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Q1. Dragon 7との違いは何ですか？

A. alvaDesk 1.0は2019年6月末までで販売終了となったDragon 7の開発元であるKode srl.が、新たな分子記記述子計算ソフトとして販売を開始したソフトウェアです。
Dragon 7と同様5,000個を超える多数の分子記述子を計算することができます。alvaDesc 1.0では、Dragon 7に比べより多い5,305個の記述子を計算することができます。
また，MACCS166, ECFP, PFPというハッシュ化された分子フィンガープリントの計算も可能です。
alvaDesc 1.0はDragon 7で提供されていた
・塩やイオン液体の記述子計算に対応
・相関分析・主成分分析等の解析機能
・GUI，CUIの2つのユーザーインタフェイスを利用でき，Windows, Linux, MacOSプラットフォームをサポート
という機能も同様に提供されます。

 

(2019/05/15)

 

Q2. Draon 7の分子記述子と違う所はどこですか？

A. Dragon 7の分子記述子は5,270個でしたが、alvaDesc 1.0では5,305個の分子記述子を計算することができます。alvaDesc 1.0の5,305個の記述子の内、5,270個はDragon 7と同じものです。それに加え、alvaDesc 1.0では新たに35個の記述子が利用できます。
また、alvaDesc1.0もDragon 7と同様に記述子全体が30のブロックに分けられています。ブロック毎の記述子数の比較、新たに加えられた記述子については下の表をご覧ください。

 

Dragon 7とalvaDesc 1.0の記述子数の比較

 

Block no.	Block name	#Descriptors Dragon7	#Descriptors alvaDesc1.0
1	Constitutional indices	47	48
2	Ring descriptors	32	32
3	Topological indices	75	79
4	Walk and path counts	46	46
5	Connectivity indices	37	37
6	Information indices	50	50
7	2D matrix-based descriptors	607	607
8	2D autocorrelations	213	213
9	Burden eigenvalues	96	96
10	P_VSA-like descriptors	55	55
11	ETA indices	23	38
12	Edge adjacency indices	324	324
13	Geometrical descriptors	38	38
14	3D matrix-based descriptors	99	99
15	3D autocorrelations	80	80
16	RDF descriptors	210	210
17	3D-MoRSE descriptors	224	224
18	WHIM descriptors	114	114
19	GETAWAY descriptors	273	273
20	Randic molecular profiles	41	41
21	Functional group counts	154	154
22	Atom-centred fragments	115	115
23	Atom-type E-state indices	172	172
24	CATS 2D(*1)	150	0
24	Pharmacophore descriptors(*1)	0	165
25	2D Atom Pairs	1596	1596
26	3D Atom Pairs	36	36
27	Charge descriptors	15	15
28	Molecular properties	20	20
29	Drug-like indices	28	28
30	CATS 3D descriptors	300	300
	total # descriptors	5270	5305

 

(*1) “CATS 2D” at Dragon 7 is included in “Pharmacophore descriptors” at alvaDesc 1.0

 

alvaDescで新たに加えられた35個の記述子

 

*

No.	Name	Description	Block
46	max_conj_path	maximum number of atoms that can be in conjugation with each other	Constitutional indices	*
120	MaxTD	max topological distance	Topological indices
121	MeanTD	mean pairwise topological distance	Topological indices	*
122	MaxDD	max detour distance	Topological indices	*
123	MeanDD	mean pairwise detour distance	Topological indices	*
1287	Eta_D_AlphaA	eta delta alpha a index	ETA indices	*
1288	Eta_D_AlphaB	eta delta alpha b index	ETA indices	*
1289	Eta_epsi_2	eta electronegativity measure 2	ETA indices	*
1290	Eta_epsi_3	eta electronegativity measure 3	ETA indices	*
1291	Eta_epsi_4	eta electronegativity measure 4	ETA indices	*
1292	Eta_epsi_5	eta electronegativity measure 5	ETA indices	*
1293	Eta_D_epsiA	eta measure of unsaturation and electronegative atom count	ETA indices	*
1294	Eta_D_epsiB	eta measure of unsaturation	ETA indices	*
1295	Eta_D_epsiC	eta measure of electronegativity	ETA indices	*
1296	Eta_D_epsiD	eta measure of hydrogen bond donor atoms	ETA indices	*
1297	Eta_psi1	eta measure of hydrogen bonding propensity and/or polar surface area	ETA indices	*
1298	Eta_D_psiA	eta measure of hydrogen bonding propensity	ETA indices	*
1299	Eta_D_psiB	eta measure of hydrogen bonding propensity	ETA indices	*
1300	Eta_D_beta	eta measure of electronic features	ETA indices	*
1301	Eta_D_beta_A	eta average measure of electronic features	ETA indices	*
3296	SHED_DD	SHED Donor-Donor	Pharmacophore descriptors	*
3297	SHED_DA	SHED Donor-Acceptor	Pharmacophore descriptors	*
3298	SHED_DP	SHED Donor-Positive	Pharmacophore descriptors	*
3299	SHED_DN	SHED Donor-Negative	Pharmacophore descriptors	*
3300	SHED_DL	SHED Donor-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
3301	SHED_AA	SHED Acceptor-Acceptor	Pharmacophore descriptors	*
3302	SHED_AP	SHED Acceptor-Positive	Pharmacophore descriptors	*
3303	SHED_AN	SHED Acceptor-Negative	Pharmacophore descriptors	*
3304	SHED_AL	SHED Acceptor-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
3305	SHED_PP	SHED Positive-Positive	Pharmacophore descriptors	*
3306	SHED_PN	SHED Positive-Negative	Pharmacophore descriptors	*
3307	SHED_PL	SHED Positive-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
3308	SHED_NN	SHED Negative-Negative	Pharmacophore descriptors	*
3309	SHED_NL	SHED Negative-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
3310	SHED_LL	SHED Lipophilic-Lipophilic	Pharmacophore descriptors	*
			# of * (new)	35

 

(*) new at alvaDesc

 

(2019年05月15日)

 

Q3. ユーザーマニュアルはありますか？

A. ソフトのユーザーマニュアルは、下記の方法によりご参照ください。
alvaDesc 1.0起動後、画面上部のメニューより、「Help」を選択し、「alvaDesc help」をクリックします。
Webブラウザが起動され、「alvaDesc 1.0 – User manual」が表示されます。

 

(2019/05/15)

 

Q4. alvaDesc Knimeプラグインのインストール方法は？

A. ダウンロードページより、ZIPファイルをダウンロードした後、次の手順にしたがいインストールを行ってください。

 

1. KNIMEが実行中であれば、これを終了します。

2. 前バージョンのalvaDesc KNIME プラグインを既にインストールしてる場合、それを削除します。

3. ZIPファイルに含まれているJARファイルをKNIMEのdropinsフォルダにコピーします。
(例：C:\Program Files\KNIME\dropins)

4. KNIME起動後、Descriptor及びFingerprint計算ノードのConfigureのOptionsタブより、alvaDesc (CLI)のファイルパスを指定します。
(例：C:\Program Files\Alvascience\alvaDesc\alvaDescCLI.exe)

 

* 本プラグインを利用するには，同コンピュータに対応するalvaDescがインストールされている必要があります。

* alvaDesc KNIME Plugin v1.0は、KNIME v3.5.3環境で開発されテストされています。

* 詳しくは，ZIPファイルに含まれるreadme.txtを参照ください。

 

(2019/07/23)

 

Q5. PythonからalvaDescを使う方法は？

A. alvaDescCLIWrappeをインストールすることにより、PythonからalvaDescCLIを呼び出して使えるようになります。次の手順に従ってインストールを行い、サンプルプログラム例を参照してお使いください。

 

インストール手順

1. ダウンロードページよりZIPファイルをダウンロードし、展開します。

2. alvaDescCLIWrapperフォルダーの中に入っているセットアッププログラムをコマンドプロンプト上で実行します。
\> python setup.py install

実行要件

・ライセンスが付与されたバージョン 1.0.14以上のalvaDescがインストールされていること。

・Python 3.5以上がインストールされていること。

サンプルプログラム例(Windows)

SMILES表記されたブタンとアスピリンのmolecular weight (MW)とaverage molecular weight (AMW)を計算させます。

from alvadesccliwrapper.alvadesc import AlvaDesc
aDesc = AlvaDesc('C:/Progra~1/Alvascience/alvaDesc/alvaDescCLI.exe')
aDesc.set_input_SMILES(['CCCC', 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'])
if not aDesc.calculate_descriptors(['MW', 'AMW']):
print('Error:')
print(aDesc.get_error())
else:
print('Result:')
print(aDesc.get_output())

 

実行結果

 

※実行結果の見方

 

alvaDescCLI実行プログラムのデフォルト格納場所

Windows

C:/Program Files/Alvascience/alvaDesc/alvaDescCLI.exe

MacOS

/Applications/alvaDesc.app/Contents/MacOS/alvaDescCLI

Linux

/usr/bin/alvaDescCLI

 

入出力ファイルの指定

MDLファイルからの入力

aDesc.set_input_file(‘ファイル名.sdf’, ‘MDL’)

テキストファイルへの出力

aDesc.set_output_file(‘ファイル名.txt’)

 

記述子の計算

選択した記述子の計算

aDesc.calculate_descriptors([‘記述子1’, ‘記述子2’, …])

全ての記述子の計算

aDesc.calculate_descriptors(‘ALL’)

 

フィンガープリントの計算

MACCS166

aDesc.calculate_fingerprint(‘MACCSFP’)

ECFP(1024ビット長)

aDesc.calculate_fingerprint(‘ECFP’, 1024)

 

(2019/11/12)

 

Q6. alvaDescの評価版を使用する方法を教えて下さい（Windows版）

A. alvaDescは無償評価ライセンスをご提供可能です。以下の手順にて、alvaDescの全ての機能を1ヶ月間ご試用可能になります。尚、ご試用期間中は商用目的にお使いにはなれません。

1. alvaDescソフトウェアのダウンロード

• 弊社からダウンロード用ページのアドレスとログインID／パスワードを別途お知らせ致します。
• ダウンロード用ページにログインし、ご希望のインストーラをダウンロードして下さい。

2.ライセンスリクエストファイルの生成

• ダウンロードされたインストーラを起動し、インストールを行って下さい。
• インストールが完了し、ソフトウェアが立ち上がりましたらライセンス確認画面が表示されます。
• License file not foundと赤字で表示されますので、下の”Request License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面が立ち上がりますので、areqというファイル名を拡張子は変更せず、適当なファイル名に変更し、保存するフォルダを選択し保存して下さい。

3.ライセンスリクエストファイルの送付

• 上記で保存したareqファイルを下記英文情報と共に弊社営業担当までお送り下さい。
• 英文情報

———————————-

Name：

Organization：

Department:

Address：

Phone：+81-

Email：

———————————-

4.ライセンスのインポート

• 開発元からライセンスファイルが弊社に到着次第、お客様にご送付致しますので、適当なフォルダに保存して下さい。
• alvaDescソフトウェアを立ち上げて頂き、License画面下の”Import License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面で保存されたライセンスファイルを指定し”開く”を押下し、ライセンス情報が表示されたら、”Close”ボタンを押下して下さい。
• エンドユーザーライセンス契約が表示されますので、お読みになられた上で問題なければ、中段左にあるチェックボックスをクリックした上で、右下の”I accept”ボタンを押下して下さい。
• これでalvaDescが使用できるようになりました。

 

(2020/3/24)

 

Q7. alvaDescのインストール方法を教えて下さい（Windows版）

A. 既に無償評価ライセンスでお使いの場合と新規でインストールされる場合など、以下のケースをご参照下さい。

1.既に無償評価ライセンスでお使いの場合（同じマシンでお使いになる場合）

• alvaDescをご試用されたマシンでお使いになる場合、インストールされたalvaDescソフトウェアをそのままお使い頂けます。
• ご入金が確認でき次第、弊社よりライセンスファイルをお送りしますので、適当な場所に保存して下さい。（ライセンスリクエストファイルを再度お送り頂く必要はございません。）
• alvaDesc上部メニューの”Help”より”Product license”を選択して頂き、License画面で”Import License”を押下し、保存されたライセンスファイルをインポートして下さい。

 

2.既に無償評価ライセンスでお使いの場合（ご試用とは別のマシンでお使いになる場合）

• 「新規にインストールされる場合」をご参照下さい。

 

3.新規にインストールされる場合（シングルライセンス）

i) alvaDescソフトウェアのダウンロード

• 弊社からダウンロード用ページのアドレスとログインID／パスワードを別途お知らせ致します。
• ダウンロード用ページにログインし、ご希望のインストーラをダウンロードして下さい。

ii) ライセンスリクエストファイルの生成

• ダウンロードされたインストーラを起動し、インストールを行って下さい。
• インストールが完了し、ソフトウェアが立ち上がりましたらライセンス確認画面が表示されます。
• License file not foundと赤字で表示されますので、下の”Request License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面が立ち上がりますので、areqというファイル名を拡張子は変更せず、適当なファイル名に変更し、保存するフォルダを選択し保存して下さい。

iii) ライセンスリクエストファイルの送付

• 上記で保存したareqファイルを下記英文情報と共に弊社営業担当までお送り下さい。
• 英文情報

———————————-

Name：

Organization：

Department:

Address：

Phone：+81-

Email：

———————————-

iv) ライセンスのインポート

• お客様からのご入金が確認され、開発元からライセンスファイルが弊社に到着次第ライセンスファイルをお客様にご送付致しますので、適当なフォルダに保存して下さい。
• alvaDescソフトウェアを立ち上げて頂き、License画面下の”Import License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面で保存されたライセンスファイルを指定し”開く”を押下し、ライセンス情報が表示されたら、”Close”ボタンを押下して下さい。
• エンドユーザーライセンス契約が表示されますので、お読みになられた上で問題なければ、中段左にあるチェックボックスをクリックした上で、右下の”I accept”ボタンを押下して下さい。
• これでalvaDescが使用できるようになりました。

 

4 新規にインストールされる場合（サイトライセンス）

i) サイトライセンスファイルのご送付

• お申込み頂いた情報に基づき、ご入金が確認され次第、サイトライセンス用のライセンスファイルをご送付致します。適当な場所に保存して下さい。

ii) alvaDescソフトウェアのダウンロード

• 弊社からお知らせするダウンロード用ページにご提供するログインID／パスワードでログインし、ご希望のインストーラをダウンロードして下さい。

iii) ライセンスのインポート

• alvaDescソフトウェアを立ち上げて頂き、License画面下の”Import License”ボタンを押下して下さい。
• explorer画面で保存されたライセンスファイルを指定し”開く”を押下し、ライセンス情報が表示されたら、”Close”ボタンを押下して下さい。
• エンドユーザーライセンス契約が表示されますので、お読みになられた上で問題なければ、中段左にあるチェックボックスをクリックした上で、右下の”I accept”ボタンを押下して下さい。
• これでalvaDescが使用できるようになりました。

 

(2020/3/24)

 

Q8. alvaDescのアップデート方法を教えて下さい（Windows版）

A. alvaDescにはアップデート版があるかどうかを自動的にチェックする機能がありますので、下記に従ってアップデートを行って下さい。

• ご使用中のalvaDescの上部メニューから”Help” → “About alvaDesc”を選びます。
• About画面が立ち上がって来ますので、中段にある”Check for update”のチェックボックスにチェックが入っているかどうか確認します。チェックが入っていれば、アップデート版があるかどうか自動でチェックしてくれます。
• アップデート版がある場合、Update available (v x.x.x) がリンク表示されますので、そのリンクをクリックして下さい。
• explorerが立ち上がりますので、アップデート版のインストーラを保存するフォルダを選択し”保存”を押下して下さい。
• 保存したインストーラを実行し、セットアップウィザードに従ってアップデートを完了させて下さい。

 

(2020/3/24)

 

Q9. alvaDescを使用しているマシンが壊れてしまい新しいマシンで使用したいのですが、どうすれば良いですか？

A. alvaDescのシングルライセンスはマシン毎に固有のライセンスとなっていますので、別のマシンにエクスポートしてご使用することはできません。ご使用中のライセンスの有効期間内であれば、無償にて新しいマシン向けのライセンスを発行することが可能です。上記 「新規にインストールされる場合（シングルライセンス）」をご参照の上、新規ライセンス発行依頼の理由を記載したメールに新規マシンのリクエストファイルを添付して弊社テクニカルサポート宛て（help@affinity-science.com）にお送り下さい。

尚、サイトライセンスの場合、マシン固有となっておりませんので、お使いのライセンスを新しいマシンに適用して下さい。

 

(2020/3/24)

 

Q10. Linux版のインストーラはどれを使えば良いのでしょうか？

A. alvaDescには以下にあげる3種類のLinux版インストーラがあります。

1 DEBパッケージ（Debian系）

alvaDesc_Linux_64_v*.deb

UbuntuなどDebian系Linux用のディストリビューションです。

インストールコマンド例（管理者権限が必要）

$ sudo apt install alvaDesc_Linux_64_v*.deb

インストール先

/usr/bin/ の下にalvaDescCLI、alvaDescGUIがインストールされます。

/usr/share/ の下にhelp file（html）がインストールされます。

 

2 RPMパッケージ （Red Hat系）

alvaDesc_Linux_64_v*.rpm

Red Hat系のLinuxやTurbolinuxでのプログラムの配布形式RPM（Redhat Package Manager）でのインストーラです。

インストールコマンド例（管理者権限が必要）

$ rpm -Uvh alvaDesc_Linux_64_v*.rpm

インストール先

/usr/bin/ の下にalvaDescCLI、alvaDescGUIがインストールされます。

/usr/share/ の下にhelp file（html）がインストールされます。

 

3 TGZファイル（Generic）

alvaDesc_Linux_64_v*.tgz

tarコマンドでまとめたアーカイブファイルをgzipコマンドで圧縮したファイルです。

管理者権限が使用できない場合でもインストールすることができますので、そのような場合にお使い下さい。

インストール（管理者権限がある場合）

インストールコマンド例
$ tar -xf alvaDesc_Linux_64_v*.tgz -C /

インストール先

-C / 　を指定することによりDEBパッケージと同様に
/usr/bin/ の下にalvaDescCLI、alvaDescGUIがインストールされます。
/usr/share/ の下にhelp file（html）がインストールされます。

インストール（管理者権限が使用できない場合）

インストールコマンド例

$ tar -xf alvaDesc_Linux_64_v*.tgz -C /home/[user_name]/alvaDesc/

インストール先
-C /alvaDescをインストールする任意のディレクトリ/ 　を指定すると、指定したディレクトリの中に usrディレクトリが作られ、
その下にbin、shareが生成されます。

これにより管理者権限が利用できない場合でもalvaDescをインストールし、使用することができます。
但し、alvaDescGUIからHelpを参照しようとすると、デフォルトで /usr/share/を見に行く仕様となっているためそのままでは参照はできません。
ログインシェルに対応する設定ファイル（.bashrcや.cshrcなど）にalvaDescのヘルプファイルの場所に関する環境変数を設定することで、
alvaDescのGUIよりヘルプページを参照することができるようになります。
例）

export HELPFILE_ALVADESC=/home/[user_name]/alvaDesc/usr/share/alvaDesc/help/index.html

(2020/3/24)

 

Q11. ライセンスファイルのインストールディレクトリを変更する（Linux版）

 

通常の認証では、$HOME/.config/Alvascience/alvaDesc/alvalicense_alvaDesc.alic としてライセンスファイルが格納されます。

サイトライセンスなどマルチユーザー環境の場合、環境変数 LICENSEFILE_ALVADESC を使用し、このインストールディレクトリを変更可能です。

例）

export LICENSEFILE_ALVADESC=/opt/alvaDesc/alvalicense_alvaDesc.alic

もしくは、同ファイルをalvaDescGUI、alvaDescCLIと同じディレクトリに格納することでライセンスを認証させることも可能です。

(2020/6/29)