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LigandScout

ロバストなアライメントアルゴリズムとユーザフレンドリなUIをもつファーマコフォアのモデリング・スクリーニング解析ソフトウェア

 

製品概要

LigandScout は、ファーマコフォア（薬理作用団）モデルに基づく、インシリコ創薬のための統合ソフトウェアです。独自のアライメントアルゴリズムにより、構造ベースとリガンドベースのファーマコフォアモデルの効果的な作成、高速・高精度なインシリコスクリーニング等が可能です。

また、アポタンパク・ファーマコフォアモデリング、結合ポケット探索、低分子ドッキング、分子動力学計算との連携、クラウド・コンピューティングなど，当該分野の最新手法が組み込まれており、活発な開発が続けられています。

ワークフローに最適化されたGUIに加え、各種コマンドラインツール、KNIME向け拡張ノード等が実装されており、目的に応じて様々な利用形態をお選びいただけます。

開発元：オーストリア inte:Ligand GmbH

 

主要な機能

構造ベースファーマコフォア・モデリング

  • 複合体構造からリガンド周辺構造を考慮したファーマコフォアモデルの自動生成
  • ジオメトリ、辞書およびルールに基づくリガンド自動認識
  • 動的に連動した3D/2D分子ビューと階層ビュー、化合物ライブラリビュー
  • タンパク-リガンド相互作用の2D表示機能（構造式表示）
  • 共通ファーマコフォアの作成（Merged/Shared）
  • 補因子、イオン、水分子、金属結合（Fe, Mg, Zn, Mn）の考慮
  • ドッキング機能（Autodock/Vinaビルトイン）
  • 結合自由エネルギー予測
  • リガンド構造調整（簡易分子モデリング機能）
  • 水分子および補因子をリガンド、または高分子の一部として扱うことが可能
  • MMFF94力場による構造最適化
  • ファーマコフォア生成パラメータの調整機能（上級ユーザ向け）
  • 多数の分子ファイル形式（SMILES, SDF, MOL2, SMI etc.）と画像ファイル形式（EPS, PDF, JPG, PNG etc.）をサポート
  • 互変異性体の生成
  • アポタンパクモデリング
  • MDトラジェクトリファイルの読み込みと解析、動的ファーマコフォアの生成

リガンドベースファーマコフォア・モデリング

  • 活性化合物の構造情報からファーマコフォアモデルを生成
  • ファーマコフォアに基づく化合物の分類（クラスタリング）
  • 配座発生プログラムiCon、配座解析
  • 分子アライメント
  • スコア関数（Pharmacophore-Fit, Atom sphere overlap, Gaussian shape similarity etc.）
  • 排除体積の自動生成
  • 分子記述子計算（MW, cLogP, TPSA etc.）
  • SMARTSパターンによるユーザー定義要素
  • 類似化合物検索（Online PDB Lookup）

スクリーニング

  • ファーマコフォアクエリによる高速・高精度スクリーニング
  • モデル評価のためのROC曲線や濃縮係数（EF値）の算出
  • パラレルスクリーニング機能（ブール式によるクエリ条件設定）
  • スクリーニングモード（Match all query features, Fragment screening）

KNIME拡張

  • LigandScoutの多数の機能をKNIME環境（www.knime.org）で利用可能
  • リガンド・プロファイリング
  • 毒性予測

 

技術情報

 

機能比較

 

Essential、Advanced、Expert、KNIME Extensionsの機能比較表

 

補足事項：
＊Expertには、KNIME Extensionsライセンスが含まれます。
＊KNIME Extensionsライセンスには、ILファーマコフォアデータベース（有償オプション）を追加可能です。

 

利用可能な機能 Essential Advanced Expert KNIME Extensions
構造ベースファーマコフォア・モデリング ● ● ● ●
リガンドベースファーマコフォア・モデリング ● ● ● ●
バーチャルスクリーニング ● ● ● ●
配座生成（iCon） ● ● ● ●
互変異生体生成 ● ● ● ●
ファーマコフォアベース・クラスタリング ● ● ● ●
モデルバリデーション機能（ROC描画） ● ● ● ●
2D分子エディター ● ● ●
インタラクティブグラフ機能 ● ●
結合ポケット探索 ● ●
低分子ドッキング（Autodock/Vina） ● ● ●
リガンド結合エネルギー計算 ● ●
アポサイト・ファーマコフォア生成 ● ●
MDトラジェクトリ・インポート ● ● ●
MDトラジェクトリ・ファーマコフォア解析 ● ●
MDトラジェクトリ・ファーマコフォアグラフ機能 ●
リモート計算（HPCクラスタ／Amazonクラウド） ● ●

 

リファレンス

  1. Wolber, G.; Dornhofer, A. A.; Langer, T.; Efficient overlay of small organic molecules using 3D pharmacophores J. Comput. Aided Mol. Des.; 2007; 20(12); 773-788. DOI: 10.1007/s10822-006-9078-7
  2. Wolber, G.; Langer, T.; LigandScout: 3-D Pharmacophores Derived from Protein-Bound Ligands and Their Use as Virtual Screening Filters. J. Chem. Inf. Model; 2005; 45(1); 160-169. DOI: 10.1021/ci049885e
  3. Kainrad T., Hunold S., Seidel T., Langer T.; LigandScout Remote: A New User-Friendly Interface for HPC and Cloud Resources
    J. Chem. Inf. Model; 2018. DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00716
  4. Wolber G., Dornhofer A. A., Langer T.; Efficient Overlay of Molecular 3D Pharmacophores. Oral presentation at the spring ACS meeting in Atlanta, GA, USA, 2006 Presentation as PDF file[8.8 MB]
  5. Wolber, G.; Kirchmair H.; Langer, T.; Structure-Based 3D Pharmacophores: An Alternative to Docking? Plenary talk at the 7th International Conference on Chemical Structures in Noordwijkerhout, 2005 Presentation as PDF file[2.8 MB]

 

バージョン情報

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動作環境

対応OS

  • 64-bit Linux
  • 64-bit Windows
  • 64-bit macOS or MacOS X

 

システム要件

  • intel core i5 同等以上の性能を有するIntel64またはAMD64プロセッサ
  • 4GB以上のRAM（CPUコア毎2GB超の物理メモリを推奨）
  • ハードウェアアクセラレータを利用可能な3Dグラフィックカード（NVIDIA製カード推奨）

OSバージョン、グラフィックカード、ドライバ等の組み合わせによっては、画面表示が乱れる等の異常動作が生じる場合があります。評価ライセンスやデモモード等により、事前に動作状況を確認されることをお勧めします。

 

ライセンス形態

LigandScoutのライセンスは、所属機関（一般・官公庁・教育機関）とライセンス（1-seat/Group/Site）の形態、利用可能な機能によって異なります。

 

ライセンス数による分類

一般用ライセンスには、1-seat/Group/Siteの3つの形態、官公庁用・教育機関用ライセンスには、1-seat/Siteの2つの形態があります。

  • 1-seatライセンス
    • 1台のコンピュータのみにインストールできます。
  • Groupライセンス
    • 複数のライセンスをグループとして管理でき、メンバーの入れ替えが可能です。
  • Siteライセンス
    • 特定の研究サイト内のどのコンピュータに何台でもインストールできます。

 

機能による分類

利用可能な機能に応じて5種類のライセンス形態が存在します。詳細は、技術情報の機能比較表をご参照ください。

  • Essential版
    • 従来の機能。
  • Advanced版
    • ドッキング機能、アポサイト・モデリング、MDトラジェクトリ読み込み機能を付加。
  • Advanced with Knime extensions版
    • Advanced版+KNIME拡張に対応。
  • Expert版
    • MDトラジェクトリ・ファーマコフォア解析・MDトラジェクトリ・ファーマコフォアグラフ機能を付加。KNIME拡張に対応。
  • Knime extensions版
    • KNIME拡張に対応+IL ファーマコフォアデータベース。

 

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

価格情報

LigandScoutのライセンス価格は、所属機関（一般・官公庁・教育機関）とライセンス（1-seat/Group/Site）の形態、利用可能な機能によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

一般用

LigandScout 4
Essential 1-year		 1-seat/Group/Site
LigandScout 4
Advanced 1-year		 1-seat/Group/Site
LigandScout 4
Advanced with Knime extensions 1-year		 1-seat/Group/Site
LigandScout 4
Expert 1-year		 1-seat/Group/Site
LigandScout
Knime extensions 1-year		 1-seat/Group/Site

 

官公庁用

LigandScout 4
Essential 1-year		 1-seat/Site
LigandScout 4
Advanced 1-year		 1-seat/Site
LigandScout 4
Advanced with Knime extensions 1-year		 1-seat/Site
LigandScout 4
Expert 1-year		 1-seat/Site
LigandScout
Knime extensions 1-year		 1-seat/Site

 

教育機関用

LigandScout 4
Essential 1-year		 1-seat/Site
LigandScout 4
Advanced 1-year		 1-seat/Site
LigandScout 4
Advanced with Knime extensions 1-year		 1-seat/Site
LigandScout 4
Expert 1-year		 1-seat/Site
LigandScout
Knime extensions 1-year		 1-seat/Site

 

FAQ

FAQはこちら

公開日:2020/02/04
最終更新日:2022/12/15