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alvaDesc

最大5,000超の分子記述子と3種のフィンガープリントを計算可能なソフトウェア

製品概要

alvaDescは、様々な種類の分子記述子とフィンガープリントの計算が可能な次世代のツールです。最大5,000超の分子記述子と3種のフィンガープリントを計算することができます。官能基やフラグメント数のカウントから、ETA（Extended Topochemical Atom）指数やAtom-Type E-state指数をはじめ、3D自己相関、WHIM記述子（Weighted Holistic Invariant Molecular descriptors）、GETAWAY記述子（GEometry, Topology, and Atom-Weights AssemblY）など多数の3次元記述子計算が可能です。
alvaDesc・メイン画面

分子屈折率、 TPSA (topological polar surface area)、分子容積推算、二種類のLogPモデル(Moriguchi 及び Ghose-Chippen octanol-water partition coefficient）など様々な物理化学的特性を計算することができます。また、よく利用されるLipinskiアラートを含む、drug-like 及び lead-like アラート等も実装されています。

 

MACCS166 Fingerprint、Extended Connectivity Fingerprint（ECFP）、Path Fingerprint（PFP）のフィンガープリントを計算することができます。ECFPとPFPのカスタマイズ計算も可能で、フィンガープリントのサイズ、フラグメントの種類、次元数だけでなく、フラグメントを識別する際に考慮される原子及び結合パラメータ（原子の種類、芳香族性、結合水素原子の数、結合性等）を定義することによって調整することもできます。alvaDescのフィンガープリント計算では、フラグメントがSMARTS文字列（Daylight Chemical Information Systemsによって開発された分子の部分構造を表すための表記方法）により識別されます。

alvaDescの重要な機能の1つは、完全結合型と非完全結合型（塩やイオン液体等）のどちらの分子構造にも対応していることです。 全ての分子記述子計算アルゴリズムは、そのような構造の分子記述子計算のために異なる理論的手法を提供します。

alvaDescは、分子データセットの初期の解析を行うためのツールを提供します。

・PubChemサービスを使用した分子構造検索

・分子構造の可視化と各種フィルタリング

・主成分分析（PCA）、相関分析、t-SNE法

また、多数の分子記述子を計算できることから、alvaDescには高速V-WSP法（“Ballabio, D., Consonni, V., Mauri, A., Claeys-Bruno, M., Sergent, M., & Todeschini, R. (2014). A novel variable reduction method adapted from space-filling designs. CHEMOMETRICS AND INTELLIGENT LABORATORY SYSTEMS, 136, 147-154”.）を含む変数を削減するためのツールが実装されています。

alvaDescはWindows及び Mac OS、Linuxプラットフォームに対応しており、直観的操作が可能なグラフィカルインターフェイスとバッチ処理に適したコマンドラインツールの両方を利用することができます。

開発元：イタリア Alvascience Srl

 

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技術情報

alvaDesc2.0は、33のブロックに分類された5,666個の分子記述子を計算することができます。ブロックはさらにサブブロックに分けられており、記述子の管理、選択、解析を容易に行うことができます。全5,666個の計算可能記述子の一覧こちらのリストから確認可能です。

alvaDescでは、Path Fingerprint (PFP) 及び Extended Connectivity Fingerprint (ECFP)のハッシュ化分子フィンガープリント計算が可能です。Path Fingerprintは、対象分子の全ての線形結合を明らかにすることで作成され、Extended Connectivity Fingerprint (ECFP)は、対象分子それぞれの中心原子から放射状に得られる全ての円形フラグメントを徹底的に明らかにすることで作成されます。どちらのフィンガープリント計算でも、フィンガープリントのサイズやフラグメント長の最小値及び最大値、フラグメントを区別するための広範囲な原子特性リスト（原子の種類、芳香族性、電荷、結合性、結合次数等）等のオプション設定ができます。細かくカスタマイズすることによって、モデリングや類似化合物のスクリーニングといったあらゆる課題に対して最適な解決策を得ることができるようになります。

またalvaDescは、MACCS 166 fingerprintも実装しています。MACCS 166 fingerprintは定義された166個の分子特性に基づく固定長(166ビット)の構造キーであり、フィンガープリントのそれぞれのビットは特定の分子特性の有無を示します。

 

バージョン情報

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動作環境

対応OS

  • 64-bit Windows (7 、8.1、10)
  • 64-bit Mac OS  (10.12 以降)
  • 64-bit Linux (Ubuntu、Fedora で検証)

※ 上記は開発元にて動作検証が行われている環境になります。記載のない環境については、評価ライセンス等で事前に動作確認されることをお勧めします。

※使用コンピュータ変更等の理由により、ライセンスファイルの再発行をご希望の方は、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

ライセンス形態

alvaDescのライセンスは、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の2種類のライセンス形態があります。

 

企業向け一般ライセンス（商用）

企業向け一般ライセンスは、年間（rent）ライセンスのご提供となります。

  • Singleライセンス
    • 1台のコンピュータのみにインストールできます。
  • Siteライセンス
    • 特定の研究サイト内のどのコンピュータに何台でもインストールできます。
    • ライセンスは物理的なロケーションとしてのサイトに付与され、このサイトに所属される方がご利用いただけます。リモート使用等につきましては、下記「リモートアクセス（遠隔利用）について」をご参照頂いた上で弊社までお問合せください。

 

アカデミックライセンス（教育用）

アカデミックライセンスは、公共の知的財産となる研究を行っている大学等の研究機関に提供され、いかなる営利目的の利用も禁じられております。アカデミックライセンスは永久（Permanent）ライセンスのみで、ご購入後1年間は無償でマイナーアップデートが可能、メジャーアップデートは有償でのご提供となります。3台のPCにインストールしてご利用いただけます。

 

リモートアクセス（遠隔利用）について

alvaDescのインストールされたコンピュータにリモートアクセスし、ソフトウェアを使用する場合、Singleライセンスではなく、Siteライセンスをご契約いただく必要があります。また、遠隔利用者の所在地が異なる場合、その所在地でもSiteライセンスが必要になる場合があります。例えば、ある組織の東京事業所でSiteライセンスを導入いただいた場合、東京事業所に所属される方は、直接・遠隔利用いただけますが、同一組織でも、大阪事業所など異なる事業所に所属される方がご利用になられる場合、そちらの事業所でも別途Siteライセンスをご契約いただく必要があります。複数Siteライセンスの場合、ボリュームディスカウントもございます。詳細につきましては、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

価格情報

alvaDescのライセンス価格は、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）との形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

企業向け一般ライセンス（商用）

商品名 価格
alvaDesc Single rent license お問い合わせください
alvaDesc Site rent license お問い合わせください

 

アカデミックライセンス（教育用）

商品名 価格
alvaDesc Academic permanent
( 3 x Single ) license		 お問い合わせください

 

FAQ

FAQはこちら

公開日:2020/02/20
最終更新日:2023/08/22