LigandScout よくある質問

LigandScout TOPはこちら

Q1. LigandScoutのインストール方法は?

Windows&Mac OS X

blankblank

Windows版とMac OS X版にはインストーラが用意されています。

インストーラの質問に適宜こたえていくことで、インストールが完了します。

1. インストールプログラムを入手し(WEB、CDメディア等)、プログラムを実行します。

LigandScout:Welcome to the LigandScout Setup Wizard This will install LigandScout on your computer. It is recommended that you close all other applications before continuing Click Next to continue, or Cancel to exit Setup・セットアップ画面

2. Nextボタンをクリックし、インストールを続行します。

LigandScout:License Agreement Please read the following important information before continuing・セットアップ画面

3. 使用許諾条項を確認し、同意いただけるなら、I accept the agreementチェックボックスを有効にし、Nextボタンをクリックします。

LigandScout:Selecet Destination Directory Where should LigandScout be installed? Select the folder where you would like LigandScout to be installed, then click Next.・セットアップ画面

4. インストール先を指定し、Nextボタンをクリックします。

LigandScout:Select Components Which components should be installed?・セットアップ画面

5. インストールするコンポーネントを選択します(通常使用時は、特に変更する必要はありません)。

LigandScout:Select Start Menu Folder Where should Setup place the program's shortcuts?・セットアップ画面

6. スタートメニューへの登録、ショートカットアイコンの作成などを設定します。チェックボックスを選択した後、Nextボタンをクリックします。

LigandScout:Select File Associations Which file associations should be created?・セットアップ画面

7. PDBファイル等の関連付けを行います(mol/ent/pdb等は、外部アプリケーションに関連付けされている場合もありますのでご注意ください)。チェックボックスを選択した後、Nextボタンをクリックします。

LigandScout:Installing Please wait while Setup installs LigandScout on your computer.・セットアップ画面

8. ファイルが展開され、インストールが開始されます。

LigandScout:Completing the LigandScout Setup Wizard Setup has finished installing LigandScout on your computer.The application may be launched by selecting the installed icons.Click Finish to exit Setup.・セットアップ画面

9. しばらくすると、インストール完了ウィンドウが表示されます。

10. 続けて、ライセンス認証にお進みください。

Linux(32/64-bit)

blank

Linux版にはインストーラが付属しておらず、TAR.GZ形式でプログラムが配布されています。

このファイルを展開するだけで、プログラムのインストールは完了です。

1. インストールパッケージを入手します(WEB、CDメディア等)。

CDメディアの場合で、自動マウントされない場合、mountコマンドで手動マウントしてください(要、管理者権限)。以下、実行例です。

# mount /dev/cdrom /mnt

2. tarコマンドを実行し、パッケージを展開します。

以下の例では、/usr/local/以下にインストールしています。書き込みにroot権限が必要なため、sudoを使用しています。

$ sudo tar zxfC LigandScout_<version>.tar.gz /usr/local/

 ※<version>は、適宜置き換えてください(e.g. 3_01_linux64_20100610)
※root権限不要のディレクトリに展開する場合、sudoは不要です。

3. 以上でインストール自体は終了ですが、必要に応じて、PATHの設定を行うとよいでしょう。

<sh/bashユーザの場合>

$ export PATH=/usr/local/ligandscout3:${PATH}

 シェル起動時に自動設定する場合、${HOME}/.bashrcファイルに追記ください。

<csh/tcshユーザの場合>

$ set path = ( /usr/local/ligandscout3 $path )

 シェル起動時に自動設定する場合、${HOME}/.cshrcファイルに追記ください。

もしくは、/usr/local/bin/以下にシンボリックリンクを作成してもよいでしょう。

# ln -s /usr/local/ligandscout3/ligandscout /usr/local/bin/ligandscout

4. 起動スクリプトを実行し、LigandScoutを起動します。

PATH設定時

$ ligandscout

PATH未設定時

$ /usr/local/ligandscout3/ligandscout

続けて、ライセンス認証にお進みください。

ライセンス認証

blankblankblank

※LigandScoutを使用する全てのコンピュータで必要

コンピュータ1台毎に、オンラインまたはオフラインでLigandScoutのライセンス認証を行う必要があります。

オンライン認証には、インターネットの接続環境が必要です。

オンライン認証

1. LigandScoutの初回起動時に、ライセンス認証用ダイアログが表示されます。

LigandScout:Please enter your serial number to activate this application. Serial number:A twenty-digit number. Offline Activation:Force the wizard to use the offline activation.・ライセンス認証用ダイアログ

2. このダイアログ内のSerial number:に固有のID(20桁の数字)を入力し、Nextボタンをクリックすると、Inte:Ligand社ライセンスサーバに接続され、自動的に認証作業が行われます。

LigandScout:Congratulations! The license has been activated successfully for: This license will expire on 2011-05-31・ライセンス認証用ダイアログ

3. 問題がなければ、Congratulations!と表示され、ライセンス認証が完了します。

Finishボタンをクリックすると、LigandScoutが使用可能な状態で起動されます。

 

OMEGA正規ライセンスをお持ちの方は、続けてOMEGAライセンス認証方法にお進みください。

オフライン認証

1. ネットワーク未接続のコンピュータを使用する場合やセキュリティ等の問題からオンライン認証に失敗する場合には、オフライン認証を利用できます。

オフライン認証の場合、Serial number:を入力した後、Offline Activationチェックボックスを有効にし、Nextボタンをクリックします。

LigandScout:To activate this application a valid license file needs to be specified. Please visit http://www.inteligand.com/license to create and download the license file. In order to create the license file you need to specify your sereal number and the following computer-ID onthe website: Serial number Computer-ID: After you have downloaded the license file press the Install License File button to select the file and activate your license.・ライセンス認証用ダイアログ

2. 画面上にSerial numberとComputer-IDが表示されるので、これらを控えます。

インストールマシンでの作業を中断し、インターネットに接続された別のコンピュータでウェブブラウザを起動し、inte:Ligand社ライセンスサーバにアクセスします。

LigandScout:inte:Ligand社ウェブサイト | ライセンスページ・ブラウザ画面

3. ApplicationにLigandScout 3.0を選択し、上で控えたSerial NumberおよびComputer-IDを入力します。入力内容に間違いがないことを確認し、Generate licenseボタンをクリックします。

LigandScout:ダウンロードタブ | license.dat・ブラウザ画面

4. ボタン・クリックと同時にライセンスファイル(license.dat)のダウンロードが開始されます。フラッシュメモリ等にライセンスファイルを保存し、LigandScoutインストールマシンにファイルを移動します。

LigandScout:To activate this application a valid license file needs to be specified. Please visit http://www.inteligand.com/license to create and download the license file. In order to create the license file you need to specify your sereal number and the following computer-ID onthe website: Serial number Computer-ID: After you have downloaded the license file press the Install License File button to select the file and activate your license.・ライセンス認証用ダイアログ

5. インストールマシンに戻り、License ActivationダイアログのInstall License Fileボタンをクリックします。

LigandScout:Install license file・ライセンスインストールダイアログ

6. ライセンスファイル(license.dat)を選択し、Loadボタンをクリックします。

LigandScout:Activation is in progress: Loading license file...success. Checing license expiry...success. Checking hardware checksum...success. Checking serial number...success.・ライセンス認証用ダイアログ

7. ライセンスファイルのチェックが行われます。

LigandScout:Congratulations! The license has been activated successfully for: This license will expire on 2011-05-31・ライセンス認証用ダイアログ

8. 問題がなければ、Congratulations!と表示され、ライセンス認証が完了します。
Finishボタンをクリックすると、LigandScoutが使用可能な状態で起動されます。

 

OMEGA正規ライセンスをお持ちの方は、続けてOMEGAライセンス認証方法にお進みください。

OMEGAライセンス認証方法

blankblankblank

※OpenEye社製OMEGAのライセンスをお持ちの方のみ必要

 

OpenEye社製OMEGAのライセンス認証を行うことで、発生配座を外部ファイル形式に保存することが可能となります。

1. LigandScoutを起動します。

LigandScout・メイン画面

2. Editメニューより、Preferencesを選択します。

LigandScout・Preferencesウィンドウ

3. Preferencesウィンドウ左側のLigand-Basedアイコンをクリックします。右側に表示されるConformer Generationタブをクリックし、OE license file:右の…ボタンをクリックし、ライセンスファイルを選択します。

 

Q2. チュートリアルの使い方は?

idbgenの実行例

idbgenは、スクリーニング用の配座データベースを構築するツールです。

この機能はGUIから利用できないため(現行版v3.03b)、CLI(コマンドラインインターフェイス)から、直接idbgenコマンドを実行する必要があります。

以下に、Windows版LigandScoutを例として、SMILESファイルをDBファイル(拡張子 .ldb)に変換する手順を示します。

1. 任意のディレクトリに入力ファイルを保存します(対応ファイル形式:SDF, SMILES, MOL2, LDB)。
(例. C:\Ligandscout-Libraries\PCL2.smi )

LigandScout:ローカルディスク(C:)Ligandscout-Libraries PCL2.smi・エクスプローラウィンドウ

2. Shiftキーを押しながら、右クリックを押し、コンテクストメニューを開きます。その中から、”コマンドウィンドウをここで開く(W)”をクリックします。

LigandScout:Shiftキーを押しながら、この辺りを右クリック! コマンドウィンドウをここで開く(W) 選択・エクスプローラウィンドウ

3. Windows コマンド プロセッサ(cmd.exe)が起動します。プロンプト(>)の右側に文字列を入力し、Enterキーを押すことで、コマンドを実行することが出来ます。dirコマンドで、入力ファイルPCL2.smiが存在することを確認し、-i オプション、-o オプションで入出力ファイルを指定し、idbgenを実行します。

C:\Program Files (x86)\ligandscout\idbgen.exe -i PCL2.smi -o PCL2.ldb

 

<注意> 32bit-Windows環境の場合、idbgenは通常下記フォルダに格納されています。インストールパスに応じて、適宜変更してください。

C:\Program Files\ligandscout\idbgen.exe

 

"LigandScout:C:\Ligandscout-Librariesdir dirコマンドディレクトリ内のファイル一覧を取得 C:\Ligandscout-Libraries>”c:\Program Files (x86)\ligandscout\idbgen.exe” -i PCL2.smi -o PCL2.ldb -iオプションで入力ファイル(PCL2.smi)、-oオプションで出力ファイル(PCL2.ldb)を指定しidbgen.exeを実行(※この例では、サーチパス未設定のため、完全パスでidbgenを実行しています)・コマンドプロンプト画面” width=”503″ height=”306″ />

4. idbgenが実行され、最後に”idbgen finished successfully.”と出力されれば正常終了です。-o オプションで指定したDBファイルが新しく生成されます。

LigandScout:Input file: /PCL2.smi Output file: /PCL2.ldb Conformer generator: OMEGA (中略) idbgen finished successfully. C:\Ligandscout-Libraries>・コマンドプロンプト画面

配座発生等に問題があった場合、ログファイルPCL2-failed.logにより、確認することができます。

idbgenコマンドのオプション詳細は、Helpオプションを参照してください。ヘルプ出力例(txt形式)

C:\Program Files (x86)\ligandscout\idbgen.exe -h

 

(2012/03/22)

公開日:2019/12/14
最終更新日:2020/06/22