アフィニティサイエンス | dProperties メイン

dProperties は、物理化学特性およびドラッグライク指数を計算可能なアプリケーションです。GUIからの簡単な操作で、物理化学関連、ドラッグライクネス指数など最大62種類の分子記述子を計算することができます。
計算で求められた記述子は、各分子を特徴付け、データベースのスクリーニングやフィルタリング用途に利用することが可能です。
dProperties は、Windows および Linux 環境で利用でき、使いやすいグラフカルユーザインターフェイス（GUI）を備えています。GUI により、分子の選択や記述子の計算が容易に行うことができます（スクリーンショット）。

入力ファイルとして、 MDL, Sybyl, HyperChem, Macromodel, SMILES, CML(Chemical Markup Language)ファイル形式に対応しています。分子数や原子タイプによる制限はありません。異なるファイル形式で収録された複数の分子構造ファイルを読み込むことができ、同時に処理することができます。

分子ビューアが付属しています。これにより、記述子を計算する分子の構造を確認することができます。

機能の詳細は、オンラインマニュアル（Talete社,英語,準備中）をご確認ください。

dProperties 主な特徴
分子プロパティ数	62
1バッチ処理あたりの分子数上限	無制限
1分子あたりの原子数上限(H原子含む)	無制限
原子の結合数上限(結合の数)	無制限
オペレーティングシステム	Windows, Linux
グラフィカルユーザインターフェイス	利用可

スクリーンショット

記述子の選択ウィンドウ
dProperties selection

メインインターフェイス
dProperties main interface

計算可能なプロパティと指数

dProperties は、31種類の分子プロパティと27種類のドラッグライク指数を計算することができます。

分子プロパティは、構成要素となる特徴（分子量、水素／炭素／窒素／酸素／ハロゲン／SP3炭素の原子数）、不飽和カウントおよび指数、親水性要素、モル屈折度、トポロジカル極性表面積、Moriguchi法オクタノール-水分配係数、Ghose-Crippen-Viswanadhan法オクタノール-水分配係数、表面積、McGowan体積、ファンデルワールス体積、充填密度指数、Verhaar ベースライン毒性等を計算可能です。

ドラッグライク指数は、Lipinski Alert指数、ドラッグライクスコア、リードライクスコア、DRAGONコンセンサスドラッグライクスコア、プロパティレンジ等を計算できます。

全58種の記述子の内容は、次の通りです。

ID [シンボル] 記述子の内容
1 [MW] molecular weight
2 [nAT] number of atoms
3 [nBT] number of bonds
4 [RBN] number of rotatable bonds
5 [nDB] number of double bonds
6 [nAB] number of aromatic bonds
7 [nH] number of Hydrogen atoms
8 [nC] number of Carbon atoms
9 [nN] number of Nitrogen atoms
10 [nO] number of Oxygen atoms
11 [nHet] number of heteroatoms
12 [nX] number of halogen atoms
13 [nCIC] number of rings (cyclomatic number)
14 [nHDon] number of donor atoms for H-bonds (N and O)
15 [nHAcc] number of acceptor atoms for H-bonds (N,O,F)
16 [Uc] unsaturation count
17 [Ui] unsaturation index
18 [Hy] hydrophilic factor
19 [AMR] Ghose-Crippen molar refractivity
20 [TPSA(NO)] topological polar surface area using N,O polar contributions
21 [TPSA(Tot)] topological polar surface area using N,O,S,P polar contributions
22 [MLOGP] Moriguchi octanol-water partition coeff. (logP)
23 [MLOGP2] squared Moriguchi octanol-water partition coeff. (logP^2)
24 [ALOGP] Ghose-Crippen octanol-water partition coeff. (logP)
25 [ALOGP2] squared Ghose-Crippen octanol-water partition coeff. (logP^2)
26 [SAtot] total surface area from P_VSA-like descriptors
27 [SAacc] surface area of acceptor atoms from P_VSA-like descriptors
28 [SAdon] surface area of donor atoms from P_VSA-like descriptors
29 [Vx] McGowan volume
30 [VvdwMG] van der Waals volume from McGowan volume
31 [VvdwZAZ] van der Waals volume from Zhao-Abraham-Zissimos equation
32 [PDI] packing density index
33 [BLTF96] Verhaar Fish base-line toxicity from MLOGP (mmol/l)
34 [BLTD48] Verhaar Daphnia base-line toxicity from MLOGP (mmol/l)
35 [BLTA96] Verhaar Algae base-line toxicity from MLOGP (mmol/l)
36 [Ro5] Lipinski Rule of 5
37 [DLS_01] modified drug-like score from Lipinski (4 rules)
38 [DLS_02] modified drug-like score from Oprea et al. (6 rules)
39 [DLS_03] modified drug-like score from Walters et al. (6 rules)
40 [DLS_04] modified drug-like score from Chen et al. (7 rules)
41 [DLS_05] modified drug-like score from Zheng et al. (2 rules)
42 [DLS_06] modified drug-like score from Rishton (6 rules)
43 [DLS_07] modified drug-like score from Veber et al. (2 rules)
44 [DLS_cons] DRAGON consensus drug-like score
45 [LLS_01] modified lead-like score from Congreve et al. (6 rules)
46 [LLS_02] modified lead-like score from Monge et al. (8 rules)
47 [CMC-80] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski CMC drug-like index at 80%
48 [CMC-50] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski CMC drug-like index at 50%
49 [Inflammat-80] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antiinflammatory-like index at 80%
50 [Inflammat-50] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antiinflammatory-like index at 50%
51 [Depressant-80] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antidepressant-like index at 80%
52 [Depressant-50] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antidepressant-like index at 50%
53 [Psychotic-80] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antipsychotic-like index at 80%
54 [Psychotic-50] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antipsychotic-like index at 50%
55 [Hypertens-80] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antihypertensive-like index at 80%
56 [Hypertens-50] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antihypertensive-like index at 50%
57 [Hypnotic-80] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski hypnotic-like index at 80%
58 [Hypnotic-50] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski hypnotic-like index at 50%
59 [Neoplastic-80] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antineoplastic-like index at 80%
60 [Neoplastic-50] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antineoplastic-like index at 50%
61 [Infective-80] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antiinfective-like index at 80%
62 [Infective-50] Ghose-Viswanadhan-Wendoloski antiinfective-like index at 50%

最小ハードウェア要件

• プロセッサ: Pentiumクラスシステム(minimum)
• メモリ: 128MB(minimum), 256MB(default tuning)

Windowsオフィシャルサポート環境

• Microsoft Windows XP/Vista/7.

Linux オフィシャルサポート環境

• Kernel 2.6 (tested)
• Fedora Core 13, Ubuntu 10.04(tested)
• 必須ライブラリ sqlite3, gtk2 version 2.10以降, OpenGL

いずれのOSにおいても, 最新版サービスパックを利用することを推奨します.

dProperties 販売価格

重要：dPropertiesはダウンロード版のみのご提供となります. ご注文時にご登録いただいた電子メールアドレス宛に、ダウンロードサイトの情報が, 開発元より直接連絡されます.
上記価格は予告なく変更する場合があります.

ライセンスについて

• single license:
  • dProperties(WindowsまたはLinux版)を, ユーザ登録時に指定した住所内の1台のコンピュータにインストールすることができます. ユーザ登録時に指定した住所からであれば, SSH, RSH, Telnet等によるリモートアクセスが可能です.
• permanent license
  • ライセンス期間は, 無期限です. 一年間のメンテナンスサービスが提供されます.
• academic license:
  • 大学機関向けライセンスで, 知的財産を含む研究結果がパブリックドメインとして扱われる研究に対して適用することができます. dProperties(WindowsまたはLinux版)を, ユーザ登録時に指定した住所(サイト)内の1台のコンピュータにインストールすることができます. ユーザ登録時に指定した住所からであれば, SSH, RSH, Telnet等によるリモートアクセスが可能です.