alvaDesc よくある質問

alvaDesc TOPはこちら

 

目次

Q1. Dragon 7との違いは何ですか?

A. alvaDesk 1.0は2019年6月末までで販売終了となったDragon 7の開発元であるKode srl.が、新たな分子記記述子計算ソフトとして販売を開始したソフトウェアです。
Dragon 7と同様5,000個を超える多数の分子記述子を計算することができます。alvaDesc 1.0では、Dragon 7に比べより多い5,305個の記述子を計算することができます。
また,MACCS166, ECFP, PFPというハッシュ化された分子フィンガープリントの計算も可能です。
alvaDesc 1.0はDragon 7で提供されていた
・塩やイオン液体の記述子計算に対応
・相関分析・主成分分析等の解析機能
・GUI,CUIの2つのユーザーインタフェイスを利用でき,Windows, Linux, MacOSプラットフォームをサポート
という機能も同様に提供されます。

 

(2019/05/15)

 

Q2. Draon 7の分子記述子と違う所はどこですか?

A. Dragon 7の分子記述子は5,270個でしたが、alvaDesc 1.0では5,305個の分子記述子を計算することができます。alvaDesc 1.0の5,305個の記述子の内、5,270個はDragon 7と同じものです。それに加え、alvaDesc 1.0では新たに35個の記述子が利用できます。
また、alvaDesc1.0もDragon 7と同様に記述子全体が30のブロックに分けられています。ブロック毎の記述子数の比較、新たに加えられた記述子については下の表をご覧ください。

 

Dragon 7とalvaDesc 1.0の記述子数の比較

 

Block no. Block name #Descriptors
Dragon7
#Descriptors
alvaDesc1.0
1 Constitutional indices 47 48
2 Ring descriptors 32 32
3 Topological indices 75 79
4 Walk and path counts 46 46
5 Connectivity indices 37 37
6 Information indices 50 50
7 2D matrix-based descriptors 607 607
8 2D autocorrelations 213 213
9 Burden eigenvalues 96 96
10 P_VSA-like descriptors 55 55
11 ETA indices 23 38
12 Edge adjacency indices 324 324
13 Geometrical descriptors 38 38
14 3D matrix-based descriptors 99 99
15 3D autocorrelations 80 80
16 RDF descriptors 210 210
17 3D-MoRSE descriptors 224 224
18 WHIM descriptors 114 114
19 GETAWAY descriptors 273 273
20 Randic molecular profiles 41 41
21 Functional group counts 154 154
22 Atom-centred fragments 115 115
23 Atom-type E-state indices 172 172
24 CATS 2D(*1) 150 0
24 Pharmacophore descriptors(*1) 0 165
25 2D Atom Pairs 1596 1596
26 3D Atom Pairs 36 36
27 Charge descriptors 15 15
28 Molecular properties 20 20
29 Drug-like indices 28 28
30 CATS 3D descriptors 300 300
total # descriptors 5270 5305

 

(*1) “CATS 2D” at Dragon 7 is included in “Pharmacophore descriptors” at alvaDesc 1.0

 

alvaDescで新たに加えられた35個の記述子

 

*

No. Name Description Block
46 max_conj_path maximum number of atoms that can be in conjugation with each other Constitutional indices *
120 MaxTD max topological distance Topological indices
121 MeanTD mean pairwise topological distance Topological indices *
122 MaxDD max detour distance Topological indices *
123 MeanDD mean pairwise detour distance Topological indices *
1287 Eta_D_AlphaA eta delta alpha a index ETA indices *
1288 Eta_D_AlphaB eta delta alpha b index ETA indices *
1289 Eta_epsi_2 eta electronegativity measure 2 ETA indices *
1290 Eta_epsi_3 eta electronegativity measure 3 ETA indices *
1291 Eta_epsi_4 eta electronegativity measure 4 ETA indices *
1292 Eta_epsi_5 eta electronegativity measure 5 ETA indices *
1293 Eta_D_epsiA eta measure of unsaturation and electronegative atom count ETA indices *
1294 Eta_D_epsiB eta measure of unsaturation ETA indices *
1295 Eta_D_epsiC eta measure of electronegativity ETA indices *
1296 Eta_D_epsiD eta measure of hydrogen bond donor atoms ETA indices *
1297 Eta_psi1 eta measure of hydrogen bonding propensity and/or polar surface area ETA indices *
1298 Eta_D_psiA eta measure of hydrogen bonding propensity ETA indices *
1299 Eta_D_psiB eta measure of hydrogen bonding propensity ETA indices *
1300 Eta_D_beta eta measure of electronic features ETA indices *
1301 Eta_D_beta_A eta average measure of electronic features ETA indices *
3296 SHED_DD SHED Donor-Donor Pharmacophore descriptors *
3297 SHED_DA SHED Donor-Acceptor Pharmacophore descriptors *
3298 SHED_DP SHED Donor-Positive Pharmacophore descriptors *
3299 SHED_DN SHED Donor-Negative Pharmacophore descriptors *
3300 SHED_DL SHED Donor-Lipophilic Pharmacophore descriptors *
3301 SHED_AA SHED Acceptor-Acceptor Pharmacophore descriptors *
3302 SHED_AP SHED Acceptor-Positive Pharmacophore descriptors *
3303 SHED_AN SHED Acceptor-Negative Pharmacophore descriptors *
3304 SHED_AL SHED Acceptor-Lipophilic Pharmacophore descriptors *
3305 SHED_PP SHED Positive-Positive Pharmacophore descriptors *
3306 SHED_PN SHED Positive-Negative Pharmacophore descriptors *
3307 SHED_PL SHED Positive-Lipophilic Pharmacophore descriptors *
3308 SHED_NN SHED Negative-Negative Pharmacophore descriptors *
3309 SHED_NL SHED Negative-Lipophilic Pharmacophore descriptors *
3310 SHED_LL SHED Lipophilic-Lipophilic Pharmacophore descriptors *
# of * (new) 35

 

(*) new at alvaDesc

 

(2019年05月15日)

 

Q3. ユーザーマニュアルはありますか?

A. ソフトのユーザーマニュアルは、下記の方法によりご参照ください。
alvaDesc 1.0起動後、画面上部のメニューより、「Help」を選択し、「alvaDesc help」をクリックします。
Webブラウザが起動され、「alvaDesc 1.0 – User manual」が表示されます。

 

(2019/05/15)

 

Q4. alvaDesc Knimeプラグインのインストール方法は?

A. ダウンロードページより、ZIPファイルをダウンロードした後、次の手順にしたがいインストールを行ってください。

 

1. KNIMEが実行中であれば、これを終了します。

2. 前バージョンのalvaDesc KNIME プラグインを既にインストールしてる場合、それを削除します。

3. ZIPファイルに含まれているJARファイルをKNIMEのdropinsフォルダにコピーします。
(例:C:\Program Files\KNIME\dropins)

4. KNIME起動後、Descriptor及びFingerprint計算ノードのConfigureのOptionsタブより、alvaDesc (CLI)のファイルパスを指定します。
(例:C:\Program Files\Alvascience\alvaDesc\alvaDescCLI.exe)

 

* 本プラグインを利用するには,同コンピュータに対応するalvaDescがインストールされている必要があります。

* alvaDesc KNIME Plugin v1.0は、KNIME v3.5.3環境で開発されテストされています。

* 詳しくは,ZIPファイルに含まれるreadme.txtを参照ください。

 

(2019/07/23)

 

Q5. PythonからalvaDescを使う方法は?

A. alvaDescCLIWrappeをインストールすることにより、PythonからalvaDescCLIを呼び出して使えるようになります。次の手順に従ってインストールを行い、サンプルプログラム例を参照してお使いください。

 

インストール手順

1. ダウンロードページよりZIPファイルをダウンロードし、展開します。

2. alvaDescCLIWrapperフォルダーの中に入っているセットアッププログラムをコマンドプロンプト上で実行します。
\> python setup.py install

実行要件

・ライセンスが付与されたバージョン 1.0.14以上のalvaDescがインストールされていること。

・Python 3.5以上がインストールされていること。

サンプルプログラム例(Windows)

SMILES表記されたブタンとアスピリンのmolecular weight (MW)とaverage molecular weight (AMW)を計算させます。

from alvadesccliwrapper.alvadesc import AlvaDesc
aDesc = AlvaDesc('C:/Progra~1/Alvascience/alvaDesc/alvaDescCLI.exe')
aDesc.set_input_SMILES(['CCCC', 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'])
if not aDesc.calculate_descriptors(['MW', 'AMW']):
print('Error:')
print(aDesc.get_error())
else:
print('Result:')
print(aDesc.get_output())

 

実行結果

 

※実行結果の見方

Molecule MW AMW
CCCC 58.14 4.1529
CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O 180.17 8.5795

 

alvaDescCLI実行プログラムのデフォルト格納場所

Windows
C:/Program Files/Alvascience/alvaDesc/alvaDescCLI.exe
MacOS
/Applications/alvaDesc.app/Contents/MacOS/alvaDescCLI
Linux
/usr/bin/alvaDescCLI

 

入出力ファイルの指定

MDLファイルからの入力
aDesc.set_input_file(‘ファイル名.sdf’, ‘MDL’)
テキストファイルへの出力
aDesc.set_output_file(‘ファイル名.txt’)

 

記述子の計算

選択した記述子の計算
aDesc.calculate_descriptors([‘記述子1’, ‘記述子2’, …])
全ての記述子の計算
aDesc.calculate_descriptors(‘ALL’)

 

フィンガープリントの計算

MACCS166
aDesc.calculate_fingerprint(‘MACCSFP’)
ECFP(1024ビット長)
aDesc.calculate_fingerprint(‘ECFP’, 1024)

 

(2019/11/12)

 

Q6. alvaDescの評価版を使用する方法を教えて下さい(Windows版)

A. alvaDescは無償評価ライセンスをご提供可能です。以下の手順にて、alvaDescの全ての機能を1ヶ月間ご試用可能になります。尚、ご試用期間中は商用目的にお使いにはなれません。

1. alvaDescソフトウェアのダウンロード

  • 弊社からダウンロード用ページのアドレスとログインID/パスワードを別途お知らせ致します。
  • ダウンロード用ページにログインし、ご希望のインストーラをダウンロードして下さい。

2.ライセンスリクエストファイルの生成

  • ダウンロードされたインストーラを起動し、インストールを行って下さい。
  • インストールが完了し、ソフトウェアが立ち上がりましたらライセンス確認画面が表示されます。
  • License file not foundと赤字で表示されますので、下の”Request License”ボタンを押下して下さい。
  • explorer画面が立ち上がりますので、areqというファイル名を拡張子は変更せず、適当なファイル名に変更し、保存するフォルダを選択し保存して下さい。

3.ライセンスリクエストファイルの送付

  • 上記で保存したareqファイルを下記英文情報と共に弊社営業担当までお送り下さい。
  • 英文情報

———————————-

Name:

Organization:

Department:

Address:

Phone:+81-

Email:

———————————-

4.ライセンスのインポート

  • 開発元からライセンスファイルが弊社に到着次第、お客様にご送付致しますので、適当なフォルダに保存して下さい。
  • alvaDescソフトウェアを立ち上げて頂き、License画面下の”Import License”ボタンを押下して下さい。
  • explorer画面で保存されたライセンスファイルを指定し”開く”を押下し、ライセンス情報が表示されたら、”Close”ボタンを押下して下さい。
  • エンドユーザーライセンス契約が表示されますので、お読みになられた上で問題なければ、中段左にあるチェックボックスをクリックした上で、右下の”I accept”ボタンを押下して下さい。
  • これでalvaDescが使用できるようになりました。

 

(2020/3/24)

 

Q7. alvaDescのインストール方法を教えて下さい(Windows版)

A. 既に無償評価ライセンスでお使いの場合と新規でインストールされる場合など、以下のケースをご参照下さい。

1.既に無償評価ライセンスでお使いの場合(同じマシンでお使いになる場合)

  • alvaDescをご試用されたマシンでお使いになる場合、インストールされたalvaDescソフトウェアをそのままお使い頂けます。
  • ご入金が確認でき次第、弊社よりライセンスファイルをお送りしますので、適当な場所に保存して下さい。(ライセンスリクエストファイルを再度お送り頂く必要はございません。)
  • alvaDesc上部メニューの”Help”より”Product license”を選択して頂き、License画面で”Import License”を押下し、保存されたライセンスファイルをインポートして下さい。

 

2.既に無償評価ライセンスでお使いの場合(ご試用とは別のマシンでお使いになる場合)

  • 「新規にインストールされる場合」をご参照下さい。

 

3.新規にインストールされる場合(シングルライセンス)

i) alvaDescソフトウェアのダウンロード

  • 弊社からダウンロード用ページのアドレスとログインID/パスワードを別途お知らせ致します。
  • ダウンロード用ページにログインし、ご希望のインストーラをダウンロードして下さい。

ii) ライセンスリクエストファイルの生成

  • ダウンロードされたインストーラを起動し、インストールを行って下さい。
  • インストールが完了し、ソフトウェアが立ち上がりましたらライセンス確認画面が表示されます。
  • License file not foundと赤字で表示されますので、下の”Request License”ボタンを押下して下さい。
  • explorer画面が立ち上がりますので、areqというファイル名を拡張子は変更せず、適当なファイル名に変更し、保存するフォルダを選択し保存して下さい。

iii) ライセンスリクエストファイルの送付

  • 上記で保存したareqファイルを下記英文情報と共に弊社営業担当までお送り下さい。
  • 英文情報

———————————-

Name:

Organization:

Department:

Address:

Phone:+81-

Email:

———————————-

iv) ライセンスのインポート

  • お客様からのご入金が確認され、開発元からライセンスファイルが弊社に到着次第ライセンスファイルをお客様にご送付致しますので、適当なフォルダに保存して下さい。
  • alvaDescソフトウェアを立ち上げて頂き、License画面下の”Import License”ボタンを押下して下さい。
  • explorer画面で保存されたライセンスファイルを指定し”開く”を押下し、ライセンス情報が表示されたら、”Close”ボタンを押下して下さい。
  • エンドユーザーライセンス契約が表示されますので、お読みになられた上で問題なければ、中段左にあるチェックボックスをクリックした上で、右下の”I accept”ボタンを押下して下さい。
  • これでalvaDescが使用できるようになりました。

 

4 新規にインストールされる場合(サイトライセンス)

i) サイトライセンスファイルのご送付

  • お申込み頂いた情報に基づき、ご入金が確認され次第、サイトライセンス用のライセンスファイルをご送付致します。適当な場所に保存して下さい。

ii) alvaDescソフトウェアのダウンロード

  • 弊社からお知らせするダウンロード用ページにご提供するログインID/パスワードでログインし、ご希望のインストーラをダウンロードして下さい。

iii) ライセンスのインポート

  • alvaDescソフトウェアを立ち上げて頂き、License画面下の”Import License”ボタンを押下して下さい。
  • explorer画面で保存されたライセンスファイルを指定し”開く”を押下し、ライセンス情報が表示されたら、”Close”ボタンを押下して下さい。
  • エンドユーザーライセンス契約が表示されますので、お読みになられた上で問題なければ、中段左にあるチェックボックスをクリックした上で、右下の”I accept”ボタンを押下して下さい。
  • これでalvaDescが使用できるようになりました。

 

(2020/3/24)

 

Q8. alvaDescのアップデート方法を教えて下さい(Windows版)

A. alvaDescにはアップデート版があるかどうかを自動的にチェックする機能がありますので、下記に従ってアップデートを行って下さい。

  • ご使用中のalvaDescの上部メニューから”Help” → “About alvaDesc”を選びます。
  • About画面が立ち上がって来ますので、中段にある”Check for update”のチェックボックスにチェックが入っているかどうか確認します。チェックが入っていれば、アップデート版があるかどうか自動でチェックしてくれます。
  • アップデート版がある場合、Update available (v x.x.x) がリンク表示されますので、そのリンクをクリックして下さい。
  • explorerが立ち上がりますので、アップデート版のインストーラを保存するフォルダを選択し”保存”を押下して下さい。
  • 保存したインストーラを実行し、セットアップウィザードに従ってアップデートを完了させて下さい。

 

(2020/3/24)

 

Q9. alvaDescを使用しているマシンが壊れてしまい新しいマシンで使用したいのですが、どうすれば良いですか?

A. alvaDescのシングルライセンスはマシン毎に固有のライセンスとなっていますので、別のマシンにエクスポートしてご使用することはできません。ご使用中のライセンスの有効期間内であれば、無償にて新しいマシン向けのライセンスを発行することが可能です。上記 「新規にインストールされる場合(シングルライセンス)」をご参照の上、新規ライセンス発行依頼の理由を記載したメールに新規マシンのリクエストファイルを添付して弊社テクニカルサポート宛て(help@affinity-science.com)にお送り下さい。

尚、サイトライセンスの場合、マシン固有となっておりませんので、お使いのライセンスを新しいマシンに適用して下さい。

 

(2020/3/24)

 

Q10. Linux版のインストーラはどれを使えば良いのでしょうか?

A. alvaDescには以下にあげる3種類のLinux版インストーラがあります。

1 DEBパッケージ(Debian系)

alvaDesc_Linux_64_v*.deb

UbuntuなどDebian系Linux用のディストリビューションです。

インストールコマンド例(管理者権限が必要)

$ sudo apt install alvaDesc_Linux_64_v*.deb

インストール先

/usr/bin/ の下にalvaDescCLI、alvaDescGUIがインストールされます。

/usr/share/ の下にhelp file(html)がインストールされます。

 

2 RPMパッケージ (Red Hat系)

alvaDesc_Linux_64_v*.rpm

Red Hat系のLinuxやTurbolinuxでのプログラムの配布形式RPM(Redhat Package Manager)でのインストーラです。

インストールコマンド例(管理者権限が必要)

$ rpm -Uvh alvaDesc_Linux_64_v*.rpm

インストール先

/usr/bin/ の下にalvaDescCLI、alvaDescGUIがインストールされます。

/usr/share/ の下にhelp file(html)がインストールされます。

 

3 TGZファイル(Generic)

alvaDesc_Linux_64_v*.tgz

tarコマンドでまとめたアーカイブファイルをgzipコマンドで圧縮したファイルです。

管理者権限が使用できない場合でもインストールすることができますので、そのような場合にお使い下さい。

インストール(管理者権限がある場合)
インストールコマンド例
$ tar -xf alvaDesc_Linux_64_v*.tgz -C /
インストール先

-C /  を指定することによりDEBパッケージと同様に
/usr/bin/ の下にalvaDescCLI、alvaDescGUIがインストールされます。
/usr/share/ の下にhelp file(html)がインストールされます。

インストール(管理者権限が使用できない場合)
インストールコマンド例

$ tar -xf alvaDesc_Linux_64_v*.tgz -C /home/[user_name]/alvaDesc/
インストール先
-C /alvaDescをインストールする任意のディレクトリ/  を指定すると、指定したディレクトリの中に usrディレクトリが作られ、
その下にbin、shareが生成されます。
これにより管理者権限が利用できない場合でもalvaDescをインストールし、使用することができます。
但し、alvaDescGUIからHelpを参照しようとすると、デフォルトで /usr/share/を見に行く仕様となっているためそのままでは参照はできません。
ログインシェルに対応する設定ファイル(.bashrcや.cshrcなど)にalvaDescのヘルプファイルの場所に関する環境変数を設定することで、
alvaDescのGUIよりヘルプページを参照することができるようになります。
例)

export HELPFILE_ALVADESC=/home/[user_name]/alvaDesc/usr/share/alvaDesc/help/index.html

(2020/3/24)

 

Q11. ライセンスファイルのインストールディレクトリを変更する(Linux版)

 

通常の認証では、$HOME/.config/Alvascience/alvaDesc/alvalicense_alvaDesc.alic としてライセンスファイルが格納されます。

サイトライセンスなどマルチユーザー環境の場合、環境変数 LICENSEFILE_ALVADESC を使用し、このインストールディレクトリを変更可能です。

例)

export LICENSEFILE_ALVADESC=/opt/alvaDesc/alvalicense_alvaDesc.alic

もしくは、同ファイルをalvaDescGUI、alvaDescCLIと同じディレクトリに格納することでライセンスを認証させることも可能です。

(2020/6/29)

 

公開日:2019/12/20
最終更新日:2020/06/29