alvaMolecule

製品概要

alvaMoleculeはアカデミックライセンス(教育用)がフリーのソフトウェアです。

分子データセットの可視化、分析キュレート及び標準化を行います。alvaMoleculeは、分子記述子やフィンガープリントを計算するためにalvaDescで使用する分子データセットを準備したり、alvaRunnerでQSARモデルを適用する前に分子をチェックしたりするのに最適なツールです。

開発元:イタリア Alvascience srl

 

主要な機能

分子ワークシート

データセットを分子グリッドもしくはスプレッドシートとして視覚化できます。SMILES及びMDLファイル内の追加データは計算された記述子、物理化学的特性と同様にソートとフィルタリングに使用できます。

 

分子構造キュレーション

エラー構造の特定、特定の構造的特徴のフィルタリングのための10のチェッカーを用意しています。
異常な共有結合をイオン結合に変換できます。

  1. 四級窒素に電荷を追加
  2. 過剰な水素を削除
  3. 不足水素の追加
  4. 単原子フラグメントの削除
  5. 最大フラグメントを保持
  6. ニトロ基の標準化
  7. アジドグループの標準化
  8. 明らかな同位体
  9. 明らかなキラリティー
  10. 明らかな結合方向

分子記述子と物理化学的特性

89の分子記述子と物理化学的特性を計算可能です。alvaDescに実装されている基本的なものやリング記述子の幅広いセットを計算します。
その中で、alvaMoleculeは、モル屈折率、トポロジカル極表面積(TPSA)、推定分子量、2つのLogPモデル(森口らの手法とゴース-チッペンオクタノール-水分配係数)など、モデルベースのいくつかの物理化学的特性の計算を提供します。

Drug-like, lead-likeのフィルタリングに使用できるスコアのリスト(Lipinski alert indexを含む)があります。

 

チャート作成、ソート、フィルタリング

以下のデータによりフィルタリングを行えます。

  1. インポートしたファイルに含まれるデータ
  2. ソフトウェア上で計算された分子記述子
  3. ソフトウェア上で計算された物理化学的特性

チャート作成ツールを用いて上記のデータを視覚化できます。

 

バージョン情報

 

バージョン1.0.4(2020年4月20日リリース)

  • ヘッダーつきのSMILESファイル(タブで区切られたテキストファイル)の読み込みと保存ができるようになりました。
  • 分子グリッドの項目名を右クリックして表示されるメニューから
    1. 各列の「表示」と「非表示」の切り替えの操作が可能となりました。
    2. 各列の「固定」と「解除」の切り替えを行う機能が新しく実装され、操作を行うことが可能となりました。
    3. 「全てのフィルタをクリアする」コマンドが追加されました。
  • 無効な分子を確認するステップ「構造をチェックしています…」の後に、新しい列が追加されるようになりました。
  • SMILESファイルを保存するファイル形式について改善されました。
  • 並び替えされたデータセットを保存する際の不具合が修正されました。

 

動作環境

対応OS

  • 64-bit Windows
  • 64-bit Mac OS
  • 64-bit Linux

 

ライセンス形態

alvaMoleculeのライセンスは、企業向け一般ライセンス(商用)とアカデミックライセンス(教育用)の2種類のライセンス形態があります。アカデミックライセンス(教育用)はフリーです。

 

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

 

価格情報

alvaMoleculeのライセンスは、アカデミックライセンス(教育用)はフリーですが、企業向け一般ライセンス(商用)は有償です。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

公開日:2020/02/16
最終更新日:2020/10/20