特徴

DL_POLY は, デアーズベリー研究所の I.T. Todorov と W. Smith によって開発された汎用古典分子動力学シミュレーションソフトです. 現在, STFC ライセンス条項に基づき, DL_POLY_4 が提供されています. 以前のバージョン DL_POLY_2 (W. Smith, T.R. Forester, I.T. Todorovらにより開発)は, DL_POLY_CLASSIC へ変更され, CCPForteBSDライセンスの下, オープンソースとして公開されています.

DL_POLY_4 の基本設計は, 単一プロセッサを搭載したワークステーションから高性能な並列計算機までスケーラブルなパフォーマンスを提供します. DL_POLY_4 は, ライセンスに基づき, ソース形式で提供され, Fortran90 コンパイラのみを用いて, シリアル用実行コードを作成したり MPI2と組み合わせて並列計算用の実行コードを作成することができます. DL_POLY_4 は, 並列計算に最適化されており, 標準のASCIIトラジェクトリファイルに加え, netCDF(HDF5ライブラリ依存)も利用することができます.

DL_POLY_4 に対応した次のプログラムを利用できます.
 ◎Daresbury advanced Fourier Transform (DaFT)
 ◎Java GUI

これらのパッケージは, 英国科学技術施設会議(STFC)が所有権を有しています.

アモルファス炭酸カルシウムの表面に結合するタンパク質Ovocleidin-17.
表面に接触するアミノ酸残基は、空間充填モデルで強調表示されています.(クレジット: Colin L. Freeman)








ソフトウェアおよびライセンス

DL_POLY_4 は, DL_POLY_2で採用されたコンセプトと機能性を取り入れたDL_POLY_3(I.T. Todorov and W. Smith)の後継ソフトウェアです. DL_POLY_3と同様, DL_POLY_4 の並列化機能は, 静的/等空間領域分割(static/equi-spatial Domain Decomposition)モデルに基づいており, 極めて優れたロードバランスと次にあげる並列性能を提供します:

・モデル化された系の粒子密度は, 空間的・時間的に均一になるよう閉じています(ロードバランスを確実にするため).
・プロセッサまたはドメインあたりの系の大きさ(dimensions)は, 最も大きい系のカットオフよりも小さくなることはありません(できれば, 3倍以上) (良好な並列性能を確実にするため).

 将来的には, コアあたりの性能や領域分割戦略のロードバランスを改善するために, 純粋な領域分割マップMPI法やMPIフレームワーク内でOpenMPIスレッドを使用するハイブリッド計算に対応する予定です.

・DL_POLY_4で利用可能な機能の詳細は, DL_POLY_4 ユーザマニュアル(英語)よりご確認いただけます.
・DL_POLY_GUI の説明およびその機能性は, DL_POLY_GUI マニュアル(英語)よりご確認いただけます.


DL_POLY_4 は, アカデミックライセンス条件に従い個人に提供されます. アカデミックライセンスは, 非営利の自然科学研究に取り組む大学等の研究者へ無償で提供されます. 入手手続き等は, Registering for the DL_POLY_4 Pacakgeを参照ください. DL_POLY_4を利用したい一般企業や営利団体の方は, DL_POLY_4 正規販売代理店の弊社までお問い合わせください.

ソフトウェアデザイン

DL_POLY_4 のコード設計は, 移植性, 保守性, 透明性およびユーザ検証の原理に基づいています. コードのアーキテクチャは, C/C++ヘッダスタイルによるFortran90モジュールを採用しており, コンセプトや機能性は機能ごとにモジュールで別けられています.
コードのルーティンは, ファイル名によって機能や動作に関連付けられています(このファイル名は, 通常モジュール名と関連付けられています).

DL_POLY_4 のヴァニラ(配布)ソースは, 完全自己完結型で, フリーフォーマットのFortran90+MPI2コードです(厳密に言えば, Fortran90+TR15581++MPI1+MPI-I/O). TR15581として知られるFortran2003の例外を除くFortran90の仕様に準拠しており(NAGWareFORCHECKに適合), 現在利用されているFortran95コンパイラであれば大半のものを利用できます. netCDF I/O機能やCUDA対応などの拡張は, それらが追加する依存関係のため, コード自体の自己充足性(self-containment)を満たさなくなります.

アルカリケイ酸塩ガラス(クレジット: W. Smith)



動作環境

Makefile ターゲット例(Makefile_MPI, version 4.05)

hpc || lake || newton || dirac || franklin ||
hpcx || hpcx-debug || BGL || BGP ||
hector || hector-pgi-debug ||
hector-gnu || hector-gnu-debug ||
hector-cray || hector-cray-debug ||
hector-pathscale || hector-pathscale-debug ||
hector-X2 || hector-X2-debug

有償インストールサービスもご提供しておりますので, お気軽にお問い合せください.


価格

DL_POLY_4 ライセンス価格は, ライセンス期間と同時使用ユーザ数に依存します.


DL_POLY_4 年間ライセンス 同時使用ユーザ数 : 1

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DL_POLY_4 年間ライセンス 同時使用ユーザ数 : 5

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DL_POLY_4 無期限ライセンス 同時使用ユーザ数 : 1

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詳しくは, 弊社営業部までお問い合わせください