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YASARA

生体高分子用モデリング・シミュレーションソフト．ホモロジーモデリング・分子動力学計算・低分子ドッキング等の解析が可能

製品概要

YASARAは、Windows, Linux, Mac OS X, Android上で利用可能な分子の可視化・モデリング・シミュレーションのためのプログラムです。標準的なPCで巨大タンパクの可視化やインタラクティブなシミュレーションをリアルタイムで実現可能なPVL言語(Portable Vector Language)が採用されており、画面上で生体高分子を直感的に取り扱うことが可能です。また、GPUによる高速分子動力学計算をはじめ、低分子ドッキング、ホモロジーモデリングといった多くの構造ベース手法を利用することができます。

YASARAに実装されている全ての手法は、査読付き論文で詳述されており学術的な裏付けが与えられています。フリー版のYASARA View、上位版のYASARA Model, YASARA Dynamics, YASARA Structure, YASARA NMR Moduleの5つのソフトウェアとYASARA/WHAT IF Twinsetの1つのオプションで提供されます。

開発元：オーストリア YASARA Biosciences GmbH

グレードと機能

商品名	分子グラフィックス	分子モデリング	分子動力学計算	構造予測・ドッキング	NMR構造決定
YASARA View	●
YASARA Model	●	●
YASARA Dynamics	●	●	●
YASARA Structure	●	●	●	●
YASARA NMR Module					※

※YASARA NMR Moduleは、YASARA Structureのアドオンモジュールです。

主要な機能

YASARA View

高解像度分子グラフィックス（全シーン・アンチエイリアシング）
最新のGPUシェーダー機能をサポート
平行・透視投影
ボックス／フリーハンド／輪なわ／球による選択ツール
70種類超の分子ファイル形式をサポート(OpenBabelに基づく)
RCSBまたはPDB_REDOからPDBファイルダウンロード機能
CPK/球＆スティック／スティック／トレース／チューブ／リボン・カートゥーン／ラベル／矢印等の一般的な表示機能
二次構造モーフィング機能
シーンビュー作成・タブ切り替え
レイトレーシング機能
PDBファイルの配列保存およびクオリティ指標に基づくカラーリング(HSSP/PDBFinder2による自動マッピング)
構造および構造集合体の重ね合わせ、RMSD計算
構造または配列に基づく複数タンパクのアライメント
距離／角度／二面角の計測
原子／残基／ペプチド鎖／変異アミノ酸の構築
コンタクト／水素結合／疎水性／πーπ／カチオンーπ相互作用の可視化
ナンセンス／1D／2D分子から3D構造の構築および3Dから2D構造式への変換機能
フラクショナル結合次数、欠損水素原子の自動アサインメント、ヘテロ多環構造のグラフ理論に基づくタイピング
B-factorおよび占有率の解析と変更、原子および残基のリネーム・リナンバー
Pythonスクリプトによる機能拡張・連携
eラーニング機能(インタラクティブチュートリアル)

YASARA Model

YASARA Viewの全機能をサポート
立体視スクリーンまたはシャッターグラスによる没入型OpenGL 3Dステレオグラフィックス
分子アニメーション機能
アニメーションのMPEG形式エンコード、Powerpoint貼り付け機能
Powerpoint／OpenOffice Impressインポート機能
各種座標編集機能(センタリング、統合、変形、複製、フラグメント移動)
タンパク二次構造解析
低分子自動アライメント機能(最大フラグメントへの重ね合わせによる)
原子グループ間の距離／角度／二面角の計測
距離／角度／二面角の変更
フラクショナル結合次数および水素付加時のpH選択(0から14)
van der Waals表面／分子および溶媒接触表面の表示と計算、体積計算、キャビティ表示
インタラクティブな切断面の作成
cisペプチド結合および誤った立体異性体の確認
解析結果のテーブル出力機能(Excelにインポート可能)
マクロの記録またはテキストエディタによる編集
GUIからのバッチ処理
特別入力デバイスのサポート(SpaceBallなど)
無制限のアンドゥ／リドゥ

YASARA Dynamics

YASARA ViewおよびModelの全機能をサポート
シミュレーション前処理(タンパク・クリーニング、pKa予測、プロトネーション、ウォーター・セル調整)
CPUおよびGPU計算(Mac OS X非対応)に対応した高速分子動力学計算アルゴリズム
AMBERおよび新規独自力場(NOVA, YAMBER)、ユーザ定義にも対応
長距離静電相互作用(PME法)の高精度な取り扱い
複数CPU・CPUコアを利用した並列処理
結合長・水分子(LINCSおよびSETTLE法)の拘束条件
エネルギー・結合エネルギー・溶媒和エネルギーの計算(Poisson-BoltzmannまたはPME法)
シミュレーションのインタラクティブ操作(原子または分子の移動、束縛条件の追加、力場の切替など)
静電ポテンシャルの計算(Poisson-BoltzmannまたはPME法)と可視化
ボタン操作によるシミュレーション実行(GAFF力場・AM1BCC/AutoSMILES/RESP電荷等のリガンド自動アサイン)
膜タンパクのシミュレーション支援UI
ホモロジーモデル・リファイメントのcisペプチド結合および誤った立体異性体の自動訂正
MDシミュレーション自動レポート機能(高品位プロット図を含む)
YAPAC(MOPAC派生プログラム)を用いた半経験的MNDO/AM1/PM3法による構造最適化および解析機能
配座間のトラジェクトリ解析、時間平均・RMSD・RMSF・RDFおよび動的な相互相関行列の計算
トラジェクトリファイル(Sim・MDCrd・XTCファイル形式)の読み込み・書き込み
オリゴ糖構築機能(段階的なエネルギー最小化)

YASARA Structure

YASARA View、ModelおよびDynamcsの全機能をサポート
低分子ドッキング機能(AutoDock/VINA)
側鎖ロータマーの予測(グラフ理論とdead-end eliminationアルゴリズムの組み合わせに基づく)
ループモデラー(知識ベース)
新規独自力場(YASARAおよびYASARA2)
ホモロジーモデリング機能(レポート生成)
水素結合ネットワーク(pH依存)の最適化
BLASTおよびPSI-BLASTビルトイン(データベース自動更新SwissProt/UniRef90/PDB/PDBC)
二次構造予測(PsiPredおよびDSC)
実験で得られた構造およびモデル構造の品質評価のための拡張的な構造妥当性検証機能
ねじれ構造アライメント機能
バレンス・スキャン機能による金属結合サイトの予測と可視化

YASARA NMR Module

YASARA Structureのアドオン・モジュール
NMRによるタンパク立体構造解析支援ツール
X-PLOR形式対応
リアルタイム構造生成および問題領域の解析

WHAT IF/YASARA Twinset

WHAT IFおよびYASARA DynamicsまたはYASARA Structureのジョイント・パッケージ
構造のバリデーションに広く利用されているWHAT IFをYASARAのUIから利用可能
YASARA DynamicsまたはYASARA StructureおよびWHAT IFライセンシーは無償で利用可能

技術情報

各種チュートリアル、リファレンスなどの技術情報はこちら

バージョン情報

YASARA Changelog（開発元サイト; 英語）

動作環境

Windows
Linux
Mac OS
Android（Google Play Storeより入手可能）

ライセンス形態

YASARAライセンスは、オペレーティングシステムによる区分、用途による区分(一般/アカデミック・非営利)、使用形態による区分(シングル/マルチ他)等があります。

オペレーティングシステムによる区分

Linux、Windows
MacOS

YASARAライセンスは、通常、Linux、Windowsの2つのOSを利用することができ、約20%の追加料金で対象OSにMacOSを加えることができます。なお、シングルユーザーライセンスを購入した方であれば、台数分ライセンスを追加購入いただくことなく、複数台のPCでご利用いただけます。

用途による区分

一般用ライセンス
アカデミックライセンス（非営利）

自由でオープンな学術機関の研究を促進するために、アカデミックライセンス（非営利）の価格は大幅に抑えられています。

学術機関でも営利目的(特許の出願や民間企業との共同研究なども含む)の場合は一般用ライセンスが必要です。

※官公庁など公共の機関の場合には、割引が適用される場合がございます。詳細につきましては、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

使用形態による区分

ユーザライセンスは、使用者数や研究グループ等によって形態が異なります。ダウンロードやサポートのサービスは、登録された各メールアドレス毎に提供されています。

シングル・ユーザライセンス
- - 特定個人が使用可能
  - 1年間の保守とアップデート付
  - 個人使用の範囲でインストール台数に制限なし
  - 1つのメールアドレスの登録
  - USBスティックと小冊子付属（※現在コロナの影響により発送が停止されております）
複数ユーザ向けライセンス
- マルチ・ユーザライセンス
  - 1つの所属機関内でN人が独立して使用可能
  - 1年間の保守とアップデート付
  - N個のシングル・ユーザライセンス
  - N個のメールアドレスの登録
  - マスターライセンスのみUSBスティックと小冊子付属（追加料金により複数提供可）（※現在コロナの影響により発送が停止されております）
- グループリーダー・ライセンス
  - 1つの研究グループ内のメンバーが使用可能
  - 1年間の保守とアップデート付
  - 研究グループメンバーの利用に限り、インストール台数に制限なし(リモートやクラウドでの使用可)
  - 2つのメールアドレスの登録(グループリーダー用+1名分)
- マルチ・グループリーダー・ライセンス
  - 1つの所属機関内でN個の研究グループが独立して使用可能
  - 1年間の保守とアップデート付
  - N個のグループリーダー・ライセンス
  - 2*N個のメールアドレスの登録
  - マスターライセンスのみUSBスティックと小冊子付属（追加料金により複数提供可）（※現在コロナの影響により発送が停止されております）

※その他、上記以外のライセンス形態(大学と企業の共同研究など)もございます。詳細につきましては、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

評価ライセンス

YASARAのインターフェイスや通常の操作方法の確認には無償利用可能な YASARA View をお試しください。

http://www.yasara.org/viewdl.htm

上位グレードの評価ライセンスについて

利便性の観点から、YASARAには、ドングル、ライセンスキー、IPアドレス制限等のコピープロテクトがかけられていません。その代わり、ユーザ情報に基づくデジタル・ウォータマーク（電子透かし）が一つ一つのプログラムに付与されています。このようなコストがかかるため、先ずは、YASARA Viewによるご評価を勧めさせていただいております。

どうしても上位グレードで事前評価を行いたい場合は，私どもにYASARAのご利用目的（英語または日本語）をお知らせください。そちらに基づき評価ライセンス提供の可否を判断させていただきます。ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

その他

保守期間の延長・更新について

YASARAライセンスの購入時、保守期間（バージョン更新とサポート）を年単位で延長することができます。初回購入時に保守の延長をしなかったり、保守を更新しなかった場合、1年間を過ぎるとバージョンの更新とサポートサービスを利用することができなくなります。サポート終了後は、アカデミック版および一般向け永久(perpetual)ライセンスは通常通り動作しますが、一般向けの通常ライセンス（non-perpetual）は、動作速度が遅くなり、スプラッシュ画面が表示されるようになります。ただし、YASARA形式のフォーマットで保存されたデータにアクセスして変換するなど、すべての機能を使用することができます。一般向け永久ライセンスにつきましては、弊社営業までお問い合せください。ライセンス期間内に保守の更新を見送り、しばらくした後に保守の再開を希望される場合は、新規ライセンスを購入いただく必要がありますのでご注意ください。

ライセンス変更について

いつでもYASARAのライセンスをアップグレード・変更することができます（例えば、YASARA DynamicsからYASARA Structure、シングルユーザからグループリーダーなどへ）。通常、ライセンス使用期間を考慮した差額でライセンスを変更することができます。

更新価格について

開発元の方針により、年間保守の更新費用は、初年度料金の37.5％以下になることが保証されています。また、新規購入時に保守（ライセンス）期間を延長された場合、追加分の年間毎保守費用は初年度料金の27.5％に抑えられます。弊社販売価格は、為替変動等の影響を受けるため増減することがありますが、基本的にはこのルールに基づき、価格設定を行っています。

Webサーバー・ライセンスについて

YASARAをWebサーバーの一部としてインストールして、誰でも自由に使用できるようにするライセンスも提供されています。詳細については、お問い合わせください。

価格情報

YASARAのライセンス価格は、一般用とアカデミック用で異なります。また、新規購入時にはライセンスに1年間保守（Update and Support）が付属していますが、保守期間を複数年契約にすることも可能です。保守期間中は、最新版への無償アップデート、および開発元サポートを受けることができます。一般用、アカデミック用ともに、次年度以降は初年度料金の4割弱の保守更新料をお支払いいただくことで、常に最新版をご利用いただけます。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

一般用ライセンス

商品名	ライセンス形態
YASARA View	無料
YASARA Model 初年度保守付	1-user / N-users / 1-groupleader / N-groupleaders
YASARA Dynamics 初年度保守付	1-user / N-users / 1-groupleader / N-groupleaders
YASARA Structure 初年度保守付	1-user / N-users / 1-groupleader / N-groupleaders
YASARA NMR Module 初年度保守付	1-user / N-users / 1-groupleader / N-groupleaders

アカデミックライセンス

商品名	ライセンス形態
YASARA Model 初年度保守付教育用	1-user / N-users / 1-groupleader / N-groupleaders
YASARA Dynamics 初年度保守付教育用	1-user / N-users / 1-groupleader / N-groupleaders
YASARA Structure 初年度保守付教育用	1-user / N-users / 1-groupleader / N-groupleaders
YASARA NMR Module 初年度保守付教育用	1-user / N-users / 1-groupleader / N-groupleaders

※ ライセンス価格、また上記にないライセンス形態については弊社営業までお問合せください。
※ 新規購入の場合、通常、初年度保守を含めたライセンス料をご提示しておりますが、複数年保守契約も対応可能です。
※ YASARA NMR Moduleは、YASARA Structureのアドオンモジュールです。

FAQ

FAQはこちら

公開日:2020/10/01
最終更新日:2023/07/12