主な特徴
主な特徴
DRAGONは, 分子記述子の計算用アプリケーションです. 計算によって求めた分子記述子は, 分子の構造活性相関や構造物性相関, 類似性/多様性解析, 分子データベースのスクリーニング(HTS)などに利用することができます.
1997年の最初のリリース以来（オリジナルは, Milano Chemometrics and QSAR Research Groupにより開発）, 継続的な更新がなされ, 最新バージョン6では, 最大4,885の分子記述子を計算することができます(バージョン6では, CATS 2D, Klein TDB自己相関, 原子タイプE-state指数, ETA, P_VSA, リング記述子, 2D&3Dマトリクスから導出される記述子, ドラッグライク, リードライクフィルタなどが追加されています, 記述子の詳細は記述子リスト(PDF形式)またはTalete社サイトを参照ください).
DRAGON 6 は, 記述子計算と解析のための強力なアプリケーションとなるよう再設計されており, WindowsとLinux両環境で, グラフィカルユーザインターフェイス, コマンドラインインターフェイスから利用することができます(UIスクリーンショット). 旧バージョンからの変更点はオンラインヘルプ(Talete社)で確認することができます. 特にGUIは全く新規に再構築されており, 大幅な改良がなされています. また, スクリーニング解析用のツール類が新たに追加されています.
| DRAGON6 主な特徴 | |
|---|---|
| 分子記述子数 | 4,885 |
| 分子記述子ブロック数 | 29 |
| 1バッチ処理あたりの分子数上限 | 無制限 |
| 1分子あたりの原子数上限(H原子含む) | 無制限 |
| 原子の結合数上限(結合の数) | 無制限 |
| 原子重み付け(atom weighting)スキームの数 | 7 |
| ユーザ定義変数の数 | 200 |
| オペレーティングシステム | Windows, Linux |
| グラフィカルユーザインターフェイス | 利用可 |
| バッチ処理モード | 利用可 |
技術情報
技術情報
バージョン6 主な機能
- 対応ファイルフォーマット
- MDL, Sybyl, HyperChem, Macromodel, Smiles形式に加えて, CML (Chemical Markup Language)とHyperChem拡張ファイル形式を新たにサポートしました. 扱える分子数や原子種に制限はありません. 分子構造をインポートするための新しいグラフィカルインターフェイスは, 柔軟性に優れており, 異なるフォルダに格納された, 様々なファイル形式の分子構造を選択し, 読み込むことができます. 異なるファイル形式で保存された分子構造を読み込むことができ, 同じバッチ処理内で同時に処理することができます.
- グラフィックスとスタティスティクス
- DRAGON6では, 記述子解析にグラフィカルツールを利用できます..ここで得られるグラフは, 記述子空間の予備的な解析や相関解析に利用できます(UIスクリーンショット).
- 分子ビューア
- 記述子計算のためにインポートする分子構造を可視化することができます.
- ユーザ定義変数のロード
- 変数と文字列フィールド(実験値, CAS番号, 製品コードなど)を最大200までインポートすることができます.
- 記述子計算
- DRAGON 6.0では, 記述子計算のカスタマイズ, 記述子計算前の重み付け(atom weighting schemes), スペクトルモーメントやウォークアンドパスに対数変換を適用することができます.また, 新しい記述子選択ウィンドウでは, 異なるブロックに含まれる記述子を個別に選択できます.
- 分子構造計算の拡張機能
- 分子に含まれる原子種の制限はなくなり, 未定義の化学元素を含む, どのような連結構造でも処理することができます.
- プロジェクトとテンプレート
- 計算結果はプロジェクトとして保存することができます. これにより後から再解析や記述子のエクスポートを行うことが可能です. また, 同じような繰り返し計算を簡略化するために, 記述子や計算条件等を記録したテンプレートを作成することができます.
- 主成分分析
- 選択した記述子で主成分分析(PCA)を計算できます. PCAの結果は, DRAGONグラフィカルツールからエクスポートや解析を行うことが可能です.
分子記述子
DRAGON 6は, 最大4,885種の分子記述子を計算することができます.
単に原子種や官能基, フラグメントの数をカウントするだけでなく, 分子のトポロジーやジオメトリに基づく記述子や分子特性等も計算することが可能です. これらに加えて, Lipinskiの指標やドラッグライク, リードライク指標等を計算で求めることが可能です. 新バージョンで追加/削除された記述子は, オンラインヘルプ(Talete社サイト)で確認することができます.
DRAGON 6で計算可能な分子記述子の完全なリストは, こちら(PDF形式)をご確認ください.
DRAGON 6 分子記述子ブロック
旧版からブロックの分類方法が見直され, バージョン 6では, 次の構成となっています.
| 識別ID | ブロック内容 | 記述子数 |
|---|---|---|
| 1 | Constitutional descriptors（構造記述子） | 43 |
| 2 | Ring descriptors（リング記述子） | 32 |
| 3 | opological descriptors（トポロジカル記述子） | 75 |
| 4 | Walk and path counts（ウォークアンドパスカウント） | 46 |
| 5 | Connectivity indices（連結指数） | 37 |
| 6 | Information indices（情報指数） | 48 |
| 7 | 2D matrix-based descriptors（2Dマトリックスベース記述子） | 550 |
| 8 | 2D autocorrelations（2D自己相関） | 213 |
| 9 | Burden eigenvalues（バーデン固有値） | 96 |
| 10 | P_VSA-like descriptors（P_VSA類似記述子） | 45 |
| 11 | ETA indices（ETA指数） | 23 |
| 12 | Edge adjacency indices（エッジ隣接指数） | 324 |
| 13 | Geometrical descriptors（ジオメトリカル記述子） | 38 |
| 14 | 3D matrix-based descriptors（3Dマトリックスベース記述子） | 90 |
| 15 | 3D autocorrelations（3D自己相関） | 80 |
| 16 | RDF descriptors（RDF記述子） | 210 |
| 17 | 3D-MoRSE descriptors（3D-MoRSE記述子） | 224 |
| 18 | WHIM descriptors（WHIM記述子） | 114 |
| 19 | GETAWAY descriptors（GETAWAY記述子） | 273 |
| 20 | Randic Molecular profiles（Randic 分子プロファイル） | 41 |
| 21 | Functional group counts（官能基カウント） | 154 |
| 22 | Atom-centred fragments（原子中心フラグメント） | 115 |
| 23 | Atom-type E-state indices（原子タイプE-state指数） | 170 |
| 24 | CATS 2D（CATS 2D記述子） | 150 |
| 25 | 2D Atom Pairs（2D原子ペア） | 1596 |
| 26 | 3D Atom Pairs（3D原子ペア） | 36 |
| 27 | Charge descriptors（チャージ記述子） | 15 |
| 28 | Molecular properties（分子特性） | 20 |
| 29 | Drug-like indices（ドラッグライク指数） | 27 |
記述子関連情報(旧バージョン)
DRAGON 5またはdragonX 1.4で計算可能な記述子
Dragon 6 ユーザーズマニュアル(オンラインマニュアル)
こちら(Talete社サイト)をご覧ください.
ヘルプファイル(PDF形式)
DRAGON6に付属するヘルプファイルをPDF形式に変換したものです.
こちら(4.46MB)より入手ください(弊社お客さま向け; 要ユーザID, パスワード).
関連書籍 Molecular Descriptors for Chemoinformatics
Roberto Todeschini and Viviana Consonni
WILEY - VCH, 2009
2 Volumes, 1257 Pages
ISBN-10: 3-527-31852-6
ISBN-13: 978-3-527-31852-0
in the Series of Methods and Principles in Medicinal Chemistry - Volume 41
(Eds. R. Mannhold, H. Kubinyi, H. Timmerman)
3,300を超える分子記述子の解説と6,000超の文献情報を備えた分子記述子辞典です.
詳しくは, こちら(wiley-vch社サイト)をご確認ください.
注意, DRAGONはこの辞典内の全記述子を計算できるわけではありません.
ただし, DRAGONで計算可能な記述子はすべてこの辞典に掲載されています.
動作環境
動作環境
最小ハードウェア要件
- プロセッサ: Pentiumシリーズ(minimum)
- メモリ: 128MB(minimum)
Windows環境
- Microsoft Windows XP/Vista/7.
Linux 環境
- Kernel 2.6 (tested)
- Fedora Core 13, Ubuntu 10.04(tested)
- ※ 必須ライブラリ: sqlite3, gtk2 version 2.10+, opengl
いずれのOSにおいても, 最新版サービスパックを利用することを推奨します.
ライセンスファイル(registration file)の発行または再発行をご希望の方は, 使用マシンのMACアドレス情報と共に, 弊社 info_at_affinity-science.com, または開発元 info_at_talete.mi.it までご依頼ください(_at_を@に置き換えてください).
価格
価格
DRAGON 6 販売価格
DRAGON commercial 新規ライセンス 2012年1月31日（火）まで通常価格の20%割引で販売
- DRAGON single commercial permanent
850,500円(税込) / 810,000円(税別)->680,400円（税込）- DRAGON single commercial rent - first year
567,000円(税込) / 540,000円(税別)->453,600円（税込）- DRAGON single commercial rent - next years
231,000円(税込) / 220,000円(税別)->184,800円（税込）- DRAGON site commercial permanent
1,396,500円(税込) / 1,330,000円(税別)->1,117,200円（税込）- DRAGON site commercial rent - first year
976,500円(税込) / 930,000円(税別)->781,200円（税込）- DRAGON site commercial rent - next years
357,000円(税込) / 340,000円(税別)->285,600円（税込）- DRAGON academic permanent(to be installed on 3 PCs)
- 147,000円(税込) / 140,000円(税別)
- Upgrade from dragonX 1.4 permanent, DRAGON 5.5 to DRAGON 6 commertial permanent single
- 367,500円(税込) / 350,000円(税別)
- Upgrade from dragonX 1.4 permanent, DRAGON 5.5 to DRAGON 6commertial permanent site
- 567,000円(税込) / 540,000円(税別)
- Upgrade from dragonX 1.4 permanent, DRAGON 5.5 to DRAGON 6 academic permanent
- 63,000円(税込) / 60,000円(税別)
重要：DRAGONはダウンロード版のみのご提供となります. ご注文時にご登録いただいた電子メールアドレス宛に、ダウンロードサイトの情報が, 開発元より直接連絡されます.
上記価格は予告なく変更する場合があります.
ライセンスについて
- single license:
- DRAGON(WindowsまたはLinux版)を, ユーザ登録時に指定した住所内の1台のコンピュータにインストールすることができます. ユーザ登録時に指定した住所からであれば, SSH, RSH, Telnet等によるリモートアクセスが可能です.
- site license:
- DRAGON(WindowsまたはLinux版)を, ユーザ登録時に指定した住所(サイト)内の複数のコンピュータにインストールすることができます. ユーザ登録時に指定した住所からであれば, SSH, RSH, Telnet等によるリモートアクセスが可能です.
- permanent license
- ライセンス期間は, 無期限です. 一年間のメンテナンスサービスが提供されます.
- rent license
- ライセンス期間は, 1年間です(複数年契約可). ライセンス期間中は, メンテナンスとアップデートサービス(メジャーリリース無償アップデート)が提供されます.
- academic license:
- 大学機関向けライセンスで, 知的財産を含む研究結果がパブリックドメインとして扱われる研究に対して適用することができます. DRAGON(WindowsまたはLinux版)を, ユーザ登録時に指定した住所(サイト)内の3台のコンピュータにインストールすることができます. ユーザ登録時に指定した住所からであれば, SSH, RSH, Telnet等によるリモートアクセスが可能です.
詳しくは, こちら（Talete社） のライセンスアグリーメントをご確認ください.
