ChromasPro

数百万塩基のアセンブリ及び配列編集・解析が可能なDNAシークエンシング用ソフトウェア

製品概要

ChromasProは、数百万塩基規模のアセンブリおよび基本的な配列編集・解析が可能なDNAシークエンシング用ソフトウェアです。 ABI社(サンガーシーケンサー)や454Life Sciences社、Illumina社(次世代シーケンサー)などのシーケンス・データをアセンブリすることができます。RAM 8GBを使用する場合、最大100万シーケンスをアセンブリすることが可能です。

開発元:オーストラリア Technelysium Pty Ltd

主要な機能

  • 読み込み可能なファイル形式(Applied Biosystems .ab1、Staden Chromatogram (SCF及びZTR)、454 SFF、FASTA、FASTQ、EMBL、GenBank、SwissProt、GenPept、GCG RSF 及びプレーンテキスト形式)
  • 出力可能なシーケンスファイル形式(.ab1、.scf、.fasta、.fastq)
  • 重複配列を用いたコンセンサス配列の生成、あいまい部分の強調表示
  • クオリティデータを使用して、低品質シーケンスの自動削除、アセンブリ改善
  • レファレンス配列をアセンブリのためのスキャフォールド配列として使用可能
  • 制限酵素切断地図とフラグメントマップ作成、切断(カッター)、ノンカッター、フラグメントのリスト機能
  • G + Cフレームプロットによるオープンリーディングフレームのマッピング、ORFのワンクリック変換
  • クロマトグラム、制限酵素認識部位とフラグメントマップ、オープンリーディングフレームマップの印刷機能
  • NCBI Webサイトを利用したヌレオチドおよびタンパク質BLAST検索
  • ClustalW用インターフェースによるマルチプルアライメント
  • シーケンスとクロマトグラムの反転と補完
  • 完全一致または最適アライメントによるシーケンス検索
  • ヌクレオチド配列編集時に翻訳アミノ酸配列の表示
  • 逆翻訳の実行及びヌクレオチド縮重のプロット
  • タンパク質の親水性と抗原性をプロット
  • クロマトグラムセクションの画像コピー機能(ドキュメントやプレゼンテーション資料へのペースト用)

 

バージョン情報

バージョン2.1.8 (2018年リリース)

  • BLAST 検索をブラウザに送信する際のバグを修正しました。

バージョン2.1.7 (2018年リリース)

  • コンティグエディタで拡大表示されたときの参照シーケンスのレンダリングの問題を修正しました。
  • BLAST検索で、WebブラウザでのURLの長さ制限を回避するために、サーバーに直接送信するオプションが追加されました。結果はデフォルトのブラウザでも表示されます。
  • プロジェクトにリストされているコンティグコンセンサス配列の長さにギャップを含まなくなりました。

バージョン2.1.6 (2017年リリース)

  • 長いリードノイズを含むクロマトグラムのプロジェクトを保存する際のバグが修正されました。

バージョン2.1.5 (2017年リリース)

  • コンティグエディタでシーケンスの順番を入れ替えられるようにしました。
  • コンティグからFASTQ形式のコピーを追加しました。
  • ヌクレオチド配列エディタにFASTQを貼り付けられるようになりました。
  • クロマトグラムエディタでの塩基X座標ドラッグのやり直しのバグを修正しました。
  • プロジェクトメンバーの配列を手動で編集した場合、ベクター情報を保持/更新するようにしました。
  • コンセンサス配列のマップおよびBLAST検索の塩基範囲のギャップを修正しました。
  • 空のプロジェクトで情報を表示しているときに、division-by-zeroエラーが発生していたのを修正しました。
  • コンティグエディタでスクロールする時のちらつきを修正しました。

 

動作環境

対応OS

  • Windows (XP、Vista、7、8、10)

 

ライセンス形態

ChromasProのライセンスは、企業向け一般ライセンス(商用)とアカデミックライセンス(教育用)の2種類のライセンス形態があります。

 

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

価格情報

ChromasProのライセンス価格は、企業向け一般ライセンス(商用)とアカデミックライセンス(教育用)の形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

企業向け一般ライセンス(商用)

種類 価格(税別)
シングルユーザー
永久ライセンス
37,000円~

 

アカデミックライセンス(教育用)

種類 価格(税別)
シングルユーザー
永久ライセンス
18,000円~

 

※価格は為替変動等により変化し、また予告なく変更される場合があります。

※マルチユーザーライセンスをはじめ、複数のライセンス形態がございます。詳しくはお問合せください。

 

関連ソフトウェア:Chromas

Chromasは無料で利用可能なトレースビューアです。

 

Chromas主要な機能

・.ab1、SCF・ZTR形式のクロマトグラムファイルの読み込み

・.ab1、.scf形式でのシーケンス保存

・クロマトグラムの拡大・縮小印刷

・低品質のシーケンス(クオリティデータがある場合)またはベクターシーケンスの自動削除

・FASTA、FASTQ、EMBL、GenBank、GCG形式及びプレーンテキスト(塩基ナンバリングオプション)による書き出し

・シーケンスデータ(プレーンテキスト、FASTAまたはFASTQ形式)のクリップボード・コピー機能

・シーケンスとクロマトグラムの反転と補完

・完全一致または最適アライメントによるサブシーケンス検索

・シーケンスに加えて翻訳アミノ酸配列の表示

・クロマトグラムセクションの画像コピー機能(ドキュメントやプレゼンテーション資料にペースト用)

・フォーマット変換、ベクトル削除を伴うシーケンスや生データのエクスポート、印刷等のバッチ処理機能

・PeakTrace(別オプション)用インターフェイスによる高品質ベースコール機能
 
※複数のオーバーラップシーケンスリードをアセンブルする必要がある場合は、ChromasProを参照してください。
 
※Chromasは無料です。PeakTrace RPコンポーネントは、無料アカウントの登録が必要で、40個の無料ユニットを使用した後は有料サービスとなります。Chromasのオプションメニューの下にあるリンクをたどると、入門割引が適用されます。

 

Chromas動作環境

対応OS

  • Windows (XP、Vista、7、8、10)
  • Mac beta version for OSX 10.6 – 10.14 (not Catalina)
公開日:2020/02/14
最終更新日:2020/10/20