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バージョン3.0.4（2024年11月22日リリース）

• 明示的水素を持つ分子の2次元描画を修正しました
• キラル中心に結合している暗示的水素を持つ分子の描画を修正し改善しました
• 3次元座標と暗示的水素を持つ分子をMDLフォーマットで入力した際のキラリティー検出を改善しました

バージョン3.0.2（2024年11月7日リリース）

• M1やM2などのmacOS Apple Silicon上で動作するようになりました

バージョン3.0.0（2024年9月30日リリース）

• 34番目の新しい記述子ブロック「SASA descriptors」（SASA: Solvent Accessible Surface Area）を含む133種の新しい分子記述子を追加しました。
  • 記述子ブロック毎の追加数：
    • Constitutional indices (6)
    • Ring descriptors (3)
    • Topological indices (11)
    • 2D autocorrelations (12)
    • Geometrical descriptors (1)
    • RDF descriptors (30)
    • 3D-MoRSE descriptors (32)
    • Molecular properties (7)
    • SASA descriptors (31)
  • 全記述子のリストはこちら（Alvascience社サイト）を参照ください。
• 入力した分子に対してSMARTSで定義された構造パターンを同定し、特徴量として数値化する機能を追加しました。
• 3次元座標の計算機能を追加しました。距離幾何学法（Distance Geometry method）に基づき、分子の3次元座標を計算するために設計されたEMBEDアルゴリズムにより計算された結果を、ユニバーサル・フォース・フィールド(UFF)等を用いて最適化し分子の3次元座標を計算します。これにより、SMILES等で入力された3次元座標を持たない分子に対しても3D記述子を計算できるようになります。
• 新しいフィンガープリントの計算を追加しました。追加されたECFPV3は従来のECFPに比べ格段に計算が速くなり、また、同位体とキラリティーの情報を使って原子を識別できるようになります。
• 主成分分析とt-SNE分析に於いて、分子記述子だけではなく、ハッシュ化フィンガープリントとMACCS 166フィンガープリントを使用することができるようにしました。
• 散布図の色分けで表示されるZ軸にカテゴリー変数を指定できるようにしました。連続変数並びに離散変数の場合には連続型カラーマップで表示されますが、カテゴリー変数の場合には質的カラーマップで表示されます。散布図で4番目に指定できる変数（連続変数/離散変数）を追加し、値が点の大きさを表わすようにしました。
• 分子ワークシートにName列を追加しました。また、No.列でのソートとフィルタリング機能、ならびにMolecule列上でのSMARTSによるフィルタリング機能を追加しました。
• Viewメニューの「Highlights」に、ユーザーが定義した部分構造やBemis-Murckoのグラフ的形状表現を表示する機能を追加しました。
• Viewメニューの「View atom indices」を「Annotations」に変更し、分子の２次元描画像に部分電荷を表示する機能を追加しました。
• 指定した分子をPubChemだけでなく、Google Patents/Scholarからも検索できるようにしました。
• SMILESで表現された分子のテキストファイルでのインポート機能を改善しました。txt/csv/tsvのファイルフォーマットでは、SMILES列（とName列）がどの位置にあっても自動検出され、分子ファイルを開く（Open molecules）際に外部変数を同時にインポートできるようになりました。SMILES列とName列はマニュアルで指定することもできます。
• 計算した記述子と構造パターンを、従来のタブ区切りテキストファイルだけでなく、ヘッダー付きSMILESファイル（*.txt）、MDLファイル（*.sdf）、エクセルファイル（*.xlsx）として保存できるようにしました。ヘッダー付きSMILESファイルとエクセルファイルには各分子のSMLIES列が含まれます。エクセルファイルには、オプションで分子の2D描画イメージを含めることができます。
• 分子セットの入力時に、最近使用した分子セットを開ける（Open recent molecules）メニューを追加しました。
• alvaDesc 3.0のリリースに合わせ、KNIMEプラグインをアップデートしました。
  • 構造パターン計算のノード（Pattern node）を追加しました。
  • 計算可能なフィンガープリントにECFPV3を追加しました。
  • 計算のスピードアップのために、マルチスレッドをサポートするよう変更しました。
• alvaDesc 3.0のリリースに合わせ、alvaDescCLIWrapperをv1.0.10にアップデートしました。
  • 構造パターン計算を行うcalculate_patterns関数を追加しました。
  • 計算可能なフィンガープリントにECFPV3を追加しました。
  • get_descriptor_names と get_descriptors_from_blocks のユーティリティ関数を追加しました。

バージョン2.0.16（2023年4月20日リリース）

• 非完全結合型の分子に対してBLIが計算できるようにしました。
• 非完全結合型の分子に対してPsi_i_Sなどの固有状態疑似結合指数（Intrinsic state pseudoconnectvity indices）が計算できるようにしました。
• Editメニューから指定した分子のスキャフォールドをコピーする”Copy Scaffold as SMILES”が正しく機能するように修正しました。
• PCA分析とt-SNE分析結果のグラフ表示でZ軸を指定した際に、正しくカラー表示がされない不具合を修正しました。
• 2DのSDFやMOL2ファイルで分子を読み込んだ際に、”Molecule detail”パネルの”3D coordinates”欄に”Available”と表示される不具合を修正しました。
• QEDの計算を修正しました。（同位体水素を含む分子の計算に影響を与える可能性があります。）
• 分子ワークシートでデータセットにソートやフィルターをかけた際、”Molecule detail”パネル上に表示される”No.”の値がもともとのデータセットでの番号と違って表示される不具合を修正しました。

バージョン2.0.14（2022年11月11日リリース）

• 高次縮合分子(highly condensed molecules)に対する橋頭原子数記述子(nBridgeHead descriptor)の計算を修正しました。（SAscoreの計算に影響します。）
• Helpから開くユーザーマニュアルの5.37 Descriptors listの表に記述子のタイプを追加しました。（Integer: 整数、Double: 倍精度浮動小数、Boolean: ブール代数）
• CLIの–scriptオプションの使用について修正しました。

バージョン2.0.12（2022年5月11日リリース）

• 分子の詳細情報に、暗示的水素（implicit hydrogens）として付加された水素の数、入力された3D座標の有無（Available/Not available）、部分電荷情報（入力ファイルからインポート：Available、またはalvaDescによる計算：Calculated）を追加しました。
• Chartsメニューで表示されるグラフ上で右クリックをして現れるメニューに、グラフデータを保存する機能を追加しました。これにより、ヒストグラム/棒グラフ/散布図/主成分分析の主成分負荷量と主成分スコア/t-SNE分析の2次元散布図を、画像としてだけでなく、データとしても出力することができるようになりました。
• 非連結構造の分子に対するMDE記述子（記述子ブロック32）の計算を改善しました。
• 1000以上の原子を持つ分子に対する計算の不具合を修正しました。
• Topological indices記述子に含まれるPsi_i_1d/Psi_e_0d/Psi_e_1dについて、特定の条件下で計算結果がnaではなく0になる不具合を修正しました。

バージョン2.0.10 （2021年11月23日リリース）

• コマンドラインインターフェース（CLI）から実行するためのスクリプトファイルに、UseExistingPartialChargesオプションを追加しました。
• MDLファイル/MOL2ファイルから入力された分子に対するImplicit Hydrogensの付加を行うか行わないかのオプションを追加しました。
• 外部変数のインポートをSMILESファイルからも行えるようにしました。
• 個々の分子が表示されるチャート（棒グラフ、散布図、PCAプロット、t-SNEプロット）に於いて、分子にカーソルをあてると分子の2D描画や座標情報などを表示するようにしました。
• Gaussianによって生成されたSybylファイルをインポートする際の不具合を修正しました。
• macOSに於けるフィンガープリント計算のパラメータUIを修正しました。
• macOSに於けるconfigディレクトリの問題を修正しました。
• ヘルプドキュメントの検索機能を修正しました。

バージョン2.0.8（2021年7月6日リリース）

• alvaDescGUIで記述子を保存する際、オプションで化学式を出力させる機能の不具合を修正しました。
•  KNIME使用又は”–threads=1”を使用する際のラジカル数の計算を修正しました。この修正はcharge descriptorsのように部分電荷を使用する記述子に於いて、”S(=O)(=O)(OC)[O]”のようなラジカルの計算を必要とする分子をSMILES、HyperChem若しくはCMLフォーマットで入力した際の記述子計算にのみ影響します。

バージョン2.0.6（2021年3月31日リリース）

• バージョン2.0.4アップデートに伴って生じたKNIMEでの実行に影響する標準入力使用に関するバグを修正
• 計算オプションの”Use Existing Partial Charges”チェックボックス使用時のバグを修正（部分電荷を使用する記述子に影響が出る可能性）

バージョン2.0.4（2021年3月25日リリース）

• PubChem検索を改善（full structure, similarity, substructure, superstructure）
• フィルターをかけた後の分子記述子保存に関するバグを修正
• macOSとLinuxに於いて何千ものファイルをロードしようとするときのエラーを修正
• Topological indicesブロックの中のXu indexの計算を修正
• 縮環に対する部分グラフマッチングを修正（QED記述子に影響を与える可能性）
• WindowsでMACCS166を保存する際のエラーメッセージを修正（エラーメッセージが常時表示される不具合を解消）
• macOSで$PATH設定を使用した場合の動作異常を修正
• Linux GUIでの’Save filtered molecules’の視認性を改善

バージョン2.0.2（2020年12月14日リリース）

• alvaDescプロジェクトをドラッグアンドドロップで開くことが可能
• alvaDescプロジェクト読み込み時間の改善
• 分子グリッド内にGreater than or equal to…とLess than or equal to…フィルタを追加
• 分子グリッドフィルタが考慮する小数点以下の桁数の設定
• t-SNEアルゴリズムの進捗表示
• トポロジカル章内のdistance basedとpath/walkの記述内容の修正
• 2次元座標のみのSDF分子で計算される際にスケルトン3D記述子をnaに設定
• 別グループのグリッド列でのフィルター使用の修正

バージョン2.0.0（2020年11月3日リリース）

• ソートとフィルタリング機能を持つスプレッドシートを用いて記述子を探索可能
• PCAデータをタブ区切りテキストファイルにエクスポート可能
• 次元削減のために、PCAに加えて、t-SNEアルゴリズムを使用可能
• すべてのチャートで、分子選択に’Lasso selection’ を使用可能
• 多くの3次元記述子（例、3D Atom Pairs）は、分子骨格上にのみ3次元座標を有する（すなわち、H原子の3次元座標を有しない）分子で計算可能
• 必要に応じて、Gasteigerの “Partial Equalization of Orbital Electronegativity” (PEOE)を用いて部分電荷を計算可能
• 300以上の記述子が追加されています。詳しくは、こちら（Alvascience社サイト）を参照ください。
  • Constitutional descriptors:
    • number of aromatic atoms (nAA)
    • number of sp3 hybridized carbons/total carbon count (Fsp3)
  • Ring descriptors:
    • number of spiro atoms (nSpiro)
    • number of bridgehead atoms (nBridgeHead)
    • aromatic proportion (AP)
  • Information indices: Bertz complexity index (BertzCT)
  • 2D matrix-based descriptors on Laplace matrix: algebraic connectivity (also known as Fiedler value or Fiedler eigenvalue)
  • P_VSA-like descriptors on partial charges
  • ETA indices: eta composite index for reference alkane (Eta_R) and eta local composite index for reference alkane (Eta_LR)
  • 3D matrix-based descriptors on Coulomb matrix
  • Atom-type E-state indices: E-state minimum and E-state maximum
  • Molecular properties:
    • Wildmann-Crippen molar refractivity (MR99) and consensus molar refractivity
    • Wildmann-Crippen octanol-water partition coefficient (LOGP99) and consensus LogP
    • ESOL: Estimated SOLubility (logS) for aqueous solubility
    • Synthetic Accessibility score (SAscore)
    • Plane of best fit (PBF)
  • Drug-like indices: Quantitative Estimation of Drug-likeness (QED)
  • WHALES descriptors https://doi.org/10.1038/s42004-018-0059-2
  • MDE descriptors https://doi.org/10.1021/ci970109z
  • Chirality descriptors https://doi.org/10.1002/cmdc.201700798

バージョン1.0.22（2020年8月22日リリース）

• 軽微な変更と不具合の修正が行われました。

バージョン1.0.20（2020年4月20日リリース）

• 軽微な変更と不具合の修正が行われました。

バージョン1.0.18（2020年3月4日リリース）

• 外部変数のインポートダイアログにText qualifierのフィールドが追加されました。これにより、外部変数をインポートするためのCSVファイルやテキストファイル中にカンマなどの区切り文字を含んだ文字列がある場合などでも、Text qualifierで[ ” ]が設定されていれば（デフォルト）元の文字列が優先され読み込まれるようになりました。
• ヘッダーがついたままのSMILESフォーマットファイルを読み込むことができるようになりました。

バージョン1.0.16（2019年12月10日リリース）

• 外部変数のインポートができるようになりました。テキストファイルまたはCSVファイル形式でファイルメニューからインポートすることにより、相関分析、主成分析、チャート表示に於いて外部変数を使用することができます。
• 設定／オプションメニューに於ける大員環化合物計算時の制約条件について、表記ならびにヘルプの記述を変更しました。（※ ヘルプドキュメントに4.3 Complex moleculesという項目ができました。）
• 極めて多数の分子を入力し計算させる際のメモリー使用を削減しました。

バージョン1.0.14（2019年9月16日リリース）

• Viewメニューの中に “Use coordinates from file” が追加されました。これにより原子座標情報がある場合、その情報を使った分子構造の可視化ができるようになりました。
• MDLファイルに対する形式電荷の検出が改善されました。
• 誤ったSMILESデータの識別機能が改善されました。
• 水素の連鎖によって構成される分子の描画が改善されました。
• メイン画面のサイズと位置が保持されるようになりました。
• チャート上で複数選択した際のパフォーマンスが改善されました。
• alvaDescCLIのコンフィグファイルのハンドリングが改善されました。
• ヘテロ芳香族に対する一部の記述子計算（Eta_epsi_4, Eta_D_epsiB, Eta_D_epsiC）が修正されました。
• CLIを使用した際のMACCS 166フィンガープリントのエクスポートが修正されました。

バージョン1.0.12（2019年7月5日リリース）

• 記述子／フィンガープリント計算において、計算させた記述子に基づき実行した分析結果から特定の分子をチャート上で選択（フィルター）した場合，選択（フィルター）された分子の計算結果だけを保存することができるようになりました。
• 記述子選択が改善されました。

  記述子計算の際にフィルターを使い記述子選択をすると、記述子名だけでなく詳細（description）も検索され、選択された記述子の内容が表示されるようになりました。

• 計算オプションで “Maximum number of smallest rings for circuit calculation”が指定できるようになりました。（デフォルト値は40）
• MACCS 166フィンガープリント計算結果の保存が計算結果画面からできるようになりました。

  ※ 1.0.8まではFileメニューの中にMACCS 166保存メニューがありました