alvaModel

製品概要

alvaModelは、定量的構造活性/特性相関（QSAR / QSPR）モデルを作成するためのソフトウェアツールです。これらのモデルは、化学物質の生物学的、物理化学的、環境的特性を予測するために使用できます。

alvaDescを用いて作成されたプロジェクトをロード可能です。モデルは新規分子セットに適用できる形でalvaRunnerにエクスポート可能です。

開発元：イタリア Alvascience srl

関連製品

alvaDesc

6000種近くの分子記述子、4種（PFP/ECFP/ECFPV3/MACCS166）のフィンガープリントと構造パターンを計算可能なソフトウェア。

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alvaBuilder

de novo分子設計用のソフトウェアツール。

alvaBuilderページはこちら

alvaMolecule

分子データセットを分子グリッドもしくはスプレッドシートとして可視化し、分析キュレート及び標準化を行うソフトウェア。

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主要な機能

ビルドとデプロイ

QSAR / QSPRの回帰と分類モデルを構築および展開（deploy）するためのAlvascienceのソリューションは、alvaModelとalvaRunnerの 2つのソフトウェアで構成されています。後者は、alvaModelを使用して作成されたモデルを、他のソフトウェアツールを必要とせずに新しい分子セットに適用できるソフトウェアツールです。

このソリューションにより、モデルのトレーニングと展開を別々に実行することが可能です。したがって、第三者がモデルを展開したり（再現性を証明するために利用可能にしたい場合など）、他の人が作成したモデルを使用したりすることができます（科学論文で説明されているモデルをテストする場合など） 。

alvaModelを使用すると、以前にalvaDescで計算された記述子とフィンガープリントを使用してQSAR / QSPRモデルを学習・構築することができます。予測する目的変数は、外部ファイルからインポートします。

GUI

使用する分子記述子、物理化学的特性をわかりやすいGUI上で選択でき、簡潔なステップで回帰・分類モデルを作成できます。

遺伝的アルゴリズムを用いた特徴選択

alvaDescプロジェクトの記述子は極めて多くなりえます（5000以上）。alvaModelは、定義されたスコアに従って最適なモデルを見つけるために、遺伝的アルゴリズムによる機能選択を実行可能です。

特徴の削減

いくつかの機能削減ツールを使用して、モデルをトレーニングする記述子の数を減らすことができます（定数値、標準偏差、ペア相関など）。

回帰モデル

次の回帰モデルを利用可能です。

1.Ordinary Least Squares (OLS)モデル

2.Partial Least Squares (PLS) モデル

3.KNNモデル、具体的にはa weighted Nearest Neighbour Regression (wNNR)モデル

4.Support Vector Machine (SVM) モデル

5.選択したモデルによって予測された値の算術平均として定義されたコンセンサスモデル

分類モデル

次の二値分類モデルを利用可能です。

1.Linear Discriminant Analysis (LDA) モデル

2.Quadratic Discriminant Analysis (QDA) モデル

3.Partial Least Squares Discriminant Analysis (PLS-DA) モデル

4.KNNモデル

5.Support Vector Machine (SVM) モデル

6.選択したモデルによって予測された値の算術平均として定義されたコンセンサスモデル

適用ドメイン

モデルの適用領域は、トレーニングデータセットと指定された分子の類似性を測定することで推定できます。In/out表示は、分子が適用可能ドメイン内であるか否かを示します。利用可能な適用可能ドメイン判断手法は距離ベース（平均距離など）とレバレッジ（いわゆるHat Matrix）です。

モデル・スタディ

開発元Alvascience社によって、実際にalvaModelを用いて作成されたモデルはこちら（alvaRunnerを用いて分子に適用できます。）

サポートされるファイル形式

一覧表はこちら（alvaDesc技術情報ページ）

バージョン情報

バージョン情報はこちら

動作環境

対応OS

64-bit Windows（7, 8.1, 10, 11）

64-bit macOS（OS X）

64-bit Linux（Fedora、Ubuntuで検証）

ライセンス形態

alvaModelのライセンスは、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の2種類のライセンス形態があります。

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

価格情報

alvaModelのライセンス価格は、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

alvaRunner

製品概要

alvaRunnerは、一連の分子に定量的構造活性/特性関係（QSAR / QSPR）モデルを適用するソフトウェアツールです。これらのモデルは、化学物質の生物学的、物理化学的、環境的特性を予測するために使用できます。

モデルの記述子とフィンガープリントはalvaDescの技術を使用して計算されますが、alvaDescライセンスは必要ありません。alvaRunnerプロジェクトに含まれるモデルは、alvaModelを使用して準備する必要があります。

alvaRunnerプラグインを使って、KNIMEから実行することもできます。

開発元：イタリア Alvascience srl

主要な機能

モデルの適用

このソフト単体で指定されたQSAR / QSPRの回帰と分類モデルを適用するために必要な記述子とフィンガープリントを計算できます。QSAR / QSPRモデルはalvaModelを使用して作成する必要があり、たとえば以下の目的で第三者の利用を許可するために展開できます。

1.論文等で再現性を証明するため。

2.モデルを組織内で利用するため。

GUI

インポートしたすべての分子について予測ターゲット、モデルの適用ドメイン内外の判定をGUI上で確認できます。

モデル・スタディ

実際に適用することができるモデルはこちら（alvaModelを用いて作成されています。）

サポートされるファイル形式

一覧表はこちら（alvaDesc技術情報ページ）

バージョン情報

バージョン情報はこちら

動作環境

alvaRunnerはコマンドラインからもGUIからも操作が可能です。

対応OS

64-bit Windows

64-bit macOS

64-bit Linux

ライセンス形態

alvaRunnerのライセンスは、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の2種類のライセンス形態があります。

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

価格情報

alvaRunnerのライセンス価格は、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。