Affinity Science Corporation
技術情報

Dragon 導入前の注意事項

次の38種の原子を含む分子に対してのみ, 分子記述子を計算することができます:

H, B, C, N, O, F, Al, Si, P, S, Cl, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Ga, Ge, As, Se, Br, Mo, Ag, Cd, In, Sn, Sb, Te, I, Gd, Pt, Au, Hg, Tl, Pb, Bi

分子に上記以外の原子が含まれていた場合, 分子を識別することができないため, 分子記述子を計算することができません.

Dragonは, 塩を扱えません.

Dragonの全ての計算を行うためには, 水素原子を備え, 最適化された 3次元構造を用いる必要があります.

Dragonは, 分子構造の最適化や3D幾何構造に対応する位相幾何学的な変換は行いません.


水素原子が不足しているSMILES表記法の場合, ソフトウェアは, 原子価を満たすように 水素原子を付与することができます. ただし, 原子の空間座標が与えられない場合, 計算は0D, 1Dおよび2Dの記述子に制限されます.

SMILES以外の分子ファイル形式において, 'Select files'メニュー内の'H-depleted molecues'オプションを選択すると, Dragonは, H-invariantである(H原子の有無に依存しない)分子記述子の計算を実行します. 水素原子が存在する場合は, 水素原子を考慮した2D自己相関記述子を計算することができ, H-depleted分子から得られる値とは異なる結果となります.

'H-depleted molecules'オプションが選択されている場合, 水素原子を含む分子は全て計算されません.


Dragonを正しく動作させるためには, 小数点のシンボルをドット(.)に設定する必要があります.


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