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alvaDescを使用した論文の引用文献

A. alvaDescの[Help]>[About alvaDesc]から現れるウィンドウ内に”How to cite alvaDesc”という表示があります。その中にある”Alvascience, alvaDesc (software for molecular descriptors calculation) version 2.0.16, 2023, https://www.alvascience.com”（バージョン2.0.16の場合）を使用して下さい。

(2023/07/27)

 

Dragon 7との違いは何ですか？

A. alvaDesc 1.0は2019年6月末までで販売終了となったDragon 7の開発元であるKode srl.が、新たな分子記記述子計算ソフトとして販売を開始したソフトウェアです。
Dragon 7と同様5,000個を超える多数の分子記述子を計算することができます。alvaDesc 1.0では、Dragon 7に比べより多い5,305個の記述子を計算することができます。
また，MACCS166, ECFP, PFPというハッシュ化された分子フィンガープリントの計算も可能です。
alvaDesc 1.0はDragon 7で提供されていた
・塩やイオン液体の記述子計算に対応
・相関分析・主成分分析等の解析機能
・GUI，CUIの2つのユーザーインタフェイスを利用でき，Windows, Linux, MacOSプラットフォームをサポート
という機能も同様に提供されます。

(2019/05/15)

 

Draon 7の分子記述子と違う所はどこですか？

A. Dragon 7の分子記述子は5,270個でしたが、alvaDesc 1.0では5,305個の分子記述子を計算することができます。alvaDesc 1.0の5,305個の記述子の内、5,270個はDragon 7と同じものです。それに加え、alvaDesc 1.0では新たに35個の記述子が利用できます。
また、alvaDesc1.0もDragon 7と同様に記述子全体が30のブロックに分けられています。ブロック毎の記述子数の比較、新たに加えられた記述子については下の表をご覧ください。

 

Dragon 7とalvaDesc 1.0の記述子数の比較

 

Block no.	Block name	#Descriptors Dragon7	#Descriptors alvaDesc1.0
1	Constitutional indices	47	48
2	Ring descriptors	32	32
3	Topological indices	75	79
4	Walk and path counts	46	46
5	Connectivity indices	37	37
6	Information indices	50	50
7	2D matrix-based descriptors	607	607
8	2D autocorrelations	213	213
9	Burden eigenvalues	96	96
10	P_VSA-like descriptors	55	55
11	ETA indices	23	38
12	Edge adjacency indices	324	324
13	Geometrical descriptors	38	38
14	3D matrix-based descriptors	99	99
15	3D autocorrelations	80	80
16	RDF descriptors	210	210
17	3D-MoRSE descriptors	224	224
18	WHIM descriptors	114	114
19	GETAWAY descriptors	273	273
20	Randic molecular profiles	41	41
21	Functional group counts	154	154
22	Atom-centred fragments	115	115
23	Atom-type E-state indices	172	172
24	CATS 2D(*1)	150	0
24	Pharmacophore descriptors(*1)	0	165
25	2D Atom Pairs	1596	1596
26	3D Atom Pairs	36	36
27	Charge descriptors	15	15
28	Molecular properties	20	20
29	Drug-like indices	28	28
30	CATS 3D descriptors	300	300
	total # descriptors	5270	5305

 

(*1) “CATS 2D” at Dragon 7 is included in “Pharmacophore descriptors” at alvaDesc 1.0

 

alvaDescで新たに加えられた35個の記述子

 

*

 

No.	Name	Description	Block
46	max_conj_path	maximum number of atoms that can be in conjugation with each other	Constitutional indices	*
120	MaxTD	max topological distance	Topological indices	*
121	MeanTD	mean pairwise topological distance	Topological indices	*
122	MaxDD	max detour distance	Topological indices	*
123	MeanDD	mean pairwise detour distance	Topological indices	*
1287	Eta_D_AlphaA	eta delta alpha a index	ETA indices	*
1288	Eta_D_AlphaB	eta delta alpha b index	ETA indices	*
1289	Eta_epsi_2	eta electronegativity measure 2	ETA indices	*
1290	Eta_epsi_3	eta electronegativity measure 3	ETA indices	*
1291	Eta_epsi_4	eta electronegativity measure 4	ETA indices	*
1292	Eta_epsi_5	eta electronegativity measure 5	ETA indices	*
1293	Eta_D_epsiA	eta measure of unsaturation and electronegative atom count	ETA indices	*
1294	Eta_D_epsiB	eta measure of unsaturation	ETA indices	*
1295	Eta_D_epsiC	eta measure of electronegativity	ETA indices	*
1296	Eta_D_epsiD	eta measure of hydrogen bond donor atoms	ETA indices	*
1297	Eta_psi1	eta measure of hydrogen bonding propensity and/or polar surface area	ETA indices	*
1298	Eta_D_psiA	eta measure of hydrogen bonding propensity	ETA indices	*
1299	Eta_D_psiB	eta measure of hydrogen bonding propensity	ETA indices	*
1300	Eta_D_beta	eta measure of electronic features	ETA indices	*
1301	Eta_D_beta_A	eta average measure of electronic features	ETA indices	*
3296	SHED_DD	SHED Donor-Donor	Pharmacophore descriptors	*
3297	SHED_DA	SHED Donor-Acceptor	Pharmacophore descriptors	*
3298	SHED_DP	SHED Donor-Positive	Pharmacophore descriptors	*
3299	SHED_DN	SHED Donor-Negative	Pharmacophore descriptors	*
3300	SHED_DL	SHED Donor-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
3301	SHED_AA	SHED Acceptor-Acceptor	Pharmacophore descriptors	*
3302	SHED_AP	SHED Acceptor-Positive	Pharmacophore descriptors	*
3303	SHED_AN	SHED Acceptor-Negative	Pharmacophore descriptors	*
3304	SHED_AL	SHED Acceptor-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
3305	SHED_PP	SHED Positive-Positive	Pharmacophore descriptors	*
3306	SHED_PN	SHED Positive-Negative	Pharmacophore descriptors	*
3307	SHED_PL	SHED Positive-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
3308	SHED_NN	SHED Negative-Negative	Pharmacophore descriptors	*
3309	SHED_NL	SHED Negative-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
3310	SHED_LL	SHED Lipophilic-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
			# of * (new)	35

 

(*) new at alvaDesc

(2019年05月15日)