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バージョン4.5 (2023年リリース)

• バグ修正など

バージョン4.4 (2019年リリース)

• 化学構造式エディタ
  • 2D分子の描画・編集が可能
• バインディング・アフィニティ予測と表示機能
  • 各原子の寄与をインタラクティブに解析可能
• 結合サイトのアライメント機能
  • アライメント・パースペクティブで結合サイトの重ね合わせが可能
• レーダープロット機能
  • インタラクティブなデータ解析機能
• 散布図・平行座標図の新機能
  • 軸の反転、定義済み数学関数による軸スケーリング、インタラクティブな分子情報の取得など

バージョン4.3 (2018年リリース)

• GUIからのリモートジョブ実行
  • iscreenまたはidbgenをAmazonクラウドまたはオンプレミス・クラスタシステムで実行可能
• ハロゲン結合アクセプターのサポート
  • ファーマコフォアの化学要素としてハロゲン結合をサポート
• 新オンラインヘルプシステム
  • 文字列による検索機能をサポート

バージョン4.2 (2017年リリース)

• インタラクティブチャート機能
  • テーブル内データを用いたX-Y散布図の描画機能、フィルタリング用途に適したチャート
• テーブル編集機能、Excelファイル形式の入出力
  • 外部変数等のテーブル入力、Excelファイルのインポートとエクスポートに対応
• PDBデータベースのリガンド検索機能（PDB Online LookUP）
  • テーブル内のリガンド及び類似化合物をPDB探索
• MDトラジェクトリ対応ファイル形式の拡張
  • 従来のCharmm形式に加え、Amber, Gromacsファイル形式をサポート
• MDトラジェクトリによる構造ベース・ファーマコフォアモデルの自動作成
  • 従来のKnime Extensionに加え、GUIから自動作成可能
• MDトラジェクトリ解析機能
  • ファーマコフォアに基づくMDトラジェクトリの解析機能

バージョン4.0 (2015年リリース)

• アポタンパクモデリング
  • リガンド接触表面を計算し化学要素を配置する事で、アポタンパクに基づくファーマコフォアモデルを構築可能
• ドッキング機能
  • AutoDock 4.2およびAutoDock Vina 1.1ビルトイン
• MDトラジェクトリファイルのインポート・アニメーション
  • 分子動力学計算の結果を利用したファーマコフォアモデリング
• 新しい配座発生プログラムiCon
  • inte:Ligand社で独自に開発された配座発生プログラム
• KNIMEワークフロー対応
  • LigandScoutの多くの機能をKNIMEプラットフォーム上で利用可能
• その他新機能
  • 結合自由エネルギー推算機能
  • 結合サイト解析ツール
  • 化学要素座標の手動調整
  • バックグラウンドタスク(例. スクリーニング中にGUI操作が可能)
  • ドラッグ＆ドロップによる分子構造の読み込み能

バージョン3.1 (2015年リリース)

• ライブラリ構築用GUI
  • 従来のコマンドツールに加えて、GUIからも配座ライブラリを構築可能
• フラグメントスクリーニングモードの追加
  • 部分一致検索に最適化されたアルゴリズム
• クラスタリングの新オプション
  • ファーマコフォア動径分布関数（RDF）をサポート
• HPCクラスタ向けの最適化
  • HPCクラスタシステムにおいて、ライブラリ構築やバーチャルスクリーニングの実行が容易に可能
  • ライブラリ管理、ジョブ管理コマンドを実装
  • 化合物ベースならびにタスクベースの実行時間管理機能
• その他の改良点
  • 距離／角度モニタの選択対象を拡張（原子、結合、ケミカルフィーチャ）
  • ヒエラルキービューのファーマコフォアアイコンを拡張（disable, optional 他）
  • Tool tipにキラル情報を表示
  • キラル窒素（Nitrogen chirality）を実装

バージョン3.03 (2011年リリース)

• 改良されたMMFF94エネルギー最小化
• リファレンス点に基づくアライメント： 分子とリファレンス点ともに色の変更が可能
• 選択要素にフレキシブルアライメントが適用できる場合にのみ、チェックボックス”addgn flexibly”が有効
• 平面とベクトルのツールTipsにトレランス情報を追加
• 単一分子を構造ベースビューへコピーする場合に、挿入またはコア分子との置換を選択可能
• 分子プロパティをライブラリへ追加可能
• SDFまたはLDB形式でファイルを保存する場合、リガンドセットのtraining/test/ignoredの割り当て情報を保持
• ライブラリテーブルのカラム表示機能を一部変更
• リガンドベースビューにファーマコフォアバイアスをコピーする際、既存のものがあれば警告
• ライブラリテーブルのカラムのshow/hidden/toggled切り替え

バージョン3.0 (2010年リリース)

• リガンドベースのファーマコフォア作成
  • 複数のリガンドを用いてファーマコフォアモデルを作成
  • リガンドの分類（クラスタリング）
• バーチャルスクリーニング機能
  • OpenEye社製OMEGAをシームレスに統合
  • 配座発生、配座DB構築が可能
  • ROCプロット、EF計算
  • クエリにブール式（AND/OR/NOT）を利用可能
• 高速化されたMMFF94
  • v2.0に比べ、最大200倍高速化
  • 互変異性体のエネルギー計算、ランキング
• ネットワーク分散処理に対応
  • PCクラスタによりジョブの分散処理が可能（配座発生、スクリーニング）

バージョン2.0 (2008年リリース)

• ジオメトリ、辞書およびルールを用いたリガンドの自動認識
• 高度な3D描画機能とアンドゥ機能を備えた最新鋭のユーザインターフェイス
• 3Dインターフェイスと連携した2Dビューと階層ビュー
• タンパク質-リガンド相互作用の2D表示
• 化合物ライブラリの検査のためのライブラリビュー（プロパティ、スコア計算、アライメント）
• 複数のリガンドとファーマコフォアから、作用機構を評価可能な共通ファーマコフォアを作成
• 補因子、イオン、水分子、金属結合位置（Fe, Mg, Zn）の高度な取扱い
• Catalyst/DiscoveryStudiotm、MOEtm、Phasetmへのファーマコフォアエクスポート機能
• ファーマコフォアベースの分子アライメント
• 活性部位でのモデリング時にリガンドの容易な手動修正が可能
• 水分子および補因子をリガンドの一部、または高分子の一部として扱うことが可能
• MMFF94力場によるリガンド分子の構造最適化
• 熟練ユーザ向けの豊富なパラメータ調整機能
• 無制限のアンドゥレベル
• 多数の分子ファイル形式と画像ファイル形式をサポート
• 結合部位、分子、ファーマコフォアを格納するための、優れたファイルおよびリポジトリ管理機能