シンボルの意味（Visual Semantics）

ボタンやプログラムの動作の理解を助けるために、アイコン等で使用されるシンボルの意味について解説します。

	化学的な特徴（Chemical feature）：複数の化学的な特徴は、1つのファーマコフォアを形成し、高分子とリガンド間の立体・機能的な化学的相互作用に関与します。化学的な特徴は、いつもリガンドを参照しますが、多くの場合、高分子側の構造も考慮します（例えば、水素結合のベクトル、高分子側の対応する点を参照します）。
	活性部位（Active Site）：コア（リガンド分子）、コア周囲の状況、潜在的な化学的な特徴から構成されます。
	コア：通常は、周囲の残基（アミノ酸または核酸）を含まないリガンド分子を表します。
	コア周囲の状況（Environment）：LigandScoutが、ファーマコフォア生成と生物相互作用に関係があると見なす、全ての高分子フラグメント（アミノ酸または核酸）を含みます。ファーマコフォアは、常にコアとその周囲の状況の間に作成されます。補因子や水分子、イオンなどの分子の一部を両サイドに移動することができ、ファーマコフォア生成に反映される相互作用の異なる見方を可能にします。
	ファーマコフォア：ファーマコフォアは、リガンドと高分子間の生物相互作用の要因となる、化学的かつ立体的な相互作用の集まりです。
	排除体積の球：排除体積は、リガンドの立体障害となる範囲（例、タンパク質骨格の存在または親油性相互作用による）を表します。
	原子
	結合
	分子

アイコンリファレンス

ツールバー

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	リドゥ（やり直す）
	原子タイプの変更
	結合タイプの変更
	新しいボンドの作成
	コア分子の再読み込み
	電荷の増加
	電荷の減少
	削除
	リガンド分子を中央に表示
	リガンドと周囲を中央に表示
	リガンド周囲へ移動
	コアへ移動
	ファーマコフォアの作成
	除外体積球の表示切替
	選択原子の表示方法を変更
	水素原子の表示切替
	分子の表示方法を変更
	ツールのヒント集の表示切替
	角度モニタの追加
	距離モニタの追加

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3Dエディタ

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アライメントパネル

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