Linux版Spartan 日本語ガイド

同一計算機におけるライセンス更新（移行）方法について（PDF）

（ファイルサイズ：340 KB／公開：2024年5月22日）

計算(リモート)サーバ設定ガイド (PDF)

（ファイルサイズ：1.25 MB／公開：2025年8月21日）

開発元・日本支店による技術資料

チュートリアル・インストールガイド等のドキュメント

documentation (開発元サイト;英語)

マニュアル資料

on-linemanual (Wavefunction, Inc. 日本支店サイト)

参考情報

製品ダウンロードページ

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書籍情報

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バージョン3.0.8（2026年3月12日リリース）

• 【新機能】分類モデルでもYランダマイゼーションが使用できるようにしました。
• 最小二乗回帰（OLS: Ordinary Least Squares Regression）モデルのベータ棒グラフ（Beta Bars Plot）にX軸ラベルを追加しました。
• 外部の分子セットへのモデル適用（Predict external molecules）に於いて、SMILES列が最初の列以外に存在するテキストファイル（*.txt）から分子情報を入力する際に、最初の列が空欄となっている場合に生じていたSMILESの構文解析（parsing）の不具合を修正しました。
• モデルの自動生成（Automatic models generation）に於いてゴールスコアを設定した際に、スコアが設定値に到達する前に自動生成が停止してしまうことがあった問題を修正しました。

バージョン3.0.6（2026年1月27日リリース）

• 【新機能】外部変数を使用するモデルを含んだプロジェクトのエクスポートが可能になりました。

バージョン3.0.4（2026年1月9日リリース）

• データセット比較プロットの追加
  • データセット同士を比較するためのプロット機能を追加しました。
• 「外部分子の予測（Predict external molecules）」機能の強化
  • 異なる目的変数（Target variables）を用いて構築されたモデルにも対応しました。
  • 特徴量（Features）に外部変数を使用しているモデルにも対応しました。
• 不具合の修正
  • 分子記述子の選択時における「Exclude 3D（3次元記述子の除外）」オプションの挙動を修正しました。
  • 「外部分子の予測」機能を使用する際の、SAscore（合成容易性スコア）の計算処理を修正しました。

バージョン3.0.2（2025年11月27日リリース）

• 軽微な不具合を修正しました。

バージョン3.0.0（2025年11月3日リリース）

• 新しいモデリング機能
  • モデルタイプを追加しました。
    • 回帰モデル：決定木（Decision Tree）、ランダムフォレスト（Random Forest）
    • 分類モデル：決定木（Decision Tree）、ランダムフォレスト（Random Forest）、信頼度に基づいて重み付けされたコンセンサスモデル（Consensus model weighted on reliability）
  • KNN、SVM、コンセンサス (分類モデルのみ)、決定木、ランダムフォレストについて、モデルのパラメータ設定をカスタマイズできるようにしました。
  • 適用範囲（A.D.）に新しい手法「境界ボックス（Bounding Box）」を追加しました。
  • KNN法や適用範囲などで使用する新しい距離として、ダイス係数（Dice）とコサイン類似度（Cosine）を追加しました。
• モデル評価指標の強化
  • 分類モデルに新しい適合度評価指標（Score）を追加しました。
    • ROC曲線のAUC（AUROC: Area Under the Receiver Operatorating Characteristic curve）
    • F1スコア（F1 Score）
    • マシューズ相関係数（MCC: Matthews Correlation Coefficient）
    • コーエンのカッパ係数（Cohen’s Kappa）
    • n分割交差検証による上記4指標
• グラフィカルユーザインタフェース（GUI）の改良
  • モデルの比較機能（Models画面）を改良しました。
    • 複数のモデルを同時に編集できるようにしました（例：スコアの編集）。
    • トレーニングとテストの切替え表示オプションを追加しました。
    • 比較対象モデルのみを表示する機能を追加しました。
    • モデルの評価指標に95%信頼区間を表示するオプションを追加しました。
    • モデルの評価指標毎に、最良・最悪のスコアをハイライト表示するようにしました。
    • モデルを比較できるチャートを追加しました。
      • 1つの評価指標について、モデル毎の信頼区間を表示するプロット図
      • 複数の評価指標を軸にとりモデルを表示するレーダーチャート
  • 個別モデルの操作と視覚化を改良しました。
    • チャート、スコア、混同行列（分類モデル）を表示する新しいタブレイアウトを採用しました。
    • コンセンサスモデルに含まれている各モデルの内容を確認できるようにしました。
    • スコアタブに95%信頼区間を表示できるようにしました。
    • 分類モデルの表示機能を強化しました。
      • 予測値に対する信頼度（Reliability）列を追加しました。
      • 予測結果の正否（Correct）、信頼度（Reliability）、適用範囲（A.D.）の列を内容に応じた色付け表示しました。
      • 混同行列を色分け表示しました。
      • 混同行列の各セルに含まれる分子だけをフィルタできるようにしました。
  • 新しいオプションを追加しました。
    • 外部分子データの予測（External Molecules Predict）、alvaRunnerを使用せず、別のデータセットにモデルを直接適用し予測ができるようにしました。
    • ファイルメニューに、「最近使用したプロジェクトを開く」メニューを追加しました。
    • モデルの自動生成を行った際、複数のモデルを同時に保存できるようにしました。
    • 取り込んだ外部変数の名前をポップアップメニューから変更できるようにしました。
    • ポップアップメニューに、データセット間で分子の移動やコピーを可能にする機能を追加しました。
    • データセットとモデルの分子グリッド画面で、右クリックからのポップアップメニューが使用できるようにしました。
• チャートと視覚化の改善
  • チャートの種類やオプションを選択できるツールバーを追加しました。
  • 回帰モデルの予測値グラフにR²の値を、残差グラフにRMSEの値を表示するようにしました。
  • 分類モデルにROC曲線と適合率-再現率曲線（Precision-Recall curve）を表示するようにしました。

バージョン2.0.18（2025年7月2日リリース）

• alvaModel 2.0.6以前のバージョンで作成されたプロジェクトファイルに含まれるPLSモデルを複製する際に生じる不具合を修正しました。
• 分類モデル作成の際、LDAモデル／QDAモデルを選択した場合に生じる事前処理（pretreatment）の不具合を修正しました。

バージョン2.0.16（2025年1月27日リリース）

• 分子記述子を使ってモデルを自動生成する際の変数選択（Feature reduction）を、トレーニングデータセットのみを対象に行うように変更しました。
• マスターデータセットの分割時に、トレーニングの大きさをパーセントにより指定する場合（by Size）、入力データセット全体（Source）とトレーニング並びにテストに含まれる分子数を表示するようにしました。
• 外部変数をインポートするスピードを改善しました。

バージョン2.0.14（2024年11月22日リリース）

• 明示的水素を持つ分子の2次元描画を修正しました
• キラル中心に結合している暗示的水素を持つ分子の描画を修正し改善しました
• 3次元座標と暗示的水素を持つ分子をMDLフォーマットで入力した際のキラリティー検出を改善しました
• PLSモデルの不具合を修正しました

バージョン2.0.12（2024年11月7日リリース）

• 予測の詳細（Prediction details）を使用する際の不具合を改善しました。

バージョン2.0.10（2024年9月30日リリース）

• alvaDesc 3.0.0で追加された分子記述子やフィンガープリントECFPV3、並びに、新たに導入された構造パターンをモデル生成に使用できるようにしました。
• Viewメニューの「View atom indices」を「Annotations」に変更し、分子の２次元描画像に部分電荷を表示する機能を追加しました。

バージョン2.0.8（2023年4月20日リリース）

• モデル作成後に分子をダブルクリックして開く”Prediction detail”ウィンドウの”Fragment contribution”表示に於いて、スキャフォールドとリンカーでの環外二重結合（exocyclic double bond）を含むBemis-Murckoフレームワークの検出を改良しました。
• モデル作成後のグラフに於いて、表示させるデータセットを”Test”にした際のヒストグラムの色を修正しました。
• Apple M1/M2 CPUで使用する際に生じる可能性のあるランタイムエラーを修正しました。

バージョン2.0.6（2022年11月1日リリース）

• PLSモデルの潜在変数（Latent Variables: LV）の最適値を探すための機能を追加しました
• PLS-DA分類モデルに於ける主成分数の計算を改善しました
• PLS-DA分類モデルに対するクロスバリデーションスコアの計算を修正しました
• 前処理されたデータ入力に対するPLS-DA分類モデルとPLS回帰モデルに於けるクロスバリデーションスコアの計算を修正しました

バージョン2.0.4（2022年6月1日リリース）

• Yランダマイゼーションテスト結果の表と統計情報、KNN法で生成されたモデルでK値の最適化を行った結果の表を、テキストデータとしてクリップボードにコピーできるようになりました。
• ヒストグラムや散布図、Yランダマイゼーションの結果などのチャートのデータをタブ区切りテキストファイルとしてエクスポートできるようになりました。
• 分類モデルを生成した後、個々の分子をダブルクリックして現れる予測の詳細画面（Prediction detail）に於けるTarget値の不具合を修正しました。
• 分類モデルを生成した後、分子グリッドに表示されるCorrect値をソーティングする際の不具合を修正しました。
• 一つの行に空白の列が並んでいるファイルを外部変数ファイルとしてインポートする際に起こる不具合を修正しました。
• ヘルプドキュメントの画像と記述を変更しました。

バージョン2.0.2（2022年1月14日リリース）

• Y-ランダマイゼーションテストを実行させるUIを追加しました。
• 予測値から残差等へとモデル図表を切り替えた際に、選択されていた分子が保持されるようにしました。
• macOSに於いてプロジェクトファイルをロード／インポートしている間に起こり得る不具合を修正しました。
• フィルタされて残った分子の全てを削除できるようにしました。これにより、フィルタを用いて不要な分子をデータセットから削除することができます。
• 前処理されたデータセット上でのSVMのハイパーパラメータ計算を修正しました。

バージョン2.0.0（2021年11月9日リリース）

• 回帰モデルだけでなく、２値分類モデルも使用できるようになりました。
• 対応する分類モデル
  • 線形判別分析（Linear Discrimination Analysis：LDA）
  • 二次判別分析（Quadratic Discrimination Analysis：QDA）
  • 部分的最小二乗判別分析（Partial Least Squares Discrimination Analysis：PLS-DA）
  • K近傍法（K-Nearest Neighbors Algorithm：KNN）
  • サポートベクターマシン（Support-Vector Machine：SVM）
  • コンセンサスモデル
• 分類モデルに対する主要なスコアを付加しました。（検出率など）
• 新たな回帰モデルを追加しました。
  • 部分的最小二乗回帰（Partial Least Squares Regression：PLS）
  • サポートベクターマシン（Support-Vector Machine：SVM）
• スプレッドシート形式の表にフィルタ機能が追加されました。
• 外部変数のインポートがCSVファイルからだけでなくSMILESファイルからもできるようになりました。
• モデルによる予測結果がSMILESファイルやMDL/SDFファイルとしても出力できるようになりました。
• 新しいモデル図表を追加しました。
  • ウィリアムスプロット
  • 最小二乗回帰（OLS）と部分的最小二乗回帰（PLS）の回帰係数βの棒グラフ
  • 記述子と予測値のヒストグラム
• 最小二乗回帰（OLS）モデルの回帰係数βを手動で編集できるようになりました。
• K近傍法（KNN）モデルに対し、近傍のサンプル個数（K値）の最適値を探す機能を追加しました。
• モデルに使用する記述子を変更するためのUIを追加しました。
• 遺伝的アルゴリズムによる自動モデル生成の進捗状況表示が改善され、時間の経過と共にスコアが伸びていくトレンドを表示するグラフとなりました。
• 個々のサンプル（分子）に関する予測を分析するためのUIを追加しました。
  • 原子毎の寄与
  • フラグメント毎の寄与
  • KNN法で用いられたK個の近傍サンプル（分子）
• alvaModel 2.0.0 と完全互換なalvaRunner 2.0.0 とalvaRunner KNIME Pluginを同時にリリースしました。
• macOS Montereyに対応しました。

バージョン1.0.8（2020年12月14日リリース）

• テンプレート保存機能がalvaDesc バージョン2.0の記述子をサポートするようになりました。
• AllからTraining/Testへの切り替えの際に生じていた行の色がリセットされるバグを修正しました。
• 列数が数千の場合に生じていた自動モデル生成の問題を修正しました。
• 大規模なalvaDescプロジェクトをインポートする際のエラーを修正しました。

バージョン1.0.4（2020年4月20日リリース）

• Modelsメニューで「自動モデル構築」を選択している場合に表示されるエラーメッセージが修正されました。
• Modelsメニューで「自動モデル構築」を使用する際に、「Exclude row if missing value found（欠損値を含む行を除外）」オプションを無効にしました。
• 整数列に’na’を含む外部変数をインポートした際に生じていた問題が修正されました。
• alvaDescプロジェクトファイルを読み込む際に、不適切あるいは記述子が無効な分子を除去する自動処理が導入されました。(MasterCleanedデータセット)
• LinuxとmacOS版においてUIの軽微な不具合が修正されました。

バージョン1.0.2（2020年3月4日リリース）

• Modelsのツリーに表示されているモデルを右クリックして表示されるメニューから、そのモデルに関するトレーニングとテストのデータセットを変更できるようになりました。
• Modelsのツリーに表示されているモデルを右クリックして表示されるメニューからモデルの複製を行うことができるようになりました。
• columnの値を用いてモデルを分割できるようになりました。
• 外部変数を入力に用いてモデルを構築することができるようになりました。（※ 外部変数はalvaDescのプロジェクトファイルに含まれる形でも、別途インポートをする方法でも入力できます。）
• 線形回帰モデル（OLS）の切片と独立変数としての各記述子（column）に対する係数（β_i）がmodel viewの中に表示されるようになりました。（※ OLS: Ordinary Least Squares regression）
• 外部変数のインポートダイアログにText qualifierのフィールドが追加されました。（alvaDesc 1.0.18と同様）
• alvaDescのプロジェクトファイルをインポートする際に、alvaDescでそのファイルを使用している状態でもalvaModelにインポートできるようになりました。

バージョン3.0.8（2026年3月12日リリース）

• SMILES列が最初の列以外に存在するテキストファイル（*.txt）から分子情報を入力する際に、最初の列が空欄となっている場合に生じていたSMILESの構文解析（parsing）の不具合を修正しました。

バージョン3.0.6（2026年1月27日リリース）

• 【新機能】外部変数を使用するモデルを含んだプロジェクトでの予測が可能になりました。
  ※ただし、分子構造ファイルからの入力に限ります（現時点では標準入力およびKNIMEはサポートされていません）。

バージョン3.0.4（2026年1月9日リリース）

• SAscoreを使用するモデルの予測処理を修正
  • SAscore（合成容易性スコア）を利用するモデルにおいて、予測実行時の不具合を修正しました。

バージョン3.0.2（2025年11月27日リリース）

• 軽微な不具合を修正しました。

バージョン3.0.0（2025年11月3日リリース）

• alvaModel 3.0で作成されたモデルに対応しました。

バージョン2.0.18（2025年7月2日リリース）

• 分子記述子をMDLファイルに保存する際、暗示的水素をエクスポートするオプションを追加しました。（Settings > Options … > Export implicit hydrogens (MDL)）
• alvaRunnerCLIの実行時に- -threadsの引数を使用できるようにしました。

バージョン2.0.16（2025年1月27日リリース）

• 分子をテキストファイルから読み込む際のスピードを改善しました。

バージョン2.0.14（2024年11月22日リリース）

• 明示的水素を持つ分子の2次元描画を修正しました
• キラル中心に結合している暗示的水素を持つ分子の描画を修正し改善しました
• 3次元座標と暗示的水素を持つ分子をMDLフォーマットで入力した際のキラリティー検出を改善しました
• PLSモデルの不具合を修正しました

バージョン2.0.12（2024年11月7日リリース）

• 予測の詳細（Prediction details）を使用する際の不具合を改善しました。
• 分子セットの入力時に、最近使用した分子セットを開ける（Open recent molecules）メニューを追加しました。

バージョン2.0.10（2024年9月30日リリース）

• alvaDesc 3.0.0で追加された分子記述子やフィンガープリントECFPV3、並びに、新たに導入された構造パターンを利用してalvaModelで作られたモデルを使用できるようにしました。
• SMILESで表現された分子のテキストファイルでのインポート機能を改善しました。txt/csv/tsvのファイルフォーマットでは、SMILES列（とName列）がどの位置にあっても自動検出され、分子ファイルを開く（Open molecules）際に外部変数を同時にインポートできるようになりました。SMILES列とName列はマニュアルで指定することもできます
• Viewメニューの「View atom indices」を「Annotations」に変更し、分子の２次元描画像に部分電荷を表示する機能を追加しました。

バージョン2.0.8（2023年4月20日リリース）

• モデルを適用し予測された値をダブルクリックして開く”Prediction detail”ウィンドウの”Fragment contribution”表示に於いて、スキャフォールドとリンカーでの環外二重結合（exocyclic double bond）を含むBemis-Murckoフレームワークの検出を改良しました。
• Apple M1/M2 CPUで使用する際に生じる可能性のあるランタイムエラーを修正しました。

バージョン2.0.6（2022年11月1日リリース）

• 一つの分子が無効な場合のSDF/MDFへのエクスポートを修正しました

バージョン2.0.4（2022年6月1日リリース）

• プロジェクトの詳細（Project details）画面に於いて、インポートしたモデル全体の情報と個々のモデルの情報をテキストデータとしてクリップボードにコピーできるようになりました。
• 分類モデルの予測の詳細に於いてTarget値の不具合を修正しました。
• ヘルプドキュメントの画像と記述を変更しました。

バージョン2.0.2（2022年1月14日リリース）

• ソートされた変数列に対するフィルタリングの動作を修正しました。

バージョン2.0.0（2021年11月9日リリース）

• alvaModel 2.0.0に対応しました。

バージョン1.0.6（2020年7月20日リリース）

• コマンドラインから操作できるようになりました。
• KNIMEでalvaRunnerの使用が可能になりました（alvaRunnerプラグイン）。

バージョン1.0.4（2020年4月20日リリース）

• 軽微な変更と不具合の修正が行われました。

バージョン1.0.2（2020年3月4日リリース）

• 線形回帰モデル（OLS）の切片と独立変数としての各記述子（column）に対する係数（β_i）がviewメニューのProject detail中に表示されるようになりました。（※ OLS: Ordinary Least Squares regression）
• ヘッダー付きSMILESフォーマットファイルを読み込むことができるようになりました。

alvaDescの計算機能について

分子記述子計算

alvaDesc3.0は、分子記述子の特徴や性質に基づく34のブロックに分類された、5799種の分子記述子を計算することができます。ブロックはさらにサブブロックに分けられており、記述子の管理、選択、解析を容易に行うことができます。全5799種の計算可能記述子の一覧はこちらのリストから確認可能です。5799種の記述子の内、3次元座標情報を持たない分子に対しても計算できる記述子が4215種、計算に3次元座標が必要な記述子が1584種あります。

尚、各分子記述子の簡単な定義は、alvaDescのヘルプメニューから参照できるユーザーマニュアルに掲載されています。

フィンガープリント計算

alvaDescでは、Path Fingerprint (PFP) 及び Extended Connectivity Fingerprint (ECFP/ECFPV3)のハッシュ化分子フィンガープリント計算が可能です。Path Fingerprintは、対象分子の全ての線形結合を明らかにすることで作成され、Extended Connectivity Fingerprint (ECFP)は、対象分子それぞれの中心原子から放射状に得られる全ての円形フラグメントを徹底的に明らかにすることで作成されます。どちらのフィンガープリント計算でも、フィンガープリントのサイズやフラグメント長の最小値及び最大値、フラグメントを区別するための広範囲な原子特性リスト（原子の種類、芳香族性、電荷、結合性、結合次数等）等のオプション設定ができます。細かくカスタマイズすることによって、モデリングや類似化合物のスクリーニングといったあらゆる課題に対して最適な解決策を得ることができるようになります。

またalvaDescは、MACCS 166 fingerprintも実装しています。MACCS 166 fingerprintは定義された166個の分子特性に基づく固定長(166ビット)の構造キーであり、フィンガープリントのそれぞれのビットは特定の分子特性の有無を示します。

部分構造パターン計算

分子データセットに於ける部分構造パターンの同定が可能です。構造パターンとは分子内の原子と結合の特定の配置を指し、部分構造として識別可能で特徴付けることができます。これらのパターンは、官能基や明確な原子の連結性など、繰り返し現れる分子の特徴を表しています。

3次元座標計算

距離幾何学法（Distance Geometry method）に基づき、分子の3次元座標を計算するために設計されたEMBEDアルゴリズムにより計算された結果を、ユニバーサル・フォース・フィールド(UFF)等を用いて最適化し分子の3次元座標を計算させることができます。

これにより、SMILES等で入力された3次元座標を持たない分子に対しても3D記述子を含む全ての記述子が計算可能となります。

日本語チュートリアル

alvaDescをはじめて使用される方、使い始めて間もない方を対象とした日本語チュートリアル

alvaDesc スタートアップガイド

（ファイルサイズ：6.10 MB／公開：2025年4月24日）

alvaDesc コマンドライン入門

（ファイルサイズ：3.78 MB／公開：2025年6月27日）

サポートされるファイル形式一覧

Alvascience社 Software Suite 各製品のファイルメニューを中心とした製品別の入出力ファイルフォーマット

（各ソフトウェア最新バージョンに基づく：2025年2月4日更新時点）

alvaDesc

alvaModel

alvaRunner

alvaMolecule

alvaBuilder

参考情報

計算可能な分子記述子一覧

alvaDesc Molecular Descriptors（開発元サイト; 英語）

※ 各記述子の詳細な説明は、ソフトウェアに付属のヘルプドキュメントに記載されています。

引用文献・紹介動画

• alvaDesc引用文献リスト
  • Citations（開発元サイト; 英語）
• alvaDesc開発元提供のイントロダクション・ムービー
  • YouTube（英語）

(※alvaMolecule version 2.0.6）

Constitutional indices

Ring descriptors

Molecular properties

Drug-like indices

バージョン3.0.16（2026年3月12日リリース）

• 【バグ修正】棒グラフのX軸ラベルが表示されない不具合を修正しました。
• 【バグ修正】SMILES列が最初の列以外に存在するテキストファイル（*.txt）から分子情報を入力する際に、最初の列が空欄となっている場合に生じていたSMILESの構文解析（parsing）の不具合を修正しました。

バージョン3.0.14（2026年1月27日リリース）

• 【新機能】分子表面積を計算するツールを追加しました（メニューの `View` > `Molecular surface area…` から利用可能）。
• 【バグ修正】部分電荷に依存する記述子が選択されていない場合に、SASA、SAV、およびZComp記述子の計算で発生していた不具合を修正しました。

バージョン3.0.12（2025年11月27日リリース）

• 軽微な不具合を修正しました。

バージョン3.0.10（2025年11月3日リリース）

• チャートにツールバーを表示し、右クリックによるコンテキストメニューの内容等をアイコンから実行できるよう変更しました。
• チャートに表示させる変数選択のメニューを非表示にできるよう変更しました。

バージョン3.0.8（2025年7月2日リリース）

• 分子記述子をMDLファイルに保存する際、暗示的水素をエクスポートするオプションを追加しました。（Settings > Options … > Output > Export implicit hydrogens (MDL)）
• nHM記述子の説明を修正しました。
• 入力した分子構造に誤った芳香族表現がある場合でも、幾何学的記述子（Geometrical descriptors）を計算できるよう改善しました。
• H結合を持たない分子が1つ以下の場合に、MaxTD、MeanTD、MaxDD、MeanDD、LPIをゼロとするよう改善しました。

バージョン3.0.6（2025年1月27日リリース）

• t-SNE分析の計算スピードを改善しました。（Barnes-Hutアルゴリズムによる）
• 分子をテキストファイルから読み込む際のスピードを改善しました。
• 分子の名前列を持たないSMILESを含むテキストファイルから構造を読み込む際に、それぞれの分子に「Molecule1」など内部的な名前を付加するようにしました。
• ラジカル分子に対するCopy as MDL機能を修正しました。
• ラジカル分子のMDLファイルへの書き出しを修正しました。

バージョン3.0.4（2024年11月22日リリース）

• 明示的水素を持つ分子の2次元描画を修正しました
• キラル中心に結合している暗示的水素を持つ分子の描画を修正し改善しました
• 3次元座標と暗示的水素を持つ分子をMDLフォーマットで入力した際のキラリティー検出を改善しました

バージョン3.0.2（2024年11月7日リリース）

• M1やM2などのmacOS Apple Silicon上で動作するようになりました

バージョン3.0.0（2024年9月30日リリース）

• 34番目の新しい記述子ブロック「SASA descriptors」（SASA: Solvent Accessible Surface Area）を含む133種の新しい分子記述子を追加しました。
  • 記述子ブロック毎の追加数：
    • Constitutional indices (6)
    • Ring descriptors (3)
    • Topological indices (11)
    • 2D autocorrelations (12)
    • Geometrical descriptors (1)
    • RDF descriptors (30)
    • 3D-MoRSE descriptors (32)
    • Molecular properties (7)
    • SASA descriptors (31)
  • 全記述子のリストはこちら（Alvascience社サイト）を参照ください。
• 入力した分子に対してSMARTSで定義された構造パターンを同定し、特徴量として数値化する機能を追加しました。
• 3次元座標の計算機能を追加しました。距離幾何学法（Distance Geometry method）に基づき、分子の3次元座標を計算するために設計されたEMBEDアルゴリズムにより計算された結果を、ユニバーサル・フォース・フィールド(UFF)等を用いて最適化し分子の3次元座標を計算します。これにより、SMILES等で入力された3次元座標を持たない分子に対しても3D記述子を計算できるようになります。
• 新しいフィンガープリントの計算を追加しました。追加されたECFPV3は従来のECFPに比べ格段に計算が速くなり、また、同位体とキラリティーの情報を使って原子を識別できるようになります。
• 主成分分析とt-SNE分析に於いて、分子記述子だけではなく、ハッシュ化フィンガープリントとMACCS 166フィンガープリントを使用することができるようにしました。
• 散布図の色分けで表示されるZ軸にカテゴリー変数を指定できるようにしました。連続変数並びに離散変数の場合には連続型カラーマップで表示されますが、カテゴリー変数の場合には質的カラーマップで表示されます。散布図で4番目に指定できる変数（連続変数/離散変数）を追加し、値が点の大きさを表わすようにしました。
• 分子ワークシートにName列を追加しました。また、No.列でのソートとフィルタリング機能、ならびにMolecule列上でのSMARTSによるフィルタリング機能を追加しました。
• Viewメニューの「Highlights」に、ユーザーが定義した部分構造やBemis-Murckoのグラフ的形状表現を表示する機能を追加しました。
• Viewメニューの「View atom indices」を「Annotations」に変更し、分子の２次元描画像に部分電荷を表示する機能を追加しました。
• 指定した分子をPubChemだけでなく、Google Patents/Scholarからも検索できるようにしました。
• SMILESで表現された分子のテキストファイルでのインポート機能を改善しました。txt/csv/tsvのファイルフォーマットでは、SMILES列（とName列）がどの位置にあっても自動検出され、分子ファイルを開く（Open molecules）際に外部変数を同時にインポートできるようになりました。SMILES列とName列はマニュアルで指定することもできます。
• 計算した記述子と構造パターンを、従来のタブ区切りテキストファイルだけでなく、ヘッダー付きSMILESファイル（*.txt）、MDLファイル（*.sdf）、エクセルファイル（*.xlsx）として保存できるようにしました。ヘッダー付きSMILESファイルとエクセルファイルには各分子のSMLIES列が含まれます。エクセルファイルには、オプションで分子の2D描画イメージを含めることができます。
• 分子セットの入力時に、最近使用した分子セットを開ける（Open recent molecules）メニューを追加しました。
• alvaDesc 3.0のリリースに合わせ、KNIMEプラグインをアップデートしました。
  • 構造パターン計算のノード（Pattern node）を追加しました。
  • 計算可能なフィンガープリントにECFPV3を追加しました。
  • 計算のスピードアップのために、マルチスレッドをサポートするよう変更しました。
• alvaDesc 3.0のリリースに合わせ、alvaDescCLIWrapperをv1.0.10にアップデートしました。
  • 構造パターン計算を行うcalculate_patterns関数を追加しました。
  • 計算可能なフィンガープリントにECFPV3を追加しました。
  • get_descriptor_names と get_descriptors_from_blocks のユーティリティ関数を追加しました。

バージョン2.0.16（2023年4月20日リリース）

• 非完全結合型の分子に対してBLIが計算できるようにしました。
• 非完全結合型の分子に対してPsi_i_Sなどの固有状態疑似結合指数（Intrinsic state pseudoconnectvity indices）が計算できるようにしました。
• Editメニューから指定した分子のスキャフォールドをコピーする”Copy Scaffold as SMILES”が正しく機能するように修正しました。
• PCA分析とt-SNE分析結果のグラフ表示でZ軸を指定した際に、正しくカラー表示がされない不具合を修正しました。
• 2DのSDFやMOL2ファイルで分子を読み込んだ際に、”Molecule detail”パネルの”3D coordinates”欄に”Available”と表示される不具合を修正しました。
• QEDの計算を修正しました。（同位体水素を含む分子の計算に影響を与える可能性があります。）
• 分子ワークシートでデータセットにソートやフィルターをかけた際、”Molecule detail”パネル上に表示される”No.”の値がもともとのデータセットでの番号と違って表示される不具合を修正しました。

バージョン2.0.14（2022年11月11日リリース）

• 高次縮合分子(highly condensed molecules)に対する橋頭原子数記述子(nBridgeHead descriptor)の計算を修正しました。（SAscoreの計算に影響します。）
• Helpから開くユーザーマニュアルの5.37 Descriptors listの表に記述子のタイプを追加しました。（Integer: 整数、Double: 倍精度浮動小数、Boolean: ブール代数）
• CLIの–scriptオプションの使用について修正しました。

バージョン2.0.12（2022年5月11日リリース）

• 分子の詳細情報に、暗示的水素（implicit hydrogens）として付加された水素の数、入力された3D座標の有無（Available/Not available）、部分電荷情報（入力ファイルからインポート：Available、またはalvaDescによる計算：Calculated）を追加しました。
• Chartsメニューで表示されるグラフ上で右クリックをして現れるメニューに、グラフデータを保存する機能を追加しました。これにより、ヒストグラム/棒グラフ/散布図/主成分分析の主成分負荷量と主成分スコア/t-SNE分析の2次元散布図を、画像としてだけでなく、データとしても出力することができるようになりました。
• 非連結構造の分子に対するMDE記述子（記述子ブロック32）の計算を改善しました。
• 1000以上の原子を持つ分子に対する計算の不具合を修正しました。
• Topological indices記述子に含まれるPsi_i_1d/Psi_e_0d/Psi_e_1dについて、特定の条件下で計算結果がnaではなく0になる不具合を修正しました。

バージョン2.0.10 （2021年11月23日リリース）

• コマンドラインインターフェース（CLI）から実行するためのスクリプトファイルに、UseExistingPartialChargesオプションを追加しました。
• MDLファイル/MOL2ファイルから入力された分子に対するImplicit Hydrogensの付加を行うか行わないかのオプションを追加しました。
• 外部変数のインポートをSMILESファイルからも行えるようにしました。
• 個々の分子が表示されるチャート（棒グラフ、散布図、PCAプロット、t-SNEプロット）に於いて、分子にカーソルをあてると分子の2D描画や座標情報などを表示するようにしました。
• Gaussianによって生成されたSybylファイルをインポートする際の不具合を修正しました。
• macOSに於けるフィンガープリント計算のパラメータUIを修正しました。
• macOSに於けるconfigディレクトリの問題を修正しました。
• ヘルプドキュメントの検索機能を修正しました。

バージョン2.0.8（2021年7月6日リリース）

• alvaDescGUIで記述子を保存する際、オプションで化学式を出力させる機能の不具合を修正しました。
•  KNIME使用又は”–threads=1”を使用する際のラジカル数の計算を修正しました。この修正はcharge descriptorsのように部分電荷を使用する記述子に於いて、”S(=O)(=O)(OC)[O]”のようなラジカルの計算を必要とする分子をSMILES、HyperChem若しくはCMLフォーマットで入力した際の記述子計算にのみ影響します。

バージョン2.0.6（2021年3月31日リリース）

• バージョン2.0.4アップデートに伴って生じたKNIMEでの実行に影響する標準入力使用に関するバグを修正
• 計算オプションの”Use Existing Partial Charges”チェックボックス使用時のバグを修正（部分電荷を使用する記述子に影響が出る可能性）

バージョン2.0.4（2021年3月25日リリース）

• PubChem検索を改善（full structure, similarity, substructure, superstructure）
• フィルターをかけた後の分子記述子保存に関するバグを修正
• macOSとLinuxに於いて何千ものファイルをロードしようとするときのエラーを修正
• Topological indicesブロックの中のXu indexの計算を修正
• 縮環に対する部分グラフマッチングを修正（QED記述子に影響を与える可能性）
• WindowsでMACCS166を保存する際のエラーメッセージを修正（エラーメッセージが常時表示される不具合を解消）
• macOSで$PATH設定を使用した場合の動作異常を修正
• Linux GUIでの’Save filtered molecules’の視認性を改善

バージョン2.0.2（2020年12月14日リリース）

• alvaDescプロジェクトをドラッグアンドドロップで開くことが可能
• alvaDescプロジェクト読み込み時間の改善
• 分子グリッド内にGreater than or equal to…とLess than or equal to…フィルタを追加
• 分子グリッドフィルタが考慮する小数点以下の桁数の設定
• t-SNEアルゴリズムの進捗表示
• トポロジカル章内のdistance basedとpath/walkの記述内容の修正
• 2次元座標のみのSDF分子で計算される際にスケルトン3D記述子をnaに設定
• 別グループのグリッド列でのフィルター使用の修正

バージョン2.0.0（2020年11月3日リリース）

• ソートとフィルタリング機能を持つスプレッドシートを用いて記述子を探索可能
• PCAデータをタブ区切りテキストファイルにエクスポート可能
• 次元削減のために、PCAに加えて、t-SNEアルゴリズムを使用可能
• すべてのチャートで、分子選択に’Lasso selection’ を使用可能
• 多くの3次元記述子（例、3D Atom Pairs）は、分子骨格上にのみ3次元座標を有する（すなわち、H原子の3次元座標を有しない）分子で計算可能
• 必要に応じて、Gasteigerの “Partial Equalization of Orbital Electronegativity” (PEOE)を用いて部分電荷を計算可能
• 300以上の記述子が追加されています。詳しくは、こちら（Alvascience社サイト）を参照ください。
  • Constitutional descriptors:
    • number of aromatic atoms (nAA)
    • number of sp3 hybridized carbons/total carbon count (Fsp3)
  • Ring descriptors:
    • number of spiro atoms (nSpiro)
    • number of bridgehead atoms (nBridgeHead)
    • aromatic proportion (AP)
  • Information indices: Bertz complexity index (BertzCT)
  • 2D matrix-based descriptors on Laplace matrix: algebraic connectivity (also known as Fiedler value or Fiedler eigenvalue)
  • P_VSA-like descriptors on partial charges
  • ETA indices: eta composite index for reference alkane (Eta_R) and eta local composite index for reference alkane (Eta_LR)
  • 3D matrix-based descriptors on Coulomb matrix
  • Atom-type E-state indices: E-state minimum and E-state maximum
  • Molecular properties:
    • Wildmann-Crippen molar refractivity (MR99) and consensus molar refractivity
    • Wildmann-Crippen octanol-water partition coefficient (LOGP99) and consensus LogP
    • ESOL: Estimated SOLubility (logS) for aqueous solubility
    • Synthetic Accessibility score (SAscore)
    • Plane of best fit (PBF)
  • Drug-like indices: Quantitative Estimation of Drug-likeness (QED)
  • WHALES descriptors https://doi.org/10.1038/s42004-018-0059-2
  • MDE descriptors https://doi.org/10.1021/ci970109z
  • Chirality descriptors https://doi.org/10.1002/cmdc.201700798

バージョン1.0.22（2020年8月22日リリース）

• 軽微な変更と不具合の修正が行われました。

バージョン1.0.20（2020年4月20日リリース）

• 軽微な変更と不具合の修正が行われました。

バージョン1.0.18（2020年3月4日リリース）

• 外部変数のインポートダイアログにText qualifierのフィールドが追加されました。これにより、外部変数をインポートするためのCSVファイルやテキストファイル中にカンマなどの区切り文字を含んだ文字列がある場合などでも、Text qualifierで[ ” ]が設定されていれば（デフォルト）元の文字列が優先され読み込まれるようになりました。
• ヘッダーがついたままのSMILESフォーマットファイルを読み込むことができるようになりました。

バージョン1.0.16（2019年12月10日リリース）

• 外部変数のインポートができるようになりました。テキストファイルまたはCSVファイル形式でファイルメニューからインポートすることにより、相関分析、主成分析、チャート表示に於いて外部変数を使用することができます。
• 設定／オプションメニューに於ける大員環化合物計算時の制約条件について、表記ならびにヘルプの記述を変更しました。（※ ヘルプドキュメントに4.3 Complex moleculesという項目ができました。）
• 極めて多数の分子を入力し計算させる際のメモリー使用を削減しました。

バージョン1.0.14（2019年9月16日リリース）

• Viewメニューの中に “Use coordinates from file” が追加されました。これにより原子座標情報がある場合、その情報を使った分子構造の可視化ができるようになりました。
• MDLファイルに対する形式電荷の検出が改善されました。
• 誤ったSMILESデータの識別機能が改善されました。
• 水素の連鎖によって構成される分子の描画が改善されました。
• メイン画面のサイズと位置が保持されるようになりました。
• チャート上で複数選択した際のパフォーマンスが改善されました。
• alvaDescCLIのコンフィグファイルのハンドリングが改善されました。
• ヘテロ芳香族に対する一部の記述子計算（Eta_epsi_4, Eta_D_epsiB, Eta_D_epsiC）が修正されました。
• CLIを使用した際のMACCS 166フィンガープリントのエクスポートが修正されました。

バージョン1.0.12（2019年7月5日リリース）

• 記述子／フィンガープリント計算において、計算させた記述子に基づき実行した分析結果から特定の分子をチャート上で選択（フィルター）した場合，選択（フィルター）された分子の計算結果だけを保存することができるようになりました。
• 記述子選択が改善されました。

  記述子計算の際にフィルターを使い記述子選択をすると、記述子名だけでなく詳細（description）も検索され、選択された記述子の内容が表示されるようになりました。

• 計算オプションで “Maximum number of smallest rings for circuit calculation”が指定できるようになりました。（デフォルト値は40）
• MACCS 166フィンガープリント計算結果の保存が計算結果画面からできるようになりました。

  ※ 1.0.8まではFileメニューの中にMACCS 166保存メニューがありました

バージョン3.1.2 (2025年9月8日リリース)

• 変更・修正
  • SentinelライセンスがNanoLabo上でアクティベーションに失敗することがあった問題を修正
  • ネットワーク内に既にライセンスサーバーがある状態で未認証のNanoLaboを起動したとき、既存のライセンスキーを使わず、新たにNanoLabo上でのアクティベーションをするオプションを追加
  • GNN力場をリモート実行で使う場合、モデルファイルを転送する際の処理を修正（mace-osaka24、EquiformerV2-OMat）

（※本体のみの更新、NanoLabo Toolインストーラーは更新なし）

バージョン3.1.1 (2025年7月18日リリース)

• macOS版の軽微な不具合修正
  • Sentinel LDK-RTEインストール有無の確認方法を改善

（※macOS版・本体のみの更新。Windows版/Linux版、NanoLabo Toolインストーラは更新なし。）

バージョン3.1 (2025年4月21日リリース)

• 追加機能
  • 密度を指定してスラブモデルをリサイズする機能を分子充填画面内に追加
  • QE: DOS・Bandのバンドギャップの自動計算においてプロットに表示を追加
  • LAMMPS: 各種オープンソースGNN力場への対応を追加（FAIR-Chem(eqV2)、ORB、MatterSim、MACE、SevenNet新モデル）
  • ThreeBodyTB v1.0.0に対応
  • QE: Γ-Trickの使用有無を切り替えるオプションを追加
• 変更・修正
  • ライセンス管理モジュールを、従来のライセンスファイルと互換性がないSentinelに変更
    • 約1年間は、移行期間としてライセンス認証を従来方式とSentinelから選択可能
    • 新規に発行するライセンスはSentinelとなり、移行期間終了後のバージョンでは従来のライセンスは使用不可
  • Materials Projectのlegacy API廃止に伴い、Materials Finderで使用するAPIを最新版に切り替え
    • APIキー設定が必須
  • （macOS版）Intel CPUのmacOSのサポートを終了
  • （Linux版）ローカルJob Managerの性能改善（計算エンジンの実行ファイルコピーを省略）
  • ChatbotおよびAutopilotの性能改善（GPT-3.5-turbo → GPT-4o-mini、いくつかの結晶構造を改善）
  • Java実行環境をアップデート（Liberica JRE 17.0.14+10）
  • 内蔵ウェブブラウザーのライブラリJxBrowserをアップデート（37.1→8.5.0）
  • 内蔵ウェブブラウザーで証明書検証時に不要なエラーメッセージが出る問題を修正
  • QE: 等値面の描画が曲率により欠ける場合がある問題を修正
  • QE: 原子数1000以上の構造最適化・第一原理MDの出力読み込みに対応
  • QE: Γ点のみでSCF計算を実行していた場合、その後のDOS・Band計算時にSCFの再計算を実行しないよう変更
  • LAMMPS: Improper読み込みの不具合を修正
  • LAMMPS: GNN力場で使用するDFT-D3補正のパッケージをtorch_dftd3に変更
  • LAMMPS: GNN力場の開発プロジェクト移行に伴い旧バージョン（従来版M3GNet、Open Catalyst Project）を廃止
  • LAMMPS: GNN力場用実行ファイルを統一
  • LAMMPS: Pythonライブラリバージョンを9 → 3.11に変更
  • その他、動作改善・バグ修正等

バージョン3.0 (2024年7月17日リリース)

• 追加機能
  • モデラーのAutopilot機能（世界初となる材料モデル生成AI）
  • QE: 波動関数の3次元データ可視化機能（SCF設定 → 3D Volumes の詳細設定ボタンから有効化）
  • LAMMPS: M3GNetのGPU使用の切り替え
  • モデラー内のモデル選択画面にStopボタンを表示
  • 原子構造ビューワーにモデルインポート機能を追加（右クリックメニュー内）
  • （Linux版・macOS版）プロキシに関する機能追加・修正（Windows版9.3での追加機能と同じ）
    • SSH接続時にSOCKSプロキシを設定する機能を追加
    • 内蔵ウェブブラウザーのプロキシをPACで設定する機能を追加
    • 内蔵ウェブブラウザーの証明書検証失敗時に接続を継続するか確認するダイアログを追加
    • 内蔵ウェブブラウザーでプロキシの認証に失敗する場合がある不具合を修正
• 変更・修正
  • 分子充填機能における分子および真空領域の体積計算アルゴリズムの改善
  • 分子吸着機能において上部真空層のサイズを自動調整するように改修
  • QE: バンド数のデフォルトをフルバレンス（全価電子軌道数）に変更
  • LAMMPS: CHGNet・M3GNet(MatGL)の最新バージョンに対応
  • （Windows版）exeの同梱を廃止（OS付属のcurl.exeを使用）
  •  その他、動作改善・バグ修正等

バージョン2.9.3 (2024年4月12日リリース)

• Windows版 プロキシに関する機能追加・修正
  • SSH接続時にSOCKSプロキシを設定する機能を追加
  • 内蔵ウェブブラウザーのプロキシをPACで設定する機能を追加
  • 内蔵ウェブブラウザーの証明書検証失敗時に接続を継続するか確認するダイアログを追加
  • 内蔵ウェブブラウザーでプロキシの認証に失敗する場合がある不具合を修正

（※Windows版・本体のみの更新。Linux版/macOS版の更新、NanoLabo Toolインストーラーは更新なし。）

バージョン2.9.2 (2024年3月25日リリース)

• 追加機能
  • ChatGPTを活用したNanoLaboの使い方に関するチャットボット機能を搭載
  • マルチGPU対応の汎用GNN力場“SevenNet”のインターフェースを実装
  • ツールバーのボタンの表示／非表示設定を追加
  • QE: NEBのイメージインポート時のアルゴリズムを調整する設定項目を追加
  • LAMMPS: ReaxFFの設定において、LG-vdWの設定項目を追加
  • LAMMPS: セル形状の2次元方向および1次元方向のみの変形に対応
  • SSHサーバー設定画面で、設定の並び替えなどができる編集画面を追加
  • SSHサーバー設定画面で、設定を新規作成する際に既存の設定内容をコピーする機能を追加
  • NeuralMD: Ver.1.9.2に対応した機能追加
    • SLHMC: セル形状の2次元方向および1次元方向のみの変形に対応
• 変更・修正
  • QE: 孤立原子系のOccupationsのデフォルトをFixedからSmearingに変更
  • SLHMC: SCF計算が収束しなかった場合のデータをプロットから除外
  • LAMMPS: Open Catalyst Projectの最新バージョンに対応
  • LAMMPS: MatGLの最新バージョンに対応
  • LAMMPS: GNN力場使用時に元素名Pmが正しく認識されない不具合を修正
  • エクスプローラーでWord/Excel/PowerPointの一時ファイルを非表示化
  • （Mac版）内蔵ウェブブラウザーにてズームのショートカットキーが使えない不具合を修正
  • 内蔵ウェブブラウザーのライブラリJxBrowserをアップデート(7.34→7.37.1)
  • SSHサーバー設定のFOCUSスパコン用のプリセット設定を最新版に改訂
  • リモート実行時、PBSのqstatコマンドで長いジョブIDの末尾が省略されている場合に対応
  • その他不具合の修正、動作改善等

バージョン2.9.1 (2023年11月15日リリース)

• 追加機能
  • Matlantis™との連携機能を追加（Jupyter Interface使用）
  • LAMMPS: MatGL版のM3GNet力場（従来のM3GNetの後継版）に対応
  • LAMMPS: グラフニューラルネットワーク力場CHGNetに対応
  • LAMMPS: 外部電場用の電荷設定機能を追加（Force-Field画面内）
  • LAMMPS: M3GNet/CHGNetのモデルをインポートする機能を追加
  • LAMMPS: Scheme画面の機能強化
    • Undo/Redo機能（＋ショートカットキー）を追加
    • 熱伝導率および粘性係数計算時の自己相関関数の詳細設定を追加
  • 内蔵ウェブブラウザーの機能強化
    • ズーム機能を追加
    • ページ内検索のツールバーボタンを追加
    • 右クリックメニューを追加
    • 選択した文字列をMaterials Finderで検索する機能を追加
  • Jupyter Interfaceの機能強化
    • ドラッグ＆ドロップの挙動設定（ファイルを直接JupyterLabに渡すオプションを追加）
    • ページ内検索機能を追加
  • スクリーンショット画像のクリップボードへのコピーおよびドラッグ＆ドロップ対応
  • Materials ProjectおよびPubChemのウェブページを内蔵ブラウザーで表示するオプションを追加
  • モデラーの表面への小分子吸着機能で、任意の分子をインポートして使う機能を追加
  • 擬ポテンシャルファイルのインポート機能を追加
  • プロキシサーバーの有効／無効設定を追加
  • Save Movie（動画ファイルとして保存）の出力形式にXYZ、CIF、POSCARを追加
  • リモートジョブ投入時に転送するバイナリのMD5チェックを追加
  • NanoLabo Toolのバージョンチェック機能を追加
  • その他不具合の修正、動作改善等

バージョン2.9 (2023年8月3日リリース)

• 追加機能
  • 汎用タイトバインディング法パッケージ“ThreeBodyTB”のインターフェースを追加
  • NeuralMD: Ver.1.9に対応した機能追加・変更
    • 複数のニューラルネットワークモデルの平均値を用いて1つの力場を定義する手法の設定項目を追加
    • Super Epoch法（教師データを複数のサブセットに分割して、各サブセットを使った学習処理を順次実行する）の設定項目を追加
    • 一部のパラメータのデフォルト値を変更（無機結晶に特化した値を採用）
  • NeuralMD: SCFの計算条件をグランドプロジェクト内で共有する機能を追加
  • NeuralMD: グランドプロジェクトで、教師データ用の構造を生成する方法としてSLHMCを追加
  • NeuralMD: グランドプロジェクトで、リモートサーバーで実行したQuamtum ESPRESSOの計算結果のダウンロードを抑止できる機能を追加
  • NeuralMD: グランドプロジェクトで、Quamtum ESPRESSOでの教師データ生成の継続計算に対応
  • 計算結果のグラフ右上の情報をクリップボードにコピーする機能を追加
  • PDFファイル閲覧機能を追加（エクスプローラー上で開くか、ファイルを画面にドラッグ＆ドロップすると表示）
• サポート対象OS
  • Windows 11を追加
  • macOSのサポート対象をVentura(13)以降に変更

バージョン2.8 (2023年4月25日リリース)

• 追加機能
  • Jupyter Interface for NanoLaboを搭載
  • Mac版：メニューバーを使用できるように改修

バージョン2.7.1 (2023年3月8日リリース)

• 動作改善
  • CentOS7で、NanoLabo Tool2.7のMPIライブラリが正常に動作しない問題を解消

バージョン2.7 (2023年3月3日リリース)

• 追加機能
  • NeuralMD: Ver.1.8に対応した機能追加（ReaxFFを用いたΔ-NNP法）
  • LAMMPS: 無機固体用のグラフニューラルネットワーク力場M3GNetに対応
  • LAMMPS: Open Catalyst 2022(GemNet-dT)力場に対応
  • PJMジョブ管理システムに対応
  • リモートジョブ投入後にローカルのプロジェクトフォルダを移動しても結果を取得できるよう対応
  • プロジェクトが .nanolabo フォルダ外にある、またはプロジェクト名にLinuxで使えない文字が含まれている場合でもジョブ投入できるよう対応
  • Mac版：Apple M1対応版（ARM版）をリリース

バージョン2.6 (2022年9月30日リリース)

• 主な追加機能
  • NeuralMD: Ver.1.7に対応した機能追加
  • LAMMPS: 最新バージョン(2Jun2022)に変更
  • LAMMPS: 構造最適化時のセル変形の設定
  • LAMMPS: 画面上で定義した原子グループに外部電場・外力・指定速度を付与、指定速度で格子変形させる機能
  • より対称性の高い結晶構造を探索する機能（判定閾値を指定した対称性判定）

バージョン2.5 (2022年5月20日リリース)

• 追加機能
  • LAMMPS: NPTアンサンブルにおけるセル変形の制約条件の設定機能
  • NeuralMD: Ver.1.6に対応した自己学習ハイブリッドモンテカルロ法のインターフェースを追加
  • NeuralMD: 学習時にエネルギーのみ最適化する（力を使わない）設定
  • SSH接続用のプロキシ設定機能

バージョン2.4 (2022年2月4日リリース)

• 追加された機能
  • LAMMPS: Open Catalyst Project の汎用力場に対応
  • メモリー使用量、Java VM の引数の設定を追加
  • NeuralMD: Ver.1.5 に対応した機能追加
  • VASP の POSCAR 形式での原子座標ファイル出力
  • サポート対象 OS に AlmaLinux 8 を追加

バージョン2.3 (2021年12月10日リリース)

• 追加された機能
  • NeuralMD: ニューラルネットワーク力場の学習（最適化）およびテスト機能
  • NeuralMD: メトロポリス法による教師データ用の構造生成機能
  • 設定ファイル（sannp.metro）読み込み対応
  • 結合長・結合角・二面角の測定機能
  • モデラー画面での格子ベクトル編集機能
  • 格子ベクトルの方向の取り直しを伴うスーパーセルモデルの作成機能
  • QE: 交換相関汎関数に RPBE を追加

バージョン2.2 (2021年10月1日リリース)

• 追加された機能
  • [Pro] QE: GIPAW法によるNMRスペクトル計算機能
  • QE: Car-Parrinello法分子動力学(CPMD)計算機能
  • MDL Molfile(.mol, .sdf)読み込み対応

バージョン2.1 (2021年6月4日リリース)

• 追加された機能
  • 低速ネットワーク用設定
  • NeuralMD用教師データ作成機能（グランドプロジェクト）
  • QE: SCF計算結果の3D表示（電荷密度、ポテンシャル、スピン偏極）
  • QE: フォノン計算の収束閾値設定
  • LAMMPS: 原子速度設定画面

バージョン2.0 (2020年11月30日リリース)

• 追加された機能
  • [Pro] 高分子モデラー
  • QE: XAFS 計算
  • LAMMPS dump ファイル読み込み対応

バージョン1.5 (2020年7月29日リリース)

• 追加された機能
  • QE: 交換相関汎関数設定（ハイブリッド汎関数・ファンデルワールス相互作用）
  • QE: PDOS電卓
  • リモート実行時のアクセス一時停止、サーバー上のファイルダウンロード・削除
• その他、動作改善・バグ修正等

バージョン1.4 (2020年4月27日リリース)

• 機能追加
  • LAMMPS: 熱伝導率、粘性係数、拡散係数、動径分布関数の計算・可視化
  • LAMMPS: Tersoff力場対応
  • QE: SCFのDiagonalizationにrmmを追加（デフォルト）
  • QE: TD-DFTのAlgorithm追加
  • 格子ベクトルの反転・入れ替え
  • 座標軸に沿った原子移動
  • スラブモデルに対する追加の編集機能
  • Result画面ファイルツリーのコンテキストメニュー・ドラッグ操作
  • ウィンドウサイズ保存
• （Linux版）長時間使用時に正常に動作しなくなる不具合を修正
• その他、動作改善・バグ修正等

バージョン1.3 (2020年9月30日リリース)

• 機能を強化した「Pro版」をリリース
• [Pro] 界面ビルダー
• その他、動作改善・バグ修正等

当社で作成した日本語のチュートリアルです。解析手法別に分かれていますので、目的に合わせてご活用ください。初めてご利用になる方は、まずはスタートアップガイドからご覧ください。

GUI・解析イメージ

	CrystalDiffractのインターフェースでは、画面ツールが可視化された状態で、3相混合物が別のパターンと同時にプロット表示される
	「スペクトル色」オプションを用いて可視化された相転移
	検索窓での動作:(004) 頂点を表示し、反射リストが表示されている場合には、その列がハイライトされている。
	相転移の「動画」モードでの可視化と拡大鏡ツールを使用た詳細表示
	観測データ(赤)とシミュレーションデータ(青):飛行時間法中性子回折パターン
	相転移をセルパラメータをリアルタイムで調節しながらシミュレーション
	3相混合物の組成パターンプロット表示
	クォーツ内の粒子サイズと歪み効果のシミュレーション
	結晶構造の編集(空間群の識別、部位占有制御、異方性温度因子)
	粘土鉱物のデータの平滑化とバックグラウンド減算法
	散乱因子ウィンドウを用いたX線原子散乱因子の様々な原子に対する可視化
	従来型の「ネガティブ」動画モードによってプロットされた氷の様々な相

主要な機能の詳細

簡単操作

手元で操作できる回折

CrystalDiffractは高精度なX線/粉末中性子回折のシミュレーションを行うプログラムで、スピーディで操作性に優れています。4種類のプリセット(定常波X線、中性子、エネルギー分散X線、飛行時間法中性子)の中からシミュレーションのタイプを指定します。高速のプロファイルシミュレーションに対する多重処理や、回折とサンプルパラメータのリアルタイム調整を、回折実験を制御しながら行います。

 

正方晶(青)から斜方晶(赤)への相転移シミュレーション。ユニットセルパラメータは頂点の変化に沿って臨機応変に編集される

 

データ解析

 

実験データの解析

CrystalDiffractでは、複数の実験データセットをインポートし、シミュレーションデータと比較します(操作方法:テキストファイルを回折ウィンドウへドラッグアンドドロップ)。また、観測データの調節、拡大縮小を行い、リアルタイムに平滑化やバックグラウンド補正を行い、革新的な画面ツールを使用して観測パターンを測定します。シミュレーションされたパターンを比較し、純度のチェックと相同定を行います。

 

動画モードで行う回折パターンのシミュレーションデータと観測データの重ね合わせ

 

混合物シミュレーション

 

ドラッグアンドドロップで行う混合物シミュレーション

CrystalDiffractでは、多相混合のシミュレーションを、混合物グループに対してパターンをドラッグアンドドロップすることによって行います。リアルタイムで混合成分の配分を調節し、調節には、混合スライダーやパラメータリスト内のテキスト入力を利用します。混合物総量のロック機能、成分の0へのリセット機能があり、簡単な相比率を編集します。

混合物のシミュレーション結果は、各成分それぞれのパターンに沿って表示が可能です。表示される際、パターンリストの中のチェックボックスによって表示と非表示を切り替えることができます。

 

ドラッグアンドドロップで混合物へパターンを追加

 

画像表示

 

優れた画像表示

CrystalDiffractで表示される画像は非常に美しく、画像は簡単に他のプログラムへ(高解像度のベクトル形式で)コピーすることが可能です。(クリップボードへのコピー、他のプログラムへのドラッグアンドドロップ、ファイルの保存)。

指定できる様々な画像表示の方法には、以下のものが含まれます。色のパターン、線やマーカーのサイズやスタイル、透明度、影の有無、頂点のオーバーレイ化、グリッドライン、動画スタイルと色、頂点のラベル(内容、位置、整列)、キャプション表示、図のタイトル、文字のフォントやサイズ。

 

拡大鏡ツールにより、縮尺比を変更せずに高解像度のデータ閲覧が可能

 

タッチ操作

 

マルチタッチ

回折パターンの拡大縮小ならびにスクロールは、CrystalDiffractのトラックパッド対応機能を使用すると、非常に簡単です。「指先でつまむ」だけで拡大縮小の操作を行い、スライダーの操作で、移動水平方向のスクロールや、垂直方向への拡大縮小を行います。さらに、スクロールツールかツールバーの拡大縮小コマンド、スクロールコマンドを使い、正確にプロット範囲を指定します。パターンは様々な基準や自動整列によって画面上でソートされます。

 

反射の検索

 

検索と反射の閲覧

統合された検索窓を使い、プロットされたパターンや、反射リストの中から、素早くシミュレーションされた反射を見つけ出します。リスト内の反射の閲覧やソートを行い、任意の反射をダブルクリックすると、瞬時にプロットの中でその位置を示します。

 

頂点のヒントコメントを用いて、マウスで指定したシミュレーション頂点を識別(ヒントコメントは折り畳み可能)

 

各頂点のヒントコメントは、マウスを動かしながら反射を特定するために役立ちます。ヒントコメントは、折り畳み可能で、各頂点の格子面間隔値(D値)や関連する明度、幅を含む完全な情報を表示します。

 

CrystalMakerやその他の形式へのアウトプット

 

データ出力

CrystalDiffractは独自形式で研究結果を保存し、次回プログラム起動時に、素早く簡単にデータをロードします。さらに、完全な回折パターン、反射リスト、構造の要素、CIF形式やCMTX形式の結晶構造データまでエクスポートします。

それだけではなく、CrystalDiffractは、CrystalMakerへの視覚情報への直接リンクを保持し、シミュレーションパターンを選択し、可視化コマンドを実行するだけで、CrystalMaker上で結晶構造が表示されます。

 

CrystalMakerメイン画面:結晶構造から粉末回折まで(右上)、単結晶回折(右下)

 

CrystalMaker内の視覚情報への直接リンクにより、任意のシミュレーションパターンの選択と可視化コマンドの実行により、CrystalMaker内で結晶構造の表示が行われます。

 

]]> https://www.affinity-science.com/crystaldiffract-version/ Sat, 08 Feb 2020 04:47:42 +0000 https://www.affinity-science.com/?p=4342 CrystalDiffract TOPはこちら

バージョン7.2.1（Windows:2025年11月27日／macOS:2025年11月17日リリース）

 

Windows & macOS共通

• コントロールストリップ (Control Strip) の導入: リストヘッダーバーを削除し、検索やメニュー操作を集約したコントロールストリップに置換しました。
• ギャラリーウィンドウの動画再生修正: YouTubeポリシー変更に伴う不具合を解消しました。
• アイコンデザインの刷新: メニューおよびツールバーアイコンを現代（more-modern appearance）化しました。

Windows

• 低波長実験におけるリートベルト解析の改良: d値制限（最小5 Å）を撤廃し、観測データの全範囲を使用することでシミュレーション結果を向上させました。
• 位相IDスコアの修正: スコア値が正しく計算されるよう修正しました。

macOS

• ギャラリーウィンドウの視認性向上: ライト/ダークモードの区別を明確化し、Tahoeでの表示不具合を修正しました。
• macOS 26 “Tahoe” 関連の修正:
  • インスペクタの改良: ノートインスペクタの拡張や、レガシーOSでの表示調整を行いました。
  • オーバーバー記号: 表示消失への回避策を適用しました。
  • 外観変更: ピークチップとサブタイトルを丸みを帯びたデザインへ変更しました。
• 出力ログのマルチタッチ回転バグ修正: 誤った構造回転を引き起こす不具合を修正しました。
• シミュレーションパラメータ変更のバグ修正: ピーク幅などの変更が全パターンに反映されるよう修正しました。

 

バージョン 7.2.0

Windows & macOS共通（Windows : 2025年10月8日リリース、macOS : 2025年9月18日リリース）

• 【検索スコープメニュー（Search Scope Menu）】検索フィールドにドロップダウンのスコープメニューデザインを追加し、水平のスコープ（Scope）バーを置き換え。操作をより明確にするため、個々のメニュー項目でそれぞれのツールチップを表示するよう改善。この新しいデザインにより、より小さな画面サイズでも多くの選択肢を表示可能。
• 【XRDMLファイルのインポート】マルバーン・パナリティカルのX線回折装置が生成したXRDML形式のファイルから観測データをインポートする機能を追加。
• 【より強力なフェーズID（Phase ID）】観測された強度や欠落したピークを無視する機能、必要な要素の文字列を指定する機能により、フェーズIDを更に柔軟で強力なものに改善。
  • [強度の無視] 飽和フィルム（saturated film）からスキャンデータを読み取る場合や、単に強度データが信頼できない場合に便利なオプション。強度を無視する代わりに、ピーク位置にフォーカス。
  • [欠落したピークの無視] 観察サンプルに優先配向（preferred orientation）がある場合や、データセットが不完全な場合（例えば、固定されたゾーン軸の単結晶回折パターンから作成された偽の粉末プロファイルなど）に使用できるオプション。
  • [必須元素] 空白で区切られた元素記号の文字列を指定でき、これらの元素に該当しない候補フェーズを破棄。
• 【フィルムストリップの色付け（Coloured Film Strips）】通常のグレースケール・フィルムにパターンカラーで着色し表示する、新しいフィルムカラーリングモード「パターンカラー」を追加。ディスプレイインスペクタの「フィルム」グループにもカラーボタンを追加。（パターンカラー・モードが設定されていない場合は無効。）
• 【装置（Instrumental）パラメータのインポート/エクスポート】Refine/ParametersインスペクタのInstrumentグループに、すべてのパラメータをテキストファイルに保存、またはインポートできるActionsボタンを追加。特に装置パラメータが多数存在する中性子回折において、定期的な精密化を支援。
• 【ツールストリップ（Toolstrip）とツール（Tool）の再設計】矢印ツールと移動ツールを入れ替え、CrystalMakerとSingleCrystalと同じ配置に変更。
  • Reflexionsリストを素早く切り替えることができるよう、ツールストリップの右側に新しいリストボタンを追加。凡例とタイトルを切り替える新しいボタンを追加。
  • 他のアプリと同様に、スクリーンツールをキーボードショートカットで変更できるよう改善。（H = ハンド（スクロールツール）、A = 矢印ツール、V = 移動ツール、Z = 拡大（ズーム）ツール）。ショートカットを対応するツールストリップのツールヒントに表示。
  • スクリーンツールを変更すると、アクティブウィンドウに情報サブタイトルが表示されるよう改善。
  • ツールストリップおよび/またはReflexionsリストの切り替えを可能にするコンテクストメニューを追加。
• 【Phase IDデータベースのアップデート】Crystallography Open Database (C.O.D.)の522,000個の構造を使用し、内部のPhase ID回折データベースをアップデート。
  • 定期的な回折シミュレーションプロセスの一環として整合性基準を満たさない約2,000の”「不正」なファイルを破棄し、約520,000の構造を使用。（CrystalDiffract 7.1と比較して約20,000構造の増加。）
• 【その他】ユーザーガイドの更新、潜在的なシステム問題の回避策、およびマイナーなバグ修正を含む。
  • 回折ペインのコンテクストメニューに “Autoscale Intensity from Zero “コマンドを追加。メインメニューにも[View > Intensity > Autoscale from Zero] として同じコマンドを追加。
  • ReflexionsペインのPeaks & Phasesタブのデザインを変更。”Find”と“Actions”ボタンにベベルを表示、“Find”にタイトル（“Find Peaks”、“Find Phases”）を追加。
  • 波長シート（Wavelength sheet）とSimulateインスペクタのInstrumentグループにAg X線ターゲットのプリセットを追加。プリセットをアルファベット順にし、よりコンパクトなボタンデザインに変更。
  • クリスタルエディターで、サイトラベルにスペースやASCII以外の文字が入力されないよう変更。
  • Phase IDパターンでピーク幅が正しく設定されないバグを修正。
  • 異なるｘ軸タイプを切り替えたときにPhase IDパターンが消えることがあったバグを修正。（いくつかのデータポイントが、許容されるλ/2カットオフのブラッグ方程式によって定義されるx軸の範囲外にあった結果x値がゼロにリセットされたため、配列内のデータポイントの順序が狂ってしまったことによるもの。）
  • サマリウム（ Samarium）の参照構造を修正し、9R構造の正しい α相とdhcp構造の高圧多形体（high-pressure polymorph）を追加。
  • Peak Finderの最小ピーク分離をPreferences/Settingsパネルから正しく設定できるよう修正。

Windows

• 【その他】
  • 特定のフォントでマイナスの上付き文字がグリフとして正しく表示されない問題を修正。この文字が選択されたフォントで利用できない場合、通常のマイナス文字の垂直オフセットを調整することにより独自の上付き文字を生成するよう改善。

macOS

• 【Tahoe “Liquid Glass” インターフェース】CrystalDiffract 7.2.0は、macOS 26 “Tahoe “の新しい “Liquid Glass “インターフェースを完全にサポート。そのために、インターフェースのヘッダー/フッターに半透明をより多く使用するなど、広範な変更を実施。ツールバーには、新しいインスペクタ・セパレータによりDiffractペインの上に残る一連の半透明のローゼング（translucent lozenges）が含まれる。
  • macOS 11以降で実行しているすべてのユーザは、独立したインスペクタペインを含む洗練されたユーザインターフェイスの恩恵を受けることが可能。
  • サイドバーの左下隅から「+」ボタンとアクションボタンを削除。”Add”ボタンをツールバーに戻し、“Actions”の代わりにコンテクストメニューを使うことができるよう変更。
  • 見た目をすっきりさせ、また、他のアプリと整合するように、ツールバーのデフォルト状態を “Icon Only”に変更。
  • サイドバーのカラー・チェックボックスをTahoeや以前のオペレーティング・システムにマッチするよう改善。
  • スライドサイドバーに影と透明度を追加。
    • macOS 26 Tahoeの “丸みを帯びた正方形 “アプローチと整合するように、アプリケーションアイコンを改訂。
• 【Reflexionsリストのマルチタッチ回転】Reflexionsリストのレイアウトをマルチタッチで縦と横に切り替えられるよう改善。
  • Reflexionsリストの上にマウスポインターを置き、右に回転させると縦型レイアウトに、左に回転させると横型レイアウトに切り替え可能。(注：リストがすでに縦型の場合に右回転を試みても何も起こらず、横型で左回転の場合も何も起こらず。)
• 【その他】
  • “Text “モードでツールバーアイテムにタイトルが表示されない問題を修正。ツールバーの “overspill “メニューにアイコンが表示されないという別の問題も解決。
  • ドキュメントウインドウが閉じられ、カラーパネルが使用されている際にクラッシュする可能性があった問題に対し、コードを追加し修正。
  • 観察されたパターンが選択され、“label HKL “オプションが設定された時の例外を修正。

 

バージョン 7.1.2

Windows & macOS共通（2025年5月1日リリース）

• 【六方晶と三方晶（Hexagonal & Trigonal Crystals）の精度向上】入力データ内の六角形分数（hexagonal fractions）（1/6、1/3、2/3、5/6）を自動的に検出し、これらを完全な64ビット精度に変換するオプションを追加（デフォルトでオン）。変換は、CIFなどのテキストファイルからのデータインポート時、Crystal Editor使用時の2箇所で実行。このオプションは、Preferences/SettingsパネルのSimulationペインにある新しいチェックボックスで無効化可能。
• 【マルチフェーズリファインメントの改善】リファインインスペクタ（Refine Inspector）の結果ペインに、個々の相のスケールファクターから計算される体積分率（Volume fraction）と重量分率（Weight fractions）の両方を表示するよう改善。スケールファクターから重量分率への変換に関する問題を修正。
• 【その他】このバージョンでは、ユーザーガイドの更新、潜在的なシステム問題の回避策、およびマイナーなバグ修正を含む。
  • 「リートベルト精密化」の章を書き直しユーザーガイドを改善。
  • CoNb₃S₆の結晶構造を統合構造ライブラリに追加。

macOS

• 【その他】このバージョンでは、ユーザーガイドの更新、潜在的なシステム問題の回避策、およびマイナーなバグ修正を含む。
  • macOSの”Gatekeeper”による隔離問題（quarantine issues）を検出できるよう“Visualize Structure”（構造を可視化）コマンドを改善。
  • インスペクタのチェックボックスとアクション（Actions）ボタンが操作できない問題を修正。
  • バックグラウンド・プロセスが関与する稀なシステム問題から保護するための回避策を追加。
  • Refinement Trajectoryウィンドウを更新し、出力ラベルを表示できるよう改善。

バージョン 7.1.1

macOS（2025年3月3日リリース）

• 【その他】このバージョンはより良い後方互換性を提供するため、Sequoia以前の古いオペレーティング・システムにおけるいくつかのシステム問題の回避策と、マイナーなバグ修正を含む。
  • カスタムレイアウトに於いて、ツールバーアイテムのダイナミックサイジングにより、macOS 10.14および10.15との互換性を向上。
  • 状態の復元を含むシステムの不具合に対する回避策を追加。（macOS 12に於いて、約30秒後にシステムがアプリケーションを突然終了させる問題を回避。）
  • 古いオペレーティングシステムに於いて、システムメモリ管理の問題によりドキュメントを閉じた後にプログラムがクラッシュすることがあった不具合を回避。

バージョン 7.1.0

Windows & macOS共通（2025年2月17日リリース）

• 【移動ツール（Move Tool）】クリック＆ドラッグでパターンを移動できる4つ目のツールを追加。 結晶パターンまたはシミュレートされた混合物の場合、パターンは上下移動可能。観察されたパターンであれば水平方向にも移動可能。
• 【ツールストリップ（Toolstrip）】SingleCrystalとCrystalMakerで使用されているものと同様の、画面オーバーレイだけでなく、モーダル画面のツールにも簡単にアクセス可能なCrystalDiffract独自のツールストリップを追加。（古いポップオーバーコントロールは削除）
• 【ツールバーの改善】コマンドをツールストリップに移動することで、ツールバーのスペースが広くなり、新しいデフォルトコントロールを追加。
  • • Zoom In | Zoom Out
    • Stack | Collapse
    • Range
    • Film/Graph
  • カスタマイズ・シート（Customize sheet）により追加可能なツールバー・ボタン：
    • Output Log
    • Sum
    • Difference
    • Mix
• 【パターンの加算/減算】パターンリストのアクションメニュー（Patterns List’s Actions menu）とメインメニューのパターン（Pattern）に、選択したパターンを追加または減算する新しいコマンドを追加。
  • • Calculate Sum of Patterns
    • Calculate Difference (A – B)
      • (ここでAとBはそれぞれ、最初に選択されたパターンと2番目に選択されたパターン名）
  • パターンの足し算は2つ以上のパターンが選択されているときに機能。パターンの引き算には2つのパターン選択が必要。加算・減算とも、新しい観測パターンが追加され可視化。
• 【新しい回折データベース】古い回折データベースを、完全なC.O.D.（Crystallography Open Database）に基づいた新しいデータベースに置き換え。（CrystalMaker社の品質基準によりリジェクトされた約2300個を除く50万以上の構造を保持し、従来に比べ18,000構造の増加。）
• 【アクセス可能な回折データベースのインポート】カスタム回折データを読み込むコマンドをフェーズID（Phase ID）ペインからファイルメニューに移動。 これにより、開かれたドキュメントウィンドウで観測データセットを選択することなく、データベースをリセットできるよう改善。引き続き行われるデータベース生成に於いては、ウィンドウ固有のシートではなく、進行ダイアログにモーダルウィンドウを使用するよう改善。
• 【カラー・ポップオーバー（Colour Popovers）】ディスプレイインスペクタ（Display Inspector）のすべてのカラー・ボタンをポップオーバー・コントロールに置き換え、パレットから素早くカラーを選択できるよう改善。
• 【結晶構造可視化（Visualize Crystal Structure）コマンドの改良】複数のシミュレーションパターンが選択されている場合、このコマンドが対応する結晶構造を、同じ CrystalMaker ドキュメントウィンドウに追加するよう改善。
• 【ギャラリーウィンドウの改良】ギャラリーウィンドウを各グループのアイコンを表示する新しい外観に変更。これに加え、”Pattern Subtraction”と“Scrolling and Zooming”の2つの新しいビデオチュートリアルを追加。
• 【位置とスケール（Position & Scale）グループの改良】 Y Scaleのスライダとそのテキスト・フィールドに、0.001から10,000までの実数値に対応する-3から+3までの対数スケールを追加。 これにより、中央のスライダー値（0）が実数値+1に対応するため、より小さなスケールを調整しやすくなるよう改善。
  • Y ScaleとMix Fractionのスライダを、水平スクロールホイール（Magic Trackpadを2本指でスライド）を使って調整できるCMHorizontalScrollWheelSliderオブジェクトに変更。
• 【その他】
  • ユーザーズガイド、What’s New、およびチュートリアル・ドキュメントを、このリリースに合わせて更新。
  • 新しいMoveツールとの混同を避けるため、Auto Scale (XY)とAuto Scale (Y)のアイコンを変更し、他のアプリケーションとの一貫性を改善。
  • サイドバーのActionsメニューに於いて、Patternメニューのコマンドと重複するいくつかの項目を削除し合理化。 さらに、“New Mixture”と“New Mixture from Selection”コマンドを一つのコマンドに統合。（コマンド名は選択範囲の有無により変化。）
  • 新しく追加されたMoveツールに関連し、xスライダ（x-slider）とyスライダ（y-slider）をScale & Offsetsグループから削除し、その場所に、対応するオフセットをゼロにリセットする新しい “reset”ボタンを追加。
  • 垂直カーソルがある場合にスクローラー（Scroller）ペインが正しく動作するよう修正。 また、スクロールツールでのクリック＆ドラッグなど、他のスクロールイベントに合わせスクローラーをアップデート。
  • 混合物生成とパターン減算（pattern subtraction）が、観測されたパターンの背景除去を正しく考慮するよう修正。
  • 同じ分率座標（fractional coordinates）を持つが異なる占有率（occupant）を持つ原子サイトをマージする際、結果の占有率の合計が1.0を超える場合（数値の精度が限られているために起こる可能性）にマージが失敗することがあった問題を修正。
  • 空間群シンボル（space group symbol）を含むが 一般的な等価位置（general equivalent positions）を持たないCIF をインポートする際に稀に発生する問題を解決。

Windows

• 【高速リートベルト解析】リートベルト（Rietveld）プロファイル精密化プロセスを劇的に高速化する自動dスペーシングリミッター（d-spacing limiter）を追加。
• 【その他】
  • ラベル（Labels）ツールバーボタンが正しく機能するよう修正。
  • Refineインスペクタに表示される変位パラメータが等方性（Isotropic）とマークされている場合、その子パラメータを表示するよう修正。
  • “Refinement Trajectory”ウィンドウに最小サイズとコンテキストメニューを追加。
  • 背景ノードの上でマウスを移動した際、現在の画面ツールに関係なく、マウスカーソルが移動できることを示す十字に正しく変わるよう修正。
  • 背景ノードを選択した際、以前に選択していた他のノードの選択が解除されるよう変更。

macOS

• 【煩わしいSequoia 起動ダイアログの回避策】macOS 15 Sequoia上で CrystalDiffract 7.0を起動する際、「CrystalDiffrac は他のアプリケーションのデータにアクセスする必要があります（CrystalDiffrac needs to access data from other apps）」と表示される警告は、Apple が共有アプリケーショングループの命名規則を一方的に変更したため、マルチユーザグループやサイトバンドルで使用していた共有設定フォルダが認証されなくなったことが原因であることが判明。
  • 残念ながら、回避のためには Apple の新しい命名規則を採用せざるを得ず、 グループバンドルまたはサイトバンドル利用の Mac ユーザは、CrystalMaker ソフトウェアスイートのいずれかのプログラムを 1 度だけ再ライセンスする必要がある。 一旦完了すれば、もうSequuoiaシステムに煩わされることはなく、他のすべてのアプリケーションも実行可能となる。
• 【その他】
  • シミュレーションインスペクタ（Simulation Inspector）のすべてのスライダコントロールをスクロールホイールスライダ（scroll-wheel slider）にカスタマイズ。スライダの上にマウスを置くだけで、Magic Trackpadの水平スクロールジェスチャでコントロールでき、調整がさらに簡単になるよう改善。
  • 起動時のEditメニューから、システムが生成する”Writing Tools”サブメニューを削除。
  • Live Diffraction Modeを、別のスペースに切り替えたときに空のウィンドウが表示されないよう改良。
  • シフトキーを押すか離すと、拡大カーソルが更新されるよう改善。
  • 既存の選択内容から混合物を追加する際、タイミング／選択エラーにより混合物の成分の1つを置き換える空の混合物が作成されることがあったバグを修正。
  • デモモード（Demo Mode）でCIFをロードしようとするとクラッシュする可能性があった問題を修正。
  • 現在のプロット範囲（current plot range）内にデータポイントがない場合にクラッシュする可能性があった問題を修正。
  • シミュレーションインスペクタ（Simulation Inspector）のSampleグループに於いて、Strainテキストフィールドとステッパーコントロール（stepper control）が粒子サイズの値を使用していたバグを修正。
  • パターンに塗りつぶし（solid fill）を使用し、色をハイライト色にリセットするとクラッシュする不具合を修正。

バージョン 7.0.5

Windows（2024年12月18日リリース）

• 【OLEX “CIF”データのインポート】OLEXプログラムにより生成された、少し変形された（slightly mangled）CIF出力から構造データをインポートできるよう修正。（以前のバージョンでは、非標準フォーマットで出力された対象位置など解析不能。）
• 【その他】
  • 同じ分率座標（fractional coordinates）を持つが異なる占有原子（occupants）を持つサイトをマージする際、結果の占有率の合計が1の場合に数値精度のためにマージが失敗することがあった問題を修正。
  • 結晶構造の可視化（Visualize Crystal Structure）コマンドを複数のパターンで動作するよう修正。
  • ライセンスダイアログを、ユーザが利用規約に明示的に同意する必要があるよう修正。

バージョン 7.0.4

Windows & macOS共通（2024年7月30日リリース）

• 【表示（View）メニューの改善】種々の機能をよりわかりやすくするため、Viewメニューにアイコンを追加。
• 【その他】
  • ソフトウェアライセンスに関するマイナーアップデートと互換性の向上。

macOS

• 【表示（View）メニューの改善】システムにより挿入されたタブバー（Tab Bar）とツールバー（Toolbar）メニュー項目を、メニュー上部のサブメニューに統合。

バージョン 7.0.3

Windows & macOS共通（2024年7月24日リリース）

• 【その他】
  • 水平/垂直のトグルコントロールのためのダイナミックアイコンを使用する出力（Output）エリアを、常に見えるよう改善。
  • リファインメントのセットアップ中にクラッシュする可能性があった問題を修正。

Windows

• 【その他】
  • グラフの y 軸と垂直カーソルで、強度値に上付き文字を使用するよう変更。
  • Peaks List エントリをダブルクリックした時に、表示されているパターンが正しくスケールされるよう修正。
  • シミュレートされたパターンに対して、Pattern > Fine Peaks コマンドを無効化。
  • 自動検出されたバックグラウンドが減算されない問題を修正。

macOS

• 【インスペクタの改善】最新の SingleCrystal 5 と CrystalMaker 11 のデザインに合わせたより広い左右のインセットを使用することにより、Display インスペクタと Simulation インスペクタのコントロールレイアウトを改善。
• 【より簡単なテキスト書式設定】Notes インスペクタのコンテキストメニューに “Fonts” サブメニューを追加し、対応するメインメニューのテキストコマンドが正しく動作するよう改善。システムにより追加された “Search”、“Translate” 、“AutoFill”メニュー項目を削除。
• 【その他】
  • Refinement SetupポップオーバーでRulerボタンをクリックすると、Rulerが消えるように変更。
  • テキスト読み込みの最適化により、CIFインポートが若干速くなるよう改善。
  • ピークの先端（peak tips）を拡大するときのマウストラッキングを改善。マウスをピークの外側で少し動かしてからピークの先端にマウスオーバーすると、クリックしたときにピークの先端が消えていた問題を修正。
  • File > Revert to Savedコマンドが、精密化パラメータを正しくクリアするよう修正。
  • ルーペ（Loupe）が隠されている場合に、オフスクリーン描画がクラッシュを引き起こす可能性があった問題を修正。

バージョン 7.0.2

Windows & macOS共通（2024年6月6日リリース）

• 【Peak Searchの改善】観測されたデータセットに対する自動ピークサーチを、低角度データに対してより効果的に機能するよう改善。さらに、新しい“minimum peak separation”パラメータにより、強度最大値（intensity maxima）間の区別をより細かく制御することができるよう改善。
• 【Inspector Controlの改善】インスペクタがデフォルトの“Auto Close”モードの場合、Shiftキーを押しながらグループをクリックすることにより、他のすべての開示グループ（disclosure groups）を自動的に開いたり閉じたりできるよう改善。
•  【その他】
  • より薄い水平セパレータを使用し、インスペクタの開示グループの外観を改善。
  • ルーペツールで特定の観測データセットを操作する際、動作が遅くなる可能性があった問題を修正。

Windows

• 【その他】
  • 背景が自動計算される際、背景が減算されるバグを修正。
  • カーソルが可視範囲外にあるときに、最初にカーソルが表示されてしまう問題を修正。
  • 観察されたパターンラベルを、ピークを計算するときに更新するよう修正。
  • ルーペ（Loupe）が高DPIスクリーンで正しく機能するよう修正。

macOS

• 【その他】
  • “No Pattern Selected”（「選択されたパターンがありません」）のウォーニングがリフレクションリストの中央に表示されるよう修正。

バージョン 7.0.1

Windows & macOS共通（2024年2月19日リリース）

• 【その他】
  • サイドバー、インスペクタ、ログ、ギャラリーのアイコンを改良。
  • ギャラリーとライブラリを開くショートカットをオプションのツールバーボタンとして利用可能に変更。
  • ギャラリーウィンドウの登録とサポートリンクを選択すると、プログラムのシリアル番号が関連するウェブフォームに自動的に追加されるよう改善。
  • ユーザーガイドと “What’s New “ドキュメントを更新。

Windows

• 【新しいウィンドウ外観】ドキュメントウィンドウのデザインをCrystalMaker 11の外観に合わせて一新。統合されたツールバーを削除し、代わりにタイトルバーと背景テーマが明るくなったツールバーを別々に配置。新しいアイコン群と、分割されたボタンデザインを追加。
• 【その他】
  • 1つ以上の占有原子（occupant）があるサイトを持つ結晶に関し、精密化でのクラッシュを修正。
  • パターンリストにおいて選択が正しく動作しない問題を修正。
  • 背景の減算（Background subtraction）が正しく機能するよう修正。

macOS

• 【その他】
  • ファイルのインポートを合理化し、読み込みを高速化。
  • 背景を差し引いた時にレジェンドのタイトルを更新するよう修正。
  • ルーペが表向き隠されている場合に、ルーペのポップアップメニューが表示されるバグを修正。
  • Bijの温度要因に起因する、強度が非常に弱い稀な問題を修正。
  • 古いバージョン6のドキュメントを、すべてのシステムで開けるよう修正。

バージョン 7.0.0

Windows & macOS共通（Windows：2024年1月4日リリース、macOS：2024年1月2日リリース）

• 【リートベルト法による精密化】マルチコアマシン上で最大のパフォーマンスを発揮するようゼロから開発された、全く新しいアルゴリズムのリートベルト法を追加。新しいRefineインスペクタにより、開始構造を参照しながら観察された回折パターンをスマートに精密化可能。パラメータを順番に精密化するスマートなストラテジーを備えたAuto Refine機能を搭載、精密化のセットアップを自動化。
• 【ピークファインダー】観測されたパターンをスキャンし、ピークの位置、d-間隔、相対強度を同定可能なPeak Finderを追加。
• 【バックグラウンド検出】Simulate InspectorのBackgroundグループを再設計し、観測データセットのバックグラウンドを自動検出する新しい方法を実装。
• 【ライブラリ】SingleCrystal 4に含まれるものと同様な、統合された構造ライブラリを追加。外部ファイルを読み込むことなく、プログラムから直接パターンをシミュレート可能。(SingleCrystalとは異なり複数の選択が可能。)
• 【フェーズID】網羅的なフェーズIDを追加。回折パターンから未知の（しかし純粋な）フェーズを容易に同定可能。
• 【高角度X線散乱因子（High-Angle X-Ray Scattering Factors）】Fox, et al (1989)のデータを使った 2 < sin θ/λ < 6Å^-1 の範囲での高角度X線散乱因子計算を追加。原著論文ではln(fx)の角度依存性を4次の多項式を用いてフィッティングしているが、Li, Mg, Si, Ni, Zrについて誤った結果を返すため、He (Z=2)からCf (Z=98)までのすべての元素に対する独自のフィットを作成し、高角度計算に使用。
• 【電子散乱因子（Electron Scattering Factors）】モット方程式を使ったX線散乱因子の電子散乱振幅への変換を改良。低角度ではモット方程式が無限大に漸近するため変換に失敗していました。そこで、起動時に低角度と高角度の2つのテーブルをロードするよう変更。
• 【インスペクタの改良】グループアイコンと、Display、Simulate（以前は “Parameters”）、Refineの3つのタブを持つモダンなタブデザインにより、すっきりとした外観に変更。
• 【プリファレンスの改善】Preference（macOS Venturaでは“Setting”）パネルを広くし、レイアウトを大幅に変更。散乱係数（Scattering Factors）を別ウィンドウからプリファレンスに移動。
• 【その他】
  • Patterns Listのチェックボックスをオプションクリックすることで、パターンをすばやく切り分けることが可能。
  • 新しいドキュメントの拡張子 crdx を追加。
  • 新しいパターンを回折ペイン（Diffraction Pane）にドラッグ&ドロップすると、そのパターンが Patterns Listで選択されるように変更。(他のパターンは選択解除)

 

バージョン7の詳細なリリースノート（CrystalMaker社サイト）

• Windows版
• Mac OS版

 

バージョン 6.9.6

macOS（2023年3月6日リリース）

• 【その他】
  • アップデートチェックが新しいSSLベースのウェブサーバーで機能。

バージョン 6.9.5

macOS（2022年12月12日リリース）

• 【その他】
  • レフレックス範囲（reflexions range）を設定する際、Å単位の入力を不必要に変更。
  • CrystalMakerテキスト(CMTX)ファイルの“Notes “フィールドに関する非常にまれなバグの修正。

バージョン 6.9.4

Windows & macOS共通（Windows：2022年9月20日リリース、macOS：2022年12月12日リリース）

• 【CIFファイルからインポートされた直交座標】_atom_site_Cartn_x、_atom_site_Cartn_y、_atom_site_Cartn_zタグで保存されたCIFファイルから直交座標を読み込み可能。
  • 注）変換行列がない場合、提供された（孤立した）直交座標の集合に格子の周期性を関連付けることは不可能であり、もしファイルに変換行列がなければ、存在しないということで構造インポートはそこで終了。
• 【その他】
  • XRD Instrumentグループを使用し、X線波長をより高い精度（小数点以下5桁）で入力可能。
  • X値の降順の観測データセットを正常にインポート可能。
  • Bijフォーマットの異方性データ値を含むCIFファイルを正しく処理。

バージョン 6.9（2020年11月27日リリース）

macOS

※Big SurならびにApple Siliconに完全に対応するため、古いOS(macOS 10.10 “Yosemite”ならびにmacOS 10.11 “El Capitan”)のサポートが終了

• 【ユニバーサルバイナリ】Apple SiliconとIntelどちらの環境でも動作するUniversal Binaryを採用しており、最高の柔軟性と最高のパフォーマンスを提供
• 【Big Surをサポート】macOS 11.0 “Big Sur “上において、整合性を保つユーザインターフェースにアップデート。※Big Sur専用の統一ツールデザインではなく、拡張デザインを採用
  • サイドバーとインスペクタの切り替え可能
  • ピークプロファイルのタイプの変更によるY軸の自動スケール変更機能の廃止(元のスケールを維持)

Windows ＆ macOS 共通

• 【プロファイル生成の高速化】マルチスレッディング(multi threading)によるプロファイル計算プロセスの高速化
• 【ローレンツピーク(Lorentzian Peak)プロファイルの改良】プロファイル生成の高速化を用いた、裾部分が非常に広いローレンツ分布ならびにフォークト(Pseudo-Voigt)分布のピークテール(tails)部分のプロファイル解析。高倍率ズームにおける急な段差無しの(without abrupt steps)滑らかで連続したプロファイルを表示。
• 【その他】このバージョンは以下の修正と機能強化を含みます。
  • 複数構造ファイルのインポート時にパターンリストを自動的にオープン
  • 最大TEM電圧を1000から9000keVに増加
  • 結晶エディタの改良：チェックボックスによる行選択
  • CIFファイルのインポートの際、非標準の元素記号(例えば “Va “など)は、標準の元素記号(例えば “V “など)に自動変換されるまれな問題を修正(元の元素記号を保持)
  • レガシーセッションファイル読み込み時の問題を修正

 

バージョン 6.8.5

macOS   （2020年 5月 4日リリース）

• CSVデータのインポートに対応
  • CSVファイル形式(コンマで区切られた値)の回折パターンのインポートに対応。インポートされる内容は最初の2行(「x」と「y」)のみ。「.csv」拡張子形式のファイルのみ。
• その他修正
  • CMTX形式の結晶構造をエクスポートする時に、部位毎の充填数を3までに制限
  • macOS 10.15 “Catalina “との互換性を向上させ、バックグラウンドで実行される際、強化されたアクセス制限設定に対して適切に対応

 

バージョン 6.8.4

Windows（2020年 6月 3日リリース）

• 「インスペクタ」内パラメータ編集の改善。スライダーの制限外にあるエントリをテキストフィールドを介して直接編集。

macOS   （2019年12月10日リリース）

• 「タイル＆スタック」コマンドの改善
  • 表示ファイルのみが影響を受け、非表示ファイルはアクティブスペースに移動されないように動作を改善。
• その他修正
  • 原点のオフセット位置が等価位置内に記録される特定の空間群の対称性が正常検出されない問題の解決。
  • 観測データセットの選択の際にパラメータが無効になるバグの修正。

 

バージョン 6.8.3

Windows（2020年 5月 4日リリース）

• CSVデータのインポートに対応
  • CSVファイル形式(コンマで区切られた値)の回折パターンのインポートに対応。インポートされる内容は最初の2行(「x」と「y」)のみ。「.csv」拡張子形式のファイルのみ。
• その他修正
  • CMTX形式の結晶構造をエクスポートする時に、部位毎の充填数を3までに制限

macOS   （2019年10月14日リリース）

• 「ラベル」ボタン
  • デフォルトのツールバーレイアウトに、ラベルのオン/オフを切り替えるボタンを追加
• その他修正
  • 空間群 39, 41, 64, 67, 68 で使用されている新しい「e-glide」規則を認識
  • 他のMacソフトウェアと整合性を保つための「ビュー」メニューの再配置
  • 結晶を含まないCMDXファイルに対し、空ファイルの生成ではなくエラー処理
  • ドラッグ＆ドロップ操作によるハイライトを「回折ペイン」内ではっきりと表示
  • システムにより自動的に追加されていた「ファイル」メニュー内の「共有」項目の削除
  • 「ファイル」→「エクスポート」内の3つのサブメニュー「画像」「回折」「結晶構造データ」メニューを、他のMacソフトウェアと同列に独立したサブメニューに置き換え

 

バージョン6へ新たに追加された機能

スクラッチ開発による(ゼロからの)構築・64bit複数コアでの高速構築・複数タッチ操作によるスクロールや拡大縮小・元に戻すコマンド(Macバージョン)・スマートな統合インターフェース・原子の分散因子の可視化・高解像度「Retina」グラフィック表示・拡大鏡機能とオーバーレイ表示の物差し・高解像度な画像の出力・Q空間を含む軸タイプの選択・対数強度モード・自動方向修正・ドラッグアンドドロップによる混合物の生成・複数個の混合物の同一画面表示・結晶エディタの独立画面設計・CIF形式、CMTX&Rigaku ASC形式のインポート・CrystalMakerへの可視化リンク・CrystalMakerでの実況回折モード・背景減算・データ補正と拡大縮小

 

バージョン6の詳細なリリースノート（CrystalMaker社サイト）

• Windows版
• Mac OS版

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