HTMD

Pythonベースの分子動力学計算向けプログラム環境

 

概要

HTMDは、医薬品化学及び生物物理学向けに設計されたオープンソースソフトウェアであり、分子システムの準備、処理、シミュレーション、視覚化、分析などを実行可能な分子科学専用のプログラマブル環境です。

HTMDはPythonを基礎としており、ユーザーは必要に応じた拡張を容易に行うことができます。 また、HTMDではたった数行で非常に複雑なプロトコルを実行することが可能です。1つのスクリプトで、PDBファイルの操作、構造構築、シミュレーションの実行と分析、マルコフ状態モデルの計算、運動速度、親和性や経路などの情報を用いて、全体的な計算実験を計画することができます。

HTMDはFBDD(Fragment-Based Drug Discovery/Design)、GPCR―リガンド結合解析、抗体構造解析などにおいて利用されています。

開発元:英 Acellera ltd

 

特徴

 

Runs everywhere

HTMDは、ワークステーション、クラスタに加えて、AceCloud経由でAmazonクラウド環境でも実行することができます

 

Fast

HTMDでは、PDBファイルからのMD入力ファイル準備を30秒未満の短い時間で行うことができます

 

Focus

HTMDは、医薬品化学および計算化学向けに設計されたソフトウェアインターフェイスです。

 

Compatible

HTMDはACEMD、NAMD、GROMACS、AMBERと互換性があります。

 

Expandable

HTMDはオープンソースであり、独自のアプリケーションを追加することが可能です。

 

Professional Support

専門家の科学者と開発者のチームによるプロフェッショナルレベルのサポートが利用可能です。

 

ライセンス形態

 

標準(一般向けライセンス)

HTMD Pro (includes ACEMD, HTMD, AceCloud, AceFlow, Parameterize) Industry

 

ライセンス期間 GPU上限数 価格
1年間 100 お問合せください
1年間 無制限 お問合せください

 

アカデミック(大学)

HTMD Pro (includes ACEMD, HTMD, AceCloud, AceFlow, Parameterize) Academic

 

ライセンス期間 GPU上限数 価格
1年間 100 お問合せください
3年間 100 お問合せください
1年間 無制限 お問合せください

 

リファレンス

•S. Doerr , M.J. Harvey, F. Noé ,G. De Fabritiis, HTMD: High-throughput molecular dynamics for molecular discovery, J Chem Theory Comput. 12(4), pp1845-1852 (2016)

•N. Stanley and G. De Fabritiis, High throughput molecular dynamics for drug discovery, In Silico Pharmacology, 3:3 (2015)

•S. Doerr and G. De Fabritiis, On-the-fly learning and sampling of ligand binding by high-throughput molecular simulations, J. Chem. Theory Comput. 10 (5), pp 2064–2069(2014)

公開日:2020/02/10
最終更新日:2020/06/22