- Q3: 過去の計算結果を使って再計算するには？
- 再利用する内容に応じて、FDFファイルに次のオプションを追加します。
- MD.UseSaveXV .True.// SystemLabel.XVより原子座標・速度
- MD.UseSaveZM .True.// SystemLabel.ZMよりZマトリックス座標
- MD.UseSaveCG .True.// SystemLabel.CGよりCG計算履歴
- DM.UseSaveDM .True.// SystemLabel.DMより密度行列
- ON.UseSaveLWF .True.// SystemLabel.LWFより局所波動関数
- また、
- UseSaveData .True.
- により、上記すべてを一度に指定することが可能ですが、個別に指定することが推奨されています。
- (2010/10/27)
- Q4:交換相関汎関数は、どのようなものがサポートされてますか？
- 局所密度近似（LDAまたはLSD）と一般化勾配近似（GGA）による以下の汎関数がサポートされています。
- 局所密度近似（LDAまたはLSD）
- CA (Ceperley-Alder) （※PZ (Perdew-Zunger)と同等）Ref: Perdew and Zunger, PRB 23, 5075 (1981)
- PW92 (Perdew-Wang-92)Ref: Perdew and Wang, PRB, 45, 13244 (1992)
- 一般化勾配近似（GGA）
- PBE (Perdew-Burke-Ernzerhof)Ref: Perdew, Burke and Ernzerhof, PRL 77, 3865 (1996)
- revPBE (Revised Perdew-Burke-Ernzerhof)Ref: Y. Zhang and W. Yang, PRL 80, 890 (1998)
- RPBE (Revised Perdew-Burke-Ernzerhof)Ref: Hammer, Hansen and Norskov PRB 59, 7413 (1999)
- WC (Wu-Cohen modification of PBE functional)Ref: Z. Wu and R.E. Cohen, PRB 73, 235116 (2006)
- PBEsol (Perdew-Burke-Ernzerhof for solids)Ref: Perdew et al, PRL 100, 136406 (2008)
- LYP Becke 交換汎関数およびParr相関汎関数Ref: A. D. Becke, Phys. Rev. A 38, 3098 (1988),C. Lee, W. Yang, R. G. Parr, Phys. Rev. B 37, 785 (1988),Miehlich, Savin, Stoll and Preuss, Chem. Phys. Lett. 157, 200 (1989),Johnson, Gill and Pople, J. Chem. Phys. 98, 5612 (1993)
- また、XC.hybridオプションを用いて、ハイブリッド汎関数を使用することも可能です。
- %block XC.hybrid
- 2 // 使用する汎関数の数
- LDA CA 0.5 0.75 // 左から、近似タイプ、XCタイプ、交換項割合、相関項割合
- GGA PBE 0.5 0.25 // 〃
- %endblock XC.hybrid
- 上の例では、LDAのCAとGGAのPBEを用いて、交換汎関数は同じ割合（1:1）で、
- 交換汎関数は(75:25)の割合で混ぜ合わせています。
- (2010/10/27)
- Q5: 分子動力学計算のアルゴリズムは？
- 次のアルゴリズムを利用可能です。Verlet（NVE, ミクロカノニカルアンサンブル）Nose（NVT, カノニカルアンサンブル）Parrinello-Rahman（NPE）Nose-Parrinello-Rahman（NPT）
- また、構造最適化、アニーリング等では、以下の手法がサポートされています。CG（共役勾配）Broyden（修正Broyden法）FIRE（Fast Inertial Relaxation Engine）Anneal（アニーリング）FC（力の定数行列）Phonon（力、Phononプログラム用出力）Forces（力、外部プログラム用出力）
- (2010/10/29)
- Q6: セミコア電子を価電子帯に追加して計算するには？
- セミコア電子を価電子帯に加えるには、PAO.Basisブロックで基底関数を明示的に定義する必要があります。PAO.Basisが存在する場合、通常PAO.EnergyShiftは無効となりますが、PAO.Basisで定義されるカットオフ半径が0の場合、有効化されます。
- 例えば、Gaの3d電子をバレンスとして扱うには、マスター入力ファイルSystemLabel.fdfに、PAO.EnergyShiftとPAO.Basisを次のように定義します。PAO.EnergyShift 0.02 Ry%block PAO.BasisGa-3d 3 # Species label, number of l-shellsn=3 2 2 P # n, l, Nzeta, Polarization0.00 0.00 # rc(Nzeta repeat)n=4 1 2 P0.00 0.00n=4 0 2 P0.00 0.00%endblock PAO.Basis
- 詳細は、SIESTAユーザガイドの"PAO.Basis block"の説明をご確認ください。
- (2011/07/29)
- Q7: 電荷密度や波動関数を可視化するには？
- dencharプログラムを利用し可視化します。
- ただし、現行のsiesta 3.0では、ファイル形式が変更されていますので、ユーティリティプログラムを用いてフォーマットを変換する必要があります。
- 以下、GaAsの場合の例になります。
- まず、fdfファイルと各原子の擬ポテンシャルファイルを用意します（GaAsサンプルファイル）。波動関数を出力するため、fdfファイルに次の記述を追加し、siestaを実行し、WFSXファイルを得ます。WriteDenchar trueWriteWaveFunctions true
- ユーティリティ wfsx2wfs を用いて、フォーマットを変換します。このユーティリティを利用するには、入力ファイル名が"WFSX"である必要があります。このため、gaas.WFSXに対してシンボリックリンクWFSXを作成します。$ ln -s gaas.WFSX WFSX
- 続けて、wfsx2wfsを実行します。$ wfsx2wfs
- エラーなく終了すれば、WFSに対してシンボリックリンクgaas.WFSを作成します。$ ln -s WFS gaas.WFS
- 以上で、dencharを実行可能な状態になりました。$ denchar < gaas.fdf
- としてdencharを実行します。データ成形されたファイルが出力されるので、gnuplot等のプロッタを用いて可視化します。
- 出力ファイル例gaas.CON.SCF : 電荷密度gaas.CON.DEL : 電荷密度と原子電荷密度の差分gaas.CON.WF# : 波動関数
- gnuplot実行例$ gnuplotgnuplot> splot 'gaas.CON.SCF' using 1:2:3 with linesgnuplot> quit
- 詳細は、DENCHARユーザガイドをご覧ください。
- (2011/07/29)
SIESTA 技術情...