
10 node  950,000円 2,700,000円
無制限 1,900,000円 5,500,000円

上記価格は予告なく変更する場合があります.

 

予測モデル(有償オプション)

学習済みの予測モデルを有償オプションとして販売しております. GPCR, Kinase, Ion channel, Transporter, Nulear receptor, Proteaseの中から標的タンパク質・グループ毎にモデルが構築されており, 選択したモデルを用いて即座にスクリーニングを実施することができます.
これらの予測モデルは, 分子記述子計算プログラムDRAGONを用いて作成されており, 同プログラムを用いることで, 自社内のアッセイデータをモデルに反映することも可能です.


○Standardモデル価格表(ver.2)

モデル名 標的
タンパク質数
学習データ
(相互作用数)
モデル内容 価格(税抜)
GPCR 242 158,405 ClassAα, ClassAβ, ClassAδ, ClassAγ, ClassB, ClassC 500,000円
Kinase 412 154,079 AGC, CAMK, CMGC, STE, TK, TKL, others 500,000円
Ion channel 218 142,282 Voltage-gated, Ligand-gated, others 500,000円
Transporter 148 112,659 Electrochemical, ATPase, ATP-binding casette, others 400,000円
Nuclear receptor 41 139,051 NR1, NR2, NR3, NR4, NR5 400,000円
Protease 229 141,691 Endopeptidase, Exopeptidase 500,000円

上記価格は予告なく変更する場合があります.

◆予測モデル更新情報
予測モデルはver.1からver.2に更新されました。詳細についてはこちら(更新2015年)をご覧ください。
(その他、ご要望に応じてカスタマイズしたモデルを作成いたします。詳細はお問合せください。)

○ChEMBLモデル

モデル名 標的
タンパク質数
学習データ
(相互作用数)
モデル内容 価格
GPCR 213 64,827 ClassAα, ClassAβ, ClassAδ, ClassAγ, ClassB, ClassC 無料
Kinase 272 45,041 AGC, CAMK, CMGC, STE, TK, TKL, others 無料
Ion channel 135 16,040 Voltage-gated, Ligand-gated, others 無料
Transporter 80 8,491 Electrochemical, ATPase, ATP-binding casette, others 無料
Nuclear receptor 38 15,252 NR1, NR2, NR3, NR4, NR5 無料
Protease 180 27,678 Endopeptidase, Exopeptidase 無料

※ChEMBLモデルはChEMBLデータベースリリース21のデータを用いて作成されたモデルです。


リファレンス

Analysis of multiple compound-protein interactions reveals novel bioactive molecules. Mol. Syst. Biol. 7, 472, 2011 doi:10.1038/msb.2011.5

Systems biology and systems chemistry: new directions for drug discovery. Chem. Biol. 19(1), 23-8, 2012 doi:10.1016/j.chembiol.2011.12.012

Unifying Bioinformatics and Chemoinformatics for Drug Design. Systems and Computational Biology – Bioinformatics and Computational Modeling, 99-120, 2011 doi:10.5772/20233

特許:公開番号 WO2007/139037 A1; PCT/JP2007/060736; 特願 2006-147433