Dragon[重要] 2019年6月末をもちまして販売を終了いたしました。
分子記述子の計算プログラム、最大5,270の記述子を計算でき、QSAR、スクリーニング、機械学習等に利用可能
目次
製品概要
Dragonは、分子記述子の計算において世界中で最も使用されているアプリケーションです。新バージョンDragon7.0では、ユーザーインターフェイスの改良や新規記述子、フィンガープリント計算や分断した構造のサポートといった機能が追加されました。
Dragonは、多様な理論的アプローチをカバーした5,270もの分子記述子を計算する事ができます。これらの記述子には、原子タイプや官能基・フラグメントのカウント、位相・幾何学的な記述子、3次元記述子といったものだけでなく、物性推算（LogPなど）やドラッグライクとリードライクアラート（リピンスキーアラートなど）といったものが含まれます。 記述子計算のための多種多様な手法や理論、それらの正確性と精密性は、Milano Chemometrics and QSAR Research Groupの主管であり、Viviana Consonni教授との共著によるMolecular Descriptors for Chemoinformatics（記述子理論に関する最も包括的な参考文献）の著者であるRoberto Todeschini教授によって確認されています。
開発元：イタリア Kode srl
技術情報
GUIとバッチ計算用CUI
Dragonは、使いやすく直観的なグラフィカル・ユーザ・インタフェースと大規模なデータセットのバッチ処理に適したコマンドライン・ユーザ・インターフェイスから利用することができます（WindowsおよびLinux両プラットフォームに対応）。また、ユーザーは追加費用なしでKnime用エクステンションを利用することも可能です。
フィンガープリントと分子フラグメント
Dragonは、新たに、断片化された（hashed）分子のフィンガープリント計算機能が追加されました。フィンガープリンティング処理で使用される全ての分子フラグメントの生成の他、複数のパラメータを用いたカスタマイズが可能です。
分析ツール
グラフィカルなユーザーインターファイスは、計算された記述子（拡張一変量統計学、pair-wise correlation、principal component 分析）と、インポートされたユーザ定義変数（例、実験値）、およびそれらをマージしたデータセットを解析することが出来ます。
分断された化学構造のサポート
バージョン7.0から、Dragonは、連結していない構造をもつ分子（例えば、塩、イオン性液体）の記述子を計算する事が出来るようになりました。このような構造に対する記述子計算アルゴリズムを拡張する、異なった理論的なアプローチを提供いたします。
分子記述子
Dragon 7は、最大5,270種の分子記述子を計算することができます.単に原子種や官能基、フラグメントの数をカウントするだけでなく、分子のトポロジーやジオメトリに基づく記述子や分子特性等も計算することが可能です. これらに加えて、Lipinskiの指標やドラッグライク、リードライク指標等を計算で求めることが可能です.
Dragon 7 分子記述子
バージョン 7で計算可能な記述子は、次のブロック構成となっています. 完全リスト(txt形式)
| 識別ID | ブロック内容 | 記述子数 |
|---|---|---|
| １ | Constitutional descriptors（構造記述子） | 47 |
| ２ | Ring descriptors（リング記述子） | 32 |
| ３ | opological descriptors（トポロジカル記述子） | 75 |
| ４ | Walk and path counts（ウォークアンドパスカウント） | 46 |
| ５ | Connectivity indices（連結指数） | 37 |
| ６ | Information indices（情報指数） | 50 |
| ７ | 2D matrix-based descriptors（2Dマトリックスベース記述子） | 607 |
| ８ | 2D autocorrelations（2D自己相関） | 213 |
| ９ | Burden eigenvalues（バーデン固有値） | 96 |
| １０ | P_VSA-like descriptors（P_VSA類似記述子） | 55 |
| １１ | ETA indices（ETA指数） | 23 |
| １２ | Edge adjacency indices（エッジ隣接指数） | 324 |
| １３ | Geometrical descriptors（ジオメトリカル記述子） | 38 |
| １４ | 3D matrix-based descriptors（3Dマトリックスベース記述子） | 99 |
| １５ | 3D autocorrelations（3D自己相関） | 80 |
| １６ | RDF descriptors（RDF記述子） | 210 |
| １７ | 3D-MoRSE descriptors（3D-MoRSE記述子） | 224 |
| １８ | WHIM descriptors（WHIM記述子） | 114 |
| １９ | GETAWAY descriptors（GETAWAY記述子） | 273 |
| ２０ | Randic Molecular profiles（Randic 分子プロファイル） | 41 |
| ２１ | Functional group counts（官能基カウント） | 154 |
| ２２ | Atom-centred fragments（原子中心フラグメント） | 115 |
| ２３ | Atom-type E-state indices（原子タイプE-state指数） | 172 |
| ２４ | CATS 2D（CATS 2D記述子） | 150 |
| ２５ | 2D Atom Pairs（2D原子ペア） | 1596 |
| ２６ | 3D Atom Pairs（3D原子ペア） | 36 |
| ２７ | Charge descriptors（チャージ記述子） | 15 |
| ２８ | Molecular properties（分子特性） | 20 |
| ２９ | Drug-like indices（ドラッグライク指数） | 28 |
| ３０ | CATS 3D（CATS 3D記述子） | 300 |
Dragon 6 分子記述子
最終更新日:2020/06/22