ACEMD

GPUコンピューティングに最適化された分子動力学計算コード

 

製品概要

ACEMDは、NVIDIA GPU専用に設計された生体分子用の高性能分子動力学コードです。シンプルで高速なACEMDは、NAMDと非常によく似たコマンドと入力ファイルを使用し、出力ファイルはNAMDやGromacsにおいても利用することができます。

GPUの計算能力を活用する最適化されたMDエンジンとして設計されているため、計算が非常に高速化されています。インストールされているGPUカードの数とタイプに応じますが、数十から数百のプロセッサを使用した並列CPUシミュレーションと同等の性能を発揮します。本ソフトウェアは、HTMDのPythonによる強力なスクリプティング機能と拡張インターフェイスを備えており、一般的なCHARMMやAMBER等の力場フォーマットをそのまま使用でき、マルチホストでのレプリカ交換法による計算実行も可能です。

ACEMDは、タンパク質、オリゴ糖、核酸、および合成ポリマーの分子動力学シミュレーションにおいて使用されています。

開発元:英 Acellera ltd

 

特徴

Runs everywhere

ACEMDはローカルコンピュータ上での利用だけでなく、クラウド・コンピューティングサービスAceCloudから直接利用するすることもできます。

Fast

ACEMDは、世界最速のGPU用MDエンジンです。

Robust

ACEMDは、世界最大規模の分散コンピューティングプロジェクトの1つであり、数千のMDシミュレーションが毎日実行されているGPUGRID.netのエンジンとして採用されています。

Compatible

ACEMDはCHARMMとAMBERの力場フォーマットを読み込むことでき、NAMDまたはAMBERシステムと高い互換性をもちます。

Expandable

ACEMDは既存レパートリーや自作によるプラグインインターフェイスを用いて機能を拡張することができます。

Professional Support

専門的な科学者および開発者のチームによる幅広いプロフェッショナルレベルのサポートを利用することができます。

 

主な機能

  • 力場としてAmber, CHARMM, OPLS, Martini
  • 入力ファイル形式としてPDB、PSF、PRMTOP、NAMD Bincoor
  • 出力ファイル形式としてPDB、NAMD Bincoor、DCD、XTC
  • 静電的PME法、Velocity Verlet数値積分法、Long-time-step水素質量再分割、直方体単位セル、完全周期性
  • ランジュバン温度計算、ベレンゼン圧力計算
  • RATTLE補正・位置調和制約機能付きM-SHAKEによる拘束・制約
  • TCLおよびCインターフェイスによるスクリプト
  • パラレルテンパリング法やレプリカ交換法が計算可能なPLUMED 1.3 / 2.0を使用するメタダイナミクス
  • HTMDとの完全統合

 

ライセンス形態

 

製品名 価格
ACEMD Pro Academic
(GPU数上限:100)
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ACEMD Pro Academic
(GPU数上限:無制限)
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ACEMD Pro Industry
(GPU数上限:100)
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ACEMD Pro Industry
(GPU数上限:無制限)
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リファレンス

•M. J. Harvey and G. De Fabritiis, An implementation of the smooth particle-mesh Ewald (PME) method on GPU hardware, J. Chem. Theory Comput., 5, 2371–2377 (2009).

•M. Harvey, G. Giupponi and G. De Fabritiis, ACEMD: Accelerated molecular dynamics simulations in the microseconds timescale, J. Chem. Theory and Comput. 5, 1632 (2009).

•M. J. Harvey and G. De Fabritiis, An implementation of the smooth particle-mesh Ewald (PME) method on GPU hardware, J. Chem. Theory Comput., 5, 2371–2377 (2009).

公開日:2020/02/24
最終更新日:2020/09/15