alvaBuilder

alvaBuilder

製品概要

alvaBuilderは、de novo分子設計用のソフトウェアツールです。シンプルなインターフェースを使用して、任意のトレーニングセットより、指定した特性(類似性、MW、logP、SAscore、QEDなど)を持つ新規分子を生成できます。

開発元:イタリア Alvascience Srl

 

主要な機能

遺伝的アルゴリズム

ドラッグライクな化合物空間には、最大1060個の分子があると推定されており、このような広大な空間を探索するのは大変な作業になります。しかし、遺伝的アルゴリズムを用いることで、この問題に取り組むことができ、所望の特性をもつ新しい分子を生成することができます。alvaBuilderを使用して、与えられたターゲット分子と類似している、または特定の分子記述子をもつ分子群を新たに生成することができます。スコア関数は、全ての類似性、特性をルールとして組み合わせて定義することができます。遺伝的アルゴリズムにより、定義されたスコア関数を最適化し新しい分子を生成します。

 

ターゲット分子記述子

ターゲット特性に基づくルールは、分子記述子に特定の値を持つ分子を生成するために使用されます。分子記述子の値は、次のルールで定義することができます。

・設定値以下

・設定値以上

・設定値と合致

・二つの値の間(範囲設定)

 

alvaBuilderには、構造的特徴を評価するための以下のような記述子が実装されています。

  • 分子量(MW)
  • 原子数(nAT)
  • 結合数(nBT)
  • 特定の原子や結合の種類の絶対的および相対的な出現頻度
  • 回転可能な結合数(RBN)
  • 環数(nCIC)
  • 回路数(nCIR)
  • 環系(NRS)
  • 水素結合ドナー原子数(nHDon
  • 水素結合アクセプター原子数(nHAcc
  • ブリッジヘッド原子数(nBridgeHead
  • スピロ原子数(nSpiro

など

 

構造に関する記述子に加えて、生成分子の物理化学的特性やdrug-likeness、lead-likenessに関する幅広いセットを提供します。

  • モル屈折率(MRcons
  • オクタノール-水分配係数(LOGPcons
  • LogS水溶解度(ESOL
  • トポロジカル極性表面積(TPSA(tot)TPSA(NO)
  • 表面積(SAtotSAaccSAdon
  • McGowan(Vx
  • van der Waals体積(VvdwMGVvdwZAZ
  • Verhaarによって定義された魚類(BLTF96)、ミジンコ(BLTD48)及び藻類(BLTA96)の3つの水性生物毒性基準を、Moriguchi LogP(MLOFP)に基づいて算出
  • Lipinski’s rule of five (Ro5)
  • rule of three (Ro3)に基づいたLLS_01
  • drug-likenessの定量的推定(QED)

など

 

de novoデザインを扱う際に重要な合成可能性についてのスコア(SAscore)も含まれています。

 

 

 

ターゲット分子

ターゲット分子(SMILES式で指定)と類似または非類似の化合物を生成することを選択できます。類似度は、分子フィンガープリントのtanimoto距離をもとに計算されます。

 

グラフィカル・ユーザー・インターフェース

 

使いやすいGUIにより、de novoデザインを管理できます。

簡単なステップで化合物生成に必要な分子特性を定義し、生成を開始できます。

 

バージョン情報

 

バージョン1.0(2020年7月7日リリース)

 

動作環境

対応OS

  • 64-bit Windows
  • 64-bit Mac OS
  • 64-bit Linux

 

ライセンス形態

alvaBuilderのライセンスは、企業向け一般ライセンス(商用)とアカデミックライセンス(教育用)の2種類のライセンス形態があります。

 

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

価格情報

alvaBuilderのライセンス価格は、企業向け一般ライセンス(商用)とアカデミックライセンス(教育用)の形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

公開日:2020/10/14
最終更新日:2020/10/19