製品概要

アカデミック、非商用フリー

分子データセットを可視化、分析キュレート及び標準化するソフトウェア

 

分子ワークシート

データセットを分子グリッドもしくはスプレッドシートとして視覚化できます。SMILES及びMDLファイル内の追加データは計算された記述子、物理化学的特性と同様にソートとフィルタリングに使用できます。

 

分子構造キュレーション

エラー構造の特定、特定の構造的特徴のフィルタリングのための10のチェッカーを用意しています。
異常な共有結合をイオン結合に変換できます。

 

1.四級窒素に電荷を追加

2.過剰な水素を削除

3.不足水素の追加

4.単原子フラグメントの削除

5.最大フラグメントを保持

6.ニトロ基の標準化

7.アジドグループの標準化

8.明らかな同位体

9.明らかなキラリティー

10.明らかな結合方向

 

分子記述子と物理化学的特性

89の分子記述子と物理化学的特性を計算可能です。alvaDescに実装されている基本的なものやリング記述子の幅広いセットを計算します。
その中で、alvaMoleculeは、モル屈折率、トポロジカル極表面積（TPSA）、推定分子量、2つのLogPモデル（森口らの手法とゴース-チッペンオクタノール-水分配係数）など、モデルベースのいくつかの物理化学的特性の計算を提供します。

Drug-like, lead-likeのフィルタリングに使用できるスコアのリスト（Lipinski alert indexを含む）があります。

 

チャート作成、ソート、フィルタリング

 

以下のデータによりフィルタリングを行えます。

 

1.インポートしたファイルに含まれるデータ

2.ソフトウェア上で計算された分子記述子

3.ソフトウェア上で計算された物理化学的特性

チャート作成ツールを用いて上記のデータを視覚化できます。

 

更新情報/バージョン情報

 

v 1.0.4（2020年4月20日付リリース）の主な改善点

• ヘッダーつきのSMILESファイル(タブで区切られたテキストファイル)の読み込みと保存ができるようになりました。
• 分子グリッドの項目名を右クリックして表示されるメニューから
  (1)各列の「表示」と「非表示」の切り替えの操作が可能となりました。
  (2)各列の「固定」と「解除」の切り替えを行う機能が新しく実装され、操作を行うことが可能となりました。
  (3)「全てのフィルタをクリアする」コマンドが追加されました。
• 無効な分子を確認するステップ「構造をチェックしています…」の後に、新しい列が追加されるようになりました。
• SMILESファイルを保存するファイル形式について改善されました。
• 並び替えされたデータセットを保存する際の不具合が修正されました。

 

プラットフォーム

 

◎Windows(64bit)

◎Mac OS

◎Linux