製品概要

Q-Cloudは、AmazonのAWS（Amazon Web Services）インフラストラクチャ上でQ-Chem計算を高速かつ簡単に実行する方法を提供し、計算コストを削減しながら、柔軟性の向上とジョブの処理時間の短縮を実現します。Amazon EC2向けビルド済みイメージと使いやすいコマンドライン・インターフェイスが提供されており、すぐに計算を開始することができます。

詳しくは、こちら(Q-Chem社サイト; 英語)をご確認ください。

開発元：アメリカ Q-Chem Inc

関連製品

Q-Chem

最先端のアルゴリズムを採用した ab initio DFT/HFプログラムパッケージ

Q-Chem製品紹介ページはこちら

Q-Cloudの特徴

• 柔軟性　AmazonのAWS EC2クラウド上で動作するQ-Cloud クラスタのノード数は、ジョブの実行に実際に必要な数に基づき、オンデマンドで自動的にスケール（増減）されます。一度に 100 個のジョブを実行する場合でも、少数のジョブを実行する場合でも、使用したハードウェアに対してのみ費用を支払うこととなります。
• インフラストラクチャコストの削減　AWS はAmazonが独自のクラウドコンピューティング・インフラストラクチャをメンテナンスしており、ユーザがハードウェアのトラブルシューティングなどを行う必要がありません。また、Q-Cloud のインストールプロセスはシンプルかつ迅速であり、簡単に起動し実行することができます。
• 固定料金のSaaS (Software-as-a-Service) 支払いモデル　Q-Cloudの標準ライセンス料は、月額または年額の一括支払いです。（AWS リソースの料金は使用量に応じて増減し、別途支払いが必要です）また、常に最新バージョンのQ-Chemソフトウェアを使用することができます。
• 持続可能性　クラウドコンピューティングは、従来のオンプレミス・インフラストラクチャよりも 22 ～ 93%エネルギー効率が高くなるというデータがあります。

動作環境

プラットフォーム

• Amazon Web Services EC2 (Elastic Compute Cloud)

ライセンス（サブスクリプションプラン）

ライセンスタイプ

• アカデミック（Academic）：学位授与が可能な学術研究機関
• 官公庁（Government）：政府機関または部署
• 商用（Commercial）：民間部門

サブスクリプション期間

Q-Cloudのサブスクリプションは、30 日払いと年間払いの 2 つの支払いモデルが用意されています。

インスタンス数

Q-Chemの永久ライセンスとは異なり、Q-Cloudのライセンスでは同時に実行できるインスタンスの数が制限されており、10 インスタンス、50 インスタンス、100 インスタンスの 3 つのレベルが用意されています。

※100インスタンス以上についてはお問合せ下さい。

評価ライセンス

フル機能を備えた 1 週間の無料試用ライセンスを提供しています。Q-Chem試用版とは異なり、Q-Cloudのサブスクリプションは試用期間の終了時に自動的に更新されることにご注意ください。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

価格・購入方法

価格

Q-Cloudのサブスクリプション料金はプランによって異なります。また、料金はクラウドで Q-Chem を実行し、Q-Cloudコマンドラインインターフェイスを使用する権限に対するものであり、AWSコンピューティングのコストは含まれません。

※最新のQ-Chem (6.2 または 6.3) の永久ライセンスをすでにお持ちの方は、2025年末までQ-Cloudライセンスを50% 割引でご利用いただけます。

購入方法

【方法1】次のサイトにアクセスし、必要情報を入力しサインアップ手続きを行います。Q-Cloud サブスクリプションと支払いは PayPal を通じて処理されますが、PayPal アカウントをお持ちでない場合は、クレジットカードを使用できます（弊社からではなく、お客様のPayPalアカウントまたは登録クレジットカードへ直接請求されます）。弊社お客様は、サインアップページ下部の Special Notes 欄に、弊社が代理店であることをご記入いただき（例、Our agency is Affinity Science Corp.）、処理を進めてください。

【方法2】PayPalまたはクレジットカードの利用が困難な場合、弊社を経由して実施するマニュアルセットアップにより、Q-Cloudをご利用いただけます。この場合、指定可能な期間は、3か月間または1年間になり、Q-Cloud料金は弊社からお客様へご請求させていただきます。ご希望の場合、次の必要情報を添えて、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

製品概要

ACEMD Platformは、GPU上で動作する最初の生体分子用コードであり、分子動力学シミュレーションの実行と解析のために設計された、最先端の高速ソリューションパッケージです。

PLUMEDプラグインとOpenMMを統合しシミュレーションを実行するMDエンジンACEMD、低分子の力場パラメータ化ツールParameterize、分子系の作成・MD計算の準備・MDトラジェクトリ解析等を行うPythonパッケージHTMD、PyTorchを使用して分子動力学を実行するためのAPI TorchMDの4つのパッケージから構成されています。

開発元：英 Acellera Ltd.

主要な機能

ACEMDエンジン

ACEMDエンジンは、シミュレーション速度を最大化するようNVIDIA GPU専用に設計され、PLUMEDプラグインとOpenMMを統合した生体分子用の高性能分子動力学コード（メタダイナミックエンジン）です。シンプルで高速なACEMDは、NAMDと非常によく似たコマンドと入力ファイルを使用し、出力ファイルはNAMDやGromacsにおいても利用することができます。

GPUの計算能力を活用する最適化されたMDエンジンとして設計されているため、計算が非常に高速化されています。実装GPU数とモデルに依存しますが、数十から数百のプロセッサを使用した並列CPUと同等のシミュレーション性能を発揮します。ACEMDは、HTMDのPythonによる強力なスクリプティング機能と拡張インターフェイスを備えており、分子系の構築、MD計算の準備、計算結果の解析が可能です。また、一般的なCHARMMやAMBER等の力場フォーマットをそのまま使用でき、NVE/NVT/NPTアンサンブルのほか、Lagevin thermostatやMonte Carlo barostatをサポートしています。世界最大規模の分散コンピューティングプロジェクトの1つであり、数千のMDシミュレーションが毎日実行されているGPUGRID.netのエンジンとしても採用されています。

ACEMDは、タンパク質リガンド結合の研究、小規模な仮想スクリーニングの実行や大きなタンパク質の構造変化のサンプリングなどに活用され、創薬に最適なツールです。

HTMD

HTMDは、MD計算のための分子システムの構築、計算準備、シミュレーション、可視化、分析などが可能なオープンソースのPythonライブラリです。Python環境で利用でき、ユーザーは必要に応じた拡張を容易に行うことができます。 また、HTMDではたった数行で非常に複雑なプロトコルを実行することが可能です。1つのスクリプトで、PDBファイルの操作、構造構築、シミュレーションの実行と分析、マルコフ状態モデルの計算、運動速度、親和性や経路などの情報を用いて、全体的な計算実験を計画することができます。

HTMDを利用することで、PDBファイルからのMD入力ファイルの準備を30秒未満の短い時間で行うことができます。また、ACEMD、NAMD、GROMACS、AMBERと互換性を有しています。

Parameterize

Parameterizeは分子力場パラメータ化ツールです。現在は、HTMDパッケージに含まれており、量子力学、機械学習、ヒューリスティックベースのルールからパラメータ計算方法を選択することができます。一般的に使用されているAMBER力場やCHARMM力場には生体分子（タンパク質、ヌクレオチド、糖類、脂質など）のパラメータが含まれていますが、その他の生物学的に関連する分子（共因子、薬物など）のパラメータはありません。Parameterizeはこれら低分子の力場パラメータを簡単なステップで計算します。

GAFFとCGenFFは、経験則と事前に計算されたデータセットを用いて任意の有機分子のパラメータを導出することで、この問題に対処しています。しかし、これらのパラメータがすべての化学環境に適用できることは保証されていません。

Parameterizeは、QMエネルギーを予測するように訓練されたニューラルネットワークポテンシャル（NNP）に基づいたツールです。QMデータ（量子力学計算にもとづくESP電荷と回転可能な二面体角パラメータのリフィット）を使用することで、パラメータの品質を向上させ、MD計算におけるトランスフェラビリティ（移植性、適用性）の問題を根本的に解決します。

TorchMD

TorchMD は、PyTorch を使用して分子動力学を実行するための使いやすいAPIを提供します。研究者は、PyTorch のシンプルさとパワーを利用して力場の研究をより迅速に行うことができるとともに、ニューラル ネットワーク ポテンシャル(NNP)を分子動力学にシームレスに統合することができます。また、TorchMD によって、短いMD軌道からの力場パラメータ導出やNNPを使用した任意のタンパク質の粗視化モデル作成が可能であると確認されています。

技術情報

リファレンス

理論や事例などの文献情報（開発元サイト; 英語）

ACELLERA’S PUBLICATIONS

インストール・使用方法、チュートリアルなどの技術文書（開発元サイト; 英語）

Acellera Software Documentation

技術サポートに関する注意事項

Acellera社製品（ ACEMD Platform 及び PlayMolecule ）の技術サポートは、開発元 Acellera Ltd. より直接提供されます。

ライセンス形態

ライセンス形態は、年間使用形態で使用GPU数や運用形態等でライセンス料が変わります。また，無償で利用可能なライセンスも提供されています。

• ACEMD3 Basic
  • 1つのGPU(デバイス0)だけで動作させることができ、無料で使用可
• ACEMD3 Pro
  • 所有する全てのGPUで実行可能
• HTMD Free
  • 機能制限版。非営利団体（non-profit entity）であれば無料で使用可
• HTMD Pro
  • 通常版

詳しくは、弊社営業部までお問合せください。

価格情報

ACEMD Platformの価格については、弊社営業までお問合せください。

製品概要

Advance/NanoLaboは、第一原理計算によるナノ材料解析ソフトウェアに対応した統合GUIプログラムパッケージです。対応するナノ材料解析ソフトウェアは、Advance/PHASE（有償製品）、Quantum ESPRESSO（オープンソース）や LAMMPS（オープンソース）です。

外部の材料データベースを検索、または分子構造を作成し、超格子構造などを簡単にモデリングできます。また、設定した計算条件に基づきナノ材料解析ソフトに計算を実行させ、その結果をグラフィック表示させることができます。

開発元：日本 アドバンスソフト株式会社

特徴

• 入力した化学式に基づき結晶構造・分子構造を外部データベースより検索
• スーパーセルやスラブモデルなどを容易にモデリング
• 計算用入力ファイルを自動生成
• バンド構造、スペクトル表示、分子動力学の動画など計算結果を可視化
• アドバンスソフト株式会社Advance/PHASEに対応
• オープンソース計算エンジン（Quantum ESPRESSO、LAMMPS）に対応

主要な機能

Advance/NanoLabo Baseの機能一覧

Advance/NanoLabo Proの機能

Base版の機能に加え、強化された追加のモデリング・計算機能、界面モデル作成機能（界面ビルダー）、高分子モデラー機能が追加されています。

技術情報

デモ動画

ナノ材料解析統合GUI Advance/NanoLabo 使用デモ動画（外部サイト：アドバンスソフト社）

バージョン情報

バージョン情報はこちら

動作環境

対応OS

• Windows 10・Windows 11 (64 bit)
• AlmaLinux 8（64bit）
• macOS Ventura(13)以降 (64 bit)（Apple M1対応）

※同梱している各計算エンジンの実行ファイルはmacOS上でのMPI並列実行に対応しておりません

計算エンジン

• Advance/PHASE（アドバンスソフト株式会社）
• Quantum ESPRESSO（オープンソース）
• LAMMPS（オープンソース）

JAVA

• Java Runtime Environment 17

ライセンス形態

Advance/NanoLaboのライセンスは、用途による区分、使用可能な機能による区分、使用（サポート）期間による区分があります。QuantumESPRESSO 年間技術サポートライセンス、LAMMPS 年間技術サポートライセンスがあります。

ライセンスの区分

• 用途による区分
  • 一般用・官公庁用ライセンス（商用）
  • アカデミックライセンス（教育用）
• 機能による区分
  • Advance/NanoLabo Base版
  • Advance/NanoLabo Pro版
• 使用（サポート）期間による区分
  • 年間ライセンス（保守サポートサービス含む）
  • 買い取りライセンス（初年度の保守サポートサービス含む）
  • 次年度年間保守
• その他オプション
  • QuantumESPRESSO 年間技術サポートライセンス
  • LAMMPS 年間技術サポートライセンス

評価ライセンス

製品パッケージの全機能を1カ月間無料で使用可能なトライアルパッケージがございます。

アドバンスソフト株式会社のダウンロードページからインストーラをダウンロードし、インストーラに従って進めて下さい。

最後に「ライセンスを申し込む」をクリックし必要事項を記入し、「1か月試用ライセンス」を選択して頂き次に進むとメーラーが立ち上がりますので、そのメールをアドバンスソフト株式会社サポートセンターにお送りください。営業日5日以内で試用ライセンスが送られてまいります。

送られてきましたライセンスファイル（nanolabo.lic）を、Advance/NanoLaboのインストール先のlicenseというフォルダに格納してご試用下さい。

価格情報

一般用・官公庁用ライセンス（商用）

アカデミックライセンス（教育用）

(*1) ライセンス料金には保守サポートサービスが含まれます。（E-mailでのQ&A、最新バージョンの使用権）

(*2) ライセンス料金には初年度のみ保守サポートサービスが含まれます。（E-mailでのQ&A、最新バージョンの使用権） 2年目以降は別途保守料金が必要です。

製品概要

alvaBuilderは、de novo分子設計用のソフトウェアツールです。シンプルなインターフェースを使用して、任意のトレーニングセットより、指定した特性（類似性、MW、logP、SAscore、QEDなど）を持つ新規分子を生成できます。

開発元：イタリア Alvascience Srl

関連製品

alvaDesc

6000種近くの分子記述子、4種（PFP/ECFP/ECFPV3/MACCS166）のフィンガープリントと構造パターンを計算可能なソフトウェア。

alvaDescページはこちら

alvaModel/alvaRunner

定量的構造活動/特性関係(QSAR/QSPR)モデルの作成を行うソフトウェア/alvaModelの作成モデルを基に計算。

alvaModel/alvaRunnerページはこちら

alvaMolecule

分子データセットを分子グリッドもしくはスプレッドシートとして可視化し、分析キュレート及び標準化を行うソフトウェア。

alvaMoleculeページはこちら

主要な機能

遺伝的アルゴリズム

ドラッグライクな化合物空間には、最大10⁶⁰個の分子があると推定されており、このような広大な空間を探索するのは大変な作業になります。しかし、遺伝的アルゴリズムを用いることで、この問題に取り組むことができ、所望の特性をもつ新しい分子を生成することができます。alvaBuilderを使用して、与えられたターゲット分子と類似している、または特定の分子記述子をもつ分子群を新たに生成することができます。スコア関数は、全ての類似性、特性をルールとして組み合わせて定義することができます。遺伝的アルゴリズムにより、定義されたスコア関数を最適化し新しい分子を生成します。

ターゲット分子記述子

ターゲット特性に基づくルールは、分子記述子に特定の値を持つ分子を生成するために使用されます。分子記述子の値は、次のルールで定義することができます。

・設定値以下

・設定値以上

・設定値と合致

・二つの値の間（範囲設定）

alvaBuilderには、構造的特徴を評価するための以下のような記述子が実装されています。

• 分子量(MW)
• 原子数(nAT)
• 結合数(nBT)
• 特定の原子や結合の種類の絶対的および相対的な出現頻度
• 回転可能な結合数(RBN)
• 環数(nCIC)
• 回路数(nCIR)
• 環系(NRS)
• 水素結合ドナー原子数（nHDon）
• 水素結合アクセプター原子数（nHAcc）
• ブリッジヘッド原子数（nBridgeHead）
• スピロ原子数（nSpiro）

など

構造に関する記述子に加えて、生成分子の物理化学的特性やdrug-likeness、lead-likenessに関する幅広いセットを提供します。

• モル屈折率（MRcons）
• オクタノール-水分配係数（LOGPcons）
• LogS水溶解度（ESOL）
• トポロジカル極性表面積（TPSA(tot)、TPSA(NO)）
• 表面積（SAtot、SAacc、SAdon）
• McGowan（Vx）
• van der Waals体積（VvdwMG、VvdwZAZ）
• Verhaarによって定義された魚類(BLTF96)、ミジンコ(BLTD48)及び藻類(BLTA96)の3つの水性生物毒性基準を、Moriguchi LogP(MLOFP)に基づいて算出
• Lipinski’s rule of five (Ro5)
• rule of three (Ro3)に基づいたLLS_01
• drug-likenessの定量的推定(QED)

など

de novoデザインを扱う際に重要な合成可能性についてのスコア(SAscore)も含まれています。

ターゲットQSAR/QSPRモデル

与えられた回帰や分類モデルに対して、ある予測値をもたらす分子を設計するためのルールを定義することができます。QSAR/QSPRモデルはalvaRunnerプロジェクトに含まれている必要があります。また、このルールに適用範囲（AD: Applicability Domain）を使用することもできます。これにより、選択されたモデルのAD内にある分子を、モデルの予測が信頼できると考えられる化学空間の理論領域内にあるものとして設計することができます。

ターゲット分子

ターゲット分子との類似性に基づいて化合物を生成することができます。これは次のどちらかを指定します。

・分子全体をSMILES表記法で指定

　　類似性は分子フィンガープリントのタニモト距離を使用して計算されます。

・部分構造をSMARTS表記法で指定

　　SMARTSを使用することで、最終的な分子に含む、または含まない部分構造を定義することができます。これにより、例えば不要な官能基を避けることができます。

また、必要に応じて、設計された分子に常に含まれるべき分子フラグメントを定義することもできます。

グラフィカル・ユーザー・インターフェース

使いやすいGUIにより、de novoデザインを管理できます。

簡単なステップで化合物生成に必要な分子特性を定義し、生成を開始できます。

サポートされるファイル形式

一覧表はこちら（alvaDesc技術情報ページ）

バージョン情報

バージョン1.0.26（2026年3月12日リリース）

• 分子の自動生成（Automatic molecules generation）に於いてゴールスコアを設定した際に、スコアが設定値に到達する前に自動生成が停止してしまうことがあった問題を修正しました。
• SMILES列が最初の列以外に存在するテキストファイル（*.txt）から分子情報を入力する際に、最初の列が空欄となっている場合に生じていたSMILESの構文解析（parsing）の不具合を修正しました。

バージョン1.0.24（2026年1月27日リリース）

• alvaModel 3.0.6で生成されたモデルファイルに対応するようにしました。（外部変数を使用したモデルを使うことはできません。）

バージョン1.0.22（2026年1月9日リリース）

• alvaModel 3.0.2 で生成されたARXプロジェクトとの互換性を修正しました。
  • alvaModel 3.0.2 によって生成されたalvaRunnerプロジェクトファイルを扱う際の、互換性の問題を解消しました。

バージョン1.0.20（2025年11月27日リリース）

• 軽微な不具合を修正しました。

バージョン1.0.18（2025年11月3日リリース）

• alvaModel 3.0で作成されたモデルに対応しました。

バージョン1.0.16（2025年7月2日リリース）

• 軽微な不具合を修正しました。

バージョン1.0.14（2025年1月27日リリース）

• Viewメニューの「Highlights」に、構造エラーのウォーニングやユーザーが定義した部分構造、並びにBemis-Murckoのグラフ的形状表現を表示する機能を追加しました。
• トレーニングとして入力する分子に名前が指定されていない場合、「Molecule1」などと名前を表示するよう修正しました。
• 分子の名前列を持たないSMILESファイルまたはSMILESを含むテキストファイルから構造を読み込む際に、それぞれの分子に「Molecule1」など内部的な名前を付加するようにしました。

バージョン1.0.12（2024年11月7日リリース）

• alvaModelで作成したQSAR/QSPRモデルを利用して構造（de novo）生成させる際に、alvaDesc 3.0で導入された構造パターンとECFPV3を使用できるようになりました。
• 画面左のツリービューを廃止し、MoleculesメニューからTrainingとAutomatic moleculesを選択して表示するよう変更しました。
• SMILESがテキストファイル、CSVファイル、TSVファイルからインポートできるようになりました。
• Viewメニューの「View atom indices」を「Annotations」に変更し、分子の２次元描画像に部分電荷を表示する機能を追加しました。
• Open scoreからスコアファイルをロードした際、そのまま自動生成に進むことができるようになりました。

バージョン1.0.10（2023年4月20日リリース）

• de novo生成された分子をエクセルフォーマットにエクスポートする際に、SMILESの列を追加しました。
• モデルルールでalvaRunnerプロジェクトファイルを使用する際、ファイルパスが変更された場合などにも分かり易いよう、GUI上にプロジェクト名を表示させるようにしました。
• Editメニューから指定した分子のスキャフォールドをコピーする”Copy Scaffold as SMILES”が正しく機能するように修正しました。
• Apple M1/M2 CPU上でalvaRunnerプロジェクトを使用する際に生じ得るランタイムエラーを修正しました。

バージョン1.0.8（2022年11月11日リリース）

• alvaRunnerのプロジェクトファイルに含まれるQSAR/QSPRの回帰や分類モデルを使用し、目的変数に対して設定したターゲット条件に従って分子のde novo designをすることができる新しいルール「Model rule」を追加しました
• FileメニューのSave score asから保存できるXMLで書かれたスコアファイルに、フラグメント固定ルールに使用したフラグメントを含めるようにしました
• スコアファイルのOpenとSave機能をファイルメニューに移動しました
• 自動生成された分子の２次元構造描画とスコアの値をエクセルファイル（.xlsx）にエクスポートできるようになりました
• 生成された分子データセットに対するソートとフィルターを改善しました
• SMARTSの水素パラメータがH1ではなくHで定義されている際の解釈を修正しました（例：[C;H;X4]）

バージョン1.0.6（2021年7月6日リリース）

• 記述子ルールに対するスコア計算を改善しました。（記述子ルールの閾値がとても小さく、計算値が閾値を外れている場合に、円滑化関数が過大な点数を与えてしまう不具合が起きないよう調整しました。）
• 使用できる記述子からPBFを除外しました。（3D座標を必要とするため使用不可）
• SAscoreなどnSK（number of non-H atoms）に依存する記述子の計算を修正しました。

バージョン1.0.4（2021年3月25日リリース）

• SMARTSに対するmatch/not matchルールを追加
• 生成された分子のフラグメントを修正する可能性を追加
• GoogleChem検索を追加
• PubChem検索を改善（full structure, similarity, substructure, superstructure）
• 縮環に対する部分グラフマッチングを修正（QED記述子に影響を与える可能性）
• 分子の名前表示を修正
• 出力ファイルにcolumn NAMEを追加
• 出力する表とファイルのcolumn nameとvalueを変更

バージョン1.0.2（2020年12月14日リリース）

• alvaDesc バージョン2.0の機能を利用可能
• 生成可能な分子数(population size)の上限を拡張
• トレーニングセット以上のpopulation sizeを設定可能
• 遺伝的アルゴリズムの改良

バージョン1.0（2020年7月7日リリース）

動作環境

対応OS

• 64-bit Windows
• 64-bit macOS
• 64-bit Linux

ライセンス形態

alvaBuilderのライセンスは、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の2種類のライセンス形態があります。

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

価格情報

alvaBuilderのライセンス価格は、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

製品概要

alvaDescは、様々な種類の分子記述子とフィンガープリントの計算が可能な次世代のツールです。6000種近くの分子記述子と４種のフィンガープリントを計算することができます。また、分子データセットが任意の構造パターンを含むかどうかを計算できます。

官能基やフラグメント数のカウントから、ETA（Extended Topochemical Atom）指数やAtom-Type E-state指数をはじめ、3D自己相関、WHIM記述子（Weighted Holistic Invariant Molecular descriptors）、GETAWAY記述子（GEometry, Topology, and Atom-Weights AssemblY）など多数の3次元記述子計算が可能です。

分子屈折率、 TPSA (topological polar surface area)、分子容積推算、二種類のLogPモデル(Moriguchi 及び Ghose-Chippen octanol-water partition coefficient）など様々な物理化学的特性を計算することができます。また、よく利用されるLipinskiアラートを含む、drug-like 及び lead-like アラート等も実装されています。

MACCS166 Fingerprint、Extended Connectivity Fingerprint（ECFP）、Path Fingerprint（PFP）のフィンガープリントを計算することができます。ECFPとPFPのカスタマイズ計算も可能で、フィンガープリントのサイズ、フラグメントの種類、次元数だけでなく、フラグメントを識別する際に考慮される原子及び結合パラメータ（原子の種類、芳香族性、結合水素原子の数、結合性等）を定義することによって調整することもできます。alvaDescのフィンガープリント計算では、フラグメントがSMARTS文字列（Daylight Chemical Information Systemsによって開発された分子の部分構造を表すための表記方法）により識別されます。

分子データセットに於ける部分構造パターンの同定が可能です。構造パターンは、構造活性相関（SAR）、パターン認識や分子特性や挙動の予測などのケモインフォマティックスで重要な役割を果たしています。

alvaDescの重要な機能の1つは、完全結合型と非完全結合型（塩やイオン液体等）のどちらの分子構造にも対応していることです。 全ての分子記述子計算アルゴリズムは、そのような構造の分子記述子計算のために異なる理論的手法を提供します。

alvaDescは、分子データセットの初期の解析を行うためのツールを提供します。

・PubChemサービスとGoogle Patents/Scholarを使用した分子構造検索

・分子構造の可視化と各種フィルタリング

・主成分分析（PCA）、相関分析、t-SNE法

また、多数の分子記述子を計算できることから、alvaDescには高速V-WSP法（“Ballabio, D., Consonni, V., Mauri, A., Claeys-Bruno, M., Sergent, M., & Todeschini, R. (2014). A novel variable reduction method adapted from space-filling designs. CHEMOMETRICS AND INTELLIGENT LABORATORY SYSTEMS, 136, 147-154”.）を含む変数を削減するためのツールが実装されています。

alvaDescはWindows及び Mac OS、Linuxプラットフォームに対応しており、直観的操作が可能なグラフィカルインターフェイスとバッチ処理に適したコマンドラインツールの両方を利用することができます。

主な機能

• 分子の可視化
  • 分子構造の2次元表示
  • 原子の部分電荷、構造的特徴やエラーなどの表示
• 分子記述子計算
  • 4200個以上の0D～2D記述子と1500個以上の3D記述子を含む全5799種の記述子
  • 非連結構造の塩やイオン液体に対する6種類の計算方法
  • 解析用途に適さない記述子を削減するツール
  • 3D座標の計算
  • 部分電荷計算（GasteigerのPEOE）
• 分子フィンガープリント（FP）計算
  • カスタマイズ可能なハッシュ化FP 3種類（ECFP、ECFPV3、PFP）
  • MACCS166 FP
• 構造パターン計算
  • 所与の部分構造が含まれるかを同定し数値化
• 分析ツール
  • 単変量解析（基本統計量）、相関分析、主成分分析、t-SNE分析
• グラフ描画ツール
  • ヒストグラム、棒グラフ
  • 2～4種類の記述子の関係を示した散布図
  • 主成分分析結果の主成分負荷量と主成分得点プロット
  • t-SNE分析結果の２次元散布図
• 入出力
  • 多様なデータフォーマットに対応
  • サポートされるファイル形式
  • 分析結果やグラフの出力
  • 計算全体をプロジェクトファイルとして保存
• 様々なUI
  • GUI/CLI/KNIME/PYTHONからの実行

関連製品

alvaBuilder

de novo分子設計用のソフトウェアツール。

alvaBuilderページはこちら

alvaModel/alvaRunner

定量的構造活動/特性関係(QSAR/QSPR)モデルの作成を行うソフトウェア/alvaModelの作成モデルを基に計算。

alvaModel/alvaRunnerページはこちら

alvaMolecule

分子データセットを分子グリッドもしくはスプレッドシートとして可視化し、分析キュレート及び標準化を行うソフトウェア。

alvaMoleculeページはこちら

技術情報

技術情報はこちら

バージョン情報

バージョン情報はこちら

動作環境

対応OS

• 64-bit Windows (7 、8.1、10、11)
• 64-bit macOS
• 64-bit Linux (Ubuntu、Fedora で検証)

※ 上記は開発元にて動作検証が行われている環境になります。記載のない環境については、評価ライセンス等で事前に動作確認されることをお勧めします。

※使用コンピュータ変更等の理由により、ライセンスファイルの再発行をご希望の方は、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

ライセンス形態

企業向け一般ライセンス（商用）

企業向け一般ライセンスは、年間（rent）ライセンスのご提供となります。

• Singleライセンス
  • 1台のコンピュータのみにインストールできます。
• Siteライセンス
  • 特定の研究サイト内のどのコンピュータに何台でもインストールできます。
  • ライセンスは物理的なロケーションとしてのサイトに付与され、このサイトに所属される方がご利用いただけます。リモート使用等につきましては、下記「リモートアクセス（遠隔利用）について」をご参照頂いた上で弊社までお問合せください。

アカデミックライセンス（教育用）

アカデミックライセンスは、公共の知的財産となる研究を行っている大学等の研究機関に提供され、いかなる営利目的の利用も禁じられております。アカデミックライセンスは永久（Permanent）ライセンスのみで、ご購入後1年間は無償でマイナーアップデートが可能、メジャーアップデートは有償でのご提供となります。3台のPCにインストールしてご利用いただけます。

官公庁・非営利団体向けライセンス

企業向け一般ライセンスと同様の年間ライセンス形態で、非営利目的に特化した価格でのご提供となります。詳しくはお問合せ下さい。

リモートアクセス（遠隔利用）について

alvaDescのインストールされたコンピュータにリモートアクセスし、ソフトウェアを使用する場合、Singleライセンスではなく、Siteライセンスをご契約いただく必要があります。また、遠隔利用者の所在地が異なる場合、その所在地でもSiteライセンスが必要になる場合があります。例えば、ある組織の東京事業所でSiteライセンスを導入いただいた場合、東京事業所に所属される方は、直接・遠隔利用いただけますが、同一組織でも、大阪事業所など異なる事業所に所属される方がご利用になられる場合、そちらの事業所でも別途Siteライセンスをご契約いただく必要があります。複数Siteライセンスの場合、ボリュームディスカウントもございます。詳細につきましては、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

価格情報

alvaDescのライセンス価格は、ライセンス形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

企業向け一般ライセンス（商用）

官公庁・非営利団体向けライセンス

FAQ

FAQはこちら

alvaModel

製品概要

alvaModelは、定量的構造活性/特性相関（QSAR / QSPR）モデルを作成するためのソフトウェアツールです。これらのモデルは、化学物質の生物学的、物理化学的、環境的特性を予測するために使用できます。

alvaDescを用いて作成されたプロジェクトをロード可能です。モデルは新規分子セットに適用できる形でalvaRunnerにエクスポート可能です。

開発元：イタリア Alvascience srl

関連製品

alvaDesc

6000種近くの分子記述子、4種（PFP/ECFP/ECFPV3/MACCS166）のフィンガープリントと構造パターンを計算可能なソフトウェア。

alvaDescページはこちら

alvaBuilder

de novo分子設計用のソフトウェアツール。

alvaBuilderページはこちら

alvaMolecule

分子データセットを分子グリッドもしくはスプレッドシートとして可視化し、分析キュレート及び標準化を行うソフトウェア。

alvaMoleculeページはこちら

主要な機能

ビルドとデプロイ

QSAR / QSPRの回帰と分類モデルを構築および展開（deploy）するためのAlvascienceのソリューションは、alvaModelとalvaRunnerの 2つのソフトウェアで構成されています。後者は、alvaModelを使用して作成されたモデルを、他のソフトウェアツールを必要とせずに新しい分子セットに適用できるソフトウェアツールです。

このソリューションにより、モデルのトレーニングと展開を別々に実行することが可能です。したがって、第三者がモデルを展開したり（再現性を証明するために利用可能にしたい場合など）、他の人が作成したモデルを使用したりすることができます（科学論文で説明されているモデルをテストする場合など） 。

alvaModelを使用すると、以前にalvaDescで計算された記述子とフィンガープリントを使用してQSAR / QSPRモデルを学習・構築することができます。予測する目的変数は、外部ファイルからインポートします。

GUI

使用する分子記述子、物理化学的特性をわかりやすいGUI上で選択でき、簡潔なステップで回帰・分類モデルを作成できます。

遺伝的アルゴリズムを用いた特徴選択

alvaDescプロジェクトの記述子は極めて多くなりえます（5000以上）。alvaModelは、定義されたスコアに従って最適なモデルを見つけるために、遺伝的アルゴリズムによる特徴選択（Feature selection）を実行可能です。

特徴量の削減

いくつかの特徴量削減（Feature reduction）ツールを使用して、モデルをトレーニングする記述子の数を減らすことができます（定数値、標準偏差、ペア相関など）。

回帰モデル

次の回帰モデルを利用可能です。

1.Ordinary Least Squares (OLS)モデル

2.Partial Least Squares (PLS) モデル

3.KNNモデル、具体的にはa weighted Nearest Neighbour Regression (wNNR)モデル

4.Support Vector Machine (SVM) モデル

5.選択したモデルによって予測された値の算術平均として定義されたコンセンサスモデル

分類モデル

次の二値分類モデルを利用可能です。

1.Linear Discriminant Analysis (LDA) モデル

2.Quadratic Discriminant Analysis (QDA) モデル

3.Partial Least Squares Discriminant Analysis (PLS-DA) モデル

4.KNNモデル

5.Support Vector Machine (SVM) モデル

6.選択したモデルによって予測された値の算術平均として定義されたコンセンサスモデル

適用ドメイン

モデルの適用領域は、トレーニングデータセットと指定された分子の類似性を測定することで推定できます。In/out表示は、分子が適用可能ドメイン内であるか否かを示します。利用可能な適用可能ドメイン判断手法は距離ベース（平均距離など）とレバレッジ（いわゆるHat Matrix）です。

グラフによる分析

作成したモデルはいくつかのグラフを使用して分析することができます。

・実験値と予測値に対する散布図（回帰モデル）

・残差プロット（回帰モデル）

・ベータ棒グラフ（OLS/PLS回帰モデル）

・ウィリアムズプロット（記述子に基づく回帰モデル）

・ヒストグラム（実験値、予測値、残差、モデルに使用された分子記述子）

予測分析（Prediction analysis）

1つの予測値に対し”Prediction detail”画面を表示させることにより、予測値に対する原子やフラグメントの寄与（回帰モデル）や予測に使用された近傍の分子（K近傍法）などを確認することができます。

モデル・スタディ

開発元Alvascience社によって、実際にalvaModelを用いて作成されたモデルはこちら（alvaRunnerを用いて分子に適用できます。）

サポートされるファイル形式

一覧表はこちら（alvaDesc技術情報ページ）

バージョン情報

バージョン情報はこちら

動作環境

対応OS

64-bit Windows（7, 8.1, 10, 11）

64-bit macOS

64-bit Linux（Fedora、Ubuntuで検証）

ライセンス形態

alvaModelのライセンスは、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の2種類のライセンス形態があります。

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

価格情報

alvaModelのライセンス価格は、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

alvaRunner

製品概要

alvaRunnerは、一連の分子に定量的構造活性/特性関係（QSAR / QSPR）モデルを適用するソフトウェアツールです。これらのモデルは、化学物質の生物学的、物理化学的、環境的特性を予測するために使用できます。

モデルの記述子とフィンガープリントはalvaDescの技術を使用して計算されますが、alvaDescライセンスは必要ありません。alvaRunnerプロジェクトに含まれるモデルは、alvaModelを使用して準備する必要があります。

alvaRunnerプラグインを使って、KNIMEから実行することもできます。

開発元：イタリア Alvascience srl

主要な機能

モデルの適用

このソフト単体で指定されたQSAR / QSPRの回帰と分類モデルを適用するために必要な記述子とフィンガープリントを計算できます。QSAR / QSPRモデルはalvaModelを使用して作成する必要があり、たとえば以下の目的で第三者の利用を許可するために展開できます。

1.論文等で再現性を証明するため。

2.モデルを組織内で利用するため。

GUI

インポートしたすべての分子について予測ターゲット、モデルの適用ドメイン内外の判定をGUI上で確認できます。

モデル・スタディ

実際に適用することができるモデルはこちら（alvaModelを用いて作成されています。）

サポートされるファイル形式

一覧表はこちら（alvaDesc技術情報ページ）

バージョン情報

バージョン情報はこちら

動作環境

alvaRunnerはコマンドラインからもGUIからも操作が可能です。

対応OS

64-bit Windows

64-bit macOS

64-bit Linux

ライセンス形態

alvaRunnerのライセンスは、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の2種類のライセンス形態があります。

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

価格情報

alvaRunnerのライセンス価格は、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

製品概要

alvaMoleculeは、分子データセットの可視化、分析、キュレート及び標準化のためのソフトウェアです。

分子記述子やフィンガープリントを計算するためにalvaDescで使用する分子データセットを準備したり、alvaRunnerでQSARモデルを適用する前に分子をチェックしたりするのに最適なツールです。アカデミックユーザ（および一部の非商用ユーザ）はalvaMoleculeを無料で使用することができます。

開発元：イタリア Alvascience srl

主要な機能

分子ワークシート（Molecular worksheet）

データセットを分子グリッドもしくはスプレッドシートとして視覚化できます。SMILES及びMDLファイル内の追加データは計算された記述子、物理化学的特性と同様にソートとフィルタリングなどに使用できます。

分子構造キュレーション（Molecule structure curation）

エラー構造の特定、特定の構造的特徴のフィルタリングのための10のチェッカーを用意しています。

1. 複数構造
2. 通常の原子価ではない原子
3. 共有結合/イオン結合
4. 全電荷
5. 同位体
6. 荷電原子
7. 炭素ではない原子
8. 非標準原子（H,B,C,N,O,P,S,F,Cl,Br,I）
9. 芳香族性
10. ラジカル原子

分子構造の標準化（Molecule structure standardization）

エラー表現の修正、特定の特徴の除去や特定の構造を標準化することができる16個の事前定義されたスタンダダイザーを提供します。

1. 異常な共有結合をイオン結合に変換
2. 四級窒素に電荷を追加
3. 過剰な水素を削除
4. 不足水素の追加
5. 単原子フラグメントの削除
6. 最大フラグメントを保持
7. ニトロ基の標準化（-N(=O)=O）
8. ニトロ基の標準化（-[N+][O-]=O)
9. アジド基の標準化
10. ディアゾ基の標準化
11. 同位体の除去
12. キラリティーの除去
13. 結合方向の除去
14. ラジカルの除去
15. 原子の中性化
16. 分子の中性化

更に、SMIRKS言語の反応記述を使用して分子構造を標準化するカスタムスタンダダイザーも使用することができます。

重複分析（Duplicates analysis）

重複した構造や特定の項目に関して同じ値を持つ分子を特定できます。

• Molecule: 同じ分子構造を持つものを重複として特定します。この場合、立体化学などの特徴を無視して分析を行うこともできます。
• Column: 入力された特性値や計算された記述子に関して同じ値を持つものを重複として特定します。

分析が終わると重複と特定された分子がメイン画面に表示されます。Manage duplicatesオプションを使用して重複している分子を削除することもできます。

スキャフォールド分析（Scaffold analysis）

読み込まれた分子に対してBemis-Murckoフレームワークによるスキャフォールドを同定することができます。

分析が終わるとスキャフォールドが最も出現頻度が高いものから順番に分子グリッド表示されます。このグリッドを使ってロードされたデータセットから分子をフィルターすることができます。

ソート、フィルタリング、チャート作成

以下のデータによりフィルタリングを行えます。

1. 入力したファイルに含まれるデータ
2. ソフトウェア上で計算された分子記述子
3. ソフトウェア上で計算された物理化学的特性

チャート作成ツールを用いて上記のデータを視覚化することもできます。

また、SMARTS言語を使用して、特定の部分構造が存在する分子や存在しない分子をフィルターすることができます。

分子記述子と物理化学的特性

88の分子記述子と物理化学的特性を計算可能です。alvaDescに実装されている構成記述子（constitutional descriptors）やリング記述子に含まれている構造的な記述子の幅広いセットを計算します。

更に、alvaMoleculeは、モル屈折率、トポロジカル極表面積（TPSA）、推定分子量、2つのLogPモデル（森口らの手法とゴース–チッペンオクタノール–水分配係数）などのモデルベースのいくつかの物理化学的特性や、Lipinski alert indexなどのドラッグライクやリードライクのスコアを提供します。

88の記述子・特性リストはこちら。

サポートされるファイル形式

一覧表はこちら（alvaDesc技術情報ページ）

バージョン情報

バージョン2.0.20（2026年3月12日リリース）

• SMILES列と名前列を持つ複数のテキストファイル（*.txt）から分子情報を入力する際に生じていた不具合を修正しました。
• SMILES列が最初の列以外に存在するテキストファイル（*.txt）から分子情報を入力する際に、最初の列が空欄となっている場合に生じていたSMILESの構文解析（parsing）の不具合を修正しました。

バージョン2.0.18（2025年11月27日リリース）

• 軽微な不具合を修正しました。

バージョン2.0.16（2025年11月3日リリース）

• チャートにツールバーを表示し、右クリックによるコンテキストメニューの内容等をアイコンから実行できるよう変更しました。
• チャートに表示させる変数選択のメニューを非表示にできるよう変更しました。

バージョン2.0.14（2025年7月2日リリース）

• 分子記述子をMDLファイルに保存する際、暗示的水素をエクスポートするオプションを追加しました。（Settings > Options … > Export implicit hydrogens (MDL)）
• スタンダダイザのAromatize (exocyclic double bonds allowed)をメニューから削除しました。

バージョン2.0.12（2025年1月27日リリース）

• 分子をテキストファイルから読み込む際のスピードを改善しました。
• 芳香族性がBasicに設定されている場合の芳香族性チェックを修正しました。
• 分子の名前列を持たないSMILESを含むテキストファイルから構造を読み込む際に、それぞれの分子に「Molecule1」など内部的な名前を付加するようにしました。
• ラジカル分子に対するCopy as MDL機能を修正しました。
• ラジカル分子のMDLファイルへの書き出しを修正しました。

バージョン2.0.10（2024年11月22日リリース）

• 明示的水素を持つ分子の2次元描画を修正しました
• キラル中心に結合している暗示的水素を持つ分子の描画を修正し改善しました
• 3次元座標と暗示的水素を持つ分子をMDLフォーマットで入力した際のキラリティー検出を改善しました

バージョン2.0.8（2024年11月7日リリース）

• 外環式二重結合（exocyclic double bonds）を受容する新しい芳香族性同定法（General）が導入されました。
• 散布図に於いて、色分けで表示されるZ軸にカテゴリー変数を指定できるようになりました。また、プロットされる点の大きさで表現される4番目の変数を指定できるようになりました。
• Viewメニューの「View atom indices」を「Annotations」に変更し、分子の２次元描画像に部分電荷を表示する機能を追加しました。
• SMILESで表現された分子のテキストファイルでのインポート機能を改善しました。txt/csv/tsvのファイルフォーマットでは、SMILES列（とName列）がどの位置にあっても自動検出され、分子ファイルを開く（Open molecules）際に外部変数を同時にインポートできるようになりました。SMILES列とName列はマニュアルで指定することもできます。
• 分子セットの入力時に、最近使用した分子セットを開ける（Open recent molecules）メニューを追加しました。
• Viewメニューの「Highlights」に、ユーザーが定義した部分構造やBemis-Murckoのグラフ的形状表現を表示する機能を追加しました。

バージョン2.0.6（2023年4月20日リリース）

• 軽微な不具合を修正しました。

バージョン2.0.4（2023年3月22日リリース）

• スキャフォールドとリンカーに於ける環外二重結合を含むBemis-Murckoフレームワークの識別を改善しました
• 同位体原子を扱っている際の重複分析を改善しました
• 重複分析がアクティブになっている状態で分子ワークシートのセルを編集した場合、編集内容が保持されていない不具合を修正しました
• ピリジン-N-オキシド（二重結合酸素）に対する芳香族性検出を修正しました
• カスタムスタンダダイザーを使用して新たな非荷電原子を付加する際の形式電荷の定義を修正しました
• 「完全結合型の最大フラグメントのみを保持」（“Retain biggest fragment”）のスタンダダイザーを修正しました

バージョン2.0.2（2022年11月11日リリース）

• 縮合環系化合物に対する芳香族性検出を改善しました
• MDL V2000ファイルに関してキラリティー検出とエクスポートを改善しました
• 重複分析がアクティブになっている際の、フィルターされた分子のみをエクセルにエクスポートする機能を修正しました

バージョン2.0.0（2022年9月21日リリース）

• XYZデカルト座標フォーマットで記述された分子ファイル（拡張子：.xyz）を入力できるようになりました。
• データをエクセルファイル（拡張子：.xlsx）にエクスポートできるようになりました。各分子の２次元構造画像を含めることもできます。
• 選択した分子を削除できるようになりました。
• 選択した分子をGoogle Patents/Scholarでも検索できるようになりました。
• ViewメニューにGrid選択が追加され、Molecule worksheetに加えて、入力した分子を２次元構造イメージのみで表示するMolecule gridが利用できるようになりました。
• Molecule worksheetに於いてSMARTSによる部分構造を使用して分子をフィルターすることができるようになりました。フィルターされた結果はMolecule grid表示でもそのまま保持されます。
• 各分子の２次元構造画像のフッターとして入力情報や計算された記述子の値などを表示できるようになりました。
• グラフ表示に於いて機能が追加されました。
  1. 棒グラフと散布図において、マウスオーバーすることにより各分子の情報を表示
  2. グラフデータの保存メニュー（表示されたグラフ上の右クリックメニュー）
  3. 散布図上の投げ縄選択（右クリックメニュー）
• ViewメニューのHighlight表示に新たなオプションが追加されました。
  1. SMARTSを使った部分構造のハイライト表示
  2. Bemis-Murckoフレームワークを用いたスキャフォールド（骨格）情報のハイライト表示
• Standardizeメニューに新たなstandardizerが追加されました。
  1. ニトロ基をN(=O)=Oへの変換に加え、[N+][O-]=Oへ変換
  2. 通常の原子価を保持しながらラジカルを除去
  3. 原子を中性化
  4. 分子を中性化
• 構造チェックのメニューに於いて、非標準原子のセットにホウ素が追加されました。
• Toolsメニューに重複分析（Duplicates）が追加されました。
  1. 分子の構造により重複を検出
  2. 重複が検出された分子を自動的に削除
  3. 入力情報や計算された記述子の値などのカラムを指定し、同じ値の分子を検出
• Toolsメニューにスキャフォールド分析が追加され、どのBemis-Murckoスキャフォールドがあり、何個の分子がその骨格を持っているかが表示されるようになりました。

バージョン1.0.4（2020年4月20日リリース）

• ヘッダーつきのSMILESファイル(タブで区切られたテキストファイル)の読み込みと保存ができるようになりました。
• 分子グリッドの項目名を右クリックして表示されるメニューから
  1. 各列の「表示」と「非表示」の切り替えの操作が可能となりました。
  2. 各列の「固定」と「解除」の切り替えを行う機能が新しく実装され、操作を行うことが可能となりました。
  3. 「全てのフィルタをクリアする」コマンドが追加されました。
• 無効な分子を確認するステップ「構造をチェックしています…」の後に、新しい列が追加されるようになりました。
• SMILESファイルを保存するファイル形式について改善されました。
• 並び替えされたデータセットを保存する際の不具合が修正されました。

動作環境

対応OS

• 64-bit Windows
• 64-bit macOS
• 64-bit Linux

関連製品

alvaDesc

6000種近くの分子記述子、4種（PFP/ECFP/ECFPV3/MACCS166）のフィンガープリントと構造パターンを計算可能なソフトウェア。

alvaDescページはこちら

alvaBuilder

de novo分子設計用のソフトウェアツール。

alvaBuilderページはこちら

alvaModel/alvaRunner

定量的構造活動/特性関係(QSAR/QSPR)モデルの作成を行うソフトウェア/alvaModelの作成モデルを基に計算。

alvaModel/alvaRunnerページはこちら

ライセンス形態

alvaMoleculeのライセンスは、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の2種類のライセンス形態があります。アカデミックライセンス（教育用）はフリーです。無償利用をご希望の方は、弊社営業担当までお問合せください。

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

価格情報

alvaMoleculeのライセンスは、アカデミックライセンス（教育用）はフリーですが、企業向け一般ライセンス（商用）は有償です。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

製品概要

Autographは、微分積分、幾何学、統計・確率を教える教師のために設計された授業支援ソフトウェアです。大学2年生までに履修する数学の内容をカバーしており、 関数や演算操作をスクリーン上に可視化することで、学習者の理解を手助けします。

インタラクティブな操作が可能なホワイトボード機能により、わかりやすく、効率のよい講義が可能です。

主な機能

1次元データを用いた統計・確率

生データまたはグループ化されたデータを入力データとして使用

◎連続データ、離散データ

◎データセットの変換

◎グループ分けされたデータの階級幅を動的に調整

確率分布からのデータ生成

データの可視化方法

◎ヒストグラム

◎累積度数ダイアグラム

◎箱ヒゲ図

◎ドット図

◎平均および3つの標準偏差

◎折れ線グラフ

◎移動平均

◎幹葉図

◎記述統計（統計ボックス）

◎統計値、タブ区切り値のテーブル表示

データセットを用いた演算

データセットからヒストグラムおよび累積度数図の計測、中心極限定理のデモ

確率分布

プロットおよびサンプルデータ

◎矩形分布（離散または連続データ）

◎2項分布

◎ポアソン分布

◎幾何分布

◎正規分布

◎ユーザ定義（離散または連続データ）

データ・フィッティングによる計測と仮説検定

2次元グラフ

直線、ベクトル、円錐、多項式、シェイプ、データセットなどのオブジェクトをインタラクティブに作成

シェイプおよび変換

点の組み合わせまたはプリセットされたリストの中からシェイプを作成し、配置することができます。シェイプに対しては、次の変換操作が可能です。

◎ストレッチ

◎せん断

◎反射

◎回転

◎拡大

◎平行移動

さらに任意の行列による変換も可能です。元のオブジェクトが更新されると、変換されたオブジェクトも自動的に更新されます。回転と拡大操作は、パラメータの値を変更することで、アニメーション表示が可能です。同様の操作が、行列変換でも可能です。

ベクトル

直交座標または極座標上の点を用いて、インタラクティブなオブジェクトを作成可能です。 ベクトル演算は和、差、積、複製が可能で、2つのベクトルのなす角を計算することもできます。 また、ある点とベクトルを指定することで直線を描画したり、シェイプの平行移動に利用することができます。

方程式

パラメータを明示的、もしくは間接的に使用して曲（直）線を表現することができます。 ある区間のみの表示や、極形式（例、r=sin2θ）を使用することが可能です。

曲線の描画速度を遅くすることができ、増加部分を確認したり、重要な点で停止することが可能です。

微積分

微分、および曲線下もしくは曲線間の面積を計算することができます。 積分は、1階の微分方程式として扱われます。

1階および2階の微分方程式を解くことができます。傾きを表示したり、境界条件をインタラクティブに設定することが可能です。

数値法

二分法、ニュートン-ラプソン法。反復処理を順進、逆進操作することができます。

数値積分 矩形法、中点法、シンプソン法。分割数を変更しアニメーション表示可能。

散布図

描画された点、ファイルまたはAutographスプレッドシートからデータセットを抽出できます。
最小二乗法による回帰分析
直線、多項式曲線、ユーザ定義式を用いたフィッティング

3次元グラフ

オブジェクトの基準となる点

次のオブジェクトが対象となります。
◎シェイプ
◎線
◎ベクトル
◎面成

シェイプ

三角形の組み合わせ、またはプリセットを用いてシェイプを生成することができます。

なお、シェイプに対しては、次の操作が可能です。

◎回転

◎反射

◎拡大

◎平行移動

また、任意の行列による変換が可能です。

曲線と面

点、ベクトル、方程式から曲（直）線と面を描画することができます。また、次のオブジェクトの交差を描画することが可能です。

◎曲線と面

◎2つの面

◎3つの面

ベクトル

2つの点から、またはカーテシアン座標の入力によりベクトルを生成できます。ベクトル演算は和、差、複製、内積、外積が可能です。

方程式

パラメータを明示的、間接的に利用でき、球面極座標系および円筒座標系を利用できます。

面またはパラメトリック曲線の法線および正接面を描画できます。

講義のための追加機能

カスタマイズ

線の太さや軸の各種プロパティ、ツールバーのレイアウト等を調整できます。

ホワイトボード・モード

スクリーン上に表示されたキーボードにより、マウス操作だけで方程式等の入力が可能です。

スクリブル（走り書き）ツールを用いて、Autographのページ上に直接描画することができます。 ステータスバーには、様々な情報が表示されますが、より大きなフォントで表示可能な ステータスボックスを利用することもできます。また、ホワイトボードモードにより、 Autographの設定を、プロジェクタ表示に適した設定に容易に切り替えることができます。

インストラクション・ウィンドウ

生徒のために、インストラクション情報を追加することができます。 この情報は、リッチテキスト形式で保存され、autographファイルに関連付けられます。

技術情報

スタートアップガイド

はじめてAutographを使用される方は、先ずはこちらのガイドを参照ください。画面構成や基本的な使用方法について解説しています。
Autographスタートアップガイド（PDF形式）

活用授業例

高校生を対象としたAutographの活用授業例です。

マニュアル（旧版）

•二次関数

•導関数・アニメーション

•区分求積法

•定数・グラフを動かす

•グラフ紙

•定積分・体積

ライセンス形態

◎Autograph シングルユーザ ライセンス

◎Autograph 50ユーザ ライセンス 高等学校向け

◎Autograph サイトライセンス 高等学校向け

◎Autograph 拡張サイトライセンス 高等学校向け

◎Autograph サイトライセンス 大学向け

◎Autograph 拡張サイトライセンス 大学向け

◎Autograph 追加プログラムパック (ボックス、CD、マニュアル)

補足事項

•高等学校向けライセンスは、学生数が2000名未満の場合に適用されます。2000名を超える場合、大学向けライセンスをお選びください。

•通常のサイトライセンスでは、教員の自宅使用が許可されています。拡張サイトライセンスの場合、さらに学生の自宅使用も認められます。

•上記ライセンス料は、ダウンロード版の料金となっています。ご注文後、インストールプログラムのダウンロード情報とアクティベーションコード（Windows、Mac共通）を電子メールでご連絡いたします。プログラムパックを追加することで、CD-ROMメディアによる納品に変更することができます。

ダウンロード

Autograph シングルユーザ版のインストールプログラムです。

Windows版、Mac OS版いずれかのアイコンをクリックし、開発元サイトよりダウンロードを行ってください。

アプリケーション起動後に、認証コードを入力することで、正規版として動作します。認証コードを入力しない場合は、インストールから30日間の間、評価版としてご利用いただけます。

シングルユーザ版

ダウンロード後、プログラムを実行すると、インストール画面が表示されます。メニューからインストールを選択して画面を進めてください。

CADDLE

製品概要

CADDLEは、Cepos InSilico GmbHとMOLCAD GmbHの共同開発によるWebベース（インストール不要）の分子モデリングシステムです。分子構造入力ソフト2D skechersと分子軌道計算ソフトEMPIREが付属し、WebGLを用いた高品質な3D結果表示とインタラクティブな操作が可能です。個々のプロジェクトや計算をリスト表示し、高度で柔軟なワークフローやプロトコルを組み合わせたモデリングタスクを実行できます。

※CADDLEにはEMPIREのシングルノードバージョンが含まれています。

開発元： CEPOS INSILICO GmbH

開発元： MOLCAD GmbH

【関連製品】

Cepos Suite

EMPIRE(+EH5cube)+ParaSurf+CImatchのセット商品

EMPIRE

大規模な系に適用可能な並列半経験的分子軌道法ソフトウェア

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CImatch

標準等密度面と局所特性に基づいて分子の重ね合わせ計算を行うソフトウェア

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ParaSurf

分子表面を構築し局所的な特性と記述子を計算する基本モジュール

ページはこちら

SAR-caddle

エクセルファイルを入力データとして使用できるQSAR/QSPRモデルの構築と適用のためのWebベースソフトウェア

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主要な機能

管理者によるユーザ管理

プロジェクトのリスト管理と共有

付属ソフト2D sketcherを用いて作成した分子構造の使用

付属ソフトEMPIREを用いた計算

計算結果のリスト管理

WebGLを用いた結果の3D表示とインタラクティブな操作

対応ファイル形式

入力 : Structure Data File（.sdf）/ SMILES(.smi) / 2D sketcher経由

出力 : EMPIRE独自形式ファイル (.zip)(.log/.vwf/.sdf/.h5ファイルを含む)

技術情報

• CADDLE2.0 ユーザマニュアル（開発元サイト; 英語）
• EMPIRE20 ユーザマニュアル（開発元サイト; 英語）

バージョン情報

• バージョン2.0（2021年3月31日リリース）

動作環境

対応OS(サーバ)

Windows / Linux

対応端末(クライアント)

※URLにアクセスできる全てのデバイス

デスクトップPC / ノートPC / スマートフォン / タブレット

ライセンス形態

ユーザ種別

一般用

アカデミック (※サポートは含まれておりません)

注意事項

※ご所属一括での契約となるSiteライセンスです。

※年間契約となり毎年更新が必要です。

使用許諾条件について

ライセンスの詳細につきましては、使用許諾条件をご確認ください。

価格情報

CADDLEのライセンス価格は、一般用とアカデミック用で異なります。ユーザーライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

※全てのライセンスは毎年更新が必要です。

SAR-caddle

製品概要

SAR-caddleはCepos InSilico GmbHとMOLCAD GmbHの共同開発によるWebベース（インストール不要）のSAR/SPRモデルの構築ソフトウェアです。標準エクセル形式のデータに対応し、初期自動解析によりデータの適正化を行います。領域解析と3D可視化ツールを備えています。

開発元： CEPOS INSILICO GmbH

開発元： MOLCAD GmbH

【関連製品】

Cepos Suite

EMPIRE(+EH5cube)+ParaSurf+CImatchのセット商品

EMPIRE

大規模な系に適用可能な並列半経験的分子軌道法ソフトウェア

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CImatch

標準等密度面と局所特性に基づいて分子の重ね合わせ計算を行うソフトウェア

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ParaSurf

分子表面を構築し局所的な特性と記述子を計算する基本モジュール

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CADDLE

高品質3D表示が可能なWebベースの分子モデリングシステム(EMPIREのシングルノードバージョンを含む)

ページはこちら

主要な機能

高性能ライブラリを用いたモジュール計算

SAR-caddleサーバ上での計算

初期自動解析によるデータの適正化

不正データのチェック

同一データや矛盾データポイントの除去

データ分布の確認

相関行列の計算と高い相関を持つ記述子の組の一方を削除

主成分解析による記述子の固有次元の決定

モデル構築

独自のtraffic lightシステムによる、データや記述子の適正チェック

記述子のバイアスを考慮して定義された臨界F値を用いた段階的回帰

committe-machines手法

シェパード補間

データの可視化とインタラクティブな操作

記述子相関の2D散布図

色別の3D散布図

対応ファイル形式

入力 : エクセル形式ファイル(.xls/.xlsx) あるいはタブかコンマで区切られたデータ

技術情報

• SAR-caddle 仕様書（開発元サイト; 英語）

バージョン情報

• バージョン1.0（2012年8月21日リリース）

動作環境

対応OS(サーバ)

Windows / Linux

対応ブラウザ(クライアント)

PC

Microsoft Edge / Google Chrome 9以降 / Firefox / Safari 5.1以降 (Mac OS 10.6以降のみ)

※SafariはWindows非対応です。

モバイル

iOS 8以降 / Google Chrome / Firefox

ライセンス形態

ユーザ種別

一般用

アカデミック (※サポートは含まれておりません)

注意事項

※ご所属一括での契約となるSiteライセンスです。

※年間契約となり毎年更新が必要です。

使用許諾条件について

ライセンスの詳細につきましては、使用許諾条件をご確認ください。

価格情報

SAR-caddleのライセンス価格は、一般用とアカデミック用で異なります。ユーザーライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

※全てのライセンスは毎年更新が必要です。

製品概要

ChromasProは、数百万塩基規模のアセンブリおよび基本的な配列編集・解析が可能なDNAシークエンシング用ソフトウェアです。 ABI社（サンガーシーケンサー）や454Life Sciences社、Illumina社（次世代シーケンサー）などのシーケンス・データをアセンブリすることができます。RAM 8GBを使用可能な環境では、最大100万シーケンスをアセンブリすることが可能です。

主要な機能

• 読み込み可能なファイル形式（Applied Biosystems .ab1、Staden Chromatogram (SCF及びZTR)、454 SFF、FASTA、FASTQ、EMBL、GenBank、SwissProt、GenPept、GCG RSF 及びプレーンテキスト形式）
• 出力可能なシーケンスファイル形式（.ab1、.scf、.fasta、.fastq）
• 重複配列を用いたコンセンサス配列の生成、あいまい部分の強調表示
• クオリティデータを使用して、低品質シーケンスの自動削除、アセンブリ改善
• レファレンス配列をアセンブリのためのスキャフォールド配列として使用可能
• 制限酵素切断地図とフラグメントマップ作成、切断（カッター）、ノンカッター、フラグメントのリスト機能
• G + Cフレームプロットによるオープンリーディングフレームのマッピング、ORFのワンクリック変換
• クロマトグラム、制限酵素認識部位とフラグメントマップ、オープンリーディングフレームマップの印刷機能
• NCBI Webサイトを利用したヌクレオチドおよびタンパク質BLAST検索
• ClustalW用インターフェースによるマルチプルアライメント
• シーケンスとクロマトグラムの反転と補完
• 完全一致または最適アライメントによるシーケンス検索
• ヌクレオチド配列編集時に翻訳アミノ酸配列の表示
• 逆翻訳の実行及びヌクレオチド縮重のプロット
• タンパク質の親水性と抗原性をプロット
• クロマトグラムセクションの画像コピー機能(ドキュメントやプレゼンテーション資料へのペースト用)

バージョン情報

バージョン2.2.0（2025年4月10日リリース）

• Paddle社の決済システム経由で購入する際に発行される、新しいタイプのアクティベーションキーに対応しました。
• 参照シーケンス（Reference sequences）のロードを行う際、ファイル名を設定する代わりに、プロジェクト設定内にあるボタンを押すことにより即座に読み込まれるよう改善しました。

バージョン2.1.10.1（2023年4月22日リリース）

• バグフィックスにより、トリミングした後のプロジェクトシーケンスを逆向きに置けるようになりました。

バージョン2.1.10 (2021年リリース)

• 前回に最小化したまま閉じてもメインウィンドウが正しく表示されるようになりました。
• 同じ種類のドキュメントウィンドウを切り替えたとき、フレーム、カラム、スライダーの設定が更新されるようになりました。
• Windows XP、Vista はサポートの対象外となりました。Windows 7 SP1 以上が必要です。

バージョン2.1.9

• 新しいコード署名キーを使用して再リリースしました。

バージョン2.1.8 (2018年リリース)

• BLAST 検索をブラウザに送信する際のバグを修正しました。

バージョン2.1.7 (2018年リリース)

• コンティグエディタで拡大表示されたときの参照シーケンスのレンダリングの問題を修正しました。
• BLAST検索で、WebブラウザでのURLの長さ制限を回避するために、サーバーに直接送信するオプションが追加されました。結果はデフォルトのブラウザでも表示されます。
• プロジェクトにリストされているコンティグコンセンサス配列の長さにギャップを含まなくなりました。

バージョン2.1.6 (2017年リリース)

• 長いリードノイズを含むクロマトグラムのプロジェクトを保存する際のバグが修正されました。

バージョン2.1.5 (2017年リリース)

• コンティグエディタでシーケンスの順番を入れ替えられるようにしました。
• コンティグからFASTQ形式のコピーを追加しました。
• ヌクレオチド配列エディタにFASTQを貼り付けられるようになりました。
• クロマトグラムエディタでの塩基X座標ドラッグのやり直しのバグを修正しました。
• プロジェクトメンバーの配列を手動で編集した場合、ベクター情報を保持/更新するようにしました。
• コンセンサス配列のマップおよびBLAST検索の塩基範囲のギャップを修正しました。
• 空のプロジェクトで情報を表示しているときに、division-by-zeroエラーが発生していたのを修正しました。
• コンティグエディタでスクロールする時のちらつきを修正しました。

動作環境

対応OS

• Windows (7 SP1、8、10、11)

ライセンス形態

ChromasProのライセンスは、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の2種類のライセンス形態があります。

評価ライセンス

無償評価ライセンスをご提供可能です。

ご希望の場合、こちらの評価ライセンス申請フォームからご申請いただくか、弊社営業までお問い合わせください。

価格情報

ChromasProのライセンス価格は、企業向け一般ライセンス（商用）とアカデミックライセンス（教育用）の形態によって異なります。ライセンス形態と価格については、お問い合わせフォームからお問い合わせいただくか、弊社営業までお問い合わせください。

企業向け一般ライセンス（商用）

アカデミックライセンス（教育用）

※ChromasProの価格は為替等により変動し、また予告なく変更される場合がありますので、ご検討の際は見積もりのご依頼をお願いいたします。

※マルチユーザーライセンスをはじめ、複数のライセンス形態がございます。詳しくはお問合せください。

関連ソフトウェア：Chromas

Chromasは無料で利用可能なトレースビューアです。

Chromas主要な機能

・.ab1、SCF・ZTR形式のクロマトグラムファイルの読み込み

・.ab1、.scf形式でのシーケンス保存

・クロマトグラムの拡大・縮小印刷

・低品質のシーケンス（クオリティデータがある場合）またはベクターシーケンスの自動削除

・FASTA、FASTQ、EMBL、GenBank、GCG形式及びプレーンテキスト（塩基ナンバリングオプション）による書き出し

・シーケンスデータ（プレーンテキスト、FASTAまたはFASTQ形式）のクリップボード・コピー機能

・シーケンスとクロマトグラムの反転と補完

・完全一致または最適アライメントによるサブシーケンス検索

・シーケンスに加えて翻訳アミノ酸配列の表示

・クロマトグラムセクションの画像コピー機能(ドキュメントやプレゼンテーション資料にペースト用)

・フォーマット変換、ベクター削除を伴うシーケンスや生データのエクスポート、印刷等のバッチ処理機能

・PeakTrace（別オプション）用インターフェイスによる高品質ベースコール機能

※複数のオーバーラップシーケンスリードをアセンブルする必要がある場合は、ChromasProを参照してください。

※Chromasは無料です。PeakTrace RPコンポーネントは、無料アカウントの登録が必要で、40個の無料ユニットを使用した後は有料サービスとなります。Chromasのオプションメニューの下にあるリンクをたどると、入門割引が適用されます。

Chromas動作環境

対応OS

• Windows (XP、Vista、7、8、10、11)

FAQ

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