Affinity Science Corporation
技術情報

dragonX バッチジョブの実行例

前準備


dragonXで計算を実行するには、まず、次の入力ファイルを用意します。

  • 入力ファイルとなる分子構造ファイル 例
  • 上記分子構造ファイルの格納場所をリストしたテキストファイル 例
  • 必要があれば、実験値や分子名等のテキスト情報が記録されたレスポンスファイル 例
  • 入力ファイルの指定、ディスクリプタや各種条件などが記載されたスクリプトファイル 例
各ファイルの書式、入力ファイルの引数は ユーザガイド（Talete社）を参照してください。
この例では、SMILES形式の2D構造を入力としています。

実行および出力例


dragonXの基本的なコマンドは、次の通りです。

使用方法: dragonX [-h|-v|-c|-l [licensefile]|-d|-w|-s scriptfile]

-h, --help 使用方法の表示
-v, --version バージョン表示
-c, --citation 引用情報の表示
-l, --license [licensefile] ライセンス情報の表示
-d, --descriptors ディスクリプタをリスト表示
-w, --weights 原子量を表示
-s, --script scriptfile スクリプトファイルを使用しdragonXを実行

以下は、上記の入力、スクリプトファイルを用いて計算した場合の出力例です。 実行後、ディスクリプタのブロック番号を含む出力ファイルに計算結果が書き出されます。

[asc@localhost data]$ dragonX -s my_script.txt
dragonX version 1.4 - Command line version for Linux - v.1.4.2 - built on: 2007-12-18

License file (/home/asc/dragonX/drgx_license.txt) is a valid license file
User: asc (). Date: 2008/04/01 - 00:06:10
Licensed to: Affinity Science Corporation - License type:

（省略）

Decimal Separator set to: '.' - Thousands Separator set to: ','

Selected calculation on SMILES file format
Selected molecule name: Filename
Selected calculation on 2D molecules
Molecules with unusual valence will be rejected
Selected saving of one file per block of descriptors

Selected descriptors block 1 (constitutional descriptors)
Selected descriptors block 2 (topological descriptors)
Selected descriptors block 17 (functional group counts)
Selected descriptors block 20 (molecular properties)
Selected descriptors block 21 (2D binary fingerprints)

Selected descriptor blocks: 5
Selected descriptors: 1120

Selected PCs calculation for block 1 (constitutional descriptors)
Selected PCs calculation for block 2 (topological descriptors)

Selected descriptor blocks for PCs calculation: 2

Output file(s) temporarily saved as:
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B01.0.tmp
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B02.0.tmp
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B17.0.tmp
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B20.0.tmp
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B21.0.tmp


Total selected molecules: 42
Total rejected molecules: 0
Total molecules with warning(s): 0

11 PCs retained for block 1 (constitutional descriptors)
10 PCs retained for block 2 (topological descriptors)

Output file format: Dragon standard
Response file '/home/asc/dragonX/data/Response.txt' added
Added 2 strings, 0 variables, 3 responses, 0 classes

Saved file(s): 5
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B01
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B02
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B17
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B20
/home/asc/dragonX/data/output/Output_smi_B21

Calculation time: 00 h 00 m 00 s

Copyright 2003-2007 by Talete srl, Milano, Italy

[asc@localhost data]$


dragonX バージョン1.4では、標準入出力を使ったファイルの受け渡し（リダイレクト）が可能です。 この場合、例えば、スクリプトファイルの入出力ファイルの指定箇所を次のように指定します。

/fm <stdinput -f5 -i1 -Hy -3D
/fy None
/fo >stdoutput -f1 -k -m -999

実行例は、次のようになります。

[asc@localhost data]$ cat moleculefile | dragonX script.txt > output.txt 2> draghist.log

gotop
sitemap