アフィニティサイエンス | LigandScout メイン

HOME > LigandScout

主な特徴

LigandScout 3.0 は、化学的特徴の3次元情報からなるファーマコフォア（薬理作用団）モデルに基づく、高精度バーチャルスクリーニングのための完全統合プラットフォームです。

リガンドベースおよび構造ベースの二通りのファーマコフォアモデリング、高性能のアライメントアルゴリズム、高速で予測性能の高いスクリーニング機能など、モデルの構築からスクリーニングの実施までシームレスに実行することができます。

さらにモデルの検出能を評価するために、ユーザフレンドリなスクリーニング解析ツールから、ROC曲線の描画や濃縮係数の計算が容易に行えます。

これらの機能は、長年の経験に基づき、入念に設計されたグラフィカルユーザインターフェイスから利用することができます。また、採用されているアルゴリズムは、開発グループのファーマコフォア研究における定評のある知見に基づいており、科学的に有効性が確認されています。

リファレンス

Wolber, G.; Dornhofer, A. A.; Langer, T.; Efficient overlay of small organic molecules using 3D pharmacophores J. Comput. Aided Mol. Des.; 2007; 20(12); 773-788.
- DOI: 10.1007/s10822-006-9078-7
Wolber, G.; Langer, T.; LigandScout: 3-D Pharmacophores Derived from Protein-Bound Ligands and Their Use as Virtual Screening Filters. J. Chem. Inf. Model; 2005; 45(1); 160-169.
- DOI: 10.1021/ci049885e

技術情報

主な機能

構造ベースファーマコフォアモデリング

複合体構造からリガンド周辺構造を考慮したファーマコフォアモデルの自動抽出が可能
ジオメトリ、辞書およびルールに基づくリガンド部位の自動認識機能
選択操作などがダイナミックに連動した3D/2D分子ビュー、階層ビュー
タンパク質-リガンド相互作用の2D表示機能（構造式表示）
化合物ライブラリ用ライブラリビュー（プロパティ、スコア計算、アライメント）
複数のリガンドとファーマコフォアから共通ファーマコフォア（Merged/Shared）を作成可能
補因子、イオン、水分子、金属結合位置（Fe, Mg, Zn）を考慮可能
ドッキング結果の表示、またドッキングポーズからファーマコフォアモデルを構築可能
Catalyst/DiscoveryStudio(tm)、MOE(tm)、Phase(tm)環境へのファーマコフォアエクスポート機能
活性部位のリガンドを手動で調整可能（簡易モデリング機能）
水分子および補因子をリガンドの一部、または高分子の一部として扱うことが可能
MMFF94力場によるリガンド分子の構造最適化
パラメータ調整機能（上級ユーザ向け）
多くの分子ファイル形式（SDF, MOL2, SMI etc.）と画像ファイル形式（EPS, PDF, JPG, PNG etc.）をサポート
互変異性体の生成機能

リガンドベースファーマコフォアモデリング

低分子構造のみを用いたファーマコフォアモデルの構築が可能
化学的特徴の分類・重ね合せ、排除体積の自動生成、各フィーチャの重み付け機能
クラスタ分析（ファーマコフォアベース）によるリガンドの分類

スクリーニング機能

ファーマコフォアモデルをクエリとして化合物データベースを対象としたバーチャルスクリーニングが可能
モデル評価のためのROC曲線や濃縮係数（EF値）の自動計算機能
ブール式によるターゲット、アンチターゲットといったクエリ条件の設定が可能

動作環境

システム要件

2GBメモリ（4GB推奨）
オペレーティングシステム：
- Windows XP, Windows Vista
- MacOS X Leopard (10.5), Snow Leopard(10.6)
- Linux（※）
  - Java ランタイム環境が必要
ハードウェアアクセラレータを利用可能なOpenGL 1.2対応の3Dグラフィックカード（NVIDIA または ATIを推奨）
Pentium 4以降のプロセッサ（Core2Duoまたは同等のAMDプロセッサを推奨）

※32bit版と64bit版パッケージが存在します。ディストリビューションをはじめ多くの構成が考えられますので、評価ライセンス等で事前に動作を確認されることをお勧めします。