PeakTrace よくある質問

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Q1.PeakTraceでscfファイルを使うことはできますか?

.scfファイルにはPeakTraceが必要とする生(raw)データが含まれていないため、使用できません。

シークエンス受託機関の多くは.ab1ファイルを保管していると思われますので、PeakTraceを用いたベースコールをご希望の場合はオリジナルの.ab1 tracesを受託機関にお求めください。

 

(2018/12/20)

 

Q2.Auto PeakTrace RPに利用期限、アクセス制限はありますか?

Auto PeakTrace RPには、失効日等の設定はございません。残unitsがある限り、いつまでもご利用いただけます。

ただし、利用する際には、インターネット接続が必要になります。

また、アクセス元のコンピューター台数に制限はありません(同じLicense Codeをご利用いただけます)。

License Codeを入力することで利用開始となります。残Unit数は、Option ウィンドウで確認することが出来ます。

 

PeakTrace・メイン画面

 

上記ダイアログ下部にありますOptionsボタンをクリックすることでOptionsダイアログを表示します。

PeakTrace・Options画面

 

上記イメージ右下「Unit Remaining」が残ユニット数になり、「Total」はそのコンピュータ上で処理された全データファイル数になります。「Success」は改善が認められたデータファイル数で、使用済みUnit数を意味します。

 

(2018/12/20)

 

Q3.PeakTrace:Boxの納品形態はどのようになっているのですか?

PeakTrace:Boxをご注文いただいた場合、PeakTrace USB キーとソフトウェアのダウンロード・インストール方法が記載された指示書(パスワードとライセンスコードを含む導入ガイド)を納品いたします。

USBキーは海外発送の為、納品までには少々お時間をいただきます(ご注文から納品まで3週間程度を目安としておりますが、正確な納期はお問合せください)。

 

(2018/12/27)

 

Q4.PeakTrace:BOXについて、利用日数はいつから起算されますか?

納品日ではなく、ライセンス認証操作を行った日が利用開始日になります。

シリアル番号が登録されたUSBキーによりライセンス管理を行っており、こちらがないとPeakTrace:BOXは動作しません。

使用コンピュータにUSBキーを接続し、所定の操作を行っていただく事でrequest fileが生成されます。こちらのファイルを弊社へお送りいただきますとそちらに対応したUpdate fileを返送させていただきます。

再度操作を行っていただきUpdate fileの設定が終了しました後、PeakTrace:BOXをご利用いただけるようになります。詳しい情報は、ご注文いただきました後、手順書を送付いたしますので、そちらをご参照願います。

ライセンス失効日は、Optionsダイアログの「days remaining」でご確認いただけます。

 

PeakTrace:PeakTrace License days remaining 190・メイン画面・Options画面

 

(2018/12/27)

 

Q5.PeakTrace:BOXで購入したUnit数では足りなくなった場合、途中でプランの変更はできますか?

途中で変更することはできず、ユニットを追加注文いただく必要があります。

追加Unit数や延長期間等をご連絡いただければ、条件に該当する料金をお見積させていただきます。

お支払い完了後、インストール時と同様、Request fileをお送りいただきますと、そちらに対応した Update file をご返送させていただきます。これによりライセンス更新が可能です(この場合、USBキーのシリアル番号に変更はございません)。

 

(2018/12/27)

 

Q6.PeakTrace:BOXをインストールするパソコンを途中で変更することはできますか?

可能です。PeakTrace:BOX(1 USB キー, 1 シリアル番号)では、最大5台のコンピュータにインストールを行うことが可能です。

(2018/12/27)

 

Q7.「Auto PeakTrace RP」と「PeakTrace: BOX」と 「PeakTrace: BOX With QualTrace」の間で、ベースコーラーの性能に違いはありますか?

ベースコールはPeakTraceが行います。QualTraceはトレースプロセッシングを行う別プログラムになります。

各サンプルのシーケンシングパラメータの細やかな調整を行う場合、QualTraceオプション付きをご検討されると良いかと存じます。詳細は公開されておりませんが、PeakTrace RPとPeakTrace:BOXのベースコーリング機能に違いはないようです。QualTraceのユニット単価は、PeakTraceに比べ、低料金に設定されております。

 

Figure.PeakTrace:BOX Options画面(左:PeakTrace設定 右:QualTrace設定)

PeakTrace:BOX・Options画面(左:PeakTrace設定 右:QualTrace設定)

 

「PeakTrace: BOX With QualTrace」のみ QaulTraceを利用でき,QualTraceの付属しない「PeakTrace:BOX Without QualTrace」や「Auto PeakTrace RP」では,QualTraceを利用できません(QualTraceは,USBキーでライセンス認証され動作します)。オプションに関して、Default設定での使用が通常は推奨されていますが、技術者の操作、サンプル、試薬等によって結果が変わる場合がありますので、必要に応じてOptions設定の変更を行ってください。

 

PeakTraceとQualTraceの各プログラムの設定がもう一方のプログラムに直接影響を与えることはありません。各サンプルの全てのシーケンシングパラメータについて知りたい場合には、QualTraceをご利用いただく必要がございます。なお、PeakTraceは生データを処理します。同一の入力データに対して、性能向上が見られるまで、basecallを何度も実施し直して細かなオプションのチューニングを行う場合、例えば同一入力データ1件で10回の条件変更と再実行を行った場合には、ユニットの消費は10 Unitsになります。

 

各オプション値に関する詳しい説明については、次のURLにあります各マニュアルをご参照ください。

 

(2018/12/27)

 

Q8.実行をスクリプト言語などで制御することはできますか?

PeakTraceはGUIからだけでなく、コマンドラインからも実行することが出来ます。これによりスクリプト言語によるバッチ処理等が可能です。マニュアル内にオプションを含む情報がございますので、そちらをご参照ください。

データファイルはOutputフォルダに保存されますので、異なる設定を指定される場合、出力先フォルダを変更するようご注意ください。

 

(2018/12/27)

 

Q9.PeakTraceは、KB、phred、TraceTunerなどの他のベースコーラーと何が違うのですか?

KB Basecaller™はABIのシーケンサーに付属しているソフトウェアで、通常、シーケンサーから出力された波長シグナルデータはKB Basecaller™によってベースコールされています。
これに対してPeakTrace、phred、TraceTuner等は、別のPC上で.ab1データをベースコールするソフトウェアとなります。

phredやTraceTunerは、ABIデータ収集ソフトウェアによって処理されたピークデータをベースコールするため、処理済ピークデータの品質によって精度が制限されてしまいます。

一方PeakTraceは、KB Basecaller™と同様に、.ab1ファイルに含まれる生(raw)データを直接解析するという方法で機能します。 PeakTraceは、ベースコールの前に生(raw)データの再処理を行うため、他のサンガーシーケンシングベースコーラーよりも、エラーが少なく、読み取り時間が大幅に短縮され、精度の高いベースコールを行うことが可能となっています。

また、PeakTraceの用いる手法はABI社の KB Basecaller™ と同種のものではありますが、KB Basecaller™と比較してデータ処理速度とベースコールの精度が大幅に優れています。

 

(2018/12/27)

 

Q10.どのDNAシーケンサーと実行条件がサポートされていますか?

サポートされているDNAシーケンサーおよび実行条件は以下の通りです。
ご希望の実行条件またはDNAシーケンサーがこのリストにない場合は、弊社営業部、またはsupport@nucleics.comまでお問い合わせください。
実行条件のサポートについて対応検討させていただきます。

  • ABI 3730, 3730xl, 3100 and 3130 Run Conditions
    • POP7, BigDye3, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP7, BigDye1, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP7, BigDye3, 7kV, 50cm array traces
    • POP7, BigDye1, 7kV, 50cm array traces
    • POP7, BigDye3, 11kV, 50cm array traces
    • POP7, BigDye1, 11kV, 50cm array traces
    • POP7, BigDye3, 8.5kV, 36cm array traces
    • POP7, BigDye1, 8.5kV, 36cm array traces
    • POP7, BigDye3, 4.5kV (ultra long run), 50cm array traces
    • POP7, BigDye3, 6.1kV (long run), 50cm array traces
    • POP7, BigDye1, 6.1kV (long run), 50cm array traces
    • POP7, BigDye3, >12kV (rapid run), 50cm array traces
    • POP7, BigDye1, >12kV (rapid run), 50cm array traces
    • POP7, BigDye3, >12kV (rapid run), 36cm array traces
    • POP7, BigDye1, >12kV (rapid run), 36cm array traces
    • POP7, ET Terminator, >12kV (rapid run), 50cm array traces
    • POP7, ET Terminator, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP7, ET Terminator, 8.5kV, 36cm array traces
    • POP7, BigDye3, 8.5kV, 80cm array traces
    • POP7, BigDye1, 8.5kV, 80cm array traces
    • POP6, BigDye3, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP6, BigDye1, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP6, BigDye3, 8.5kV, 36cm array traces
    • POP6, BigDye1, 8.5kV, 36cm array traces
    • POP6, ET Terminator, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP6, BigDye3, >12kV (rapid run), 50cm array traces
    • POP6, BigDye1, >12kV (rapid run), 50cm array traces
    • POP6, BigDye3, >12kV (rapid run), 36cm array traces
    • POP6, BigDye1, >12kV (rapid run), 36cm array traces
    • POP6, ET Terminator, >12kV (rapid run), 36cm array traces
    • POP4, BigDye3, 8.5kV, 80cm array traces
    • POP4, BigDye1, 8.5kV, 80cm array traces
    • POP4, BigDye3, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP4, BigDye1, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP4, BigDye3, 8.5kV, 36cm array traces
    • POP4, BigDye1, 8.5kV, 36cm array traces
    • POP4, BigDye3, >12kV (rapid run), 36cm array traces
    • POP4, BigDye1, >12kV (rapid run), 36cm array traces
  • ABI 3500 Run Conditions
    • POP7, BigDye3, >18kV (ultra rapid run), 50cm array traces
    • POP7, BigDye1, >18kV (ultra rapid run), 50cm array traces
    • POP7, BigDye3, >13kV (rapid run), 50cm array traces
    • POP7, BigDye1, >13kV (rapid run), 50cm array traces
    • POP7, BigDye3, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP7, BigDye1, 8.5kV, 50cm array traces
    • POP6, BigDye1, >18kV (ultra rapid run), 50cm array traces
  • ABI 3700 Run Conditions
    • POP5, BigDye3, 50cm array traces
    • POP5, BigDye1, 50cm array traces
    • POP6, BigDye3, 50cm array traces
    • POP6, BigDye1, 50cm array traces
  • ABI 310 Run Conditions
    • POP6, BigDye3, >13kV (rapid run), 50cm array traces
    • POP6, BigDye3, 50cm array traces
    • POP6, BigDye1, 50cm array traces
    • POP6, BigDye3, >13kV (rapid run), 36cm array traces
    • POP7, BigDye1, >13kV (rapid run), 36cm array traces
    • POP6, BigDye3, 36cm array traces
    • POP6, BigDye1, 36cm array traces
    • POP4, BigDye3, 36cm array traces
    • POP6, BigDye3, >13kV (rapid run), 30cm array traces
    • POP6, BigDye1, >13kV (rapid run), 30cm array traces
    • POP6, BigDye3, 30cm array traces
    • POP6, BigDye1, 30cm array traces
    • POP4, BigDye1, >13kV (rapid run), 30cm array traces
    • POP4, BigDye3, 30cm array traces
    • POP4, BigDye1, 30cm array traces
  • ABI 377 Run Conditions
    • BigDye3 traces
    • BigDye1 traces
    • ET Terminator traces
  • MegaBACE Run Conditions
    • BigDye3 traces
    • ET Terminator traces
    • ET Primer traces
  • MJ Research BioStation Run Conditions
    • Dye Rhodamine traces

 

(2018/12/27)

 

Q11.PeakTraceのどのバージョン(利用形態)がおすすめですか?

お客様のご希望や状況によりますので、一概には回答できません。

年間150,000件以上のトレースを生成している場合は、PeakTrace:Boxシステムがお客様のニーズに最も適しています。

年間1,000件以上かつ150,000件未満のトレースを生成している場合は、Auto PeakTrace RPが最も適しています。

1年に1,000トレース以下の場合には、ChromasのPeakTraceが最適です。

迷われた際には、info@affinity-science.comまでご連絡ください。
お客様のニーズに最適なバージョンと、現在のワークフローにPeakTraceシステムをインストールする際に必要なものについてお答えいたします。

 

(2018/12/27)

 

Q12.PeakTrace:BOXシステムを使用するには何が必要ですか?

PeakTrace:Boxは中~大規模の解析機関向けの商品です。

導入に向けて、まずはinfo@affinity-science.comまでご相談ください。

ユニットをご購入いただいた後、PeakTrace USB Keyや必要情報をお送りいたします。

インターネット接続可能なWindows PCに、PeakTraceソフトウェア等をWEBからダウンロード、インストールしていただいた後、PeakTrace:BOXを利用することが可能となります。

 

(2018/12/27)

 

Q13.Auto PeakTrace RPを使用するには何が必要ですか?

Auto PeakTrace RPは小~中規模の解析機関向けの商品です。

まずは、ユニットを弊社営業部よりご購入ください。

インターネット接続可能なWindowsまたはMac OSコンピュータをご準備いただき、ソフトウェアをWEBからダウンロード、インストールしていただき、ご案内するキーを入力することで使用可能となります。

 

(2018/12/27)

 

公開日:2019/12/12
最終更新日:2020/06/22