創薬のための分子動力学と機械学習アプリケーションを提供するプラットフォーム

製品概要

 

PlayMoleculeは、創薬のためのウェブベースのデータ解析・可視化プラットフォームです。ウェブブラウザから、分子モデリング、シミュレーション、AI・データ解析など、計算化学者や医薬品化学者がすぐに利用できるさまざまな機能を提供します。
PlayMoleculeで採用されている技術は、確かな科学的知的財産に支えられており、世界の主要な製薬会社によって妥当性が確認されています。

開発元：英 Acellera Ltd.

特徴

オール・イン・ワン

コンピュータによる創薬における最も一般的な問題をカバーしたアプリケーション群

 

利用のしやすさ

視覚的で洗練されたUI、直観的な操作が可能なクリックベースのワークフロー

 

すぐに利用可能（out of the box）

セットアップに時間をかける必要はありません

 

コミュニティ

ユーザーからのフィードバックにより常に改善

 

将来性（more to come）

ドラッグデザインの困難な問題を解決するため、新しいアプリケーションを頻繁に追加

 

主な機能

種々の問題に対し適切なアプリケーションを提供

 

ターゲットの準備と検証

・タンパク質の構造に対して欠けている水素を付加、プロトン化の正しい状態を決定、水素結合ネットワークを最適化

・正確なレセプターや拡散シミュレーションのために、膜を含むシステムを準備

・バーチャルスクリーニングやシミュレーションのために、低分子を準備

・ディープラーニングを用いて結合部位を予測・可視化

・タンパク質–リガンドの相互作用パターンを可視化

（関連するアプリケーション：ProteinPrepare、MembraneBuilder、AcePrep、PlexView、DeepSite）

 

分子シミュレーションによるインシリコ・アッセイ

・シミュレーションのためにタンパク質とタンパク質–リガンド系を構築

・量子力学を用いた低分子のパラメータ化

・分子シミュレーションの実行と解析

（関連するアプリケーション：SystemBuilder、Parameterize、SimpleRun）

 

ケミカルスペースの探索

・SMILESやタンパク質ポケット、リガンドの配座に基づき、機械学習を使い全く新しい低分子を生成

（関連するアプリケーション：Generative）

 

仮想スクリーニングと親和力予測

賞を獲得したドッキングと結合親和性のアルゴリズム

・いくつかの異なるプロトコルを使い低分子をタンパク質のポケットにドッキング

・ファーマコフォアオーバーラップや機械学習を用いてドッキングした化合物を再評価

・インハウスデータでモデルをトレーニングし化合物ライブラリを再評価

（関連するアプリケーション：AceDock、KDeep、KDeepTrainer）

 

技術情報

アプリケーション

PlayMolecule Viewer	Webベースのデータ可視化ツールキット
AceDock	鋳型リガンドとキャビティー半径により結合部位を指定し、異なるプロトコル（フリー／拘束条件付き／スキャフォールド等）を使用してタンパク質–リガンドドッキングを実行
AcePrep	リガンドのプロトン化と新しい配座異性体を生成することによりリガンドライブラリを自動的に準備
AceProfiler	タンパク質のPDBファイルやPDB IDからホモログ検索とアライメントを実行
DeepSite	PDBファイルをアップロードし、最先端の畳み込みニューラルネットワークを使用して、タンパク質内のリガンド結合ポケットを予測
Generative	フラグメントパターンに基づき化学的に妥当な新しいリガンドを生成するモデル
KDeep	最先端のニューラルネットワークベースの予測器を用いて、タンパク質に結合したリガンドの結合親和性を予測
KDeeptrainer	ユーザ提供データセットを用いたKdeepアフィニティ予測モデルの訓練(得られたモデルはKdeepアプリで使用可能)
MembraneBuilder	分子動力学シミュレーションのためのPOPC、POPE、コレステロールを含む複雑な脂質膜の構築
Parameterize	ドラッグライク分子の高速かつ正確な分子力場パラメータ化。AMBER互換フォーマットでのパラメータ生成
Pathwaymap	最先端のニューラルネットワークを用いたリガンドとヒトの主要な生物学的・シグナル伝達経路との相互作用の高速予測
PKace	低分子のプロトン化部位のμpKa値を推定するための機械学習ツールおよびモデル
PlexView	水素結合やπ-πスタッキングを含むタンパク質–リガンド相互作用の2Dダイアグラムを作成
ProteinPrepare	滴定と任意のpHによりプロトン調整を行い、H-結合ネットワークを最適化することで、MDシミュレーション用のタンパク質を準備
SimpleRun	SystemBuilderで構築した系を用いて、単一の平衡化MDシミュレーションを実行・解析
SystemBuilder	MDシミュレーションを実行するために球状および膜タンパク質―リガンドシステムを構築

 

 

リファレンス

理論や事例などの文献情報（開発元サイト; 英語）

Research & Development

 

技術サポートに関する注意事項

Acellera社製品（ACEMD Platform 及び PlayMolecule ）の技術サポートは、開発元 Acellera Ltd. より直接提供されます．

 

動作環境

システム要件

• OS: CentOS >=6 (x86_64)
• CPU: x86_64 >1 GHz
• RAM: >8 GB
• HDD: >10 GB
• GPU: NVIDIA
• GPU RAM: >2GB
• NVIDIA driver >= 410.48
• Supported queues: Slurm, LSF, PBS

 

同時処理ジョブ数が多い場合、CPUコア数、RAM容量、GPU性能・搭載数は多い方が好ましいです。詳しくは、弊社営業までお問合せください。

 

ライセンス形態

 

PlayMoleculeのライセンス形態は、年間使用形態で使用GPU数や運用形態等でライセンス料が変わります。詳しくは、弊社営業までお問合せください。

 

PlayMolecule Online

PlayMoleculeの評価は、無償で利用可能なオンライン版（plyamolecule.org）をご利用ください。

 

playmolecule.org

https://playmolecule.org

 

価格情報

PlayMoleculeのライセンス価格は、一般ライセンス（Industry）とアカデミックライセンスで異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

種類	価格(税別)
PlayMolecule Industry 1-year unlimited-GPU	お問合せください
PlayMolecule Academic 1-year unlimited-GPU	お問合せください