ilib diverse

仮想化合物ライブラリを作成可能なソフトウェア

 

特徴

ilib diverse は、合理的なリード構造探索に適した drug-like な有機化合物ライブラリを構築するためのフレキシブルなツールです。
ilib diverse を使用することで、コンピュータ上に短時間で高精度のバーチャル化合物ライブラリを作成することができます。

・カスタマイズ可能なドラッグライブラリ
最新の化学的な知識に基づき、ユーザ定義フラグメントを組み合わせ、 化合物を構築することができます。
また、ユーザが調整可能な各種条件は、組み合わせて使用することができ、構造に多様性を持たせたり、リード構造を最適化したりすることができます。

・フィルタリング機能
生成された化合物を化学的特性の最大値、最小値、分子量、clogP、トポロジカル極性表面積、回転結合、環構造の数、特定原子の出現数等により、フィルタリングすることができます。反応性のフィルタを使用することで、合成のし易さといったものも考慮することができます。

バーチャルライブラリ生成ワークフロー
ilib diverseのユーザーインターフェイスは、ライブラリ作成の繰り返しと改善化サイクルをサポートするようにデザインされています。
50化合物のサンプルライブラリが数秒で生成できるため、各パラメータ変化の効果を即座に見直すことができます。

 

ilib diverse・ilib diverseを用いた創薬開発フロー図

 

ライブラリの定義が計算に適切なものだとユーザーが判断したならば、予め定義されたADMEプロファイルを通してのフィルタリングが自動的に行われます。
その後、一般的なスコアリング技術(ドッキング、3Dファーマコフォアフィルタリング、QSAR法)を用いて、ライブラリの再検証および精度の向上を図ることができます。
また、バーチャルスクリーニング、HTS、合成化学などの各実験・開発段階の情報をフィードバックさせることも可能で、柔軟性の高いパラメータ化手法を用いて直感的に新しいライブラリを設計することができます。

 

ilib diverse・生成中ライブラリ検査画面(生成レポート)ilib diverse・ライブラリ設定画面(ランダムモード)ilib diverse・フィルタリング設定画面

機能

ilib diverse は、インシリコ創薬に役立つ、次のようなユニークな機能を提供しています。

 

コンテンツ

drug-like な分子の生成に適したフラグメントとターゲットを特化したライブラリサンプルが付属

 

高度なフィルタリング

 

定義済みフィルタ

Oral bio-availability (Veber, Fichert, Lipiski rule of 5, Palm)

BBB permeability (Murcko, Van de Waterbeemd)

Drug-likeness (Ghose, Lee, Mozziconacci, Oprea, Walters & Murcko)

Lead-likeness (Oprea)

 

カスタマイズフィルタ

原子、重原子、芳香族原子の数

分子量

回転結合の数

環の数(SSSR)

LogP推算値

トポロジカル極性表面積(TPSA)

水素結合のドナー、アクセプター数

陰イオン、陽イオンの数

原子出現数(窒素、酸素、ハロゲン)

 

グラフィカルユーザインターフェイス

GUIにより、初心者でもスムーズな操作が可能です。

 

CORINAの統合

3D立体構造を生成する場合、立体構造作成ソフトとして定評のあるMolecular Networks社製のCORINAをシームレスに統合することができます。(※オプション扱いとなり、CORINAのライセンスが別途必要です)

 

高速

フィルタ設定にもよりますが、標準的なPCで、毎分最大15,000化合物を生成することが可能です。

 

柔軟性

フラグメントとフィルタ設定は、カスタマイズ可能で、重みづけの調整や、複数の条件を組み合わせて利用することができます。

 

互換性

ライブラリをSMILESやSDFファイル形式で書き出すことができるので、構築したライブラリを外部の環境で利用することができます。

 

動作環境

 

Windows

OS:Windows 98/Windows ME/Windows XP/Windows 2000(WinXP または 2000 を推奨)

CPU:PIII 800 Mhz (P4 以降のプロセッサを推奨)

メモリ:256 MB RAM (1024MB 超を推奨)

グラフィックカードおよびドライバ:OpenGLまたはDirectX 9のサポート必須

 

Linux

glibc 2.2以降

OpenGL必須

 

Unix(Irix, Solaris, AIX)

Java 1.4.02以降

Java3D 1.3.1以降

 

価格情報

 

ilib diverse 1 seat 1year

お問い合せください

 

ilib diverse 1 seat 1 year 教育用

お問い合せください

 

重要:ilib diverseはダウンロード版のみのご提供となります。ご注文時にご登録いただいた電子メールアドレス宛に、ダウンロードサイトの情報が開発元より直接連絡されます。

 

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。ご希望の方は、電子メールに次の情報(英語&日本語)をご記入いただき、info@affinity-science.comまでお申し付けください。

 

[英語]

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[日本語]

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リファレンス

Bretonnet, A.-S.; Jochum, A.; Walker, O.; Krimm, I.; Goekjian, P.; Marcillat, O.; Lancelin, J.-M.; NMR Screening Applied to the Fragment-Based Generation of Inhibitors of Creatine Kinase Exploiting a New Interaction Proximate to the ATP Binding SiteJ. Med. Chem.; 2007; 50(8); 1865-1875.DOI: 10.1021/jm061460r
公開日:2020/02/08
最終更新日:2020/06/22