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Q1. Dragon 7との違いは何ですか？

A. alvaDesc 1.0は2019年6月末までで販売終了となったDragon 7の開発元であるKode srl.が、新たな分子記記述子計算ソフトとして販売を開始したソフトウェアです。
Dragon 7と同様5,000個を超える多数の分子記述子を計算することができます。alvaDesc 1.0では、Dragon 7に比べより多い5,305個の記述子を計算することができます。
また，MACCS166, ECFP, PFPというハッシュ化された分子フィンガープリントの計算も可能です。
alvaDesc 1.0はDragon 7で提供されていた
・塩やイオン液体の記述子計算に対応
・相関分析・主成分分析等の解析機能
・GUI，CUIの2つのユーザーインタフェイスを利用でき，Windows, Linux, MacOSプラットフォームをサポート
という機能も同様に提供されます。

(2019/05/15)

Q2. Draon 7の分子記述子と違う所はどこですか？

A. Dragon 7の分子記述子は5,270個でしたが、alvaDesc 1.0では5,305個の分子記述子を計算することができます。alvaDesc 1.0の5,305個の記述子の内、5,270個はDragon 7と同じものです。それに加え、alvaDesc 1.0では新たに35個の記述子が利用できます。
また、alvaDesc1.0もDragon 7と同様に記述子全体が30のブロックに分けられています。ブロック毎の記述子数の比較、新たに加えられた記述子については下の表をご覧ください。

Dragon 7とalvaDesc 1.0の記述子数の比較

(*1) “CATS 2D” at Dragon 7 is included in “Pharmacophore descriptors” at alvaDesc 1.0

alvaDescで新たに加えられた35個の記述子

*

(*) new at alvaDesc

(2019年05月15日)

Q3. ユーザーマニュアルはありますか？

A. ソフトのユーザーマニュアルは、下記の方法によりご参照ください。
alvaDesc 1.0起動後、画面上部のメニューより、「Help」を選択し、「alvaDesc help」をクリックします。
Webブラウザが起動され、「alvaDesc 1.0 – User manual」が表示されます。

(2019/05/15)

Q4. alvaDesc Knimeプラグインのインストール方法は？

A. alvaDesc プラグインをKNIMEから直接ダウンロード可能です。

1. まず，KNIMEバージョンが、3.7.1以降であることを確認してください。
   （＊これより古いバージョンの場合、KNIME自体のアップデートをご検討ください）
2. KNIME操作画面から、File > Preference > Install/update > Available Software Sitesとして、「Alvascience update site」が存在するか確認してください．存在しない場合は，次の操作を行いサイトロケーションを追加してください。
   1. File > Preferences > Install/Update > Available Software Sitesを選択
   2. Add…ボタンをクリック
   3. Name欄に「Alvascience update site」を入力
   4. Location欄に「https://www.alvascience.com/knime/latest」を入力
   5. Addボタンをクリック
   6. Apply and Closeボタンをクリックして終了
3. 続けて，File > Install KNIME Extensions…を選択します。
4. リストの中から「Alvascience ~」を探し、「Alvascience alvaDesc Plugin」を選択します。
5. Nextボタンをクリックし、以降はKNIMEの指示に従い、インストールを進めてください．

(2020/09/23)

Q5. PythonからalvaDescを使う方法は？

A. alvaDescCLIWrapperをインストールすることにより、PythonからalvaDescCLIを呼び出して使えるようになります。次の手順に従ってインストールを行い、サンプルプログラム例を参照してお使いください。

インストール手順

1. ダウンロードページよりZIPファイルをダウンロードし、展開します。

2. alvaDescCLIWrapperフォルダーの中に入っているセットアッププログラムをコマンドプロンプト上で実行します。
\> python setup.py install

実行要件

・ライセンスが付与されたバージョン 1.0.14以上のalvaDescがインストールされていること。

・Python 3.5以上がインストールされていること。

サンプルプログラム(Windows)

SMILES表記されたブタンとアスピリンのmolecular weight (MW)とaverage molecular weight (AMW)を計算させます。

from alvadesccliwrapper.alvadesc import AlvaDesc

# aDesc = AlvaDesc("C:/Program Files/Alvascience/alvaDesc/alvaDescCLI.exe")
# To remove blank space, use the command "dir /x" to confirm the short name.
# For example, > cd c:\ & dir /x

aDesc = AlvaDesc("C:/Progra~1/Alvascience/alvaDesc/alvaDescCLI.exe")

aDesc.set_input_SMILES(['CCCC', 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O']) # set the molecules SMILES
if not aDesc.calculate_descriptors(['MW', 'AMW']):
    print('Error: ' + str(aDesc.get_error()))
else:
    print('Results: ' + str(aDesc.get_output()))

実行結果

※実行結果の見方

alvaDescCLI実行プログラムのデフォルト格納場所

Windows（＊）

C:/Program Files/Alvascience/alvaDesc/alvaDescCLI.exe

MacOS

/Applications/alvaDesc.app/Contents/MacOS/alvaDescCLI

Linux

/usr/bin/alvaDescCLI

（＊）”Program Files”に含まれるスペースが問題になるため，上記サンプルプログラムのようにMS-DOS短縮名に置き換える必要があります．このような場合，コマンドプロンプト等で親ディレクトリへ移動し，”dir /x”コマンドを実行し，短縮後のフォルダ名を確認することができます．下図で黄色で囲んだ”PROGRA~1″が短縮名になります．

example MS-DOS short name

入出力ファイルの指定

MDLファイルからの入力

aDesc.set_input_file(‘ファイル名.sdf’, ‘MDL’)

テキストファイルへの出力

aDesc.set_output_file(‘ファイル名.txt’)

• set_output_fileを使用すると計算結果はalvaDescの標準形式でファイルに出力されます。get_outputを使用する場合はこの機能を使用することができません。

記述子の計算

選択した記述子の計算

aDesc.calculate_descriptors([‘記述子1’, ‘記述子2’, …])

全ての記述子の計算

aDesc.calculate_descriptors(‘ALL’)

フィンガープリントの計算

MACCS166

aDesc.calculate_fingerprint(‘MACCSFP’)

ECFP(1024ビット長)

aDesc.calculate_fingerprint(‘ECFP’, 1024)

NumPy/Pandas dataframeへの記述子計算結果のコンバート

get_output、get_output_descriptors、get_output_molecule_namesを使用してNumPyやPandas dataframeに計算結果のデータをコンバートすることができます。（alvaDescCLIWrapper ver. 1.0.4より）

サンプルプログラム

import numpy as np
import pandas as pd
from alvadesccliwrapper.alvadesc import AlvaDesc

aDesc = AlvaDesc() # Windows is the default
aDesc.set_input_SMILES([‘C#N’, ‘CCCC’, ‘CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O’])
if not aDesc.calculate_descriptors([‘AMW’, ‘MW’, ‘nBT’]):
print(‘Error: ‘ + aDesc.get_error())
else:
res_out = aDesc.get_output()
# get molecule names according to alvaDescCLI standard
res_mol_names = aDesc.get_output_molecule_names()
res_desc_names = aDesc.get_output_descriptors()

# NumPy array of array and matrix
numpy_array_of_array = np.array([np.array(xs) for xs in res_out])
numpy_matrix = np.matrix(res_out) # NumPy matrix
print(‘NumPy matrix’)
print(numpy_matrix)

# Pandas dataframe
pandas_df = pd.DataFrame(res_out)
pandas_df.columns = res_desc_names
pandas_df.insert(loc=0, column=’NAME’, value=res_mol_names)
print(‘Pandas dataframe’)
print(pandas_df)

結果

NumPy matrix
[[ 4.1529 58.14 13. ]
[ 8.5795 180.17 21. ]]
Pandas dataframe
NAME AMW MW nBT
0 Molecule1 4.1529 58.14 13.0
1 Molecule2 8.5795 180.17 21.0

使用可能なクラス・メソッド

alvaDescCLIWrapperで使用可能なクラス・メソッドの説明ドキュメントは、zipファイル展開後、docフォルダ内のHTMLファイルをご参照ください（例. v1.0.4の alvadesc.html）。

(2021/7/8)

Q6. alvaDescの評価版を使用する方法を教えて下さい（Windows版）

A. alvaDescは無償評価ライセンスをご提供可能です。以下の手順にて、alvaDescの全ての機能を1ヶ月程度ご試用可能になります。尚、ご試用期間中は商用目的にお使いにはなれません。

1. alvaDescソフトウェアのダウンロード

• 弊社からダウンロード用ページのアドレスとログインID／パスワードを別途お知らせ致します。
• ダウンロード用ページにログインし、ご希望のインストーラをダウンロードして下さい。

2.ライセンスリクエストファイルの生成

• ダウンロードされたインストーラを起動し、インストールを行って下さい。
• インストールが完了し、ソフトウェアが立ち上がりましたらライセンス確認画面が表示されます。
• License file not foundと赤字で表示されますので、下の”Request License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面が立ち上がりますので、areqというファイル名を拡張子は変更せず、適当なファイル名に変更し、保存するフォルダを選択し保存して下さい。

3.ライセンスリクエストファイルの送付

• 上記で保存したareqファイルを下記英文情報と共に弊社営業担当までお送り下さい。
• 英文情報

———————————-

Name :

Organization :

Department :

Address :

Phone : +81-

Email :

———————————-

4.ライセンスのインポート

• 開発元からライセンスファイルが弊社に到着次第、お客様にご送付致しますので、適当なフォルダに保存して下さい。
• alvaDescソフトウェアを立ち上げて頂き、License画面下の”Import License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面で保存されたライセンスファイルを指定し”開く”を押下し、ライセンス情報が表示されたら、”Close”ボタンを押下して下さい。
• エンドユーザーライセンス契約が表示されますので、お読みになられた上で問題なければ、中段左にあるチェックボックスをクリックした上で、右下の”I accept”ボタンを押下して下さい。
• これでalvaDescが使用できるようになりました。

(2020/3/24)

Q7. alvaDescのインストール方法を教えて下さい（Windows版）

A. 既に無償評価ライセンスでお使いの場合と新規でインストールされる場合など、以下のケースをご参照下さい。

1.既に無償評価ライセンスでお使いの場合（同じマシンでお使いになる場合）

• alvaDescをご試用されたマシンでお使いになる場合、インストールされたalvaDescソフトウェアをそのままお使い頂けます。
• 弊社よりライセンスファイルをお送りしますので、適当な場所に保存して下さい。（ライセンスリクエストファイルを再度お送り頂く必要はございません。）
• alvaDesc上部メニューの”Help”より”Product license”を選択して頂き、License画面で”Import License”を押下し、保存されたライセンスファイルをインポートして下さい。

2.既に無償評価ライセンスでお使いの場合（ご試用とは別のマシンでお使いになる場合）

• 「新規にインストールされる場合」をご参照下さい。

3.新規にインストールされる場合（シングルライセンス）

i) alvaDescソフトウェアのダウンロード

• 弊社からダウンロード用ページのアドレスとログインID／パスワードを別途お知らせ致します。
• ダウンロード用ページにログインし、ご希望のインストーラをダウンロードして下さい。

ii) ライセンスリクエストファイルの生成

• ダウンロードされたインストーラを起動し、インストールを行って下さい。
• インストールが完了し、ソフトウェアが立ち上がりましたらライセンス確認画面が表示されます。
• License file not foundと赤字で表示されますので、下の”Request License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面が立ち上がりますので、areqというファイル名を拡張子は変更せず、適当なファイル名に変更し、保存するフォルダを選択し保存して下さい。

iii) ライセンスリクエストファイルの送付

• 上記で保存したareqファイルを下記英文情報と共に弊社営業担当までお送り下さい。
• 英文情報

———————————-

Name :

Organization :

Department :

Address :

Phone : +81-

Email :

———————————-

iv) ライセンスのインポート

• 開発元からライセンスファイルが弊社に到着次第ライセンスファイルをお客様にご送付致しますので、適当なフォルダに保存して下さい。
• alvaDescソフトウェアを立ち上げて頂き、License画面下の”Import License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面で保存されたライセンスファイルを指定し”開く”を押下し、ライセンス情報が表示されたら、”Close”ボタンを押下して下さい。
• エンドユーザーライセンス契約が表示されますので、お読みになられた上で問題なければ、中段左にあるチェックボックスをクリックした上で、右下の”I accept”ボタンを押下して下さい。
• これでalvaDescが使用できるようになりました。

4 新規にインストールされる場合（サイトライセンス）

i) サイトライセンスファイルのご送付

• お申込み頂いた情報に基づき、サイトライセンス用のライセンスファイルをご送付致します。適当な場所に保存して下さい。

ii) alvaDescソフトウェアのダウンロード

• 弊社からお知らせするダウンロード用ページにご提供するログインID／パスワードでログインし、ご希望のインストーラをダウンロードして下さい。

iii) ライセンスのインポート

• alvaDescソフトウェアを立ち上げて頂き、License画面下の”Import License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面で保存されたライセンスファイルを指定し”開く”を押下し、ライセンス情報が表示されたら、”Close”ボタンを押下して下さい。
• エンドユーザーライセンス契約が表示されますので、お読みになられた上で問題なければ、中段左にあるチェックボックスをクリックした上で、右下の”I accept”ボタンを押下して下さい。
• alvaDescがご使用になれます。

(2021/2/9)

Q8. alvaDescのアップデート方法を教えて下さい（Windows版）

A. alvaDescにはアップデート版があるかどうかを自動的にチェックする機能がありますので、下記に従ってアップデートを行って下さい。

• ご使用中のalvaDescの上部メニューから”Help” → “About alvaDesc”を選びます。
• About画面が立ち上がって来ますので、中段にある”Check for update”のチェックボックスにチェックが入っているかどうか確認します。チェックが入っていれば、アップデート版があるかどうか自動でチェックしてくれます。
• アップデート版がある場合、Update available (v x.x.x) がリンク表示されますので、そのリンクをクリックして下さい。
• explorerが立ち上がりますので、アップデート版のインストーラを保存するフォルダを選択し”保存”を押下して下さい。
• 保存したインストーラを実行し、セットアップウィザードに従ってアップデートを完了させて下さい。

(2020/3/24)

Q9. alvaDescを使用しているマシンが壊れてしまい新しいマシンで使用したいのですが、どうすれば良いですか？

A. alvaDescのシングルライセンスはマシン毎に固有のライセンスとなっていますので、別のマシンにエクスポートしてご使用することはできません。ご使用中のライセンスの有効期間内であれば、無償にて新しいマシン向けのライセンスを発行することが可能です。上記 「新規にインストールされる場合（シングルライセンス）」をご参照の上、新規ライセンス発行依頼の理由を記載したメールに新規マシンのリクエストファイルを添付して弊社テクニカルサポート宛て（help@affinity-science.com）にお送り下さい。

尚、サイトライセンスの場合、マシン固有となっておりませんので、お使いのライセンスを新しいマシンに適用して下さい。

(2020/3/24)

Q10. Linux版のインストーラはどれを使えば良いのでしょうか？

A. alvaDescには以下にあげる3種類のLinux版インストーラがあります。

1 DEBパッケージ（Debian系）

alvaDesc_Linux_64_v*.deb

UbuntuなどDebian系Linux用のディストリビューションです。

インストールコマンド例（管理者権限が必要）

$ sudo apt install alvaDesc_Linux_64_v*.deb

インストール先

/usr/bin/ の下にalvaDescCLI、alvaDescGUIがインストールされます。

/usr/share/ の下にhelp file（html）がインストールされます。

2 RPMパッケージ （Red Hat系）

alvaDesc_Linux_64_v*.rpm

Red Hat系のLinuxやTurbolinuxでのプログラムの配布形式RPM（Redhat Package Manager）でのインストーラです。

インストールコマンド例（管理者権限が必要）

$ rpm -Uvh alvaDesc_Linux_64_v*.rpm

インストール先

/usr/bin/ の下にalvaDescCLI、alvaDescGUIがインストールされます。

/usr/share/ の下にhelp file（html）がインストールされます。

3 TGZファイル（Generic）

alvaDesc_Linux_64_v*.tgz

tarコマンドでまとめたアーカイブファイルをgzipコマンドで圧縮したファイルです。

管理者権限が使用できない場合でもインストールすることができますので、そのような場合にお使い下さい。

インストール（管理者権限がある場合）

インストールコマンド例
$ tar -xf alvaDesc_Linux_64_v*.tgz -C /

インストール先

-C / 　を指定することによりDEBパッケージと同様に
/usr/bin/ の下にalvaDescCLI、alvaDescGUIがインストールされます。
/usr/share/ の下にhelp file（html）がインストールされます。

インストール（管理者権限が使用できない場合）

インストールコマンド例

$ tar -xf alvaDesc_Linux_64_v*.tgz -C /home/[user_name]/alvaDesc/

インストール先
-C /alvaDescをインストールする任意のディレクトリ/ 　を指定すると、指定したディレクトリの中に usrディレクトリが作られ、
その下にbin、shareが生成されます。

これにより管理者権限が利用できない場合でもalvaDescをインストールし、使用することができます。
但し、alvaDescGUIからHelpを参照しようとすると、デフォルトで /usr/share/を見に行く仕様となっているためそのままでは参照はできません。
ログインシェルに対応する設定ファイル（.bashrcや.cshrcなど）にalvaDescのヘルプファイルの場所に関する環境変数を設定することで、
alvaDescのGUIよりヘルプページを参照することができるようになります。
例）

export HELPFILE_ALVADESC=/home/[user_name]/alvaDesc/usr/share/alvaDesc/help/index.html

(2020/3/24)

Q11. ライセンスファイルのインストールディレクトリを変更する（Linux版）

通常の認証では、$HOME/.config/Alvascience/alvaDesc/alvalicense_alvaDesc.alic としてライセンスファイルが格納されます。

サイトライセンスなどマルチユーザー環境の場合、環境変数 LICENSEFILE_ALVADESC を使用し、このインストールディレクトリを変更可能です。

例）

export LICENSEFILE_ALVADESC=/opt/alvaDesc/alvalicense_alvaDesc.alic

もしくは、同ファイルをalvaDescGUI、alvaDescCLIと同じディレクトリに格納することでライセンスを認証させることも可能です。

(2020/6/29)

Q12. よく使われているECFP4を計算させるための設定を教えて下さい

A.　alvaDescのフィンガープリントの計算オプションでは、ECFPの場合、中心原子からの最大半径をMaximum lengthと表示しています。ECFP4などフィンガープリント名の最後につく数字は直径を表しておりますので、Maximum length = 半径（radius） = 2 の場合、直径（diameter）は４となります。ビット長は一般的に1024ビットが使用されていますので、alvaDescのECFP計算をデフォルト設定で行いますと、ECFP4を計算させていることになります。

また同様に、PFP計算ではMaximum lengthは最大のパス長（maximum path length）を表しています。

尚、計算されるフィンガープリントはハッシュ化計算がされておりますので、他のツールやソフトウェアから得られた同様のフィンガープリント（例えばECFP4）と同列に比較することはできません。

(2021/5/25)

Q13. 記述子を保存する際の変数削減（Variable reduction）オプションの詳細が知りたい

A. 「Save descriptors」→「Variable reduction」で出力する記述子の数を減らす変数削減として6つのオプションがあります。

このオプションを利用することで、その後の解析の際に邪魔になる記述子を取り除き、データサイズを小さくすることができます。

1. Constant values:

すべての値が同じ場合（定数）、その記述子は保存されません。

2. Near constant values:

記述子が、1つの値だけが異なり残りの値が全て同じ場合（定数）、“near constant value”とみなされその記述子は保存されません。

3. Standard deviation less than:

標準偏差が指定された閾値より小さい記述子は保存されません。

4. At least one missing value:

一つでも欠損値（na）がある記述子は保存されません。

5. All missing values:

すべてが欠損値（na）となっている記述子は保存されません。

6. Pair correlation larger or equal to:

高速V-WSPアルゴリズム※を用いて、指定された閾値以上の相関係数を示す記述子ペアのどちらか一方を自動的に削除します。

※V-WSPアルゴリズム：

記述子の削減は以下の手順で行われます。

ⅰ．最も相関係数の値が高い記述子のペアを抽出。

ⅱ．抽出された二つの記述子から他の記述子との相関係数の総和を算出して比較し、値が高い方（似通った記述子がより多い方）の記述子を取り除く。

ⅲ．指定された閾値以上の相関係数を持つ記述子ペアが他に存在しているのであれば、ⅰ．に戻り作業を繰り返す。

参考文献

Ballabio, D., Consonni, V., Mauri, A., Claeys-Bruno, M., Sergent, M., & Todeschini, R. (2014), A novel variable reduction method adapted from space-filling designs, Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, 136, 147–154.

https://doi.org/10.1016/j.chemolab.2014.05.010

(2021/5/27)

Q14. alvaDescのWindows PCへのインストール方法について知りたい

A. こちらのドキュメントをご覧下さい。

(2021/6/3)