CImatch

等電子密度面と局所特性を用いる分子アライメントプログラム

CImatch

製品概要

CImatchは、等電子密度面や局所特性に基づいて分子の重ね合わせを行うソフトウェアです。遺伝アルゴリズムを用いて、ParaSurfで計算された局所静電ポテンシャル、局所イオン化エネルギー、局所電子親和性、局所分極などの局所特性を単独、または等電子密度面と組み合わせて、分子を重ね合わせすることができます。

CImatchは、分子の2Dスキャッフォルドに依存せず、分子形状と結合特性のみに依存する分子の重ね合わせを実現します。QSARや2D QSARの構造オーバーレイ、リガンドの活性コンフォメーションの探索等に最適です。

※CImatchをご使用される際はParaSurfが必要です。

開発元: CEPOS INSILICO GmbH

【関連製品】

Cepos Suite

EMPIRE(+EH5cube)+ParaSurf+CImatchのセット商品

EMPIRE

大規模な系に適用可能な並列半経験的分子軌道法ソフトウェア

ページはこちら

ParaSurf

分子表面を構築し局所的な特性と記述子を計算する基本モジュール

ページはこちら

CADDLE

高品質3D表示が可能なWebベースの分子モデリングシステム(EMPIREのシングルノードバージョンを含む)

ページはこちら

SAR-caddle

エクセルファイルを入力データとして使用できるQSAR/QSPRモデルの構築と適用のためのWebベースソフトウェア

ページはこちら

 

主要な機能

最適化対象とする類似度指数(functionオプションで選択可能)

形状/形状と静電ポテンシャルの積/静電ポテンシャル/形状とイオン化エネルギーの積/イオン化エネルギー/形状と電子親和性の積/電子親和性/形状と電子的偏光性の積/電子的偏光性

※形状指数は重ね合わせる分子の表面Aと表面Bにおける点Xと点Yの最近接距離によるもの、特性指数は点Xと点Yにおけるその特性値の差とする

入力ファイル(.psf)の自動作成(forceオプションとしても使用可能)
EMPIRE、ParaSurfを用いる場合

※テンプレート分子とターゲット分子のSDFファイルが必要

<mol1>.sdf、<mol2>.sdf → (EMPIRE計算) → <mol1>_e.sdf、<mol2>_e.sdf → (ParaSurf計算) → <mol1>_p.sdf、<mol2>_p.sdf、<mol1>_p.psf、<mol2>_p.psf

ParaSurfを用いる場合

※VAMPやEMPIREで出力されたテンプレート分子とターゲット分子のSDFファイルが必要

<mol1>.sdf、<mol2>.sdf → (ParaSurf計算) → <mol1>_p.sdf、<mol2>_p.sdf、<mol1>_p.psf、<mol2>_p.psf

対応ファイル形式
入力

ParaSurfで作成されたテンプレート分子とターゲット分子のPSFファイル(.psf)

※同一ディレクトリ内にParaSurf形式のSDFファイル(_p.sdf)が存在することが必要

出力

ログファイル(<mol1>_<mol2>_<FUNCTION>.log)

オーバーレイ後分子のSDFファイル(<mol1>_<mol2>_<FUNCTION>.sdf)

オーバーレイ後ターゲット座標のSDFファイル(<mol2>@<mol1>_<FUNCTION>.sdf)

テンプレート別結果一覧ファイル(Template__<FUNCTION>.csv)

 

技術情報

CImatch1.0 A2版 ユーザマニュアル(開発元サイト; 英語)

 

バージョン情報

  • バージョン1.0(2019年9月リリース)

 

動作環境

対応OS(サーバ)

Windows / Linux

 

ライセンス形態

ユーザ種別

一般用

アカデミック (※サポートは含まれておりません)

注意事項

※ご所属一括での契約となるSiteライセンスです。

※年間契約となり毎年更新が必要です。

使用許諾条件について

ライセンスの詳細につきましては、使用許諾条件をご確認ください。

 

価格情報

CImatchのライセンス価格は、一般用とアカデミック用で異なります。ユーザーライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

商品名 価格
CImatch Site お問い合わせください
Cepos Suite(*)
シングルノード Site
お問い合わせください
Cepos Suite(*)
シングルノード&マルチノード Site
お問い合わせください
CImatch Site 教育用 お問い合わせください
Cepos Suite(*)
シングルノード Site 教育用
お問い合わせください
Cepos Suite(*)
シングルノード&マルチノード Site 教育用
お問い合わせください

 

※全てのライセンスは年間使用(Annual License)形態となり、毎年更新が必要です。

(*) Cepos SuiteはEMPIRE(+EH5cube)+ParaSurf+CImatchのセット商品です。

公開日:2020/11/10
最終更新日:2020/12/04