alvaDesc

最大5,305種の分子記述子と3種のフィンガープリントを計算可能なソフトウェア

製品概要

alvaDescは、様々な種類の分子記述子計算とフィンガープリント計算が可能な次世代のツールです。構造、位相、ファーマコフォアなどの3次元情報とは独立に約4000の分子記述子を計算することができます。これには、官能基やフラグメントのカウントから、ETA(Extended Topochemical Atom)指数やAtom-Type E-state指数などの計算が含まれます。さらに、3D自己相関、WHIM記述子(Weighted Holistic Invariant Molecular descriptors)、GETAWAY記述子(GEometry, Topology, and Atom-Weights AssemblY)などの多数の3次元記述子計算が可能です。
alvaDesc・メイン画面
alvaDescは、モデルベースの物理化学的特性についても、分子屈折率、 TPSA (topological polar surface area)、分子容積推算、二種類のLogPモデル(Moriguchi 及び Ghose-Chippen octanol-water partition coefficient)など様々な指標を計算することができます。また、よく知られたLipinskiアラートを含む、drug-like 及び lead-like アラートの重要なリストも実装されています。

MACCS166 Fingerprint、Extended Connectivity Fingerprint(ECFP)、Path Fingerprint(PFP)のフィンガープリント計算を実行することができます。ECFPとPFPのカスタマイズ計算も可能で、フィンガープリントのサイズ、フラグメントの種類、次元数だけでなく、フラグメントを識別する際に考慮される原子及び結合パラメータ(原子の種類、芳香族性、結合水素原子の数、結合性等)を定義することによって調整することもできます。alvaDescのフィンガープリント計算では、フラグメントがSMARTS文字列(Daylight Chemical Information Systemsによって開発された分子の部分構造を表すための表記方法)により識別されます。

alvaDescの重要な機能の1つは、完全結合型と非完全結合型(塩やイオン液体等)のどちらの分子構造にも対応していることです。 全ての分子記述子計算アルゴリズムは、そのような構造の分子記述子計算のために異なる理論的手法を提供します。

alvaDescは、分子データセットの初期の解析を行うためのツールを提供します。

・PubChemサービスを使用した分子構造検証

・分子構造の可視化とフィルタリング

・主成分分析(PCA)および相関分析

また、多数の分子記述子を計算できることから、alvaDescには高速V-WSP法(“Ballabio, D., Consonni, V., Mauri, A., Claeys-Bruno, M., Sergent, M., & Todeschini, R. (2014). A novel variable reduction method adapted from space-filling designs. CHEMOMETRICS AND INTELLIGENT LABORATORY SYSTEMS, 136, 147-154”.)を含む変数を削減するためのツールが実装されています。

alvaDescはWindows及び Mac OS、Linuxプラットフォームに対応しており、直観的操作が可能なグラフィカルインターフェイスとバッチ処理に適したコマンドラインツールの両方を利用することができます。

開発元:イタリアAlvascience srl

 

技術情報

alvaDesc1.0は、30のブロックに分類された5,305個の分子記述子を計算することができます。ブロックはさらにサブブロックに分けられており、記述子の管理、選択、解析を容易に行うことができます。全5,305個の計算可能記述子の一覧こちらのリストから確認可能です。

alvaDesc1.0では、Path Fingerprint (PFP) 及び Extended Connectivity Fingerprint (ECFP)のハッシュ化分子フィンガープリント計算が可能です。Path Fingerprintは、対象分子の全ての線形結合を明らかにすることで作成され、Extended Connectivity Fingerprint (ECFP)は、対象分子それぞれの中心原子から放射状に得られる全ての円形フラグメントを徹底的に明らかにすることで作成されます。どちらのフィンガープリント計算でも、フィンガープリントのサイズやフラグメント長の最小値及び最大値、フラグメントを区別するための広範囲な原子特性リスト(原子の種類、芳香族性、電荷、結合性、結合次数等)等のオプション設定ができます。細かくカスタマイズすることによって、モデリングや類似化合物のスクリーニングといったあらゆる課題に対して最適な解決策を得ることができるようになります。

またalvaDesc 1.0は、MACCS 166 fingerprintも実装しています。MACCS 166 fingerprintは定義された166個の分子特性に基づく固定長(166ビット)の構造キーであり、フィンガープリントのそれぞれのビットは特定の分子特性の有無を示します。

 

更新情報/バージョン情報

 

v 1.0.20(2020年4月20日付リリース)の主な改善点

  • 軽微な変更と不具合の修正が行われました。

v 1.0.18(2020年3月4日付リリース)の主な改善点

  • 外部変数のインポートダイアログにText qualifierのフィールドが追加されました。これにより、外部変数をインポートするためのCSVファイルやテキストファイル中にカンマなどの区切り文字を含んだ文字列がある場合などでも、Text qualifierで[ ” ]が設定されていれば(デフォルト)元の文字列が優先され読み込まれるようになりました。
  • ヘッダーがついたままのSMILESフォーマットファイルを読み込むことができるようになりました。

v 1.0.16(2019年12月10日付リリース)の主な改善点

  • 外部変数のインポートができるようになりました。テキストファイルまたはCSVファイル形式でファイルメニューからインポートすることにより、相関分析、主成分析、チャート表示に於いて外部変数を使用することができます。
  • 設定/オプションメニューに於ける大員環化合物計算時の制約条件について、表記ならびにヘルプの記述を変更しました。(※ ヘルプドキュメントに4.3 Complex moleculesという項目ができました。)
  • 極めて多数の分子を入力し計算させる際のメモリー使用を削減しました。

v 1.0.14(2019年9月16日付リリース)の主な改善点

  • Viewメニューの中に “Use coordinates from file” が追加されました。これにより原子座標情報がある場合、その情報を使った分子構造の可視化ができるようになりました。
  • MDLファイルに対する形式電荷の検出が改善されました。
  • 誤ったSMILESデータの識別機能が改善されました。
  • 水素の連鎖によって構成される分子の描画が改善されました。
  • メイン画面のサイズと位置が保持されるようになりました。
  • チャート上で複数選択した際のパフォーマンスが改善されました。
  • alvaDescCLIのコンフィグファイルのハンドリングが改善されました。
  • ヘテロ芳香族に対する一部の記述子計算(Eta_epsi_4, Eta_D_epsiB, Eta_D_epsiC)が修正されました。
  • CLIを使用した際のMACCS 166フィンガープリントのエクスポートが修正されました。

v 1.0.12(2019年7月5日付リリース)の主な改善点

  • 記述子/フィンガープリント計算において、計算させた記述子に基づき実行した分析結果から特定の分子をチャ-ト上で選択(フィルター)した場合,選択(フィルター)された分子の計算結果だけを保存することができるようになりました。
  • 記述子選択が改善されました。

    記述子計算の際にフィルターを使い記述子選択をすると、記述子名だけでなく詳細(description)も検索され、選択された記述子の内容が表示されるようになりました。

  • 計算オプションで “Maximum number of smallest rings for circuit calculation”が指定できるようになりました。(デフォルト値は40)
  • MACCS 166フィンガープリント計算結果の保存が計算結果画面からできるようになりました。

    ※ 1.0.8まではFileメニューの中にMACCS 166保存メニューがありました

 

動作環境

 

システム要件

 

サポート・プラットフォーム

◎Microsoft Windows (7 以降)

◎Mac OS Sierra (10.12 以降)

◎Linux (Ubuntu 14.04 以降、Fedora 29 以降)

 

•上記は開発元にて動作検証が行われている環境になります。記載のない環境については、評価ライセンス等で事前に動作確認されることをお勧めします。

•使用コンピュータ変更等の理由により、ライセンスファイルの再発行をご希望の方は、弊社までお問い合わせください。

 

評価ライセンス

2週間程度無償でご利用いただける評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらのフォームから申請いただくか、営業担当までお問い合わせください。

 

価格情報

 

標準(一般向けライセンス)

商品名 価格
alvaDesc Single rent license お問い合わせください
alvaDesc Site rent license お問い合わせください

 

アカデミック(大学)

商品名 価格
alvaDesc Academic permanent
( 3 x Single ) license
お問い合わせください

 

ライセンス形態

alvaDescではコマーシャルライセンスとアカデミックライセンスが提供されています。

 

コマーシャルライセンス

コマーシャルライセンスは、年間(rent)ライセンスのご提供となります。

 

Singleライセンス

1台のコンピュータのみにインストールできます。

 

Siteライセンス

特定の研究サイト内のどのコンピュータに何台でもインストールできます。

 

アカデミックライセンス

アカデミックライセンスは、公共の知的財産となる研究を行っている大学等の研究機関に提供され、いかなる営利目的の利用も禁じられております。アカデミックライセンスは永久(Permanent)ライセンスのみで、メジャーアップデートはできません。ご購入後1年間はマイナーアップデートが可能です。3台のPCにインストールしてご利用いただけます。

 

リモートアクセス(遠隔利用)について

alvaDescのインストールされたコンピュータにリモートアクセスし、ソフトウェアを使用する場合、Singleライセンスではなく、Siteライセンスをご契約いただく必要があります。
ライセンスに関する詳細や価格につきましては弊社営業部までお問合せ下さい。

info@affinity-science.com

 

FAQ

FAQはこちら

公開日:2020/02/20
最終更新日:2020/06/22