次の38種の原子を含む分子に対してのみ, 分子記述子を計算することができます:
分子に上記以外の原子が含まれていた場合, 分子を識別することができないため, 分子記述子を計算することができません.
Dragonは, 塩を扱えません.
Dragonの全ての計算を行うためには, 水素原子を備え, 最適化された 3次元構造を用いる必要があります.
水素原子が不足しているSMILES表記法の場合, ソフトウェアは, 原子価を満たすように 水素原子を付与することができます. ただし, 原子の空間座標が与えられない場合, 計算は0D, 1Dおよび2Dの記述子に制限されます.
SMILES以外の分子ファイル形式において, 'Select files'メニュー内の'H-depleted molecues'オプションを選択すると, Dragonは, H-invariantである(H原子の有無に依存しない)分子記述子の計算を実行します. 水素原子が存在する場合は, 水素原子を考慮した2D自己相関記述子を計算することができ, H-depleted分子から得られる値とは異なる結果となります.