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LigandScout Movie and Screen Shot Gallery |
LigandScoutのデモムービーです。これらの動画をご覧になるには、1280 x 1024 以上の解像度およびApple社QuickTimeが必要です。アイコンをクリックすると新しくウィンドウが開かれ、ムービーが開始します。
これらのスクリーンショット画像により、LigandScoutのグラフィカルユーザインターフェイスの特徴的な機能をご覧いただけます。構造ベースのファーマコフォア作成、ファーマコフォアモデルの編集、補間、重ね合わせ、リガンドの自動識別、動的なファーマコフォアアライメントを含む高度なヒット-リスト解析、さらにはMMFF94力場による構造最適化等をご確認ください。
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| リガンドと結合サイトの自動認識 | ファーマコフォアの作成 | アライメントとファーマコフォアの編集 |
マウスを数クリックするだけで、構造ベースのファーマコフォアを作成することができます。
PDBコードの入力またはPDBファイルから、タンパク-リガンド複合体を取り込むことができ、
リガンドは自動的に識別され、解釈されます（左図）。
リガンドをクリックすると、結合サイトが拡大表示され、ここで、
解釈されたリガンドの検証や修正を行うことができます（結合の種類の変更や価数の指定など）。
この操作に続いて、アイコンをクリックまたは[ctrl]+[F9]キーにより、高分子とリガンドの
化学的な相補性に基づいたファーマコフォアモデルを作成することができます（中央図）。
作成されたファーマコフォアは、アライメントビューに追加することができ、
より詳細なモデリングを行うことができます（右図）。
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| GRIDマップの作成 | 結合サイトのサーフェス | 分子のサーフェス |
結合サイト特性の理解を促すために追加の可視化機能が搭載されています。 一つ目は、Molecular Discovery社のプログラムGRIDで作成された'.kont' ASCIIファイルを 読み込み（青色のウォータマップ、緑色の疎水マップ）、リアルタイムでの調整が可能な 等値面を表示することができます（左図）。また、タンパクサイド（中央図）または 結合リガンド（右図）のどちらか一方の精巧な分子面を表示することができます。
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| ヒットリスト解析 | ドッキング結果の解析 | 結合サイトでの構造最適化（MMFF94） |
結合サイトに関連するライブラリ表示機能は、 前バージョンからの主だった改善点であり、バージョン2.0の重要な機能の一つです。 ライブラリまたは外部プログラムから得られたヒットリスト（例えば、 形状ベース、ファーマコフォアスクリーニングツール、また、ドッキングの結果など） を取り込み、求めたファーマコフォアに即座にアサインすることができ、 スコアを計算することができます。 スコアの計算は、オリジナルの座標でもファーマコフォアにアライメントした後でも 実行することができます（左図）。 ドッキング結果の解析やドッキングポーズの探索にも、同じ機能を利用する ことができ、LigandScoutで作成したファーマコフォアとよく一致します（中央図）。 さらに、結合サイトで、MMFF94力場による構造最適化を行うことが可能です。 ただし、リガンド周囲の化合物（高分子および保存系の水分子）は剛体として扱われ、 リガンド側の化合物（リガンドおよび非保存系の水分子）が最適化されます（右図）。
