分子記述子・FP計算ソフトウェア alvaDesc 2.0 リリースのご案内

平素より、弊社商品ならびにサービスをご愛顧頂きまして、誠にありがとうございます。
この度、分子記述子・FP計算ソフトウェア alvaDesc の新バージョン 2.0 がリリースされましたので、下記の通りご案内いたします。

分子記述子計算およびフィンガープリント計算ソフトウェアとしてご好評いただいておりますalvaDescですが、今回のメジャーリリースより、計算可能な記述子が5,666種類となりました。また、使い勝手のよいスプレッドシート機能やt-SNEアルゴリズムの採用、PEOE電荷など、多くの機能追加、改良がなされております。

alvaDesc 2.0を皆さまのご研究にぜひお役立てください。

 

〇alvaDesc 製品紹介

https://www.affinity-science.com/alvadesc/

 

〇バージョン2.0主な新機能

・ソートとフィルタリング機能を持つスプレッドシートを用いて記述子を探索可能

・PCAデータをタブ区切りテキストファイルにエクスポート可能

・次元削減のために、PCAに加えて、t-SNEアルゴリズムを使用可能

・すべてのチャートで、分子選択に’Lasso selection’ を使用可能

・多くの3次元記述子(例、3D Atom Pairs)は、分子骨格上にのみ3次元座標を有する(すなわち、H原子の3次元座標を有しない)分子で計算可能

・必要に応じて、Gasteigerの “Partial Equalization of Orbital Electronegativity” (PEOE)を用いて部分電荷を計算可能

・新たに300以上の記述子を追加

  • Constitutional descriptors:
    • number of aromatic atoms (nAA)
    • number of sp3 hybridized carbons/total carbon count (Fsp3)
  • Ring descriptors:
    • number of spiro atoms (nSpiro)
    • number of bridgehead atoms (nBridgeHead)
    • aromatic proportion (AP)
  • Information indices: Bertz complexity index (BertzCT)
  • 2D matrix-based descriptors on Laplace matrix: algebraic connectivity (also known as Fiedler value or Fiedler eigenvalue)
  • P_VSA-like descriptors on partial charges
  • ETA indices: eta composite index for reference alkane (Eta_R) and eta local composite index for reference alkane (Eta_LR)
  • 3D matrix-based descriptors on Coulomb matrix
  • Atom-type E-state indices: E-state minimum and E-state maximum
  • Molecular properties:
    • Wildmann-Crippen molar refractivity (MR99) and consensus molar refractivity
    • Wildmann-Crippen octanol-water partition coefficient (LOGP99) and consensus LogP
    • ESOL: Estimated SOLubility (logS) for aqueous solubility
    • Synthetic Accessibility score (SAscore)
    • Plane of best fit (PBF)
  • Drug-like indices: Quantitative Estimation of Drug-likeness (QED)
  • HALES descriptorshttps://doi.org/10.1038/s42004-018-0059-2
  • MDE descriptorshttps://doi.org/10.1021/ci970109z
  • Chirality descriptorshttps://doi.org/10.1002/cmdc.201700798

 

〇ライセンス形態

  • alvaDesc single 年間ライセンス
  • alvaDesc site 年間ライセンス
  • alvaDesc 教育用永久ライセンス (PC3台まで)

※一般向け年間ライセンス契約者の方は、ライセンス期間内に追加費用なく、バージョン2.0へ更新いただけます。

※教育用ライセンスについては、購入時期が6カ月以内の方は無償で、それ以前にご購入された方は更新料金をお支払いいただく事でバージョン2.0へ更新いただけます。

 

ライセンス料など各種お問合せは、弊社営業部までお問い合せください。

株式会社アフィニティサイエンス 営業部
電子メール : sales@affinity-science.com
WEBフォーム : こちら

公開日:2020/11/09